Diccionario

ADN constituido por dos cadenas o hebras polinucleotídicas que adoptan una conformación de doble hélice.

ADN bicatenario (ADNbc) artificial obtenido por apareamiento de dos hebras que presentan complementariedad total o parcial de bases.

Enzima que cataliza la formación de enlaces fosfodiéster entre los extremos 3’-OH y 5’-P de fragmentos de ADN. Restablece el enlace fosfodiéster roto (muesca) en una hebra de ADN bicatenario (ADNbc) y a veces, en una hebra de ARN.

Técnica de amplificación molecular isotérmica muy sensible, específica y selectiva, que se basa en la utilización de tres proteínas: una recombinasa, una proteína de unión a ADN monocatenario (proteína SSB, o single-stranded DNA-binding protein) y una ADN polimerasa con actividad de desplazamiento de hebra (strand displacement). La recombinasa forma un complejo nucleoproteico con el cebador en presencia de ATP y de un agente concentrador, como polietilenglicol; este complejo se une a la secuencia de ADN homóloga al cebador y favorece la desnaturalización local del ADN. Las regiones de cadena única se estabilizan mediante unión de la proteína SSB y, al disociarse la recombinasa del ADN, la ADN polimerasa se une al extremo 3’ del cebador e inicia la síntesis de ADN en presencia de dNTPs. La repetición cíclica de este proceso da lugar a una amplificación exponencial del ADN a una temperatura de 37–42 °C, sin requerir ciclos térmicos como la PCR. La técnica es robusta, pues puede amplificar con una preparación mínima de la muestra y permite utilizar extractos crudos, brutos o muy poco procesados. Permite producir una cantidad detectable de ADN amplificado en unos 20 minutos y partiendo de 1–10 copias del ADN diana. Se ha utilizado para amplificar ARN, ARNmi, ADN monocatenario (ssDNA) y ADN bicatenario (dsDNA) de una amplia variedad de organismos y muy distintas muestras. Se utiliza en detección de agentes fitopatógenos, genómica y biotecnología. Esta técnica, para detección del oomiceto Phytophthora pini, se ha combinado con un sistema de detección visual mediante un dispositivo de flujo lateral, lo que permite identificar la presencia del patógeno de forma sencilla. Combinado con CRISPR-Cas12a, conocida por su capacidad de edición genética y detección de secuencias específicas de ADN, permite la detección precisa, con alta sensibilidad, de secuencias diana.

Descenso de la absorbancia de la luz ultravioleta a 260 nm, asociado con la unión de nucleótidos libres formando un ácido nucleico monocatenario, o un ADN bicatenario.

Enzima del fago lambda, muy procesiva, que elimina nucleótidos del extremo 5’ del ADN. El sustrato preferido es ADN bicatenario fosforilado en 5’, aunque también degrada ADN monocatenario y sustratos no fosforilados. Se emplea en laboratorio para eliminar nucleótidos de extremos 5´ de moléculas de ADN bicatenario, normalmente con la finalidad de ofrecer un mejor sustrato a la transferasa terminal.

Bacteriófago muy estudiado y conocido, frecuentemente utilizado como vector de clonación. Consta de un ADN bicatenario lineal de 48,5 kb que, una vez introducido en el interior de una bacteria, puede desencadenar un ciclo lítico o un ciclo lisogénico. Durante el ciclo lítico utiliza el aparato biosintético bacteriano para producir más viriones mediante la replicación del ADN y la síntesis de las proteínas del fago. El genoma se replica fundamentalmente mediante círculo rodante, generando una molécula lineal de ADN (concatémero) compuesta de genomas del virus repetidos en tándem, que se cortan y se empaquetan individualmente, dando lugar al ensamblaje de los viriones en el citoplasma de la bacteria; finalmente, la célula es lisada, liberando los viriones al medio. Durante el ciclo lisogénico el ADN en vez de multiplicarse y lisar la célula se integra en el cromosoma bacteriano donde permanece como profago, replicándose con el genoma del huésped sin producir la lisis celular. A los fagos que siguen un ciclo lisogénico se les denomina fagos moderados o atemperados. El ADN del fago λ tiene unos 46 genes, que codifican proteínas no esenciales para la multiplicación del mismo que pueden reemplazarse por el fragmento de ADN que se desea clonar. El ADN dispone en ambos extremos de unas 12 bases complementarias entre sí, que posibilitan la circularización del fago antes de su integración en el genoma del huésped. Estos extremos complementarios reciben el nombre de extremos cos (por cohesivos, pues al ser complementarios se pegan o hibridan), y constituyen la secuencia reconocida en el concatémero para el empaquetamiento de un genoma completo.

