Diccionario

1. Dotación cromosómica sencilla haploide de cualquier organismo. Conjunto de genes que expresan todas las características genotípicas de una especie o individuo. Su tamaño está determinado por los pares de genes. 2. Dotación genética de un virus, ácido nucleico que lo compone, ya sea ADN o ARN, el cual puede consistir en una sola (monopartito), dos (bipartito), tres (tripartito), o más (multipartito) moléculas.

Conjunto de genes y secuencias de ADN de una bacteria. El elemento obligatorio del genoma es el cromosoma, aunque es frecuente encontrar además unidades de replicación autónomas llamadas plásmidos, que son dispensables, es decir si se pierden, la bacteria sigue siendo viable.

Aquel genoma viral constituido por dos o más segmentos, o fragmentos, de ácido nucleico. Este término se presta a confusión porque se utiliza con dos significados: 1) más frecuentemente, y casi exclusivamente en la literatura científica en inglés, como descripción de la organización, y sinónimo, de virus segmentados, que son aquellos con genoma dividido y empaquetados en una única partícula vírica; y 2) con poca frecuencia, para describir los genomas tanto de virus segmentados como de virus multipartitos, cuyos genomas también están organizados en varios segmentos, pero que se empaquetan individualmente en partículas víricas separadas.

Genoma híbrido que se genera como resultado de un reordenamiento genómico, en los virus de genoma segmentado.

Puede ser lineal o circular (virus de ADN) y el número de sus componentes varía de uno solo (como en los miembros de los géneros Potyvirus y Tobamovirus) a 11 (como algunos nanovirus). Los componentes individuales varían en tamaño desde 1 kb en los nanovirus a alrededor de 20 kb en algunos closterovirus. La mayoría de virus de plantas tienen al menos tres genes: uno (o más) implicado(s) en el movimiento del virus de célula a célula del huésped y uno (o más) que codifica(n) una proteína estructural que se ensambla para formar la cápsida del virión. También puede haber otros genes con función reguladora o que se requieren para la transmisión entre plantas en asociación con un vector o para la invasión de ciertas células huéspedes o anfitrionas. El genoma viral puede ser único (encapsidado en una única partícula viral) o dividido (encapsidado en diferentes partículas virales).

Conjunto de genes presentes en los genomas secuenciados de todas las cepas de una misma especie o de un grupo relacionado de organismos. Representa la diversidad genética total de esa especie. Esta definición de pangenoma, denominada “pangenoma de presencia-ausencia” (presence–absence variation pangenome), es la más común en la literatura científica, aunque algunos especialistas en la disciplina de Pangenómica definen tres tipos de pangenoma, que implican diferencias en la representación del mismo y en su inclusión de genes y secuencias no codificantes. El pangenoma se divide en dos componentes principales: i) genoma central o núcleo, que representa a los genes que están presentes en todas las cepas y por estar conservados son esenciales para las funciones básicas de la especie; y ii) genoma accesorio o dispensable, que representa los genes que están presentes únicamente en algunas cepas. Estos genes diferenciales suelen estar relacionados con la adaptación al ambiente, resistencia a antibióticos, o mecanismos de patogenicidad, pero también suelen incluir secuencias típicas de fagos, plásmidos y otros elementos genéticos móviles. La importancia del pangenoma en Fitopatología es clave, ya que permite entender la diversidad genética de los patógenos y su interacción con las plantas anfitrionas u hospedadoras. Permite: i) conocer la variabilidad genética de los patógenos e identificar genes que están presentes solo en algunas cepas de un patógeno, como genes de virulencia, efectores, o de resistencia a plaguicidas, fundamental para comprender por qué ciertas cepas son más agresivas o difíciles de controlar que otras; y ii) entender la coevolución planta-patógeno, al permitir estudiar cómo los genes de los patógenos evolucionan para evadir los mecanismos de defensa de las plantas. Así, algunos genes de efectores pueden perderse por deleción o acumular mutaciones que alteren su secuencia para evitar ser detectados por genes de resistencia en las plantas. El conocimiento de qué genes del pangenoma están implicados en la infección, permite diseñar estrategias para mejorar la resistencia e identificar dianas moleculares para mejorar genéticamente cultivos determinados mediante edición genética o cruzamientos dirigidos. La identificación de los genes únicos y accesorios favorece el desarrollo de métodos, técnicas de detección y reactivos específicos de detección y diagnóstico para identificar cepas nuevas, más virulentas o resistentes. El estudio del pangenoma puede mostrar cómo una población patógena cambia con el tiempo, ayudando a predecir posibles brotes o fallos en el control basado en resistencia genética. Como ejemplo concreto, en el hongo fitopatógeno Magnaporthe oryzae (causante del añublo del arroz), el análisis del pangenoma ha permitido identificar genes de efectores que determinan si una cepa puede infectar a ciertas variedades de arroz y ello ha sido clave para el diseño de programas de mejora genética más eficaces. El pangenoma se puede representar, de forma básica, como una lista de genes presentes o ausentes en cada cepa o individuo, mediante una matriz. Como segundo tipo de pangenoma, denominado “secuencia representativa del pangenoma” (representative sequence pangenome), también puede expresarse como una concatenación de genomas completos o sus secuencias representativas, lo que es útil para análisis comparativos. El tercer tipo, denominado “pangenoma gráfico” (pangenome graph o graphical pangenome), integra múltiples secuencias genómicas de organismos de la misma población, especie o género en un único genoma de referencia.

