Diccionario

Acrónimo del inglés. En español, matriz de substitución de bloques de aminoácidos. Matriz que se utiliza para el alineamiento de secuencias de proteínas. Se usa comúnmente para puntuar alineamientos entre secuencias de proteínas evolutivamente divergentes.

Aquella que recoge las puntuaciones otorgadas a las sustituciones durante el alineamiento de secuencias. Las matrices de sustitución se utilizan usualmente en el contexto de alineamientos de secuencias de aminoácidos o ADN, donde la similitud entre secuencias depende del tiempo desde su divergencia y de los ritmos de sustitución según se presentan en la matriz. Son más usuales en los alineamientos de secuencias de aminoácidos (proteínas), que en los de nucleótidos (ADN). Generalmente asignan una puntuación positiva para coincidencia en el emparejamiento, una nula o negativa para la no coincidencia, y una puntuación negativa para los huecos (o gaps). Estas matrices se utilizan como parámetros de los algoritmos de alineamiento, en los que cumplen la misión de asignar una determinada puntuación a cada emparejamiento entre los aminoácidos de la secuencia a alinear, contribuyendo así a la puntuación global del alineamiento. Se han construido muchos tipos de matrices de sustitución, aunque las más utilizadas para proteínas, son las matrices: PAM (PAM1 a PAM250) y las BLOSUM, siendo BLOSUM62 la matriz por defecto en el programa blastp.

1. Semejanza. 2. Medida cuantitativa del parecido entre dos secuencias proteicas; generalmente se calcula tras su alineamiento y se expresa como el porcentaje de residuos idénticos o similares en posiciones equivalentes de las secuencias. La similitud entre aminoácidos puede basarse en matrices de sustitución (por ejemplo, matrices PAM o BLOSUM), en propiedades fisicoquímicas, o en otros diversos parámetros. Cuando dos secuencias muestran una similitud que es significativamente mayor que la esperable por azar, se puede inferir que son homólogas, es decir, que tienen un origen evolutivo común.