Diccionario

ADN formado por una sola cadena o hebra polinucleotídica. Puede ser lineal o circular.

Cada una de las proteínas bacterianas que se unen a las hebras de ADN monocatenario, por ejemplo, las recientemente separadas por la helicasa durante la replicación del ADN, las generadas durante la recombinación o las resultantes de un daño. Se colocan una detrás de otra a lo largo de la hebra separada y forman una cubierta proteica que mantiene el ADN en el estado de elongación necesario para que pueda servir de plantilla durante la síntesis de ADN y de los ARN cebadores. En eucariotas, la principal proteína de unión a DNA monocatenario es un complejo de tres subunidades y se denomina proteína de replicación A (replication protein A, RPA).

ADN monocatenario copiado de un ARN en un proceso de transcripción reversa o inversa.

Técnica de amplificación molecular isotérmica muy sensible, específica y selectiva, que se basa en la utilización de tres proteínas: una recombinasa, una proteína de unión a ADN monocatenario (proteína SSB, o single-stranded DNA-binding protein) y una ADN polimerasa con actividad de desplazamiento de hebra (strand displacement). La recombinasa forma un complejo nucleoproteico con el cebador en presencia de ATP y de un agente concentrador, como polietilenglicol; este complejo se une a la secuencia de ADN homóloga al cebador y favorece la desnaturalización local del ADN. Las regiones de cadena única se estabilizan mediante unión de la proteína SSB y, al disociarse la recombinasa del ADN, la ADN polimerasa se une al extremo 3’ del cebador e inicia la síntesis de ADN en presencia de dNTPs. La repetición cíclica de este proceso da lugar a una amplificación exponencial del ADN a una temperatura de 37–42 °C, sin requerir ciclos térmicos como la PCR. La técnica es robusta, pues puede amplificar con una preparación mínima de la muestra y permite utilizar extractos crudos, brutos o muy poco procesados. Permite producir una cantidad detectable de ADN amplificado en unos 20 minutos y partiendo de 1–10 copias del ADN diana. Se ha utilizado para amplificar ARN, ARNmi, ADN monocatenario (ssDNA) y ADN bicatenario (dsDNA) de una amplia variedad de organismos y muy distintas muestras. Se utiliza en detección de agentes fitopatógenos, genómica y biotecnología. Esta técnica, para detección del oomiceto Phytophthora pini, se ha combinado con un sistema de detección visual mediante un dispositivo de flujo lateral, lo que permite identificar la presencia del patógeno de forma sencilla. Combinado con CRISPR-Cas12a, conocida por su capacidad de edición genética y detección de secuencias específicas de ADN, permite la detección precisa, con alta sensibilidad, de secuencias diana.

Enzima del fago lambda, muy procesiva, que elimina nucleótidos del extremo 5’ del ADN. El sustrato preferido es ADN bicatenario fosforilado en 5’, aunque también degrada ADN monocatenario y sustratos no fosforilados. Se emplea en laboratorio para eliminar nucleótidos de extremos 5´ de moléculas de ADN bicatenario, normalmente con la finalidad de ofrecer un mejor sustrato a la transferasa terminal.

Vector compuesto por un plásmido al que se le ha incorporado el origen de replicación de un fago filamentoso (fago de ADN monocatenario como el fago M13 o F1). De este modo mantiene todas las utilidades de los plásmidos, pero además tiene la capacidad de producir ADN monocatenario.

Categoría taxonómica más alta utilizada para clasificar virus y viroides. Se encuentra por encima del subimperio (subrealm), reino (kingdom), subreino (subkingdom), filo (phylum), subfilo (subphylum), clase (class), orden (order), etc. hasta especie (species) y agrupa virus que comparten características fundamentales en su estructura, replicación y material genético. Según el CITV- ICTV, este taxón permite organizar la diversidad de los virus en grandes categorías evolutivas, facilitando su estudio y comprensión. Actualmente, en la taxonomía viral, se reconocen 7 imperios o reinos superiores: i) Adnaviria: comprende virus de ADN bicatenario en el que el ADN está en forma A en vez de la más común forma B; ii) Duplodnaviria: virus de ADN bicatenario, que codifican una proteína de la cápsida de un tipo especial denominada “HK97 MCP” (HK97-fold major capsid protein); iii) Monodnaviria: virus de ADN monocatenario que se replican por círculo rodante y codifican una endonucleasa de iniciación de la replicación de la superfamilia HUH; iv) Riboviria: virus con genomas de ARN y ADN retrotranscritos; v) Ribozyviria: que incluye a los viroides; vi) Singelaviria: virus con genoma de ADN que codifican una proteína de la cápsida con un único dominio tipo “jelly-roll” y vii) Varidnaviria: virus de ADN bicatenario que codifican una proteína de la cápsida con uno o dos dominios tipo “jelly-roll” orientados verticalmente.

Secuencia de 1.000 bases o pares de bases de ADN monocatenario o bicatenario, otros ácidos nucleicos u oligonucleótidos. Se utiliza para definir la longitud del genoma de un organismo o de las diversas fracciones de ácidos nucleicos obtenidas tras su extracción o tras su degradación mediante enzimas de restricción.

Técnica de secuenciación de ADN. Originalmente utilizaba ADN monocatenario, generalmente como resultado de la clonación en vectores derivados del fago M13, y se realizaba con nucleótidos marcados radioactivamente. En la actualidad se lleva a cabo generalmente por PCR y utilizando didesoxinucleótidos marcados con compuestos fluorescentes; cada reacción de secuenciación puede dar lugar a alrededor de 1 kb de lectura.

Agente capaz de codificar una proteína de cubierta, pero que para replicarse dependen de enzimas producidos por el genoma de un virus ayudante que coinfecta la célula huésped. Tipo de ARN satélite o defectivo, no infeccioso por sí mismo que se replica en compañía de un virus auxiliar y puede modificar los síntomas que produce el virus en sus plantas huéspedes. Se trata de un agente subviral constituido por ácido nucleico que depende de la coinfección de la célula huésped por un virus auxiliar para replicarse y obtener de este las enzimas necesarias para su replicación que no poseen en su genoma. El Comité Internacional de Taxonomía de Virus (ICTV) ha establecido inicialmente dos familias de virus satélite de virus de plantas: i) Alphasatellitidae (dependientes de la familia Geminiviridae), y ii) Tolecusatellitidae (que se encontraron en asociación de tipo simbiótico con virus de la familia Geminiviridae y otras familias de virus de ADN monocatenario que infectan plantas). No obstante, todavía quedan numerosos virus satélite que no han sido clasificados en taxones.