Aquel que describe la posición relativa de cada microorganismo dentro de una compleja red de interacciones, como por ejemplo: planta – patógeno – vector – enemigos naturales – microbiota – medioambiente, etc., lo que ayuda a comprender cómo se inician, desarrollan y controlan las enfermedades en un ecosistema agrícola, forestal o natural. El primer nivel trófico lo constituyen las plantas como productores primarios al generar biomasa mediante la fotosíntesis; el segundo nivel lo forman los insectos fitófagos, incluidos los vectores y nematodos, al alimentarse de las plantas; el tercer nivel trófico lo conforman los agentes patógenos, que afectan tanto a las plantas como a los insectos fitófagos, vectores y nematodos en general; y el cuarto nivel y superiores, lo constituyen básicamente los antagonistas microbianos, virus entomopatógenos y fagos, parasitoides y depredadores, etc., que regulan a los organismos de niveles anteriores.
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índice de estructura de nematodos
Aquel que mide la complejidad y estabilidad de la red trófica nematológica en un suelo. Los bacterívoros prosperan con compuestos fácilmente degradables, mientras que los fungívoros predominan cuando la materia es más compleja (hojarasca lignificada, humus, o estiércol).