Variante de PCR que permite realizar una amplificación de las regiones flanqueantes de un fragmento de ADN del que solo se conoce parte de su secuencia interna. El ADN genómico que contiene la secuencia nucleotídica flanqueada (en inglés, core region) se digiere por completo con una enzima de restricción que lo escinde en una serie de fragmentos dejando intacta dicha secuencia y las lindantes. Originalmente estos fragmentos no podían exceder de dos o tres kilobases de extensión. Los fragmentos lineales se circularizan (transforman en círculos) con una ADN-ligasa en condiciones que favorecen la formación de círculos monoméricos (compuestos de un solo fragmento y no de varios fragmentos concatenados) y se amplifican con dos iniciadores que son complementarios de sendos extremos de la secuencia conocida, pero cuyos extremos 3’ apuntan hacia fuera de la región comprendida por ambos, a la inversa de lo que sucede en la PCR simple normal, de modo que lo que se amplifica son las secuencias flanqueantes (y no la flanqueada). El producto de esta reacción en cadena será, pues, una molécula lineal de ADN bicatenario constituida por ambas secuencias flanqueantes dispuestas una a continuación de la otra, según el Vocabulario inglés-español de María V. Saladrigas, de página electrónica: www.medtrad.org/panacea.html.
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