Procedimiento electroforético en el cual se utiliza la poliacrilamida como matriz de soporte para separar proteínas de acuerdo con la longitud de la cadena peptídica. Puede ser unidimensional utilizando tanto proteínas nativas (no desnaturalizadas) como proteínas solubilizadas (desnaturalizadas) con dodecil sulfato sódico (sodium dodecyl sulfate, SDS). La de tipo bidimensional, separa la proteína nativa en la primera dimensión. A continuación, la placa se trata con SDS y la muestra se separa en la segunda dimensión, en la que en realidad se separan las subunidades individuales de cada proteína. También se utiliza para el diagnóstico de viroides. Se basa en la separación diferencial de moléculas de ARN de las diferentes especies de viroides en función de su tamaño, lo que permite detectarlos e identificarlos. Como parte del diagnóstico de viroides se usa también el sistema de doble electroforesis secuencial en geles de poliacrilamida, que consiste en el uso de un primer gel nativo y un segundo gel en condiciones desnaturalizantes.
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Acrónimo del inglés. En español, electroforesis en gel de poliacrilamida.
electroforesis desnaturalizante
Aquella que utiliza agentes desnaturalizantes de proteínas, para hacer que pierdan su estructura tridimensional. Generalmente se utilizan agentes físicos (calor) o químicos como los detergentes (por ejemplo, dodecil sulfato sódico, sodium dodecyl sulfate, sigla SDS), caótropos (por ejemplo, urea) o agentes reductores (2-mercaptoetanol, ditiotreitol-DTT, entre otros) o cambios de pH o fuerza iónica. Para la visualización de las proteínas se utilizan diferentes métodos de tinción, siendo el más habitual el azul de coomassie. En la SDS-PAGE, la separación es función del tamaño (masa molecular), lo que permite determinar el peso molecular de las proteínas. Para ello se compara la movilidad electroforética de la proteína de peso molecular desconocido (problema) con el de proteínas de referencia de peso molecular conocido.