Diccionario

Enzima que cataliza la formación de ARN por transcripción del ADN. La síntesis tiene lugar desde el extremo 5´al 3´.

1. Proteína con función reguladora que aumenta la frecuencia de transcripción de un gen. Generalmente se trata de un factor de transcripción que reconoce y se une a una secuencia nucleotídica breve cerca del promotor del gen que regula, al promotor mismo, o a un potenciador de la transcripción. En los organismos procariotas un activador posee dos dominios separados característicos, el primero es un dominio de unión a una región específica del ADN situada generalmente cerca del promotor del gen y el segundo es un dominio de interacción con la ARN polimerasa. 2. Compuesto que aumenta la velocidad de la reacción enzimática, distinto de un catalizador o de su sustrato.

Moléculas de ARN que se generan a partir de precursores de ARN de cadena sencilla o ARNss con estructura en forma de horquilla, que se transcriben por la ARN polimerasa II (Pol II).

Aquel ARN de una sola cadena que mediante un enzima codificado por el ARN complementario al genoma viral (ARN polimerasa dependiente de ARN), presente en el virión, transcribe el ARN genómico a ARN mensajero. Lo tienen los virus de plantas de las familias Rhabdoviridae y Ophioviridae.

Enzima con actividad ARN polimerasa, que sintetiza fragmentos cortos de ARN (5-10 nt) complementarios de la cadena de ADN molde, para permitir la síntesis de ADN en la cadena retrasada durante la replicación. Es una enzima propia de los virus de ARN que cataliza la replicación del ARN a partir de una plantilla de ARN. Específicamente, cataliza la síntesis de la hebra de ARN complementaria a una plantilla de ARN determinada.

Característica estructural de algunos viroides que poseen una estructura secundaría de minima energía libre, altamente ramificada del ARN genómico. Dentro de los viroides secuenciados, los viroides de la mancha solar del aguacate (Avocado sunblotch viroid-ASBVd), mosaico latente del melocotonero o duraznero (Peach latent mosaic viroid-PLMVd) y moteado clorótico del crisantemo (Chrysanthemum chlorotic mottle viroid, CChMVd), pueden formar estructuras de cabeza de martillo en sus dos cadenas de polaridad. La presencia de determinadas mutaciones compensatorias en diferentes variantes de secuencia del CChMVd es consistente con que este viroide adopta una estructura ramificada in vivo muy similar a la obtenida in silico. Estas ribozimas median la autoescisión de los ARN oligoméricos generados en la replicación a través de un mecanismo de círculo rodante, cuyos otros dos pasos son catalizados por una ARN polimerasa y una ARN ligasa. ASBVd, y presumiblemente PLMVd y CChMVd, se replican y acumulan en el cloroplasto.

Aquel que normalmente se transcribe en ARN y, en el caso de los genes codificantes, se traduce en proteínas, es decir, que se expresa en todo momento y en todas las células del organismo debido a que sus productos desempeñan funciones indispensables para la supervivencia celular. En el caso de los genes codificantes, se traduce en una enzima que está siempre presente, independientemente de las condiciones ambientales o de las necesidades. Se expresa por la interacción de la ARN polimerasa con el promotor sin ninguna otra interacción. Los genes de ARN ribosómico o los que codifican las enzimas del ciclo de Krebs son ejemplos de genes constitutivos.

Sistema de replicación de viroides. A causa de su incapacidad para codificar proteínas propias, los viroides deben activar alguna ARN polimerasa celular preexistente que catalice la amplificación de sus cadenas, en contraste con los virus, que codifican en sus genomas componentes de la enzima que los replica. La naturaleza circular de los ARN viroidales y la presencia en tejidos infectados de cadenas de longitud mayor que la unitaria, sugirió que su replicación transcurre por un mecanismo de círculo rodante en el que la molécula circular (+) (se asigna arbitrariamente esta polaridad a la especie infecciosa más abundante) sirve de molde para que, sobre ella, se sinteticen por transcripción reiterativa cadenas oligoméricas de polaridad complementaria (-). Estos ARNs oligoméricos (-) sirven a su vez de molde para la síntesis de oligómeros (+), que a continuación son cortados en segmentos de longitud unitaria por una ARNasa y finalmente circularizados por una ARN ligasa, generando así la misma especie molecular que inició el ciclo. Un mecanismo similar de círculo rodante se utiliza durante la replicación de diversos virus, como el fago lambda, y algunos plásmidos, y durante la transposición de diversos elementos transponibles.

Acrónimo del inglés. En español, amplificación basada en secuencias de ácidos nucleicos. Método de amplificación isotérmica, que permite la amplificación exponencial de una determinada muestra de ADN o ARN, aunque está especialmente diseñada para la amplificación de ARN. Está basada en la actividad simultánea de tres enzimas para obtener una amplificación exponencial del ARN: transcriptasa reversa del virus de la mieloblastosis aviar (AMV), RNasa H y ARN polimerasa del bacteriófago T7. Las ventajas frente a los métodos basados en PCR o RT-PCR son su mayor rapidez, no requerir termociclador (ya que todo el proceso tiene lugar a 41 oC en un proceso isotérmico), alcanzar niveles de sensibilidad analítica similares a los de la PCR o RT-PCR en tiempo real y que los amplicones (ADNc) no suponen un riesgo de contaminación.