Forma más utilizada actualmente para representar pangenomas. 1. (variation graph or sequence graph). Estructura que representa todas las secuencias genómicas (genes, variantes, inserciones, deleciones, etc.) presentes en una población o especie determinada, organizadas en un grafo donde los nodos representan fragmentos de ADN y los arcos o bordes, conectan estos fragmentos según las distintas posibles secuencias que pueden existir en diferentes individuos. Se trata una de representación computacional del conjunto completo de la variación genética dentro de una especie (o grupo de organismos relacionados), que utiliza una estructura de grafo, en lugar de una secuencia lineal usual. Las herramientas más comunes actualmente, aunque en constante evolución y por tanto, aunque en riesgo de quedar obsoletas o superadas por otras, son: i) kit de herramientas de grafos de variación (VG Toolkit); ii) minigrafo / minigrafo-cactus (minigraph / minigraph-cactus); iii) constructor de grafos de pangenoma (pangenome graph builder, pggb); y iv) ensamblaje gráfico de fragmentos (graphical fragment assembly, gfa). 2. Grafos de de Bruijn coloreados (colored de Bruijn graphs). Este tipo es una extensión del grafo de de Bruijn tradicional, donde cada nodo (kámeros o k-mer) está «coloreado» para indicar en qué genomas o muestras están presentes. Los «colores» no son colores literales, sino etiquetas que indican la procedencia. El grafo de de Bruijn resulta muy útil para representar grandes conjuntos de genomas bacterianos.

Aquellos como los del género Begomovirus, familia Geminiviridae, que poseen su genoma (ssADN) separado en dos partículas de morfología isométrica y requieren más de una partícula para infectar la célula.

Ácido nucleico formado por una cadena simple de ribonucleótidos, cada uno de ellos constituido por una ribosa, un fosforilo y una base nitrogenada derivada de la pirimidina (citosina, C o uracilo, U) o de la purina (adenina, A o guanina, G). El ARN celular es lineal y monocatenario; el genoma de los viroides y el de algunos virus está constituido por ARN bicatenario. Está presente tanto en las células procariotas como en eucariotas y es el único material genético de ciertos virus (virus de ARN) y de los viroides.

ADN con importantes propiedades relacionadas con la determinación de la gravedad de síntomas y la gama de huéspedes o anfitriones, durante la infección por ciertos virus. Así ocurre, con el virus del rizado de la hoja del tomate nueva delhi causado por el Tomato leaf curl New Delhi virus-ToLCNDV. Su genoma es de ADN circular de cadena sencilla y bipartito, con dos componentes denominados ADN A (2.734 pb) y ADN B (2.696 pb). Además, ToLCNDV presenta en algunos casos los componentes conocidos como betasatélites. La presencia de los tres componentes (ADN-A, ADN-B y betasatélites) causa síntomas más graves, sin embargo, la acumulación de los betasatélites es antagonista a la del ADN-B, es decir, la acumulación del ADN-B es mayor en detrimento de la de los betasatélites. Este tipo de satélites es frecuente en virus de la familia Geminiviridae, género Begomovirus.

Secuencias que están en una copia en un genoma haploide.

Tipo de organización genómica característica de algunos virus, en la que una misma molécula de ARN contiene regiones codificantes en ambas polaridades: parte del genoma actúa como ARN de sentido positivo y otra como ARN de sentido negativo. Como consecuencia, la expresión génica requiere estrategias de transcripción diferenciadas para cada región. Se observa principalmente en virus de ARN monocatenario segmentado, como los miembros de los géneros Orthotospovirus (antes Tospovirus), por ejemplo, el virus del bronceado del tomate-TSWV (3 segmentos: L, M, S, y con estrategia ambisentido en M y S); Tenuivirus, por ejemplo el virus del rayado del arroz-RSV (4-6 segmentos, varios ambisentido); y Coguvirus, como por ejemplo el virus asociado a la concavidad gomosa de los cítricos-CCGaV (2 segmentos), asociado a enfermedades de cítricos y manzano.

