Diccionario

Denominación común en hibridación molecular para referirse a las moléculas sonda-muestra.

ADN de doble hélice cuyas hebras complementarias difieren ligeramente en secuencia. Ello implica que hay zonas con apareamiento incorrecto. Las moléculas heterodúplex se producen normalmente durante la recombinación genética entre cromosomas homólogos.

Variante de la técnica de PCR simple convencional donde se emplean dos pares de cebadores en un único tubo con el fin de amplificar simultáneamente dos segmentos distintos de ADN. Requiere la selección de cebadores específicos y compatibles para las distintas regiones diana. Resulta útil ya que son frecuentes las infecciones mixtas de dos aislados o cepas del mismo patógeno o de dos patógenos diferentes, incluso si son de ADN y ARN. También es frecuente la PCR múltiple y la versión RT-PCR dúplex.

Término usual en laboratorio, a pesar de que no está reconocido por la RAE. Expresa las condiciones a las cuales se desarrolla la hibridación molecular y la detección del dúplex. La estringencia (rigor o fuerza) y la estabilidad de los complejos híbridos formados, determinan la especificidad de la formación de híbridos. A temperaturas más altas y menor concentración de sal, en general se incrementa la estringencia de la hibridación. Es conveniente utilizar formamida en la solución de hibridación para favorecer un correcto apareamiento de bases y al mismo tiempo disminuir las reacciones inespecíficas. Para la detección de virus de ARN, las hibridaciones se llevan a cabo a 65-68 °C, mientras que para los viroides una buena relación de señal/fondo se consigue a 70-72 °C en 50 % de formamida. Baja estringencia permite mayor cantidad de hibridación pero con menor especificidad (baja temperatura, alta concentración de sales). Alta estringencia implica menor cantidad de hibridación, pero mayor especificidad Los factores que afectan la estringencia son temperatura, concentración de sales, las bases no complementarias y la longitud del fragmento.

Método de marcado de los ácidos nucleicos para su utilización como sonda no radiactiva. Se une a la sonda un grupo que no perjudique su capacidad de hibridarse con las secuencias complementarias. Tras la hibridación, el dúplex marcado por afinidad reacciona con una molécula señal que contiene un sitio de unión para el marcador. Como moléculas señal suelen utilizarse, entre otras, anticuerpos fluorescentes o conjugados con digoxigenina, enzimas que producen cambios de color, catalizadores quimioluminiscentes, y la proteína verde fluorescente (GFP).

Sigla del inglés. En español, reacción en cadena de la polimerasa. Se sugiere el uso de la sigla PCR en español, en vez de RCP que le correspondería, para evitar la confusión con el uso extendido de la sigla del término “reanimación cardiopulmonar”. Se trata de una técnica de amplificación molecular desarrollada para producir múltiples copias sintéticas de una secuencia de ADN, o diana, al realizar varios ciclos sucesivos, de tres etapas secuenciales: i) desnaturalización del ADN diana a >90 °C; ii) hibridación de los cebadores o iniciadores a 40-65 °C; y iii) extensión a 72 °C. En cada ciclo se consigue, en poco tiempo, duplicar el número de copias de ADN de modo que se logra un aumento exponencial del número de copias del fragmento o amplicón. En la denominada PCR convencional, los fragmentos amplificados se separan mediante electroforesis en un gel de agarosa y se visualizan mediante métodos colorimétricos o basados en tinción con bromuro de etidio, GelRed u otros fluorocromos. También se pueden detectar los amplicones mediante hibridación en membrana, ELISA en microplaca y otros métodos, y su tamaño se calcula por comparación con fragmentos de ADN de tamaño conocido. Es utilizada frecuentemente para detectar e identificar organismos fitopatógenos, basada en la amplificación de un fragmento del material genético del patógeno. Se utiliza una pareja de iniciadores, o más, y su eficiencia se basa en la especificidad de los cebadores, tipo de polimerasa empleada, composición y estabilidad del tampón, pureza y concentración de la mezcla de nucleósidos trifosfatos (dNTPs), parámetros de la amplificación (temperatura de hibridación de los cebadores, concentración de MgCl2, etc.), así como en las características de la propia muestra. Su mayor inconveniente para la detección y diagnóstico reside en el alto riesgo de contaminaciones por aerosoles que se generan fácilmente en las distintas etapas, especialmente en la preparación de la electroforesis y que dan lugar a falsos resultados positivos, como coste de su alta sensibilidad analítica. Posee diversas variantes, entre otras: PCR anidada, PCR semianidada, PCR cooperativa, PCR asimétrica, inmunocaptura-PCR, impresión captura-PCR, escachado captura-PCR, PCR dúplex y múltiple, PCR cuantitativa, PCR en tiempo real, PCR digital, PCR capilar y otras menos comunes. La PCR es teóricamente un método de detección muy sensible. Sin embargo, en la práctica y aplicado a material vegetal, artrópodos, o especialmente ciertos tipos de suelo, la sensibilidad se reduce drásticamente por la presencia de inhibidores, que pueden dar lugar a falsos negativos. Para superar estos inconvenientes es imprescindible incluir un control positivo y varios controles negativos en el conjunto de las muestras. Asimismo, se emplean métodos de purificación de ácidos nucleicos y otras variantes más sensibles basadas en PCR anidada o PCR en tiempo real, alguna de las cuales pueden realizarse con métodos directos de preparación de la muestra. Para la amplificación a partir de ARN (PCR de ARN) debe realizarse una etapa previa de transcripción reversa (RT).

1. Aplicación informática que permite convertir un ordenador o computador en un centro multimedia al utilizar el contenido digital del mismo. Posibilita sintonizar TV en vivo (en plex) en cualquier momento, en casi cualquier dispositivo, sin necesidad de hardware (conjunto de los componentes que integran la parte material de una computadora u ordenador). 2. Se aplica el adjetivo dúplex para indicar que contiene dos veces una cantidad. 3. Se emplea para referirse a un sistema u operación capaz de transmitir y recibir simultáneamente dos mensajes, uno en cada sentido.

Variante de la técnica de PCR simple convencional en la que se emplean dos o más pares de cebadores en un único tubo con el fin de amplificar simultáneamente múltiples segmentos de ADN. Permite detectar ADN de dos o más patógenos en la misma muestra. Requiere la selección de cebadores específicos y compatibles para las distintas regiones diana. Resulta útil ya que son frecuentes las infecciones mixtas de distintos aislados o cepas del mismo patógeno o combinaciones de estos con otros patógenos diferentes, incluso de ADN y ARN simultáneamente, siendo muy frecuente la versión RT-PCR múltiple.

Reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa o reversa. Técnica de laboratorio comúnmente utilizada para generar copias de ADN partiendo de dianas de ARN. Se usa una enzima llamada retrotranscriptasa que convierte un segmento específico de ARN en un fragmento complementario de ADN. Luego, otra enzima llamada ADN polimerasa amplifica (produce en grandes cantidades) ese segmento de ADN. En el caso de que se utilice la técnica para evaluar actividad de transcripción, las copias de ADN amplificadas ayudan a identificar si hay un gen que produce la molécula específica de ARNm. Es posible usar la reacción en cadena de la polimerasa con retrotranscripción para detectar ciertos cambios en un gen o cromosoma, o para identificar la activación de ciertos genes, lo que ayuda a diagnosticar enfermedades, y para el estudio del ARN de ciertos virus (la gran mayoría de virus fitopatógenos poseen genoma de ARN). Posee las mismas variantes de reacción que la PCR.