Hebra de un ADN bicatenario, complementario a la hebra codificadora, pero que no se utiliza como fuente de información para la síntesis de moléculas proteicas.

Enzima que cataliza la separación de las dos cadenas de ADN bicatenario (helicasa de ADN), o bien la separación de las dos cadenas en un ARN bicatenario o en un ARN monocatenario con apareamientos intracatenarios (helicasa de ARN).

Categoría taxonómica más alta utilizada para clasificar virus y viroides. Se encuentra por encima del subimperio (subrealm), reino (kingdom), subreino (subkingdom), filo (phylum), subfilo (subphylum), clase (class), orden (order), etc. hasta especie (species) y agrupa virus que comparten características fundamentales en su estructura, replicación y material genético. Según el CITV- ICTV, este taxón permite organizar la diversidad de los virus en grandes categorías evolutivas, facilitando su estudio y comprensión. Actualmente, en la taxonomía viral, se reconocen 7 imperios o reinos superiores: i) Adnaviria: comprende virus de ADN bicatenario en el que el ADN está en forma A en vez de la más común forma B; ii) Duplodnaviria: virus de ADN bicatenario, que codifican una proteína de la cápsida de un tipo especial denominada “HK97 MCP” (HK97-fold major capsid protein); iii) Monodnaviria: virus de ADN monocatenario que se replican por círculo rodante y codifican una endonucleasa de iniciación de la replicación de la superfamilia HUH; iv) Riboviria: virus con genomas de ARN y ADN retrotranscritos; v) Ribozyviria: que incluye a los viroides; vi) Singelaviria: virus con genoma de ADN que codifican una proteína de la cápsida con un único dominio tipo “jelly-roll” y vii) Varidnaviria: virus de ADN bicatenario que codifican una proteína de la cápsida con uno o dos dominios tipo “jelly-roll” orientados verticalmente.

Endonucleasa que degrada ácidos nucleicos monohebra (ADN o ARN), dando lugar a mono- u oligonucleótidos con un extremo 5’-fosfato, o separa cortos fragmentos monocatenarios del ADN. No ataca, sin embargo, ninguna estructura de doble cadena a no ser que la enzima se encuentre en concentraciones muy altas. Este tipo de nucleasa se encuentra en procariotas y eucariotas, pero las disponibles comercialmente proceden de hongos. Se utilizó en técnicas de mapeo con nucleasas, en la generación de deleciones secuenciales con ExoIII y en manipulación génica para protocolos que requieren la eliminación de regiones monocatenarias, como convertir los extremos cohesivos de un ADN bicatenario en extremos romos o para recortar los extremos monocatenarios que quedan tras la conversión del ADNc monohebra en la forma de doble hebra. Se utiliza también para cortar el ADN bicatenario por secuencias ricas en pares A-T tras una desnaturalización térmica parcial.

Variante de PCR que permite realizar una amplificación de las regiones flanqueantes de un fragmento de ADN del que solo se conoce parte de su secuencia interna. El ADN genómico que contiene la secuencia nucleotídica flanqueada (en inglés, core region) se digiere por completo con una enzima de restricción que lo escinde en una serie de fragmentos dejando intacta dicha secuencia y las lindantes. Originalmente estos fragmentos no podían exceder de dos o tres kilobases de extensión. Los fragmentos lineales se circularizan (transforman en círculos) con una ADN-ligasa en condiciones que favorecen la formación de círculos monoméricos (compuestos de un solo fragmento y no de varios fragmentos concatenados) y se amplifican con dos iniciadores que son complementarios de sendos extremos de la secuencia conocida, pero cuyos extremos 3’ apuntan hacia fuera de la región comprendida por ambos, a la inversa de lo que sucede en la PCR simple normal, de modo que lo que se amplifica son las secuencias flanqueantes (y no la flanqueada). El producto de esta reacción en cadena será, pues, una molécula lineal de ADN bicatenario constituida por ambas secuencias flanqueantes dispuestas una a continuación de la otra, según el Vocabulario inglés-español de María V. Saladrigas, de página electrónica: www.medtrad.org/panacea.html.

ADN viral integrado en el genoma de una célula huésped, anfitriona, o de un ex huésped. Al ser integrados en los cromosomas del huésped o anfitrión pueden pasar de una generación a otra. En virus de ARN, es una copia del virus en ADN bicatenario e insertada en el genoma.