Diccionario

Acrónimo del inglés. En español, herramienta básica de búsqueda de alineación local, un algoritmo utilizado para la comparación de secuencias, como las de nucleótidos de ADN o las de aminoácidos de proteínas, con el fin de encontrar regiones similares entre dos secuencias y deducir relaciones de homología. Generalmente, las búsquedas se realizan utilizando bases de datos públicas que pueden contener millones de secuencias, aunque también es posible realizar búsquedas utilizando bases de datos construidas por el usuario. El programa usa un algoritmo heurístico seguido de una búsqueda por programación dinámica (de Smith-Waterman, modificada), por lo que ofrece una búsqueda muy rápida y encuentra soluciones satisfactorias, aunque no puede garantizar que haya encontrado la solución óptima. Además, el programa calcula diversos parámetros, como bit-score y E-value, que permiten evaluar la probabilidad de que el alineamiento sea fruto del azar teniendo en cuenta la longitud de la secuencia problema y el tamaño de la base de datos. Existen distintos tipos de programas BLAST para el análisis de secuencias de nucleótidos y de aminoácidos; dependiendo del tipo de secuencia problema y de la base de datos utilizada, estos programas son (secuencia problema/base de datos): blastn y megablast, nucleótidos/nucleótidos; blastp, proteínas/proteínas; blastx, nucleótidos traducidos en las seis pautas/proteínas; tblastn, proteína/nucleótidos traducidos en las seis pautas; tblastx, nucleótidos traducidos en las seis pautas/nucleótidos traducidos en las seis pautas. Igualmente, existen algoritmos especializados de blastp, como PSI-BLAST o DELTA-BLAST, que son más rápidos o más sensibles, o que permiten buscar patrones. Generalmente el primer paso en el diseño de iniciadores consiste en el alineamiento de las secuencias de interés mediante el programa Advanced BLAST diseñado para el análisis de nucleótidos, que facilita la selección de regiones conservadas para el diseño de iniciadores y sondas adecuados para detección. La implementación de BLAST más utilizada es la que aloja el National Center for Biotechnology Information (NCBI)

Término que se aplica a uno de los dos que suelen considerarse como tipos básicos de conidiogénesis, caracterizado por el marcado ensanchamiento del primordio conidial antes de que este sea delimitado por un septo, de forma que la conidia se diferencia a partir de una porción de la célula conidiógena.

Se aplica a la formación de conidias en cadena por una gemación apical. La conidia más alejada será la más joven de la serie de conidias.

Relativo a cuántas veces la célula conidiógena ha dado lugar a nuevas conidias y en qué lugares, indicados por la formación de anillos o cicatrices.

Formación de conidias por gemación, característica de las levaduras, que también pueden reproducirse por bipartición o fisión binaria.

Formación de conidias en cadena por una sucesión rápida desde el extremo abierto de las células conidiógenas denominadas fiálidas.

Formación de conidias en la punta de la hifa, de manera que la hifa se infla debajo de la primera conidia para producir una segunda y así se genera una cadena que se alarga, a la vez que la hifa conidiógena se acorta.

Aquella en la que cada nuevo apéndice formado se convierte en un nuevo blastoconidia y, por tanto, el crecimiento se presenta de forma apical.

Aquella en la que los conidias se forman a la vez, la célula más hinchada corresponderá a la célula conidiógena original.

Sigla del inglés. Denominación común de un popular programa informático de alineamiento de tipo local de secuencias de ácidos nucleicos, ya sean de ADN o ARN. Es una de las variaciones del conjunto de programas BLAST, enfocada a la búsqueda y alineamiento de secuencias de nucleótidos. El programa megablast es una versión de BLASTn, que es mucho más rápida y permite la búsqueda en bases de datos muy grandes.

Esporas que se originan de una parte de una célula somática, una hifa, un conidióforo u otra espora, y se desarrollan antes de la formación del septo que los separan de la célula de origen.

Dicho de una espora, semilla o estructura biológica incapaz de germinar o desarrollarse, generalmente como consecuencia de un daño fisiológico, químico o patológico.

El futuro ectodermo antes de la aparición de las capas germinales.

Tipo de conidiogénesis blástica en la que únicamente la parte más interna de la pared de la célula conidiógena contribuye a la formación de la pared de la conidia, en contraposición a la conidiogénesis holobástica.

Tipo de conidiogénesis blástica en el que todas las capas de la pared de la célula conidiógena intervienen en la formación de la pared de la conidia.

Célula que se diferencia de las restantes de un tejido compuesto homogéneo, por su forma, tamaño o estructura.

Tipo de conidiogénesis blástica (generalmente holoblástica), en la que la célula conidiógena produce conidias en un solo punto.

Tipo de conidiogénesis blástica, generalmente holoblástica, en el que la célula conidiógena produce conidios en varios puntos. Se aplica también a este tipo de célula conidiógena.

Nematodo que posee tres capas germinales: ectodermo, mesodermo y endodermo.

