Diccionario

Técnica de secuenciación de ADN. Originalmente utilizaba ADN monocatenario, generalmente como resultado de la clonación en vectores derivados del fago M13, y se realizaba con nucleótidos marcados radioactivamente. En la actualidad se lleva a cabo generalmente por PCR y utilizando didesoxinucleótidos marcados con compuestos fluorescentes; cada reacción de secuenciación puede dar lugar a alrededor de 1 kb de lectura.

Tecnología de secuenciación basada en una serie de nuevas plataformas de secuenciación de alto rendimiento o nueva generación capaces de generar paralelamente, y de forma masiva, la secuencia de millones de fragmentos de ADN en un único proceso de secuenciación. Esto eleva significativamente el rendimiento a un menor coste y con ventajas significativas respecto a los sistemas convencionales. Esta tecnología permite la secuenciación de todo el genoma de un microorganismo, o de partes muy representativas del mismo, o de la mayoría de los que están presentes en una muestra vegetal (cultivables y no cultivables, patógenos o saprofitos) y sirve tanto para la detección de microorganismos ya conocidos, como de otros no descritos previamente. Como ejemplo, la tecnología de la plataforma de Oxford Nanopore es portátil y puede secuenciar ADN o ARN aislados de tejidos de plantas conteniendo microorganismos patógenos y saprofitos (bacterias, hongos, oomicetos, virus, viroides o nematodos, o infecciones mixtas de varios patógenos distintos), identificar a los patógenos por las secuencias que se obtienen automáticamente y tras un análisis bioinformático complejo, proporcionar información sobre la identidad de todos los microorganismos presentes. La significativa reducción del coste económico de este tipo de tecnologías hace posible ampliar su uso, incluso por compañías o laboratorios privados, que ofertan estos análisis de muestras. Las técnicas HTS han demostrado ser una herramienta muy valiosa en la identificación de mezclas de genotipos dentro de una sola planta. Con la ayuda de esta tecnología, se facilitará el estudio de las interacciones entre diferentes microorganismos, desvelando nuevos hábitats, mecanismos de patogénesis y de desarrollo de enfermedades. También podrá usarse para el estudio de interacciones planta-patógeno-vector a través de análisis transcriptómicos o para estudios de mecanismos de resistencia, que al final podrían conducir al desarrollo de nuevas herramientas de control.