Partícula viral generada por una mutación en una porción crítica del genoma, por lo que el virus pierde este material debido a una replicación defectuosa o a una recombinación no homóloga. Son pequeñas secuencias derivadas del propio genoma del virus, pero no contienen información genética, solo poseen los elementos estructurales necesarios para ser replicadas por la maquinaria del virus y luego ser empaquetadas en las cápsidas o cubiertas proteicas que lo envuelven. Constituyen un fenómeno natural que sucede tanto en los virus de ADN como en los de ARN y que se puede recrear en condiciones experimentales de laboratorio y también se puede sintetizar para uso experimental. Se producen espontáneamente por replicación viral propensa a errores, especialmente en los virus de ARN debido a la enzima utilizada (replicasa o ARN polimerasa dependiente de ARN). Estas partículas defectivas interfieren cuando afectan la función del virus original a través de la inhibición competitiva: los virus defectuosos y no defectuosos se replican simultáneamente y compiten, lo que implica que el aumento de las partículas defectuosas disminuye la cantidad del virus con actividad patógena. Al ser de secuencia menor que el propio genoma del virus original, replican y se acumulan mucho más rápido que el propio virus, consumiendo todos los recursos que este necesita para su replicación, produciendo su extinción. En determinados casos, las partículas defectivas interferentes refuerzan la patogenicidad de un virus, porque al atenuar la replicación infecciosa de un virus agresivo, tienen la facultad de preservar al huésped, y en consecuencia resguardar también la infección viral.

Enzima capaz de transcribir o replicar ácidos nucleicos. Resulta crucial en la división celular (ADN polimerasa) y en la transcripción del ADN (ARN polimerasa). Catalizan la duplicación del ADN o ARN a partir de una plantilla o molde. En la técnica de PCR, se emplean ADN polimerasas termoestables, como la Taq ADN polimerasa, que resisten altas temperaturas y permiten la amplificación in vitro del ADN.

1. Secuencia de ADN que promueve o fomenta la transcripción de un gen para generar ARNm y está implicada en la unión de la ARN polimerasa (transcriptasa) para iniciar la transcripción. 2. Secuencia de ADN de un operón que suele estar situada antes de la parte transcrita.

1. Maquinaria de replicación de ácidos nucleicos. En el caso de la replicación de ADN, está formada por un complejo tripartito que comprende la(s) polimerasa(s) de ADN, la abrazadera deslizante (sliding-clamp) y el cargador de la abrazadera (sliding clamp loader). 2. Algunos autores utilizan este término como sinónimo de ADN polimerasa y, especialmente, de ARN polimerasa; así, podría definirse como enzima polimerasa que cataliza la replicación de macromoléculas como el ADN y ARN. En esta acepción, el término no debe confundirse con el de proteína iniciadora de la replicación (como DnaA o RepA en procariotas, o el complejo proteico ORC en eucariotas), que son proteínas que identifican el origen de replicación y median el ensamblaje de la maquinaria de replicación. 3. Polimerasa de ARN dependiente de ARN, utilizada para la replicación del genoma de virus de ARN. En algunos virus, la replicación del ARN genómico y la síntesis de ARNm se llevan a cabo por la misma enzima, la replicasa; sin embargo, otros virus utilizan una enzima distinta para la síntesis de ARN, la transcriptasa. Por la ambigüedad del término, algunos autores desaconsejan la utilización del nombre replicasa para la designación de las polimerasas de ARN dependientes de ARN.

Proteína sintetizada por un gen regulador, que se une a un operador e impide que la ARN polimerasa se fije al promotor y transcriba los genes del operón. Es por tanto una proteína que se une al operador en un operón impidiendo la síntesis de ARNm y, por consiguiente, la síntesis de proteína.

Secuencia de bases presente en los promotores del ADN de procariotas, a la que se une la ARN polimerasa. Suele estar localizada entre los nucleótidos seis a doce en dirección 5’ del inicio de transcripción, por lo que a menudo se la conoce como secuencia -10, y tiene la secuencia consenso 5’-TATAAT-3’. Comprende parte de la secuencia de unión de la ARN polimerasa, que se completa con la secuencia -35, centrada alrededor de 35 nt 5’ del inicio de transcripción; en consecuencia, a los promotores que incorporan la secuencia de Pribnow se les conoce también como -10 -35.

Secuencia rica en T (timina) y A (adenina), con consenso 5’-TAT(A/T)A(A/T)-3’, centrada a 25-30 nt 5’ del inicio de transcripción de numerosos genes de eucariotas y arqueas. Posee la capacidad de unirse a la ARN polimerasa y actuar como región promotora.

1. Secuencia de ADN que se presenta al final del transcrito y que hace que la ARN polimerasa finalice la transcripción. 2. Extremo final del operón que se caracteriza por el salto de una región rica en pares de bases G-C, a otra rica en pares de bases A-T.

Conjunto de genes que determinan ARN o proteínas con una relación funcional. Segmento de ADN entre los lugares de inicio y terminación de la transcripción por la ARN polimerasa.

Enzima responsable de transcribir la información codificada en el ADN a ARN.