Diccionario

Sigla del inglés. En español, Centro Nacional para la Información Biotecnológica de EE. UU. Es parte de la United States Library of Medicine, que es una rama de los National Institutes of Health (NIH) del Gobierno de EE. UU., y alberga una serie de bases de datos relevantes para la biotecnología y la biomedicina. Constituye una importante fuente de herramientas biotecnológicas y de servicios entre los que destacan el GenBank, PubMed y BLAST.

Acrónimo del inglés. En español, herramienta básica de búsqueda de alineación local, un algoritmo utilizado para la comparación de secuencias, como las de nucleótidos de ADN o las de aminoácidos de proteínas, con el fin de encontrar regiones similares entre dos secuencias y deducir relaciones de homología. Generalmente, las búsquedas se realizan utilizando bases de datos públicas que pueden contener millones de secuencias, aunque también es posible realizar búsquedas utilizando bases de datos construidas por el usuario. El programa usa un algoritmo heurístico seguido de una búsqueda por programación dinámica (de Smith-Waterman, modificada), por lo que ofrece una búsqueda muy rápida y encuentra soluciones satisfactorias, aunque no puede garantizar que haya encontrado la solución óptima. Además, el programa calcula diversos parámetros, como bit-score y E-value, que permiten evaluar la probabilidad de que el alineamiento sea fruto del azar teniendo en cuenta la longitud de la secuencia problema y el tamaño de la base de datos. Existen distintos tipos de programas BLAST para el análisis de secuencias de nucleótidos y de aminoácidos; dependiendo del tipo de secuencia problema y de la base de datos utilizada, estos programas son (secuencia problema/base de datos): blastn y megablast, nucleótidos/nucleótidos; blastp, proteínas/proteínas; blastx, nucleótidos traducidos en las seis pautas/proteínas; tblastn, proteína/nucleótidos traducidos en las seis pautas; tblastx, nucleótidos traducidos en las seis pautas/nucleótidos traducidos en las seis pautas. Igualmente, existen algoritmos especializados de blastp, como PSI-BLAST o DELTA-BLAST, que son más rápidos o más sensibles, o que permiten buscar patrones. Generalmente el primer paso en el diseño de iniciadores consiste en el alineamiento de las secuencias de interés mediante el programa Advanced BLAST diseñado para el análisis de nucleótidos, que facilita la selección de regiones conservadas para el diseño de iniciadores y sondas adecuados para detección. La implementación de BLAST más utilizada es la que aloja el National Center for Biotechnology Information (NCBI)

Conjunto de herramientas de alto rendimiento para la asignación de términos de ontología génica a genes o proteínas mediante análisis de similitud de secuencias. Basado en el motor de alineamiento de secuencias de proteínas y ADN DIAMOND, cuya velocidad es de dos a cuatro órdenes de magnitud mayor que la de BLAST, D2GO posibilita la anotación funcional rápida y eficiente de conjuntos de datos a gran escala; por ejemplo, sus desarrolladores documentan la asignación de dos millones de términos GO a cerca de 130.000 proteínas en menos de 13 min en un ordenador portátil estándar. El procedimiento consiste en la transferencia de términos de ontología génica desde secuencias previamente anotadas en la base de datos no redundante del NCBI hacia las secuencias en análisis. Permite la identificación rápida de agentes patógenos y genes asociados a enfermedades de vegetales directamente en campo o laboratorio, incluso con recursos informáticos limitados. Se usa frecuentemente en Fitopatología para el análisis comparativo de secuencias obtenidas por secuenciación genómica o metagenómica. Este programa es de código abierto y uso gratuito.

Subsecuencia corta de una secuencia de ADNc, que resulta de una única reacción de secuenciación terminal de un ADNc clonado. Los EST son fragmentos cortos, debido a las limitaciones de las técnicas de secuenciación utilizadas, y suelen contener bastantes errores, aunque han sido instrumentales para el descubrimiento de genes expresados en eucariotas. En el NCBI (National Center for Biotechnology Information o Centro Nacional para la Información Biotecnológica) existe una base de datos exclusiva para ESTs, aunque su utilidad es cada vez menor debido a la proliferación de estudios de secuenciación masiva de transcritos.

Acrónimo del inglés. Base de datos pública y gratuita que contiene una extensa colección de secuencias de nucleótidos obtenidas a partir de más de 300.000 especies. Además de la secuencia, incluye información bibliográfica, anotaciones funcionales y, si se trata de una secuencia codificante, su traducción conceptual a proteína. Cada registro contiene una secuencia ininterrumpida de una molécula de polinucleótido (ADN genómico, ARN genómico, ARN precursor, ARNm (ADNc), ARN ribosómico, ARN de transferencia, ARN pequeño nuclear o ARN pequeño citoplasmático). De su gestión y distribución se encarga el NCBI (National Center for Biotechnology Information) en los Estados Unidos de América, con el ENA (European Nucleotide Archive) y el DDBJ (DNA Data Bank of Japan). Estas instituciones forman el consorcio INSDC (International Nucleotide Sequence Database Collaboration) que diariamente actualizan sus contenidos para que todas ellas dispongan de la misma información simultáneamente.

