Metabolito de estructura o composición química compleja, que no es un intermediario esencial para el metabolismo central y se genera como producto colateral. No son esenciales para el crecimiento, pero desempeñan una variedad de funciones de protección. Incluyen aceites, grasas, gomas, resinas (que protegen frente a la deshidratación), compuestos tóxicos, pigmentos, venenos, etc. En los microorganismos, la formación de productos secundarios va ligada a un retardo, e incluso a la detención, del crecimiento activo y de la división celular. Comprenden moléculas de diversas familias químicas como fenilpropanoides, alcaloides, terpenos y glucosinolatos, y hay evidencia de que miembros específicos de estas familias tienen, o pueden tener, funciones en la resistencia de plantas a enfermedades. Los compuestos específicos a menudo se limitan a unos pocos organismos, y por lo tanto un papel importante de estas moléculas es proporcionar una ventaja competitiva en interacciones con otros organismos, por ejemplo, como compuestos de defensa antimicrobianos producidos por plantas, o como toxinas microbianas que inhiben la función del huésped o anfitrión (fitotoxinas) o disuaden al crecimiento de otros microorganismos en su nicho. Hay un tipo de metabolito microbiano que incluye varias micotoxinas.
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fitoalexina
Metabolito secundario de naturaleza diversa, principalmente flavonoide, de bajo peso molecular que se sintetiza en las plantas huéspedes o anfitrionas tras una infección microbiana. Su síntesis se puede generar por la acción de factores elicitores o inductores externos (patógenos, agentes químicos o daños mecánicos) o endógenos (situaciones de estrés). Se han identificado principalmente en dicotiledóneas. Generalmente poseen acción antibiótica o son metabolitos fungistáticos producidos en gran cantidad en las plantas superiores en respuesta a estímulos o a la infección por patógenos, y que son capaces de inhibir su crecimiento. Contribuye a la resistencia de las plantas frente a enfermedades, por lo que, junto a las fitoanticipinas, constituyen una posibilidad para generar plantas con mayor resistencia a enfermedades.