Diccionario

1. Anotación y efecto de anotar. 2. Actividad de anotar genomas, proteomas y transcriptomas. Descripción de la localización precisa, el tamaño y la función (o las funciones) de las secuencias de nucleótidos (genes, regiones reguladoras y otros elementos) de un genoma (ADN o ARN) o de las secuencias de aminoácidos de una proteína, y asignación de una función biológica probable a dichas secuencias por comparación con otras secuencias homólogas descritas en los bancos de datos. Esta tarea supone, además, un trabajo de edición informática, así como la inclusión de cualquier otra información pertinente sobre la secuencia descrita.

Técnica que permite identificar y cuantificar la expresión de los genes en la célula, mediante la medición de los ARNm que están presentes en la misma en un momento determinado. Se basa en la obtención de pequeños fragmentos de ADNc de 9 pb, denominados etiquetas. Ello permite crear perfiles de expresión de cada célula en determinadas situaciones, ya sea en circunstancias normales de la célula sana o en momentos en que se ve afectada por algún patógeno. De esta manera se pueden comparar estos perfiles y determinar qué genes están siendo apagados o activados y así determinar cuál pudiera ser la causa asociada. Otras variantes de la técnica, como LongSAGE o MicroSAGE, presentan pequeñas variaciones para el análisis en serie de la expresión génica (SAGE) tradicional, pero usan un tamaño de etiqueta pequeño: SAGE 14 pb y LongSAGE 18 pb. SuperSAGE, con etiquetas de 26 pb, permite una óptima anotación, y análisis de nuevos transcritos en conjunción con técnicas como la de extensión hacia los extremos (3′- y 5′-RACE).

1. Acción y efecto de curar o curarse una planta. 2. A veces, se utiliza erróneamente para designar la edición informática de una anotación.

Persona encargada de revisar las secuencias de nucleótidos o de aminoácidos que están anotadas en una base de datos, de eliminar los errores de anotación y de completar la información sobre cada una de esas secuencias añadiendo los datos que sean necesarios. También se aplica a la persona encargada de depurar y revisar una página electrónica, colección de microorganismos, seroteca, ADN/ARNteca, etc., y corregir los errores.

Conjunto de herramientas de alto rendimiento para la asignación de términos de ontología génica a genes o proteínas mediante análisis de similitud de secuencias. Basado en el motor de alineamiento de secuencias de proteínas y ADN DIAMOND, cuya velocidad es de dos a cuatro órdenes de magnitud mayor que la de BLAST, D2GO posibilita la anotación funcional rápida y eficiente de conjuntos de datos a gran escala; por ejemplo, sus desarrolladores documentan la asignación de dos millones de términos GO a cerca de 130.000 proteínas en menos de 13 min en un ordenador portátil estándar. El procedimiento consiste en la transferencia de términos de ontología génica desde secuencias previamente anotadas en la base de datos no redundante del NCBI hacia las secuencias en análisis. Permite la identificación rápida de agentes patógenos y genes asociados a enfermedades de vegetales directamente en campo o laboratorio, incluso con recursos informáticos limitados. Se usa frecuentemente en Fitopatología para el análisis comparativo de secuencias obtenidas por secuenciación genómica o metagenómica. Este programa es de código abierto y uso gratuito.

Acrónimo del inglés. Base de datos pública y gratuita que contiene una extensa colección de secuencias de nucleótidos obtenidas a partir de más de 300.000 especies. Además de la secuencia, incluye información bibliográfica, anotaciones funcionales y, si se trata de una secuencia codificante, su traducción conceptual a proteína. Cada registro contiene una secuencia ininterrumpida de una molécula de polinucleótido (ADN genómico, ARN genómico, ARN precursor, ARNm (ADNc), ARN ribosómico, ARN de transferencia, ARN pequeño nuclear o ARN pequeño citoplasmático). De su gestión y distribución se encarga el NCBI (National Center for Biotechnology Information) en los Estados Unidos de América, con el ENA (European Nucleotide Archive) y el DDBJ (DNA Data Bank of Japan). Estas instituciones forman el consorcio INSDC (International Nucleotide Sequence Database Collaboration) que diariamente actualizan sus contenidos para que todas ellas dispongan de la misma información simultáneamente.

En bioinformática, es un identificador único asignado a un registro en una base de datos de secuencias biológicas. El registro puede contener distintos tipos de información, como una secuencia (ADN, ARN o proteína) y anotaciones sobre la misma, una estructura proteica o un conjunto de datos biológicos, como datos de transcriptómica. La estructura de los números de acceso es muy variable y es característica del tipo de registro y de la base de datos que lo asigna. Por ejemplo, el número de acceso de una secuencia de nucleótidos en GenBank/EMBL/DDBJ consta de una letra y cinco números (por ejemplo, X97398) o de dos letras y seis números (como, AF172350), mientras que el número de acceso de una estructura en el Protein Data Bank (PDB) consta de un dígito y tres letras u otra mezcla de letras y números (por ejemplo, 1OJ6, 3RGK). Si se introducen cambios en la secuencia o en las anotaciones del registro, lo que sí cambia es la versión de la secuencia, que se indica después del número de acceso, del que va separada por un punto (como, por ejemplo, FR820587.1). Si se producen cambios en el registro FRE820587.1, el nuevo registro tendrá un identificador FR820587.2. En cualquier caso, las bases de datos retornan siempre la última versión cuando se busca el número de acceso sin el número de versión.

1. Proyecto internacional que proporciona un lenguaje común para describir genes y sus productos. Sistema controlado de términos y relaciones jerárquicas que describe funciones génicas, procesos biológicos y componentes celulares de manera estandarizada, para que los datos biológicos puedan ser anotados, comparados e integrados en distintos organismos y bases de datos. Sus principales aplicaciones en Fitopatología son: i) análisis funcional de transcriptomas de plantas infectadas para identificar genes asociados a la defensa o susceptibilidad; ii) caracterización de efectores de virulencia y patogenicidad, así como de sus funciones moleculares; iii) comparación de respuestas génicas entre especies vegetales frente a un mismo agente patógeno; iv) anotación de genomas de nematodos, hongos, oomicetos, bacterias o virus fitopatógenos; y v) estudios de resistencia sistémica o señalización de defensa (respuesta a estímulos biológicos, respuestas de defensa, etc.). 2. En informática, una ontología es una representación formal y estructurada de un conjunto de conceptos dentro de un dominio y de las relaciones que existen entre ellos, que permite organizar, compartir y reutilizar conocimiento.

Uso de herramientas informáticas para la eliminación de los errores que puedan contener las secuencias de nucleótidos o de aminoácidos anotadas en un banco de datos. Por ejemplo, como las secuencias del plásmido vector incluidas en la secuencia anotada.