secuencia viral integrada
Fragmentos o incluso genomas completos de virus que se han integrado permanentemente en el ADN de una especie no viral, como una planta, a lo largo de la evolución. Por lo tanto, se convierten en parte integrante de su propio genoma y consecuentemente se transmiten hereditariamente. Frecuentemente actúan como elementos genéticos móviles (EGM) o transposones, como los pararretrovirus endógenos (endogenous pararetroviruses, EPRVs) que codifican proteínas virales y pueden ser reactivados bajo ciertas condiciones de estrés, o secuencias relacionadas con virus de ARN que se silencian pero que pueden influir en la defensa de la planta, como los fragmentos de virus de mosaico del pepino (Cucumber mosaic virus, CMV) o del tabaco (Tobacco mosaic virus, TMV) que se detectan en el genoma de pepino o tabaco, respectivamente. Actualmente, se estudia su papel en el silenciamiento génico y la inmunidad de la planta. Así, se constata, cómo infecciones virales antiguas, han dejado “huellas, fantasmas o fósiles» genéticos que actualmente son parte constitutiva del ADN vegetal.