Diccionario

Forma de representar y comparar dos o más secuencias o cadenas de ADN, ARN, o estructuras primarias proteicas para resaltar sus zonas de similitud, que podrían indicar o sugerir relaciones funcionales o evolutivas entre los ácidos nucleicos o proteínas consultados. Las secuencias alineadas se escriben con letras, que representan aminoácidos o nucleótidos, en filas de una matriz en las que, si es necesario, se insertan espacios para que las zonas con idéntica o similar estructura se alineen de forma paralela en la misma posición. Las secuencias alineadas suelen estar identificadas por un número situado a la izquierda que es el de acceso al GenBank, o a cualquier otra base de datos.

Sigla del inglés. Denominación común de un popular programa informático de alineamiento de tipo local de secuencias de ácidos nucleicos, ya sean de ADN o ARN. Es una de las variaciones del conjunto de programas BLAST, enfocada a la búsqueda y alineamiento de secuencias de nucleótidos. El programa megablast es una versión de BLASTn, que es mucho más rápida y permite la búsqueda en bases de datos muy grandes.

Acrónimo del inglés. En español, matriz de substitución de bloques de aminoácidos. Matriz que se utiliza para el alineamiento de secuencias de proteínas. Se usa comúnmente para puntuar alineamientos entre secuencias de proteínas evolutivamente divergentes.

Conjunto de herramientas de alto rendimiento para la asignación de términos de ontología génica a genes o proteínas mediante análisis de similitud de secuencias. Basado en el motor de alineamiento de secuencias de proteínas y ADN DIAMOND, cuya velocidad es de dos a cuatro órdenes de magnitud mayor que la de BLAST, D2GO posibilita la anotación funcional rápida y eficiente de conjuntos de datos a gran escala; por ejemplo, sus desarrolladores documentan la asignación de dos millones de términos GO a cerca de 130.000 proteínas en menos de 13 min en un ordenador portátil estándar. El procedimiento consiste en la transferencia de términos de ontología génica desde secuencias previamente anotadas en la base de datos no redundante del NCBI hacia las secuencias en análisis. Permite la identificación rápida de agentes patógenos y genes asociados a enfermedades de vegetales directamente en campo o laboratorio, incluso con recursos informáticos limitados. Se usa frecuentemente en Fitopatología para el análisis comparativo de secuencias obtenidas por secuenciación genómica o metagenómica. Este programa es de código abierto y uso gratuito.

1. Línea o formación de personas, plantas, muestras u otras cosas. 2. Línea formada por letras o signos colocados unos al lado de otros, como las de una matriz de alineamiento de secuencias.

Aquella que recoge las puntuaciones otorgadas a las sustituciones durante el alineamiento de secuencias. Las matrices de sustitución se utilizan usualmente en el contexto de alineamientos de secuencias de aminoácidos o ADN, donde la similitud entre secuencias depende del tiempo desde su divergencia y de los ritmos de sustitución según se presentan en la matriz. Son más usuales en los alineamientos de secuencias de aminoácidos (proteínas), que en los de nucleótidos (ADN). Generalmente asignan una puntuación positiva para coincidencia en el emparejamiento, una nula o negativa para la no coincidencia, y una puntuación negativa para los huecos (o gaps). Estas matrices se utilizan como parámetros de los algoritmos de alineamiento, en los que cumplen la misión de asignar una determinada puntuación a cada emparejamiento entre los aminoácidos de la secuencia a alinear, contribuyendo así a la puntuación global del alineamiento. Se han construido muchos tipos de matrices de sustitución, aunque las más utilizadas para proteínas, son las matrices: PAM (PAM1 a PAM250) y las BLOSUM, siendo BLOSUM62 la matriz por defecto en el programa blastp.

Circunstancia en la que las secuencias de dos o más proteínas o ácidos nucleicos guardan similitud debido a que presentan un mismo origen evolutivo (es decir, proceden de un ancestro común). Se han desarrollado aplicaciones bioinformáticas que son capaces de encontrar rápidamente las identidades o diferencias entre distintas secuencias. Los algoritmos de comparación de secuencias generalmente se acompañan de parámetros estadísticos que cuantifican la probabilidad de que la similitud entre secuencias pueda ser o no resultado del azar, de manera que se pueda asegurar con un grado de certeza que dos secuencias son homólogas.