Diccionario

1. Relación entre personas que ejercen cargos iguales en ámbitos distintos. 2. Cualidad de homólogo. Relación de correspondencia que ofrecen entre sí partes que en diversos organismos tienen el mismo origen, aunque su función pueda ser diferente. 3. Concepto cualitativo que implica una relación evolutiva, de manera que las secuencias, órganos, etc., son homólogos si derivan de un ancestro común, mientras que las diferencias que puedan mostrar entre ellos se deben a eventos de especiación.

Circunstancia en la que las secuencias de dos o más proteínas o ácidos nucleicos guardan similitud debido a que presentan un mismo origen evolutivo (es decir, proceden de un ancestro común). Se han desarrollado aplicaciones bioinformáticas que son capaces de encontrar rápidamente las identidades o diferencias entre distintas secuencias. Los algoritmos de comparación de secuencias generalmente se acompañan de parámetros estadísticos que cuantifican la probabilidad de que la similitud entre secuencias pueda ser o no resultado del azar, de manera que se pueda asegurar con un grado de certeza que dos secuencias son homólogas.

Término genérico que se utiliza para referirse a los efectos del silenciamiento inducido por secuencias homólogas de ADN o ARN, y que se lleva a cabo por modificaciones epigenéticas. Este fenómeno da lugar, por ejemplo, al silenciamiento de repeticiones en tándem, de alelos de un gen, o de un transgén cuando la célula ya posee secuencias homólogas al transgén.

Acrónimo del inglés. En español, herramienta básica de búsqueda de alineación local, un algoritmo utilizado para la comparación de secuencias, como las de nucleótidos de ADN o las de aminoácidos de proteínas, con el fin de encontrar regiones similares entre dos secuencias y deducir relaciones de homología. Generalmente, las búsquedas se realizan utilizando bases de datos públicas que pueden contener millones de secuencias, aunque también es posible realizar búsquedas utilizando bases de datos construidas por el usuario. El programa usa un algoritmo heurístico seguido de una búsqueda por programación dinámica (de Smith-Waterman, modificada), por lo que ofrece una búsqueda muy rápida y encuentra soluciones satisfactorias, aunque no puede garantizar que haya encontrado la solución óptima. Además, el programa calcula diversos parámetros, como bit-score y E-value, que permiten evaluar la probabilidad de que el alineamiento sea fruto del azar teniendo en cuenta la longitud de la secuencia problema y el tamaño de la base de datos. Existen distintos tipos de programas BLAST para el análisis de secuencias de nucleótidos y de aminoácidos; dependiendo del tipo de secuencia problema y de la base de datos utilizada, estos programas son (secuencia problema/base de datos): blastn y megablast, nucleótidos/nucleótidos; blastp, proteínas/proteínas; blastx, nucleótidos traducidos en las seis pautas/proteínas; tblastn, proteína/nucleótidos traducidos en las seis pautas; tblastx, nucleótidos traducidos en las seis pautas/nucleótidos traducidos en las seis pautas. Igualmente, existen algoritmos especializados de blastp, como PSI-BLAST o DELTA-BLAST, que son más rápidos o más sensibles, o que permiten buscar patrones. Generalmente el primer paso en el diseño de iniciadores consiste en el alineamiento de las secuencias de interés mediante el programa Advanced BLAST diseñado para el análisis de nucleótidos, que facilita la selección de regiones conservadas para el diseño de iniciadores y sondas adecuados para detección. La implementación de BLAST más utilizada es la que aloja el National Center for Biotechnology Information (NCBI)

Fragmento de ADN de un virus, procariota o eucariota que puede movilizarse e integrarse en diversos sitios de un genoma con los que no presenta homología. Estos elementos se descubrieron en el maíz. Este proceso de movilización se conoce como transposición, y puede conducir a la escisión del elemento y su inserción en un nuevo sitio o a la copia del elemento, de manera que se retiene una copia del elemento en el sitio original a la vez que se genera una nueva copia durante la transposición. Estos elementos generalmente contienen secuencias repetidas invertidas en sus extremos y codifican para una enzima responsable de su transposición, la transposasa. A menudo, los elementos genéticos móviles se denominan genéricamente como transposones, aunque este término también se utiliza habitualmente para denominar a los transposones compuestos (composite transposons), que son elementos bordeados por dos secuencias de inserción y que incluyen genes adicionales a los necesarios para la transposición.

