Diccionario

Sigla del inglés. Amplificación isotérmica mediada por bucle o asa, que utiliza una única temperatura para amplificar ácidos nucleicos y, por tanto, no requiere el uso de termocicladores ya que se puede realizar en baño termostático y la amplificación puede observarse visualmente mediante colorimetría, fluorescencia, etc. Está basada en el uso de una ADN polimerasa con actividad de desplazamiento de hebra y cuatro cebadores específicos. El método se ha adaptado a la amplificación de ARN (RT-LAMP). Su utilización se está incrementando en el diagnóstico de muestras que requieren sencillez y rapidez, bajo coste económico y la posibilidad de su uso in situ en campo, mediante equipos portátiles. Sin embargo, en muchos casos no se suele conseguir el mismo nivel de sensibilidad analítica que con PCR o RT-PCR en tiempo real.

Tipo de cistidio con paredes gruesas, que puede ser setas, sétulas, setiformes, metuloides o microesclereidas.

Denominación común de enfermedad fúngica.

Amplificación molecular de ácidos nucleicos que se realiza a temperatura constante, no precisando de un termociclador como en la PCR convencional, ya que permite la amplificación sin la necesidad de ciclos repetidos de desnaturalización e hibridación a diferentes temperaturas. Las diferentes técnicas de amplificación isotérmica se han popularizado para detectar un amplio espectro de dianas o blancos que incluyen no solo ADN y ARN, sino también proteínas, células, pequeñas moléculas e iones. Se utiliza como principio de funcionamiento en biosensores y en variados métodos de detección, diagnóstico e identificación. La amplificación de desplazamiento de cadena (SDA), la de círculo rodante (RCA), la mediada por bucle o asa (LAMP) y NASBA son algunos ejemplos de técnicas de amplificación de ADN o ARN (RT-LAMP) que utilizan como principio la amplificación isotérmica. Aunque estas técnicas se basan principalmente en la replicación del ADN, la mayoría de estos métodos amplifican ácidos nucleicos utilizando cebadores diseñados con estrategias diferentes a las empleadas en la PCR. Además, pueden alcanzar una amplificación exponencial utilizando únicamente una ADN polimerasa (como el caso de LAMP) aunque algunas otras requieren enzimas o proteínas adicionales. Su desarrollo al margen de los circuitos comerciales interesados en explotar reactivos de PCR y sus termocicladores automáticos asociados, ha limitado su aplicación a pesar de su interés.

Embudo metálico en cuyo extremo superior hay una fuente luminosa y en su parte terminal un frasco colector de especímenes. Existen de varios tamaños. La distancia de la lámpara de luz a la muestra de suelo u hojarasca debe ser de 15 cm. Se utilizan para la captura de artrópodos de la fauna del suelo o captura de vectores de hábito edáfico.

Técnica que permite el aumento exponencial in vitro del número de copias de un fragmento de ADN o de ARN particular. Las más empleadas actualmente en Fitopatología son las de amplificación de ADN por PCR convencional o en tiempo real o las isotérmicas como LAMP. Las técnicas de amplificación de ARN logran amplificar suficiente cantidad de ARNm que se suele emplear para realizar experimentos en microchips.

Instrumento analítico, que se compone de una fuente luminosa, una rejilla de difracción, un contenedor para muestras y un sistema de detección, que se utiliza para registrar espectros de absorción o medir variaciones de absorbancia a una longitud de onda fija. La fuente luminosa es una lámpara que genera radiación en la región de 200-360 nm (ultravioleta) o 360-760 nm (visible), que es difractada de forma que solo un estrecho haz de 1 o 2 mm de ancho, incida y pase a través de la muestra.

Instrumento que permite la extracción automatizada de ADN o ARN de varias muestras basado en una amplia gama de kits para la extracción y el aislamiento específico de ácidos nucleicos. Frecuentemente estos aparatos se basan en la adsorción del ácido nucleico en partículas magnéticas o paramagnéticas y sistemas de pipeteado ajustable de alta precisión. Utilizan cartuchos de reactivos sellados. Suelen estar provistos de lámpara de rayos ultravioleta para la descontaminación de la cámara de muestras.