Técnica prácticamente universal para generar patrones de amplificación de DNA para el tipado e identificación de diversas especies de bacterias. Están disponibles protocolos generales descritos por EPPO (2010 y 2014). Se realiza mediante la técnica denominada rep-PCR que se basa en la amplificación de secuencias repetitivas, específicas y conservadas, presentes en múltiples copias en los genomas de la mayoría de las bacterias gramnegativas y positivas, como las secuencias extragénicas palindrómicas repetitivas (REP), las secuencias intergénicas consenso y repetidas de enterobacterias (ERIC), las secuencias repetitivas y conservadas de las subunidades BOX A de los elementos BOX de Streptococcus pneumoniae, etc., con la finalidad de identificar bacterias muy distintas. En la mayoría de los casos, la utilización de estos cebadores da lugar a patrones de amplificación a pesar de que los organismos diana no contengan las repeticiones correspondientes (ERIC, BOX, etc.), por lo que en general se considera que es una PCR arbitraria.

Método que emplea la ADN polimerasa del bacteriófago Φ29 y cebadores al azar para la amplificación de moléculas de ADN. Constituye una alternativa eficaz y rápida para la detección de virus de genoma monopartito de ADN circular de cadena sencilla, incluyendo posibles nuevas variantes, al tratarse de una técnica que no precisa del conocimiento previo de la secuencia viral. Se han propuesto protocolos estandarizados EPPO para diagnóstico y detección de Begomovirus (familia Geminiviridae), que incluyen un análisis serológico inicial y una PCR para confirmar la infección.

Término general que engloba técnicas preparativas de biología molecular empleadas para la identificación y análisis de marcadores biológicos en el genoma y proteoma. Dichas técnicas se utilizan para diagnóstico, detección e identificación de plagas, en sentido amplio.

Acrónimo del inglés que en español podría traducirse como “promedio de identidad de nucleótidos”. ANI, expresado como un porcentaje, es una medida de la identidad nucleotídica de las secuencias codificantes de dos genomas. Generalmente se calcula como el promedio de la identidad nucleotídica entre secuencias codificantes homólogas, identificadas como aquellas que presentan un porcentaje de identidad superior a un determinado umbral —generalmente mayor del 30 %— sobre una región alineada de al menos el 70 % de su longitud; estos alineamientos se llevan a cabo mediante una única comparación de un genoma con el otro o mediante comparaciones recíprocas. Existen varios métodos para el cálculo de ANI, que se basan en la utilización de distintos programas de comparación de secuencias: i) ANIb, que utiliza Blast para la comparación de fragmentos de 1000 a 1020 nt; ii) ANIm, que utiliza la herramienta NUCmer del programa MUMmer; y iii) OrthoANIu, que utiliza el programa USEARCH. Los diferentes métodos arrojan valores de ANI similares, que suelen variar en el entorno del 1-2 %. Se utiliza fundamentalmente para la asignación taxonómica de bacterias y arqueas, de manera que se consideran de la misma especie aquellos genomas que muestran valores de ANI superiores al 95-96 %.

1. Anotación y efecto de anotar. 2. Actividad de anotar genomas, proteomas y transcriptomas. Descripción de la localización precisa, el tamaño y la función (o las funciones) de las secuencias de nucleótidos (genes, regiones reguladoras y otros elementos) de un genoma (ADN o ARN) o de las secuencias de aminoácidos de una proteína, y asignación de una función biológica probable a dichas secuencias por comparación con otras secuencias homólogas descritas en los bancos de datos. Esta tarea supone, además, un trabajo de edición informática, así como la inclusión de cualquier otra información pertinente sobre la secuencia descrita.

Aquel que está formado por dos hebras complementarias. Puede aparecer en muchos tipos de organismos (virus de genoma ARN bicatenario; viroides, etc.). Es también una forma replicativa transitoria de virus. Se ha utilizado su perfil electroforético para caracterizar algunos virus y diferenciar sus aislados. Algunas plantas no infectadas por virus pueden contener ARN de doble cadena de función desconocida.

Grupo heterogéneo de ARNs de naturaleza muy variada, entre los que cabe destacar: i) los ARNsi de acción trans o ARNtasi (trans-acting siRNA, tasiRNA); ii) los ARNsi asociados a transcritos naturales antisentido o ARNnatsi (natural antisense siRNA, natsiRNA); y iii) los ARNsi asociados a repeticiones del genoma o ARNrasi (repeat-associated siRNA, rasiRNA). Son moléculas de ARN bicatenario perfectamente complementarias, de 20-21 nucleótidos con dos nucleótidos desemparejados en cada extremo 3´, con capacidad y efecto de interferir anulando la expresión de un gen concreto. Pueden ser introducidos de forma exógena en las células utilizando métodos de transfección basándose en la secuencia complementaria de un gen en particular, con finalidad de reducir significativamente su expresión. Las infecciones virales en plantas están asociadas con la acumulación de ARN pequeño interferente (ARNsi) virales que pueden, a su vez, actuar silenciando el propio genoma viral. Por esta razón, los virus son tanto inductores como dianas del silenciamiento por ARN. Mientras que en virus de ADN los ARNsiv podrían provenir de ARN bicatenarios (ARNds) generados durante la transcripción bidireccional de sus genomas, en virus de ARN los ARNsiv podrían generarse a partir de ARNds sintetizados durante el proceso de replicación viral.

