Diccionario

Lugar del laboratorio donde se mantienen almacenadas, registradas y debidamente identificadas muestras de ARN, en condiciones de seguridad y habitualmente congeladas a -80 oC, resuspendidas en etanol o desecadas, en ambiente seco y oscuro.

ARN de cadena simple que se pliega en la típica estructura de hoja de trébol. Traduce el lenguaje de nucleótidos al de aminoácidos, al permitir que el ribosoma transfiera el aminoácido unido a él a la proteína que sintetiza. Se encuentra disuelto en el citoplasma.

Molécula de dos piezas que se une a la enzima endonucleasa Cas9 y permite identificar una secuencia de ADN complementaria. Compuesto por CRISPR RNA (ARNcr) y CRISPR RNA transactivador (ARNtracr). Cas9 usa la porción de ARNtracr de la guía como asa, mientras que la secuencia espaciadora de ARNcr dirige el complejo a una secuencia de ADN coincidente.

Grupo heterogéneo de ARNs de naturaleza muy variada, entre los que cabe destacar: i) los ARNsi de acción trans o ARNtasi (trans-acting siRNA, tasiRNA); ii) los ARNsi asociados a transcritos naturales antisentido o ARNnatsi (natural antisense siRNA, natsiRNA); y iii) los ARNsi asociados a repeticiones del genoma o ARNrasi (repeat-associated siRNA, rasiRNA). Son moléculas de ARN bicatenario perfectamente complementarias, de 20-21 nucleótidos con dos nucleótidos desemparejados en cada extremo 3´, con capacidad y efecto de interferir anulando la expresión de un gen concreto. Pueden ser introducidos de forma exógena en las células utilizando métodos de transfección basándose en la secuencia complementaria de un gen en particular, con finalidad de reducir significativamente su expresión. Las infecciones virales en plantas están asociadas con la acumulación de ARN pequeño interferente (ARNsi) virales que pueden, a su vez, actuar silenciando el propio genoma viral. Por esta razón, los virus son tanto inductores como dianas del silenciamiento por ARN. Mientras que en virus de ADN los ARNsiv podrían provenir de ARN bicatenarios (ARNds) generados durante la transcripción bidireccional de sus genomas, en virus de ARN los ARNsiv podrían generarse a partir de ARNds sintetizados durante el proceso de replicación viral.

De forma genérica, se continúa aún empleando el término para referirse a todos los procariotas, si bien se distinguen dos Dominios claramente diferenciados: Bacteria, las bacterias propiamente dichas, y Archaea. Ambos Dominios, aunque comparten muchas características, se diferencian por una serie de características generales (entre otras, composición de la membrana citoplasmática, de la pared o de los ARNt). Entre los procariotas patógenos de plantas, que pertenecen todos al dominio Bacteria, se han considerado tradicionalmente dos grupos, los que poseen pared celular y los que carecen de la misma (Mollicutes). Las bacterias son organismos unicelulares, con diámetro medio de 1 µm y longitud generalmente de 0,1 a 10 µm. Carecen de membrana nuclear y se multiplican por bipartición o escisión. Se clasifican por su forma en cocos, bacilos, vibrios y espirilos, entre otras. Las bacterias fitopatógenas producen enfermedades en plantas, habitan los espacios intercelulares de los órganos vegetales (apoplasto), floema o xilema y pueden sobrevivir también, dependiendo de la especie, en suelo o sustrato y agua (algunas de ellas en forma viable no cultivable in vitro), en insectos vectores donde se pueden multiplicar en las glándulas salivales o en la hemolinfa y en muchos otros hábitats. Cuando se define una nueva familia, género, especie o subespecie procariótica, no es reconocida oficialmente hasta su publicación en las listas periódicas del International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (IJSEM) tras su validación por el International Committee on Systematics of Prokaryotes (ICSP), mientras tanto aparece entre comillas, y su publicación en IJSM debe incluir una descripción detallada de las características y rangos diferenciales de la nueva especie, el nombre propuesto y el deposito en dos colecciones de cultivos microbianos. Si la nueva especie se publica en una revista distinta, la validación y aceptación formal debe solicitarse y aparecer como nombre aprobado en la lista que periódicamente se publica en el IJSEM, y que es elaborada por el ICSP, responsable de supervisar la taxonomía de bacterias y arqueas.

Conjunto de signos formado por una serie de líneas y números asociados a ellas, que se pone sobre los productos de consumo o sobre los viales de colecciones de microorganismos, serotecas, ADN/ARNtecas, entre otros, y que se utiliza para la gestión informática de las existencias.

Intermediario obligatorio en la síntesis de proteínas, compuesto por una subunidad ribosómica pequeña, ARNm, ARNt iniciador y las proteínas IF1, IF2 e IF3.

Persona encargada de revisar las secuencias de nucleótidos o de aminoácidos que están anotadas en una base de datos, de eliminar los errores de anotación y de completar la información sobre cada una de esas secuencias añadiendo los datos que sean necesarios. También se aplica a la persona encargada de depurar y revisar una página electrónica, colección de microorganismos, seroteca, ADN/ARNteca, etc., y corregir los errores.

La que ocurre en el anticodón de ARNt y cambia su capacidad de reconocimiento de un codón a otro, sin variar la especificidad del aminoácido que transporta.

Las que están localizadas en un gen distinto del gen en el que se produjo la mutación primaria (tal sería el caso si, por ejemplo, ocurriera una mutación en el anticodón del ARNt correspondiente a un codón mutado del ARNm, de modo que ahora el ARNt es capaz de leer ese codón e insertar un aminoácido de función equivalente en la proteína que confiere el fenotipo).