Acrónimo del inglés. Identificador asignado por el NCBI, que consta de una serie de números y que se asigna consecutivamente a cada registro de secuencia de ácido nucleico o proteína en el NCBI, de manera que es único para cada versión de una secuencia. Aunque el NCBI sigue asignando este identificador, actualmente se fomenta la utilización preferente del número de acceso acompañado de la versión del registro (por ejemplo, FR820587.2).

Acrónimo del inglés. En español, identificador de información genética. Es aquel asignado con carácter único por el NCBI a cada versión de cada registro de secuencia. A partir de 2016, el NCBI dejó de asignar este identificador a los nuevos registros y ya no se incluye en los formatos GenBank, GenPept o Fasta. Sin embargo, el gi se retiene en las secuencias que lo tenían asignado y sigue siendo aceptado como input en los servicios del NCBI que previamente lo aceptaban.

Sigla del inglés. En español, consorcio de colaboración internacional entre las organizaciones DDBJ, EMBL-EBI y NCBI, que intercambian diariamente diversas bases de datos de secuencias de nucleótidos, de acceso gratuito y sin restricciones.

Base de datos producida por la National Library of Medicine de EE. UU. y que contiene referencias y resúmenes de artículos de varios miles de revistas biomédicas, incluida la Fitopatología, indizadas por MEDLINE, publicadas en más de 70 países. (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov). PubMed cubre fundamentalmente literatura en biomedicina y salud, pero también ciencias de la vida, ciencias del comportamiento, química y bioingeniería. Permite acceso al glosario o tesauro MESH (Medical Subject Headings, en español encabezamientos de temas médicos), así como a textos completos de artículos de revistas, y de libros electrónicos. Se estructura en tres bases de datos independientes: i) Medline, para artículos de revistas seleccionadas, así como las indizadas por MESH; ii) PubMed Central, que es un repositorio de artículos, con acceso público al texto completo; y iii) Bookshelf, que es un repositorio de libros y otros documentos relacionados con la salud y ciencias biomédicas y de la vida, con acceso público al texto completo. Es probablemente uno de los buscadores más utilizado en Fitopatología, junto a WoS, Scopus o Google Scholar, entre otros. Contiene información desde 1966 y las referencias de OLDMEDLINE desde 1953.

Acrónimo del inglés. Base de datos de secuencias de referencia de acceso abierto, anotada y seleccionada que contiene secuencias de nucleótidos disponibles públicamente, así como de sus productos proteicos y que se introdujo en 2000. Está construida por el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) y, a diferencia de GenBank, proporciona un registro único para cada molécula biológica (ADN, ARN o proteína) para los principales organismos, desde virus hasta procariotas y eucariotas, y también incluye secuencias artificiales, como vectores. Esta base de datos se deriva en su mayoría de registros del INSDC, pero solo es accesible desde el NCBI.

Sigla del inglés. En español, Banco de Datos de ADN de Japón.

Acrónimo del inglés. En español, Archivo europeo de nucleótidos. Repositorio gestionado desde el Reino Unido, que proporciona acceso gratuito y sin restricciones a secuencias de ADN y ARN anotadas. Los datos son proporcionados por el Instituto Europeo de Bioinformática del Laboratorio Europeo de Biología Molecular (EMBL-EBI). También almacena información complementaria, como procedimientos experimentales, detalles del ensamblaje de secuencias y otros metadatos relacionados con proyectos de secuencia.

En bioinformática, es un identificador único asignado a un registro en una base de datos de secuencias biológicas. El registro puede contener distintos tipos de información, como una secuencia (ADN, ARN o proteína) y anotaciones sobre la misma, una estructura proteica o un conjunto de datos biológicos, como datos de transcriptómica. La estructura de los números de acceso es muy variable y es característica del tipo de registro y de la base de datos que lo asigna. Por ejemplo, el número de acceso de una secuencia de nucleótidos en GenBank/EMBL/DDBJ consta de una letra y cinco números (por ejemplo, X97398) o de dos letras y seis números (como, AF172350), mientras que el número de acceso de una estructura en el Protein Data Bank (PDB) consta de un dígito y tres letras u otra mezcla de letras y números (por ejemplo, 1OJ6, 3RGK). Si se introducen cambios en la secuencia o en las anotaciones del registro, lo que sí cambia es la versión de la secuencia, que se indica después del número de acceso, del que va separada por un punto (como, por ejemplo, FR820587.1). Si se producen cambios en el registro FRE820587.1, el nuevo registro tendrá un identificador FR820587.2. En cualquier caso, las bases de datos retornan siempre la última versión cuando se busca el número de acceso sin el número de versión.

1. Tablero horizontal, descubierto y elevado sobre el suelo, donde se colocan personas o instrumentos a altura suficiente para examinar las copas de los árboles durante prospecciones fitosanitarias y tomar muestras normalmente inaccesibles. 2. Entorno informático determinado, que utiliza sistemas compatibles entre sí, como las bases de datos y aplicaciones. También aquellas utilizadas para unificar las videoconferencias en la nube, un sistema de telefonía en la nube, mensajería, reuniones en línea simples, que constituyen una solución de sala de conferencias definida por software.