Aquel ARN de una sola cadena que mediante un enzima codificado por el ARN complementario al genoma viral (ARN polimerasa dependiente de ARN), presente en el virión, transcribe el ARN genómico a ARN mensajero. Lo tienen los virus de plantas de las familias Rhabdoviridae y Ophioviridae.

ARN de una sola cadena de sentido positivo. Constituye el genoma de la mayoría de virus de plantas y funciona como un ARN mensajero para la síntesis directa de proteínas virales. Un caso particular de virus de ssRNA se presenta cuando el genoma codifica, además de una ADN polimerasa dependiente del ARN y una replicasa, una retrotranscriptasa para el paso de transcripción inversa de la replicación. A este tipo de ssRNA se le define como ssRNA-RT y solo se da en dos géneros que incluyen virus de plantas: Pseudovirus y Sirevirus (familia Pseudoviridae).

Porciones del genoma molde que se originan, en algunos virus, durante la transcripción para expresar los genes internos. Una especie de ARN menor que la longitud genómica que se encuentra en las células infectadas y, a veces, encapsidado. Cuando está encapsidado, no está involucrado en la infección natural. Cada especie de ARN subgenómico tiene un cistrón diferente en el extremo 5´ que lo abre para la traducción.

Bacteriófago o fago es un término general para denominar a virus aislados de bacterias; algunos autores también utilizan el término para denominar a virus que infectan a arqueas, aunque esta acepción es controvertida. Su cápsida puede ser icosaédrica, constar de cabeza-cola, ser de tipo bastoncillo (filamentosa), o de otros tipos, y sus genomas constar de ADN o ARN y contener un número muy variable de genes. Se subdividen según sus propiedades bioquímicas o morfológicas. Un tipo de fago concreto suele infectar únicamente a una gama limitada de huéspedes o anfitriones sensibles. Infectan bacterias mediante inyección de su ácido nucleico en la célula anfitriona utilizando la maquinaria biológica de la bacteria para su reproducción. Hay dos tipos: líticos (bacteriófagos virulentos) y lisogénicos (bacteriófagos temperados), según que la infección produzca un cambio en el metabolismo bacteriano que lo lleve a la producción de nuevos bacteriófagos tras la lisis celular, o que el ADN vírico se inserte en el cromosoma bacteriano y se reproduzca con él, en forma de profago, sin destruir la célula bacteriana. Algunos se utilizan en el control biológico de bacterias fitopatógenas (también en medicina frente a bacterias multirresistentes a antibióticos), como vectores de clonación para insertar ADN dentro de las bacterias y obtener como resultado bibliotecas genómicas o genotecas de ADN recombinante (uno de los fagos más utilizados para este fin es el fago λ). Las genotecas combinatorias de anticuerpos se generan mediante la técnica de despliegue en fagos filamentosos o en bacterias. Los más importantes por sus aplicaciones biotecnológicas son el bacteriófago o fago λ (lambda), el fago 29 (phi29) y el bacteriófago M13 (que ha dado derivados fagémidos), muy utilizados como vectores de clonación.

Método utilizado para introducir ADN foráneo en células vegetales, mediante bombardeo o disparos con micropartículas (microproyectiles) de oro o de tungsteno, en las que se ha hecho precipitar el ADN. Son disparados sobre los tejidos vegetales a altas velocidades, atraviesan la pared y la membrana celular y llevan al interior de la célula los genes de interés para su posterior integración en el genoma vegetal.

Disciplina que consiste en investigar, desarrollar y aplicar herramientas informáticas y computacionales para permitir y mejorar el manejo de datos biológicos, gracias al uso de herramientas que reúnen, almacenan, organizan, analizan y permiten interpretar estos datos. Se ha hecho necesaria para el manejo del enorme volumen de datos que generan las tecnologías ómicas (genómica, proteómica, metabolómica, transcriptómica, etc.) haciendo del concepto de macrodatos (big data) un activo fundamental en la ciencia actual. Entre estas tecnologías, una de las que mayor relevancia ha tenido es la secuenciación de alto rendimiento o secuenciación masiva, que se popularizó con la secuenciación del genoma humano y que ha permitido obtener la secuencia genómica de muchos organismos conocidos y desconocidos. El uso de la informática, de los lenguajes de programación y de las grandes infraestructuras computacionales son los pilares que usa la bioinformática para recopilar y manejar los datos, desarrollando algoritmos o modelos matemáticos para extraer el máximo conocimiento y aplicarlo directamente a la resolución de problemas biológicos o biomédicos.