La producida en microorganismos por la radiación ultravioleta, que genera dímeros de tipo ciclobutano, generalmente dímeros de timina, entre bases pirimidínicas adyacentes. Esta luz puede generarse con una lámpara de vapor de mercurio de baja presión. Sus efectos pueden eliminarse por fotorreactivación, mediante la activación de la enzima ADN fotoliasa por exposición a luz azul o a la luz visible.

1. Número de veces que está un gen concreto en el genoma de un organismo. 2. Número de moléculas de un plásmido que contiene una célula. 3. Número de veces que se ha amplificado exponencialmente un fragmento de ADN de interés (amplicón) mediante reacción en cadena de la polimerasa (PCR) o amplificación isoterma (LAMP).

Denominación común de aquellas pruebas que suponen una amplificación molecular basada en la reacción en cadena de la polimerasa de ácidos nucleicos o isotérmica. Como PCR o RT-PCR simple y sus variantes, PCR en tiempo real y sus variantes, LAMP, NASBA y sus variantes.

Aquella cuya longitud de onda es menor que la de la luz visible pero mayor que la de los rayos X, es decir, varía entre los 400 y 100 nm (límite inferior del espectro visible). La fuente más habitual de radiación ultravioleta es el sol, aunque también se puede conseguir artificialmente mediante lámparas UV. La radiación ultravioleta se divide en tres rangos: UVA, UVB y UVC. Todos ellos están considerados como probables cancerígenos para el hombre. Las UVA son radiaciones de longitud de onda larga comprendida entre los 315 y 400 nm. Apenas retenidos por la atmósfera, al menos el 90 % de las radiaciones que llegan a la superficie terrestre son de ese tipo. Se subdivide en UVA-I (340-400 nm) y UVA-II (315-340 nm). Las UVB son radiaciones de longitud de onda media comprendida entre los 280 y los 315 nm. Representan como máximo un 10 % de las radiaciones que llegan a la superficie terrestre. Las UVC son radiaciones de longitud de onda corta comprendida entre los 100 y los 280 nm y son absorbidas en su totalidad por la capa de ozono. La radiación UVC, de longitud de onda 254 nm, es la más letal o de máxima acción germicida, pues es la absorbida más intensamente por los ácidos nucleicos, puede ser una alternativa a los fungicidas químicos ante podredumbres poscosecha. Al penetrar en los tejidos vegetales e inducir cambios metabólicos y anatómicos puede incrementar su resistencia a patógenos, como ocurre en fresa o frutilla frente al hongo Botrytis cinerea.

1. Maquinaria de replicación de ácidos nucleicos. En el caso de la replicación de ADN, está formada por un complejo tripartito que comprende la(s) polimerasa(s) de ADN, la abrazadera deslizante (sliding-clamp) y el cargador de la abrazadera (sliding clamp loader). 2. Algunos autores utilizan este término como sinónimo de ADN polimerasa y, especialmente, de ARN polimerasa; así, podría definirse como enzima polimerasa que cataliza la replicación de macromoléculas como el ADN y ARN. En esta acepción, el término no debe confundirse con el de proteína iniciadora de la replicación (como DnaA o RepA en procariotas, o el complejo proteico ORC en eucariotas), que son proteínas que identifican el origen de replicación y median el ensamblaje de la maquinaria de replicación. 3. Polimerasa de ARN dependiente de ARN, utilizada para la replicación del genoma de virus de ARN. En algunos virus, la replicación del ARN genómico y la síntesis de ARNm se llevan a cabo por la misma enzima, la replicasa; sin embargo, otros virus utilizan una enzima distinta para la síntesis de ARN, la transcriptasa. Por la ambigüedad del término, algunos autores desaconsejan la utilización del nombre replicasa para la designación de las polimerasas de ARN dependientes de ARN.