1. Pequeño recipiente de vidrio o de cristal, de cuello largo y estrecho, y de cuerpo ancho y redondo en la parte inferior. En ocasiones es cerrado herméticamente, incluso al vacío, y contiene por lo común una dosis de líquido o un liófilo. 2. Se aplica en hongos al extremo hinchado de un conidióforo que produce conidias blásticas o que da lugar a células conidiógenas. 3. (white rust, blister). Enfermedad con característica fructificación pustular y ampollas blancas en el envés de las hojas, causada por especies de hongos del género Albugo, especialmente por A. candida en crucíferas.

Célula conidiógena que produce conidias blásticas, de una manera basípeta, y se alarga ligeramente durante la producción de estas dando lugar a una serie de cicatrices anulares o anelaciones.

Acrónimo del inglés que en español podría traducirse como “promedio de identidad de nucleótidos”. ANI, expresado como un porcentaje, es una medida de la identidad nucleotídica de las secuencias codificantes de dos genomas. Generalmente se calcula como el promedio de la identidad nucleotídica entre secuencias codificantes homólogas, identificadas como aquellas que presentan un porcentaje de identidad superior a un determinado umbral —generalmente mayor del 30 %— sobre una región alineada de al menos el 70 % de su longitud; estos alineamientos se llevan a cabo mediante una única comparación de un genoma con el otro o mediante comparaciones recíprocas. Existen varios métodos para el cálculo de ANI, que se basan en la utilización de distintos programas de comparación de secuencias: i) ANIb, que utiliza Blast para la comparación de fragmentos de 1000 a 1020 nt; ii) ANIm, que utiliza la herramienta NUCmer del programa MUMmer; y iii) OrthoANIu, que utiliza el programa USEARCH. Los diferentes métodos arrojan valores de ANI similares, que suelen variar en el entorno del 1-2 %. Se utiliza fundamentalmente para la asignación taxonómica de bacterias y arqueas, de manera que se consideran de la misma especie aquellos genomas que muestran valores de ANI superiores al 95-96 %.

Denominación común de la enfermedad causada por la bacteria Pseudomonas syringae pv. syringae que genera dos tipos de síntomas muy distintos, dependiendo de que la infección tenga lugar en las ramas, brotes y hojas, o en los frutos. Los desecamientos y necrosis de ramas, brotes y hojas, principalmente de naranjo y mandarino, se conocen en la literatura inglesa como citrus blast y en castellano se denomina quemado de los brotes de los cítricos En los frutos del limonero, aparecen manchas oscuras por lo que se denomina a la enfermedad como mancha deprimida del limón (black pit). En general, en otras citriculturas distintas de la española los ataques sobre fruto son especialmente importantes en limonero, aunque ocasionalmente se observan también en naranjo y mandarino. Aparecen manchas de color pardo oscuro de 0,5 a 1 cm de diámetro que inicialmente afectan a la epidermis y luego aumentan su tamaño, se vuelven más o menos deprimidas y afectan al albedo y al flavedo. Frecuentemente, estas manchas son posteriormente invadidas por patógenos secundarios. La bacteria es epifita en cítricos y aumenta sus poblaciones cuando las condiciones son frías y húmedas. Presente en España, pero los ataques no suelen ser graves, aunque en algunas zonas frescas de Valencia y Andalucía, cuando la primavera es muy húmeda, los desecamientos de ramas y brotes pueden ser importantes.

Conjunto de herramientas de alto rendimiento para la asignación de términos de ontología génica a genes o proteínas mediante análisis de similitud de secuencias. Basado en el motor de alineamiento de secuencias de proteínas y ADN DIAMOND, cuya velocidad es de dos a cuatro órdenes de magnitud mayor que la de BLAST, D2GO posibilita la anotación funcional rápida y eficiente de conjuntos de datos a gran escala; por ejemplo, sus desarrolladores documentan la asignación de dos millones de términos GO a cerca de 130.000 proteínas en menos de 13 min en un ordenador portátil estándar. El procedimiento consiste en la transferencia de términos de ontología génica desde secuencias previamente anotadas en la base de datos no redundante del NCBI hacia las secuencias en análisis. Permite la identificación rápida de agentes patógenos y genes asociados a enfermedades de vegetales directamente en campo o laboratorio, incluso con recursos informáticos limitados. Se usa frecuentemente en Fitopatología para el análisis comparativo de secuencias obtenidas por secuenciación genómica o metagenómica. Este programa es de código abierto y uso gratuito.

Se aplica generalmente a la célula conidiógena enteroblástica alargada o en forma de botella que desarrolla una abertura (monofiálida) o varias (polifíalida), a través de las cuales produce una sucesión basípeta de conidias (fialoconidias), sin que tenga lugar un incremento de su longitud. La pared de la fiálida suele extenderse en el ápice formando un collarín.

Tipo de conidiogénesis enteroblástica en el que la célula conidiógena (fiálida) a partir de un punto conidiógeno fijo, da lugar a una sucesión basípeta de conidias que pueden formar agregados o cadenas verdaderas o falsas.

Ciencia que estudia comparativamente la estructura y función de los genomas, para entender mejor cómo han evolucionado las especies y también para determinar la función de los genes y de las regiones no codificantes de los genomas. Los genomas se comparan en diferentes aspectos como son: similitud en las secuencias de bases, localización de genes, tamaño y número de regiones codificantes (exones) en los genes, cantidad de ADN no codificante en cada genoma, y regiones altamente conservadas. Algunas herramientas de análisis de similitud entre secuencias están disponibles a través de internet. Una de las más utilizadas es BLAST.