Denominación común de la enfermedad compleja de la vid, de distribución mundial, asociada a ocho virus descritos del enrollado de la vid (Grapevine leafroll-associated virus-GLRaV), de la familia Closteroviridae y de tres géneros: i) Ampelovirus (GLRaV-1, GLRTaV-3, GLRaV-4, GLRaV-5, GLRaV-6 y GLRaV-9); ii) Closterovirus (GLRTaV-2); y iii) Velarivirus (GLRaV-7). El que fue denominado GLRaV-8, reportado antes de la caracterización del genoma de la vid, fue eliminado debido a que su existencia se basó en secuencias parciales y en serología que compartían un alto grado de homología con el genoma Vitis. Los síntomas de todos los ocho virus asociados son similares y por ejemplo, Grapevine leafroll-associated virus 3 (GLRaV-3), prevalente y considerado el principal responsable de la sintomatología, se manifiesta a partir del verano con cambios en la coloración de las hojas, que toman tintes púrpuras, pero mantienen los nervios verdes (en las variedades tintas) o amarillean (en las variedades blancas), que adquieren una apariencia y textura acartonada y se enrollan hacia el envés según tres ejes. En algunos cultivares, y dependiendo del ecosistema, se aprecia falta de color en las bayas, maduración más tardía e irregular y con menor contenido en azúcar. Las plantas afectadas son ligeramente menores de porte que las sanas. Las vides americanas son asintomáticas. La infección viral provoca disminuciones notables de vigor, fertilidad, peso de la cosecha y, sobre todo, alteraciones en la maduración de las uvas que se retrasa y es irregular por lo que, después del envero, en variedades tintas, se pueden observar uvas con distintas tonalidades. La uva no alcanza los niveles de concentración de azúcar ni de ácidos normales en los mostos de las cepas sanas. La infección causa una reducción importante del rendimiento de las cepas afectadas e influye de forma negativa en la calidad del vino producido. Se transmiten y diseminan principalmente por injerto y multiplicación vegetativa de material infectado y más localmente por vectores de las familias Pseudococcidae (Ps. longispinus, Ps. calceolariae, Ps. viburni, Ps. maritimus), Planococcus (P. ficus y P. citri) y Coccidae (Pulvinaria vitis). Los vectores naturales de Grapevine leafroll-associated virus 4 (GLRaV-4) y de sus sinónimos GLRaV-5 y GLRaV-9, son Phenacoccus aceris y Pseudococcus longispinus. El virus Grapevine leafroll-associated virus 7 (GLRaV-7) está considerado como un virus leve y de rara o escasa distribución geográfica. Los virus asociados al enrollado de la vid están presentes en España.

Modalidad de inmunodifusión en la que una serie de pocillos excavados en un medio gelosado (0,5 a 1,2 % de agar con azida sódica como preservativo) y que contienen distintas muestras o suspensiones de agentes patógenos cuyos antígenos solubles se desean comparar, rodean regularmente a un pocillo central desde el que se dispensan los anticuerpos (antisuero o anticuerpos monoclonales). Los contenidos de los pocillos migran unos hacia otros. Se efectúa en láminas portaobjetos de manera estándar o en placas de Petri cuyo gel se troquela con sacabocados o matrices de tubitos o cuchillas circulares con una configuración geométrica. El agar es extraído por succión al vacío y se dispensan las muestras de antígenos y en el pocillo central los anticuerpos. Se incuba en ambiente húmedo en recipientes o tanques de inmunodifusión apropiados y los anticuerpos difunden hacia los antígenos y viceversa. Cuando se produce la equivalencia precipitan en líneas de precipitado opaco, que una vez desecado el gel pueden teñirse para mejor observación. La unión de líneas de precipitado que se fusionan entre dos pocillos contiguos indica identidad o total homología antigénica entre el contenido de ambos pocillos que comparten los mismos epítopos. La aparición de líneas de precipitado que se cruzan indica no identidad entre el contenido de ambos pocillos ya que no comparten ningún epítopo. Si entre dos pocillos contiguos se produce una línea de precipitado común, pero se genera un espolón (cruce de una única línea), indica identidad parcial entre los epítopos de uno y otro pocillo, indicando que comparten epítopos pero no todos (identidad parcial). La no aparición de línea de precipitado en un pocillo y la aparición de línea de precipitado en el otro, indica ausencia total de identidad (antígenos heterólogos).

