Diccionario

Conjunto de genes presentes en los genomas secuenciados de todas las cepas de una misma especie o de un grupo relacionado de organismos. Representa la diversidad genética total de esa especie. Esta definición de pangenoma, denominada “pangenoma de presencia-ausencia” (presence–absence variation pangenome), es la más común en la literatura científica, aunque algunos especialistas en la disciplina de Pangenómica definen tres tipos de pangenoma, que implican diferencias en la representación del mismo y en su inclusión de genes y secuencias no codificantes. El pangenoma se divide en dos componentes principales: i) genoma central o núcleo, que representa a los genes que están presentes en todas las cepas y por estar conservados son esenciales para las funciones básicas de la especie; y ii) genoma accesorio o dispensable, que representa los genes que están presentes únicamente en algunas cepas. Estos genes diferenciales suelen estar relacionados con la adaptación al ambiente, resistencia a antibióticos, o mecanismos de patogenicidad, pero también suelen incluir secuencias típicas de fagos, plásmidos y otros elementos genéticos móviles. La importancia del pangenoma en Fitopatología es clave, ya que permite entender la diversidad genética de los patógenos y su interacción con las plantas anfitrionas u hospedadoras. Permite: i) conocer la variabilidad genética de los patógenos e identificar genes que están presentes solo en algunas cepas de un patógeno, como genes de virulencia, efectores, o de resistencia a plaguicidas, fundamental para comprender por qué ciertas cepas son más agresivas o difíciles de controlar que otras; y ii) entender la coevolución planta-patógeno, al permitir estudiar cómo los genes de los patógenos evolucionan para evadir los mecanismos de defensa de las plantas. Así, algunos genes de efectores pueden perderse por deleción o acumular mutaciones que alteren su secuencia para evitar ser detectados por genes de resistencia en las plantas. El conocimiento de qué genes del pangenoma están implicados en la infección, permite diseñar estrategias para mejorar la resistencia e identificar dianas moleculares para mejorar genéticamente cultivos determinados mediante edición genética o cruzamientos dirigidos. La identificación de los genes únicos y accesorios favorece el desarrollo de métodos, técnicas de detección y reactivos específicos de detección y diagnóstico para identificar cepas nuevas, más virulentas o resistentes. El estudio del pangenoma puede mostrar cómo una población patógena cambia con el tiempo, ayudando a predecir posibles brotes o fallos en el control basado en resistencia genética. Como ejemplo concreto, en el hongo fitopatógeno Magnaporthe oryzae (causante del añublo del arroz), el análisis del pangenoma ha permitido identificar genes de efectores que determinan si una cepa puede infectar a ciertas variedades de arroz y ello ha sido clave para el diseño de programas de mejora genética más eficaces. El pangenoma se puede representar, de forma básica, como una lista de genes presentes o ausentes en cada cepa o individuo, mediante una matriz. Como segundo tipo de pangenoma, denominado “secuencia representativa del pangenoma” (representative sequence pangenome), también puede expresarse como una concatenación de genomas completos o sus secuencias representativas, lo que es útil para análisis comparativos. El tercer tipo, denominado “pangenoma gráfico” (pangenome graph o graphical pangenome), integra múltiples secuencias genómicas de organismos de la misma población, especie o género en un único genoma de referencia.

Persona o entidad que recibe en su país o en su sede habitual a invitados o visitantes, según la Real Academia Española (RAE). Coloquialmente, persona que tiene invitados a su mesa o su casa y que, por tanto, proporciona alojamiento o sustento en su sede habitual. Esta definición refleja con claridad, en español, el correcto significado del término huésped, tan usado en Biología. Sería por tanto deseable la promoción de anfitrión en vez de huésped, que es el término preferentemente usado en las publicaciones de la Sociedad Española de Fitopatología (SEF). En el presente diccionario de Fitopatología se utilizan indistintamente huésped o anfitrión, o ambos, para la máxima promoción y divulgación de la voz anfitrión o anfitriona.

1. Según la Real Academia Española (RAE), el latín hospes, -itis del que deriva esta voz, significaba en un principio “persona que da alojamiento a otra”, sentido al que se añadió después el de “persona que se aloja en casa de otra”. El castellano huésped heredó ambos sentidos y llegó a significar, incluso, “dueño de una posada o pensión”. Con el tiempo, y para evitar anfibologías, fue perdiendo el primero de los sentidos indicados, y hoy se usa casi exclusivamente con el segundo sentido (persona que se aloja en casa de otra). En Biología, huésped significa “organismo, animal o vegetal, en el que se aloja un parásito”. Este sentido se debe hoy al influjo del inglés host (voz que, aunque tomada del francés, procede del mismo étimo latino, y que, al contrario de lo ocurrido en español, solo ha conservado en inglés el sentido de “anfitrión”). Fuera de este ámbito, es preferible hoy reservar el término huésped o huéspeda para designar a quien recibe alojamiento, y denominar anfitrión al que lo proporciona. A pesar de la permisibilidad de la RAE, a lo largo del texto de este Diccionario o Glosario de léxico fitopatológico de la Sociedad Española de Fitopatología (SEF), dado que el término huésped es el que se ha venido utilizando en las publicaciones de la SEF, aquí se usa indistintamente huésped o anfitrión, o ambos, para la máxima promoción y divulgación de la voz anfitrión o anfitriona. A su vez evita decir planta huéspeda o célula huéspeda (correcto, pero no común) y sin embargo, utiliza con normalidad planta o célula anfitriona. 2. Organismo vivo, como una planta, un microorganismo o un cultivo celular, que alberga a un parásito o patógeno, con el que se establece una relación y en el que se puede multiplicar o replicar. 3. Célula u organismo que se emplea para la expresión de uno o más genes heterólogos.