Aquella que recoge las puntuaciones otorgadas a las sustituciones durante el alineamiento de secuencias. Las matrices de sustitución se utilizan usualmente en el contexto de alineamientos de secuencias de aminoácidos o ADN, donde la similitud entre secuencias depende del tiempo desde su divergencia y de los ritmos de sustitución según se presentan en la matriz. Son más usuales en los alineamientos de secuencias de aminoácidos (proteínas), que en los de nucleótidos (ADN). Generalmente asignan una puntuación positiva para coincidencia en el emparejamiento, una nula o negativa para la no coincidencia, y una puntuación negativa para los huecos (o gaps). Estas matrices se utilizan como parámetros de los algoritmos de alineamiento, en los que cumplen la misión de asignar una determinada puntuación a cada emparejamiento entre los aminoácidos de la secuencia a alinear, contribuyendo así a la puntuación global del alineamiento. Se han construido muchos tipos de matrices de sustitución, aunque las más utilizadas para proteínas, son las matrices: PAM (PAM1 a PAM250) y las BLOSUM, siendo BLOSUM62 la matriz por defecto en el programa blastp.

Esporangio diploide de pared gruesa de ciertos hongos Blastocladiales que producen meiosporas flageladas haploides uninucleadas.

Esporangio diploide de pared fina de ciertos hongos blastocladiales que produce zoosporas diploides uninucleares (mitosporas).

Acrónimo del inglés. En español, amplificación basada en secuencias de ácidos nucleicos. Método de amplificación isotérmica, que permite la amplificación exponencial de una determinada muestra de ADN o ARN, aunque está especialmente diseñada para la amplificación de ARN. Está basada en la actividad simultánea de tres enzimas para obtener una amplificación exponencial del ARN: transcriptasa reversa del virus de la mieloblastosis aviar (AMV), RNasa H y ARN polimerasa del bacteriófago T7. Las ventajas frente a los métodos basados en PCR o RT-PCR son su mayor rapidez, no requerir termociclador (ya que todo el proceso tiene lugar a 41 oC en un proceso isotérmico), alcanzar niveles de sensibilidad analítica similares a los de la PCR o RT-PCR en tiempo real y que los amplicones (ADNc) no suponen un riesgo de contaminación.

Sigla del inglés. En español, Centro Nacional para la Información Biotecnológica de EE. UU. Es parte de la United States Library of Medicine, que es una rama de los National Institutes of Health (NIH) del Gobierno de EE. UU., y alberga una serie de bases de datos relevantes para la biotecnología y la biomedicina. Constituye una importante fuente de herramientas biotecnológicas y de servicios entre los que destacan el GenBank, PubMed y BLAST.

El formado por la evaginación o alargamiento de una célula de la rizodermis (tricoblasto). Se forma en la denominada zona pilífera de la raíz y está implicado en la absorción de nutrientes.

1. Eje principal alargado de una inflorescencia de gramíneas o de cereal (cabeza) o una extensión del peciolo de una hoja compuesta que lleva la hoja. 2. En los hongos es una extensión geniculada o en zigzag, holoblástica, portadora de esporas de una célula conidiógena resultante del desarrollo simpodial. 3. En los nematodos, se trata de una hebra central de tejido no nucleado, a la que se unen los ovocitos en el ovario.

Epidermis de la raíz. Tejido de corta vida, que en las raíces en crecimiento secundario es sustituida en sus funciones por la peridermis. Alguna célula de la rizodermis (tricoblastos) forman una prolongación en superficie (pelos radicales), según definición del Diccionario de Ciencias Hortícolas de la SECH.

Tipo básico de conidiogénesis, en el que una célula de una hifa, semejante a las restantes hifas vegetativas, se transforma en conidia (taloconidia), y en el que por otra parte, cuando existe ensanchamiento de la conidia, éste tiene lugar después de su delimitación por uno o varios septos. Se contrapone al proceso blástico en el que una pequeña porción de una célula da lugar a una yema que crece formando la conidia. Se ha distinguido entre conidiogénesis holotálica y enterotálica en función de que, respectivamente, todas o solo las capas más internas de la pared de la hifa participen en la formación de la pared de la conidia.

1. Hongo de pequeño tamaño que vive parásito en el trigo y otros cereales, cuyo micelio invade preferentemente los ovarios de estas plantas y forma esporangios en los que se producen millones de esporas de color negruzco. 2. Denominación común de muchas enfermedades de plantas que se caracteriza por la destrucción general y rápida de hojas, flores o tallos. Es causado por hongos de la clase Exobasidiomycetes del orden Tilletiales, patógenos de variados cultivos, especialmente de la mayoría de los cereales. 3. (blotch, blight, blast, bunt). Denominación común de síntoma de enfermedad de las plantas que suponga aspecto seco, ennegrecido o quemado.

Relativo a la célula conidiógena.

Proceso de formación de las conidias.