1. División de algo en dos partes. 2. Sistema de reproducción asexual que se presenta en arqueas y bacterias que duplican su ADN y luego dividen el citoplasma, obteniendo como resultado dos células. La bipartición regular implica la división simétrica de la célula, generándose dos células hijas, cada una con una copia del genoma de la célula madre.

La competencia celular se refiere a la capacidad de una célula para absorber ADN extraño (extracelular) de su entorno circundante. El proceso de captación genética se conoce como transformación. En algunos casos, el material genético absorbido por una célula puede incorporarse o recombinarse en su propio genoma. La competencia celular natural está determinada genéticamente, es decir, una bacteria está genéticamente predispuesta a tomar material genético libre (genéticamente competente) que existe en su entorno. Las células bacterianas competentes pueden tomar ADN de una variedad de fuentes; sin embargo, algunas bacterias muestran especificidad o preferencia por fragmentos de ADN que están sobrerrepresentados dentro de su genoma. Si bien una célula puede considerarse naturalmente competente, el estado de competencia no es necesariamente un estado constante. De hecho, la regulación natural de la competencia y la transformación es importante para proteger una célula. La regulación a menudo ocurre a través de señales ambientales y bioquímicas. Las células competentes artificiales o inducidas son aquellas que se han hecho competentes mediante manipulación eléctrica (electroporación) o química (cloruro de calcio), creando poros temporales en la membrana celular para que el ADN pase a través de estos. La competencia celular se ha convertido en una herramienta de investigación esencial para la clonación, porque proporciona un mecanismo para introducir nuevo material genético en una célula. Si bien hay muchas células competentes de origen natural, el organismo modelo Escherichia coli no es naturalmente competente, por lo que para utilizar estas células para la clonación se debe inducir la competencia.

Miembro de una especie que posee el genotipo dominante o común que se encuentra de forma natural en una población normal. Aquella forma que es más típica o común en la naturaleza. Las cepas descendientes que presentan mutaciones en su genoma se denominan mutantes. Por ello, los mutantes se caracterizan por las diferencias heredadas entre ellas y sus cepas silvestres ancestrales.

Denominación común del ciclo de multiplicación de un fago en el que su genoma está insertado en el genoma de la bacteria huésped o anfitriona y en el que la mayoría de genes del fago están inactivados (reprimidos); de esta manera, el fago se replica pasivamente con el genoma de la bacteria sin producir la lisis de la misma. Este ciclo conlleva la activación de la síntesis de un represor de la transcripción de los genes del virus, con el fin de evitar la entrada en el ciclo lítico y provocar la lisis de la bacteria. El represor inhibe la síntesis de los productos de otros genes y regula su propia síntesis, de manera que la concentración de represor controla la tasa de síntesis de su propio ARN mensajero. Los fagos que pueden seguir un ciclo lisogénico se denominan fagos lisogénicos o fagos temperados. Al genoma del fago que ha entrado en el ciclo lisogénico se le denomina profago. El ciclo lisogénico puede mantenerse durante muchas generaciones de la bacteria; sin embargo, el profago puede escindirse del genoma bacteriano e iniciar un ciclo lítico en respuesta a diversas condiciones ambientales que podrían poner en peligro la vida de la bacteria, como la exposición a luz UV u otros estreses. Debido a mutaciones u otras razones, algunos profagos pierden la capacidad de entrar en el ciclo lítico y quedan fijados en el genoma bacteriano. En algunas especies de bacteriófagos, el profago no se inserta en el genoma del huésped o anfitrión, sino que se replica como una molécula lineal o circular libre en el citoplasma, como el fago P1 de Escherichia coli.

Clasificación de los virus elaborada por el biólogo estadounidense David Baltimore. En este sistema de clasificación los virus están actualmente agrupados en siete grupos en función de su tipo de genoma (ADN, ARN, monocatenario o bicatenario, etc.) y en su método de replicación. Esta clasificación convive y se complementa con la clasificación monofilética del Comité Internacional de Taxonomía de Virus (ICTV), pero se diferencia de ella en que es polifilética porque los genomas de los diferentes grupos de virus evolucionaron convergentemente y de hecho los virus tuvieron orígenes independientes.

1. Veces que se ha secuenciado teóricamente un nucleótido de un inserto en la genoteca genómica. Cuanto mayor sea el número de fragmentos clonados de ADN que se secuencian, tanto mayor será la cobertura. 2. Cantidad de veces que un segmento genómico está representado en la genoteca. 3. (depth coverage). Número de veces que una porción del genoma es secuenciada en una reacción de secuenciación. Frecuentemente expresado como profundidad de lectura y numéricamente como 1X, 2X, 50X, 100X, etc. 4. Cantidad o porcentaje abarcado por una cosa o una actividad. 5. Extensión territorial (internacional, nacional, regional, municipal o local) que abarcan diversos servicios y competencias, especialmente los de Sanidad Vegetal y los de telecomunicaciones. 6. Conjunto de medios técnicos y humanos que hacen posible una información.

