Diccionario

Característica estructural de algunos viroides que poseen una estructura secundaría de minima energía libre, altamente ramificada del ARN genómico. Dentro de los viroides secuenciados, los viroides de la mancha solar del aguacate (Avocado sunblotch viroid-ASBVd), mosaico latente del melocotonero o duraznero (Peach latent mosaic viroid-PLMVd) y moteado clorótico del crisantemo (Chrysanthemum chlorotic mottle viroid, CChMVd), pueden formar estructuras de cabeza de martillo en sus dos cadenas de polaridad. La presencia de determinadas mutaciones compensatorias en diferentes variantes de secuencia del CChMVd es consistente con que este viroide adopta una estructura ramificada in vivo muy similar a la obtenida in silico. Estas ribozimas median la autoescisión de los ARN oligoméricos generados en la replicación a través de un mecanismo de círculo rodante, cuyos otros dos pasos son catalizados por una ARN polimerasa y una ARN ligasa. ASBVd, y presumiblemente PLMVd y CChMVd, se replican y acumulan en el cloroplasto.

Característica de la estructura secundaria de mínima energía, del ARN genómico de algunos viroides, considerados típicos. No todos los viroides adoptan este tipo de conformaciones. La aplicación de programas informáticos para el cálculo de las estructuras secundarias de minima energía libre de los viroides ha permitido la obtención de una serie de conformaciones en forma de varilla o de cuasi-varilla, en las que regiones de apareamiento intramolecular se alternan con pequeños bucles de bases desapareadas. Hay que tener en cuenta que las conformaciones obtenidas con el empleo de esta aproximación in silico no tienen necesariamente que reflejar las que los viroides adoptan in vitro o in vivo. Sin embargo, existen datos experimentales, como microscopía electrónica y repeticiones de secuencia observadas en otros dos miembros de la familia Pospiviroidae, (Citrus exocortis viroid-CEVd y Coconut cadang-cadang viroid-CCCVd), que sugieren que ocurren de tal forma y que preservan sus estructuras secundarias de tipo varilla. Los viroides con estructura secundaria en forma de varilla (viroides típicos), se replican y acumulan en el núcleo.

Constituye la estructura ribozimática más común y sencilla y está implicada en la replicación de algunos viroides.