Diccionario

Aquella que se efectúa de forma automatizada en un secuenciador. La mayoría de los métodos de secuenciación automática utilizados actualmente son modificaciones del método de Sanger. En este método, el ADN que va ser secuenciado funciona como un molde para la síntesis enzimática de un nuevo ADN que comienza en un sitio definido por la unión de un iniciador o cebador. En la reacción se utiliza una mezcla de desoxinucleótidos y didesoxinucleótidos a unas concentraciones que crean una probabilidad finita de que un didesoxinucleótido se incorpore en lugar del correspondiente desoxinucleótido en cada posición de la cadena que está siendo sintetizada. La incorporación de un didesoxinucleótido bloquea la elongación de la cadena y ello da como resultado una población de fragmentos de ADN truncados de diferente longitud. La identidad del nucleótido que termina la cadena en cada posición se puede determinar: i) realizando cuatro reacciones de elongación separadas, cada una de las cuales con un didesoxinucleótido (ddATP, ddCTP, ddTTP o ddGTP), o ii) con una única reacción de elongación combinando los cuatro didesoxinucleótidos distintos marcados cada uno específicamente. La población de moléculas resultante se separa por tamaños mediante electroforesis en un gel de acrilamida y la secuencia se obtiene correlacionando el orden de los fragmentos en la electroforesis con el didesoxinucleótido que termina cada uno de ellos. Numerosos servicios de secuenciación realizan esta de forma comercial. Una característica de la secuenciación automática que la distingue de la secuenciación manual es la utilización para la extensión de las nuevas cadenas de ADN de una polimerasa termoestable Taq.

Aquel que puede ser utilizado para secuenciación automática de ADN, como: i) vector de clonación: ya sea de cadena simple (generalmente del bacteriófago M13) o de doble cadena (los más frecuentemente utilizados), y que pueden ser un vector plasmídico, un fagémido (vectores híbridos, plásmidos de doble cadena que contienen un origen de replicación de un bacteriófago de cadena simple), o cósmidos (que contienen el fragmento cos del fago lambda y son capaces de replicar fragmentos grandes de ADN) o; ii) fragmentos de PCR, ya sean productos de PCR de cadena sencilla, con exceso de un cebador, o productos de PCR de doble cadena, con cantidades idénticas de cada cebador.

Interpretación del cromatograma de secuenciación del ADN de interés con ayuda de un programa informático adecuado y su traducción en la secuencia nucleotídica respectiva. Durante la secuenciación automática de ADN basada en el método de Sanger, en la base del gel de electroforesis, un rayo láser excita los fluorocromos presentes en los fragmentos monocatenarios de ADN a medida que estos últimos van pasando frente a él y unos detectores captan la intensidad de la fluorescencia emitida en cuatro longitudes de onda distintas. El láser y los detectores recorren permanentemente la base del gel durante la electroforesis a fin de construir una imagen del mismo. Seguidamente se efectúa un análisis informático para convertir dicha imagen en una secuencia de nucleótidos, según el Vocabulario inglés-español de bioquímica y biología molecular de María V. Saladrigas (www.medtrad.org/panacea.html).

1. Relación entre lo producido y los medios empleados, tales como mano de obra, materiales, equipo, energía, etc., por tanto, representa el valor de los bienes y servicios producidos en un período de tiempo, dividido por las horas de trabajo utilizadas para producirlos. 2. Capacidad de producción. Número de resultados obtenidos o de procesos realizados, por unidad de tiempo. Con la creciente automatización se ha incrementado notablemente en los laboratorios, con el uso de dispensadores automáticos o pipetas multicanal, o de extractores de Gugerli en patata o papa o preparación de homogeneizados en bolsa por el sistema Tecan, robots que preparan muestras o extraen su ADN o ARN, etc., también con nuevas tecnologías que evitan correr geles (PCR en tiempo real), o la secuenciación automática de ADN, entre otras. 3. Capacidad o grado de producción por unidad de trabajo, superficie de tierra cultivada, equipo industrial, cultivar utilizado, estado sanitario del material vegetal inicial, etc. que hacen que se incremente significativamente la misma. 4. Acicate económico que se refleja en la nómina como recompensa laboral que premia la eficiencia de producción por factor utilizado, que es por unidad de trabajo o capital utilizado.

Técnica utilizada en la secuenciación automática, en la que rondas sucesivas de desnaturalización, hibridación y extensión en un termociclador específico, dan como resultado una amplificación lineal de los productos de extensión. Estos productos se cargan en un gel o se inyectan en un capilar para la obtención de su secuencia de bases. Las ventajas de la secuenciación cíclica, frente a otras opciones básicamente son: i) sencillez de los protocolos; ii) se requiere menos ADN molde que con los métodos de extensión a una única temperatura; iii) las temperaturas altas reducen considerablemente la estructura secundaria en el ADN así como los sitios secundarios de hibridación del iniciador o cebador; iv) no requiere la etapa de desnaturalización química del ADN de doble cadena; y v) se puede emplear el mismo protocolo para secuenciar ADN de cadena simple, de doble cadena o incluso para la secuenciación directa de amplicones (productos de PCR) de interés.

Secuenciación automática de ADN en la que la electroforesis se realiza en un capilar relleno de un soporte polimérico especial y no en un gel plano de poliacrilamida.