Técnica de identificación e investigación molecular de especies que consiste en la utilización de una sección corta de ADN de una región estandarizada del genoma (pequeña región de un gen, que ha sido elegida por consenso), para la identificación de animales, plantas o microorganismos. Está basada en la secuenciación de regiones cortas altamente variables del genoma y que aparecen en un elevado número de copias por célula. Una vez que se ha obtenido la secuencia de código de barras de ADN, se la coloca en la base de datos del sistema de código de barras de la vida Se utilizan estas secuencias para la identificación de especies. Con el fin de facilitar la amplificación, el código de barras de ADN debería presentar regiones de unión a cebadores muy conservadas, flanqueando la región génica elegida, de modo que podría utilizarse la misma pareja de cebadores en una amplia gama de microorganismos, y funcionarían como cebadores universales. Además, los marcadores genéticos son más fáciles de amplificar si se presentan en múltiples copias. Por otro lado, si los códigos de barras genéticos son fáciles de alinear facilitan la identificación de especies basada en árboles filogenéticos o bases de datos relacionados, que es el sistema generalmente utilizado para identificar especies por este método. Es aconsejable la cautela respecto de la fidelidad de las bases de datos a efectos de comparación de secuencias con fines de identificación; por ejemplo, recientemente se ha cuestionado la validez del código de barras del ADN basado en una sola secuencia génica, como la región intergénica del ARN ribosómico (ITS), y se ha recomendado que la delimitación de especies fúngicas se base en más de un locus (multilocus), que presumiblemente sean evolutivamente neutrales. La generación de marcadores moleculares, como el código de barras de ADN que sean específicos de especie, subespecie, raza, patovar, etc., y en el genotipado de estos, facilitarán: i) la identificación y evaluación de la distribución espacio-temporal de las variantes de cada agente nocivo, que son clave para el despliegue de las resistencias; ii) el análisis del potencial evolutivo de los agentes nocivos a través de la estructura genética de sus poblaciones, que es determinante para la estabilidad de las resistencias; e incluso; iii) la determinación del posible origen geográfico de un agente nocivo tras una introducción accidental, ilegal o voluntaria en una nueva zona. El código de barras del ADN microbiano se utiliza para caracterizar una mezcla de microorganismos, por ejemplo obtenidos sin clasificar en el medio ambiente, a partir de «marcadores genéticos universales» para identificar el ADN de muchas especies, incluso dentro de una mezcla de distintos microorganismos.

1. Punta o extremo posterior de algo, por oposición a cabeza o principio. 2. En los nematodos, porción posterior del cuerpo entre el ano y la parte terminal. 3. En virus bacteriófagos es un complejo sofisticado formado por proteínas distintas, mediante la cual el virus selecciona a la bacteria a la que va a infectar, se fija en ella y le inyecta su genoma para que comience el proceso de infección. 4. En bioquímica la cola de poli (A) consiste en múltiples adenosín monofosfatos (fragmento de ARN formado solo de bases adenina) que son claves en la poliadenilación al adicionarse a un ARN mensajero.

Denominación común de la enfermedad asociada a la presencia del virus Citrus concave gum-associated virus (CCGaV), de familia Phenuiviridae, género Coguvirus, especie Coguvirus citri, que es un virus de ARN de cadena negativa con genoma bipartito. Sus huéspedes cultivados son principalmente naranjo dulce, mandarino y pomelo, aunque también se ha detectado en manzano. En cítricos, causa concavidades alargadas en el tronco, que a veces son anchas y de fondo plano (concave gum) y otras más estrechas y profundas (bolsillo ciego, blind pocket). En las secciones transversales de las zonas afectadas del tronco o ramas se observa acumulación de goma en forma de anillos concéntricos. Frecuentemente, en los bordes de las concavidades se producen grietas en la corteza, por las que rezuma la goma acumulada en el xilema. En las hojas jóvenes, especialmente en la brotación de primavera, se observa al trasluz la aparición de flecos cloróticos y manchas de bordes ondulados en torno al nervio principal, que se asemejan a la forma de una hoja de roble. El efecto general en el árbol es debilitamiento, reducción de vigor y de producción. Se transmite por injerto y otras propagaciones vegetativas y se sospecha de su transmisión natural por ácaros. El patógeno asociado y la enfermedad, pueden eliminarse por termoterapia, cultivo de ápices y, habitualmente, por microinjerto de ápices caulinares in vitro. Presente en España y en todas las zonas citrícolas del mundo en antiguas plantaciones realizadas con material no certificado.

Plásmido al cual se le ha adicionado la secuencia cos del genoma del bacteriófago λ. La secuencia cos abarca unos 200 nt y permite el empaquetamiento del vector en una cápsida del fago. Son vectores de clonación, muy utilizados en la elaboración de genotecas de ADN genómico de gran tamaño ya que permiten la introducción de insertos de ADN de hasta 45 kb.

