Método de PCR basado en la acción simultánea y coordinada de cuatro cebadores, que permite la detección de bacterias y virus de ARN, viroides y otros ARN transcritos, en su variante de RT-PCR. La reacción tiene lugar en un único cóctel y en un solo tubo cerrado. En el caso de RT-PCR, la transcripción reversa y simultánea de los fragmentos, la coordinación entre cebadores externos e internos y la cooperación de los amplicones a modo de cebadores o iniciadores son la base del método. Su sensibilidad es similar a la del PCR y RT-PCR anidada, que resulta ser 100 veces mayor que la obtenida con PCR o RT-PCR simples y utiliza 10 veces menos reactivos. Es una opción económica si no se dispone de termociclador para PCR en tiempo real. También puede realizarse la versión RT-PCR cooperativa.
RT-PCR
Reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa o reversa. Técnica de laboratorio comúnmente utilizada para generar copias de ADN partiendo de dianas de ARN. Se usa una enzima llamada retrotranscriptasa que convierte un segmento específico de ARN en un fragmento complementario de ADN. Luego, otra enzima llamada ADN polimerasa amplifica (produce en grandes cantidades) ese segmento de ADN. En el caso de que se utilice la técnica para evaluar actividad de transcripción, las copias de ADN amplificadas ayudan a identificar si hay un gen que produce la molécula específica de ARNm. Es posible usar la reacción en cadena de la polimerasa con retrotranscripción para detectar ciertos cambios en un gen o cromosoma, o para identificar la activación de ciertos genes, lo que ayuda a diagnosticar enfermedades, y para el estudio del ARN de ciertos virus (la gran mayoría de virus fitopatógenos poseen genoma de ARN). Posee las mismas variantes de reacción que la PCR.