Utilización preferencial de ciertos codones sinónimos. Este fenómeno, que ocurre en todos los tipos de organismos, resulta en un patrón de utilización de determinados codones para la codificación de aminoácidos en el ARNm, que es característico de cada organismo. Esto suele dar lugar a la traducción ineficiente de un ARNm en un sistema celular heterólogo, como el de un ARNm de un gen de mamífero en células de Escherichia coli, debido a que el ARNm contiene codones sinónimos cuyos ARNt son poco abundantes en el sistema celular en que se ha de traducir. Los codones sinónimos no se usan con igual frecuencia en todas las especies; por ejemplo, de entre los cuatro codones que codifican prolina, el codón CCA se utiliza solo un 4,1 % de las veces en el genoma de la bacteria Ralstonia solanacearum, pero un 17,2 % de las veces en el genoma de la bacteria Erwinia amylovora. El patrón de utilización de codones es crítico para determinar la expresión génica y las funciones celulares, al influir en diversos procesos como el procesamiento de ARN, y la traducción y plegamiento de proteínas.

Los procariotas son microorganismos unicelulares, y su característica más significativa es que su material genético (generalmente una única molécula circular de ADN) no está rodeado por una membrana (aunque el grupo Planctomycetes/Verrucomicrobia/Chlamydiae, constituye una rara excepción) y, a diferencia de las células eucarióticas, las de los procariotas carecen de verdadero núcleo. Otras diferencias fundamentales son: i) la ausencia de orgánulos (mitocondrias, cloroplastos u otro tipo de orgánulos delimitados por membranas); ii) las enzimas implicadas en el metabolismo energético están distribuidas por el citoplasma; iii) la ausencia de esteroles en la membrana celular; y iv) los ribosomas (70S) son más pequeños que los de eucariotas (80S). De forma genérica, se sigue empleando el término bacteria para referirse a todos los procariotas, si bien se distinguen dos dominios claramente diferenciados: Bacteria, las bacterias propiamente dichas, y Archaea, que, aunque comparten muchas características, se diferencian en la composición de la membrana citoplásmica, de la pared o de los ARNt. Entre los procariotas patógenos de plantas, que son todos del dominio Bacteria, tradicionalmente se han considerado dos grupos, los que poseen pared celular y los que carecen de la misma que se denominaban micoplasmas y ahora se engloban en la clase Mollicutes del filo Mycoplasmatota (previamente Tenericutes). Actualmente el término procariota se considera obsoleto y está en desuso, ya que es engañoso al agrupar a organismos que presentan profundas diferencias estructurales, funcionales y evolutivas. Los principales argumentos en contra del uso de este término son: i) se trata de una denominación negativa —define a los organismos por ausencia de núcleo—, sin fundamento filogenético, que agrupa a bacterias y arqueas únicamente por no pertenecer a los eucariotas; ii) bacterias y arqueas no forman un grupo monofilético, y las arqueas están filogenéticamente más próximas a los eucariotas que a las bacterias; iii) existen diferencias sustanciales entre bacterias y arqueas en aspectos como la composición de la membrana, los mecanismos de transcripción y traducción, la arquitectura del genoma y la maquinaria de replicación, mostrando las arqueas mayores similitudes con los eucariotas; y iv) el término no refleja adecuadamente la evolución celular, ya que no representa una separación natural entre estos dos grupos y los eucariotas —es decir, el árbol de la vida se divide en tres dominios, no en procariotas y eucariotas—. Por ello, se recomienda referirse a los organismos celulares utilizando la clasificación en los tres dominios de la vida —Archaea, Bacteria y Eukarya—, que refleja de forma más precisa sus relaciones evolutivas.

Producto formado por la traducción de un ARN mensajero cuando uno de sus codones de terminación se lee mal o es reconocido por un ARN transferente (ARNt) supresor. En algunos virus, como en los miembros del género Luteovirus se encuentra codificada en su genoma y juega un papel importante en su transmisión circulativa por pulgones. El ARN 3 del Potato mop-top virus (PMTV), familia Virgaviridae, género Pomovirus, agente causal de la enfermedad mop-top de la patata o papa, codifica la proteína de cubierta o cápsida (CP) de 20 kDa y una proteína de lectura abierta más grande de 67 kDa, que se expresa mediante la supresión del codón de parada ámbar que termina el gen de la proteína de cubierta. PMTV es transmitido por el plasmodiofórido Spongospora subterranea f. sp. subterranea.

Registro metódico de informaciones sobre una o diversas materias. Se aplica a genotecas, genes de anticuerpos, ARNtecas, ADNtecas, etc.

Síntesis de ARN mensajeros a partir de una hebra de ADN catalizada por la ARN-polimerasa con el auxilio de proteínas especificas (factores de transcripción). Comprende tres fases denominadas: iniciación, elongación y terminación. En los organismos eucariotas existen tres tipos de transcripción según la ARN-polimerasa que la lleva a cabo: i) la transcripción de ARNr catalizada por la ARN-polimerasa I; ii) la transcripción de ARNm catalizada por la ARN-polimerasa II; y iii) la transcripción de ARNt y otros ARN pequeños catalizada por la ARN-polimerasa III. En los procariotas existe solo un tipo de transcripción y de ARN-polimerasa, según Claros et al. (2004). Vocabulario inglés-español de bioquímica y biología molecular (5ª entrega). En virus supone la síntesis de ARN mensajero, como son los ARN subgenómicos que expresan muchos de ellos.