Proceso de transformación genética que implica la introducción simultánea de dos o más moléculas de ADN diferentes en distintos locus de un mismo genoma.

1. Secuencia continua de aminoácidos de una proteína, que se dobla o pliega varias veces sobre sí misma hasta formar una unidad globular o compacta. Se estima que cada dominio puede funcionar como una unidad o un módulo estable en solución, si se llega a escindir la cadena polipeptídica que los separa. Este tipo de dominio se denomina dominio estructural. Las proteínas de tamaño superior a los 20.000 Da constan de dos o más dominios de este tipo, como la cadena ligera de un anticuerpo que tiene dos dominios estructurales. 2. Cualquier región de una proteína asociada a una función específica, con independencia de su organización estructural (como el dominio de unión a un receptor, a un sustrato, denominado dominio catalítico; a la membrana celular, denominado dominio transmembranario, etc.). Este tipo de dominio se conoce como dominio funcional. Cada dominio funcional puede contener a su vez uno o más dominios estructurales. 3. Zona o región de la membrana plasmática formada por una determinada clase de componente (como fosfolípidos). 4. Fragmento, área o región de ADN de tamaño concreto en el genoma de un organismo.

Tecnología que permite el corte de genes para hacer modificaciones, ya sea suprimiendo un fragmento o insertando algún otro elemento. A partir de 2010 la diseminación de la técnica basada en la utilización de endonucleasas de origen microbiano (CRISPR/Cas9 y Cas12) ha redefinido radicalmente el panorama. Dicho cambio se debe a cuatro características fundamentales de esta tecnología: i) la especificidad o capacidad de inducir las modificaciones en puntos concretos elegidos como diana del genoma; esta característica le confiere además una muy baja incidencia de efectos secundarios indeseados; ii) la eficiencia o facilidad en la producción y el elevado porcentaje final de secuencias modificadas genéticamente en un lugar concreto; iii) la accesibilidad ya que es una técnica relativamente simple de aplicar, siempre que se disponga de un mínimo de conocimientos sobre manipulación genética, y que no requiere una inversión importante en cuanto a infraestructura para llevarla a cabo. Además, las herramientas moleculares requeridas están disponibles comercialmente a un precio asequible; y iv) la versatilidad, puesto que el conocimiento de las bases moleculares de esta tecnología ha hecho que muy rápidamente se obtengan variantes que permiten ejercer un mayor control de la técnica y adaptarla a los requerimientos e intereses del investigador. Se espera que sea clave para la obtención de variedades resistentes a los principales patógenos, de hecho, ya se han desarrollado plantas de arroz resistentes frente a Xanthomonas oryzae pv. oryzae, de cacao frente a Phytophthora, de cereales resistentes a mildiu, de cítricos frente a Xanthomonas citri pv. citri, de patatas o papas resistentes al virus Y (Potato virus Y-PVY), entre otros, o con incrementos significativos en la tolerancia a estreses como sequía, altas temperaturas, salinidad, etc. Esta tecnología no implica transgenia pues hace posible la mejora de variedades vegetales sin la introducción de elementos foráneos.

Electroforesis en gel en el que la dirección del campo eléctrico se cambia periódicamente. Esta técnica es similar a otros métodos electroforéticos habitualmente utilizados para separar moléculas de doble cadena del ADN que varían en tamaño hasta decenas de miles de pares de bases. Sin embargo, por la alternancia de la dirección del campo eléctrico, es capaz de separar fragmentos de ADN de varios millones de pares de bases de longitud. Se ha utilizado para el análisis comparativo de genomas bacterianos.

Término que agrupa a cualquier elemento genético que se mueve entre células, como islas de patogenicidad (en inglés PIs), integrones, ICEs, y plásmidos, entre otros. Las IS, y otros elementos transponibles, permiten acelerar la evolución de los organismos mediante la generación de diversos tipos de cambios genéticos en el genoma del huésped o anfitrión, siendo lo más frecuente la inactivación génica por inserción física del elemento. Entre otros cambios genéticos, las IS también pueden dar lugar a cambios de expresión génica, ya que diversas IS poseen promotores activos dirigidos hacia el exterior del elemento o terminadores de la transcripción, así como favorecer reorganizaciones genómicas (inversiones, deleciones, traslocaciones, inserción de plásmidos o islas, etc.) mediante recombinación homóloga entre dos copias de una IS.

Fragmento de ADN de un virus, procariota o eucariota que puede movilizarse e integrarse en diversos sitios de un genoma con los que no presenta homología. Estos elementos se descubrieron en el maíz. Este proceso de movilización se conoce como transposición, y puede conducir a la escisión del elemento y su inserción en un nuevo sitio o a la copia del elemento, de manera que se retiene una copia del elemento en el sitio original a la vez que se genera una nueva copia durante la transposición. Estos elementos generalmente contienen secuencias repetidas invertidas en sus extremos y codifican para una enzima responsable de su transposición, la transposasa. A menudo, los elementos genéticos móviles se denominan genéricamente como transposones, aunque este término también se utiliza habitualmente para denominar a los transposones compuestos (composite transposons), que son elementos bordeados por dos secuencias de inserción y que incluyen genes adicionales a los necesarios para la transposición.