Denominación común de varias enfermedades que hace referencia al aspecto herrumbroso de los tejidos afectados, debido a las masas de esporas (pústulas), de color generalmente amarillento o marrón-anaranjado, que se forman superficialmente. Los hongos causantes de las royas se clasifican dentro de los basidiomicetos en el subphyllum Pucciniomycotina, donde destacan los géneros Gymnosporangium, Puccinia y Uromyces. Estos patógenos son biotrofos obligados y tienen ciclos biológicos más complejos que el resto de los hongos, llegando a formar hasta cinco tipos distintos de esporas (royas macrocíclicas), dos de ellas haploides (basidiosporas y espermacias) y tres dicarióticas (eciosporas, urediosporas y teliosporas). Estas esporas se producen en otros tantos cuerpos fructíferos formados en un mismo huésped (roya autoica) o en dos diferentes (roya heteroica). Todas las esporas infectivas (basidiosporas, eciosporas y urediosporas) son dispersadas con facilidad por el viento, lo que favorece el progreso temporal y espacial de las epifitias o epidemias de royas. Son muy comunes, habiéndose descrito en la mayoría de las plantas. En general, son específicas de huésped, aunque algunas especies son patógenas de varias especies de plantas; también se han descrito varias especies de royas en un mismo huésped, como ocurre en el trigo, donde tres especies Puccinia graminis f. sp. tritici, (roya negra), P. striiformis (roya amarilla) y P. triticina (sin. P. recondita, roya parda o de la hoja) causan dichas enfermedades. Otras especies de Puccinia son importantes en plantas herbáceas, como cereales, ajo o espárrago. Uromyces causa graves infecciones en leguminosas, clavel y remolacha. Entre las royas que infectan a especies leñosas destacan los géneros Gymnosporangium en rosáceas y enebros, Tranzschelia en frutales, Phragmidium en rosal y Melampsora en chopos y pinos.

Denominación común de la enfermedad producida en pinos por el hongo Melampsora populnea (sin. M. pinitorqua). Es una roya macrocíclica y heteroica, que desarrolla uredios y telios en chopos y los espermogonios y ecios en pinos. El patógeno afecta al crecimiento de los brotes de los pinos que adoptan forma de ese, fácilmente perceptibles.

Denominación común de la enfermedad foliar que se suele producir en los primeros años de vida del árbol y está provocada por distintas especies del género Melampsora. En diversos países se citan problemas debidos a la acción de M. laricis-populina (sin. M. larici-populina), M. allii-populina, M. medusae, M. occidentalis y su híbrido natural Melampsora x columbiana, siendo los tres primeros importantes en España. Es una roya macrocíclica y heteroica, con huésped o anfitrión alternativo en alerce (Larix spp.) y ajo silvestre (Allium spp.) donde se producen los ecios. El hongo infecta las hojas y suele aparecer a finales del verano, genera manchas anaranjadas que tiñen el envés de las hojas (uredios) y se transforma en puntos marrones que se vuelven de color negro en las hojas caídas en otoño. Provoca principalmente la caída precoz de las hojas de los árboles infectados. El desarrollo y gravedad de la enfermedad depende de la especie y raza del hongo y del clon del chopo. Los clones Beaupré, Unal y Raspalje se consideran muy sensibles a Melampsora laricis-populina.

Denominación común de la enfermedad producida por Melampsora lini. Es autoica y macrocíclica. Importante en la historia de la Fitopatología, pues en ella desarrolló H. H. Flor, en 1956, la teoría, aún vigente, de la interacción “gen a gen” en el patosistema lino/roya, con genes R de resistencia en la planta y Avr de avirulencia en el patógeno.

Denominación común de la enfermedad producida por Melampsora ricini (sin. M. euphorbiae) en ricino (Ricinus communis) y Euphorbia lagascae. Roya autoica y macrocíclica. Los ecios y los picnidios se desconocen. Forma uredios en grupos, de color anaranjado y de pequeño tamaño, sobre los que se forman las urediosporas que son ovoides o elipsoidales, y paredes de color anaranjado. Los telios son subepidérmicos y aparecen en puntos de 1-2 mm de color marrón claro, a menudo con un halo clorótico en el envés de la hoja. Las teliosporas son unicelulares, prismáticas y redondeadas, y están recubiertas por la epidermis del huésped o anfitrión, que se abre cuando estas están maduras. La infección causa defoliación y marchitamiento prematuro.