Acrónimo del inglés. En español, virus con forma de poliedro transmitido por nematodos o nepovirus, de la familia Secoviridae, género Nepovirus. Virus de genoma dividido (bipartito), formado por dos moléculas de ARN de una cadena, de polaridad positiva que se encapsida en partículas isométricas de 28 nm de diámetro formadas por 60 copias de una única proteína. Como en el caso de los comovirus, el extremo 5´de cada molécula de ARN está unido a una pequeña proteína viral (VPg) y sus extremos 3´ están poliadenilados. El componente 1 (ARN 1 consta de unas 7-8 kb) es capaz de replicarse en células aisladas, pero necesita además la presencia del componente 2 (ARN 2 que varía entre 3,4 y 7,3 kb) para producir una infección en la planta completa. Poseen la capacidad de replicarse y empaquetar moléculas de ARN adicionales que carecen de homología de secuencia significativa con los ARNs genómicos. Se han descrito dos clases de ARNs satélites (grandes de más de 1 kb y pequeños de unos 300 nt) asociados con los nepovirus. Se transmiten por propagación vegetativa y en la naturaleza por especies de nematodos de los géneros Xiphinema y Longidorus. Causan graves enfermedades en numerosos anfitriones o huéspedes cultivados, como en frutales de hueso o carozo, pequeños frutos y vid, hortícolas como cucurbitáceas, tomate, fresa, y cultivos industriales como el tabaco, entre otros donde inducen síntomas de manchas en anillo y moteados. Su miembro tipo es el virus de las manchas anulares del tabaco (Tobacco ringspot virus-TRSV).

Es un complejo sistema de regulación que conduce a la supresión de la expresión génica a través de diversos mecanismos, que incluyen la modificación de nucleosomas, el silenciamiento por transposones o transgenes, la metilación de ADN o mecanismos dependientes de homología de secuencias. Se ha demostrado la ocurrencia de silenciamiento génico en muchos tipos de organismos, incluyendo a las bacterias. En plantas, el silenciamiento génico puede ser transcripcional o postranscripcional.

Mecanismo natural de defensa antiviral que es activado en presencia de ARN de doble cadena (ARNds), dando lugar a la degradación del ARN viral en un proceso dependiente de homología de secuencia entre el ARNds inductor y el ARN diana. Este descubrimiento ha abierto la posibilidad de desarrollar nuevas aproximaciones biotecnológicas para introducir inductores de esta respuesta de defensa en la planta y, de esta manera, interferir con la replicación, multiplicación y diseminación del agente infeccioso viral. Este mecanismo implicado en la regulación de la expresión génica también funciona como defensa antiviral en plantas. Es un sistema de regulación mediado por ARNs pequeños que causan la inhibición o supresión de moléculas de ácidos nucleicos a través de interacciones específicas. Este proceso está altamente conservado en organismos eucariotas, donde está presente en plantas, hongos y animales.

Sistema contráctil, descrito exclusivamente en bacterias gramnegativas, que permite la inyección de toxinas o efectores en células bacterianas competidoras y, en algunos casos, en células eucariotas; la bacteria secretora se protege mediante proteínas de inmunidad específicas. Diversas proteínas de los T6SS muestran estructuras homólogas a proteínas de la maquinaria contráctil de colas de bacteriófagos, aunque no muestran homología de secuencia. El T6SS está implicado principalmente en la competencia interbacteriana y la colonización de nichos. En bacterias fitopatógenas, como Pseudomonas syringae, Xanthomonas citri y diversas cepas de Ralstonia solanacearum, el T6SS contribuye a la adaptación y persistencia en la filosfera y rizosfera, mientras que se ha documentado que permite incrementar la virulencia de diversas cepas de Acidovorax y Pectobacterium spp.

Proceso de eliminación de ARNm portadores de una mutación terminadora o de una mutación del marco de lectura, que derivan en la creación de codones de finalización precoz de la síntesis de una proteína. De no eliminarse estos ARNm, se producirían polipéptidos defectuosos (incompletos) al ser traducidos. Se trata de un fenómeno asociado a la ribointerferencia.

1. Semejanza. 2. Medida cuantitativa del parecido entre dos secuencias proteicas; generalmente se calcula tras su alineamiento y se expresa como el porcentaje de residuos idénticos o similares en posiciones equivalentes de las secuencias. La similitud entre aminoácidos puede basarse en matrices de sustitución (por ejemplo, matrices PAM o BLOSUM), en propiedades fisicoquímicas, o en otros diversos parámetros. Cuando dos secuencias muestran una similitud que es significativamente mayor que la esperable por azar, se puede inferir que son homólogas, es decir, que tienen un origen evolutivo común.