Fragmento del genoma de un virus que se ha integrado de manera estable en el ADN del huésped o anfitrión, generalmente en el genoma nuclear de una planta. Aunque originalmente provienen de virus infecciosos, como los pararretrovirus, estos elementos no siempre causan enfermedad y pueden heredarse de generación en generación como parte del genoma de la planta.

Miembros del microbioma de muchos insectos. La transmisión vertical de las bacterias endosimbiontes se produce durante la fertilización de la hembra, todos los órganos del insecto contienen estas bacterias intracelulares, que desempeñan una serie de funciones que afectan al desarrollo, comportamiento y fertilidad del insecto. Brindan a sus huéspedes beneficios nutricionales o protección contra enemigos naturales, mecanismos de defensas de las plantas, insecticidas o estrés abiótico. Además, se han descrito interacciones entre vectores (especialmente en psílidos y mosca blanca) y sus endosimbiontes bacterianos. Generalmente se utiliza secuenciación dirigida de ADNr 16S para identificarlos y compararlos. El primer endosimbionte cultivado in vitro de forma continua fue Spiroplasma poulsonii (de Drosophila), que afecta al metabolismo, la reproducción y la defensa contra los parásitos de la mosca. La posibilidad de cultivar bacterias endosimbiontes in vitro y secuenciar su genoma completo, sienta las bases para profundizar en el campo de las interacciones huésped-vector-microorganismos.

Denominación común de la enfermedad compleja de la vid, de distribución mundial, asociada a ocho virus descritos del enrollado de la vid (Grapevine leafroll-associated virus-GLRaV), de la familia Closteroviridae y de tres géneros: i) Ampelovirus (GLRaV-1, GLRTaV-3, GLRaV-4, GLRaV-5, GLRaV-6 y GLRaV-9); ii) Closterovirus (GLRTaV-2); y iii) Velarivirus (GLRaV-7). El que fue denominado GLRaV-8, reportado antes de la caracterización del genoma de la vid, fue eliminado debido a que su existencia se basó en secuencias parciales y en serología que compartían un alto grado de homología con el genoma Vitis. Los síntomas de todos los ocho virus asociados son similares y por ejemplo, Grapevine leafroll-associated virus 3 (GLRaV-3), prevalente y considerado el principal responsable de la sintomatología, se manifiesta a partir del verano con cambios en la coloración de las hojas, que toman tintes púrpuras, pero mantienen los nervios verdes (en las variedades tintas) o amarillean (en las variedades blancas), que adquieren una apariencia y textura acartonada y se enrollan hacia el envés según tres ejes. En algunos cultivares, y dependiendo del ecosistema, se aprecia falta de color en las bayas, maduración más tardía e irregular y con menor contenido en azúcar. Las plantas afectadas son ligeramente menores de porte que las sanas. Las vides americanas son asintomáticas. La infección viral provoca disminuciones notables de vigor, fertilidad, peso de la cosecha y, sobre todo, alteraciones en la maduración de las uvas que se retrasa y es irregular por lo que, después del envero, en variedades tintas, se pueden observar uvas con distintas tonalidades. La uva no alcanza los niveles de concentración de azúcar ni de ácidos normales en los mostos de las cepas sanas. La infección causa una reducción importante del rendimiento de las cepas afectadas e influye de forma negativa en la calidad del vino producido. Se transmiten y diseminan principalmente por injerto y multiplicación vegetativa de material infectado y más localmente por vectores de las familias Pseudococcidae (Ps. longispinus, Ps. calceolariae, Ps. viburni, Ps. maritimus), Planococcus (P. ficus y P. citri) y Coccidae (Pulvinaria vitis). Los vectores naturales de Grapevine leafroll-associated virus 4 (GLRaV-4) y de sus sinónimos GLRaV-5 y GLRaV-9, son Phenacoccus aceris y Pseudococcus longispinus. El virus Grapevine leafroll-associated virus 7 (GLRaV-7) está considerado como un virus leve y de rara o escasa distribución geográfica. Los virus asociados al enrollado de la vid están presentes en España.

Denominación común, aunque parcial e incompleta, del conjunto de pruebas o técnicas utilizadas para analizar marcadores biológicos en el genoma y proteoma de plantas, patógenos y artrópodos y cómo sus células expresan sus genes como proteínas. Las más utilizadas son de hibridación ADN-ADN, análisis de huellas genéticas (ADN fingerprinting), reacción en cadena de la polimerasa convencional o en tiempo real, RFLP, RAPD o secuenciación masiva de ADN.