Diccionario

Patrón de fragmentos polimórficos, obtenidos por restricción del ADN, amplificación de ADN por PCR, u otras metodologías, que se emplea como técnica para diferenciar genomas individuales, comparar secuencias de diferente origen o comparar una secuencia conocida con otra desconocida.

Técnica muy utilizada para establecer un vínculo entre la evidencia biológica y un sospechoso en una investigación criminal, que también se utiliza en identificación y taxonomía fitopatológica para establecer si dos muestras de ADN son iguales o no. Una muestra de ADN se puede comparar con otra para evaluar si los perfiles coinciden y asignar un porcentaje de identidad. Dos individuos u organismos clonados pueden ser estudiados para determinar si poseen partes en común y, por tanto, se superponen entre sí. La prueba también se utiliza para establecer la paternidad.

Método de determinación de la estructura de proteínas o ácidos nucleicos para comparaciones entre organismos. La muestra se fracciona o separa en un gel de electroforesis o se somete a cromatografía, tras una hidrólisis parcial, para obtener un mapa bidimensional. También se utiliza para comparar la estructura o secuencias de moléculas de distinto origen, o para identificación de una molécula o un genoma por comparación con un estándar conocido o de referencia.

Uso de secuencias repetitivas muy variables, con un tamaño medio de 2-5 pb, que se encuentran en las regiones microsatélites adyacentes a los genes o intragénicas o en otras áreas de interés, como marcadores para el análisis de ligamiento, huellas moleculares de ADN u otras aplicaciones del diagnóstico o la identificación y comprobación de la autenticidad y uso de un cultivar legalmente protegido o de microorganismos.

Aquella capaz de captar la radiación del infrarrojo cercano emitida por plantas y cultivos y, por consiguiente, su temperatura, que se correlaciona de forma inversa con la transpiración y la conductancia estomática. La disponibilidad de cámaras con una resolución cada vez mayor ha hecho posible monitorizar de forma indirecta el comportamiento estomático de plantas y cultivos, con especial interés en la evaluación de sequía. Se han usado también para conocer el impacto de infecciones virales, bacterianas y fúngicas. La combinación de estas técnicas con la detección de fluorescencia multicolor inducida por UV o de la roja emitida por la clorofila, incrementa las posibilidades diagnósticas y pone de manifiesto la compleja heterogeneidad espacial y temporal de procesos esenciales para la planta, como la fotosíntesis, el metabolismo secundario y la transpiración. En muchas ocasiones puede combinarse el uso de cámaras termales con el de multiespectrales o hiperespectrales en la búsqueda de una “huella” espectral de un patógeno.

Denominación común, aunque parcial e incompleta, del conjunto de pruebas o técnicas utilizadas para analizar marcadores biológicos en el genoma y proteoma de plantas, patógenos y artrópodos y cómo sus células expresan sus genes como proteínas. Las más utilizadas son de hibridación ADN-ADN, análisis de huellas genéticas (ADN fingerprinting), reacción en cadena de la polimerasa convencional o en tiempo real, RFLP, RAPD o secuenciación masiva de ADN.

Estrías que rodean la vulva de nematodos. La cutícula de la región perineal presenta una estructura característica, denominada patrón perineal que comprende el extremo terminal de la cola, los fasmidios, los campos laterales, el ano y la vulva rodeada por las estrías cuticulares. Aunque el patrón perineal presenta variaciones dentro de las especies y poblaciones del género Meloidogyne, sus características básicas se mantienen y constituye una forma de huella digital con gran valor diagnóstico.

Término inglés muy habitual para designar abreviadamente a la huella genética de ADN.

Técnica serológica de localización de antígenos en secciones de tejido inmovilizadas o impresas en membranas de nitrocelulosa, éster de celulosa o papel. Las secciones de tejido de material vegetal recién cortado se impresionan contra la membrana suave pero firmemente, de manera que se permita la observación de la estructura de la sección. Las huellas o improntas de tejido inmovilizadas se revelan como en una técnica ELISA, frecuentemente directa, con el uso de anticuerpos específicos conjugados con la enzima fosfatasa alcalina. El revelado se realiza con substrato precipitante azul nitrotetrazolio (o cloruro de tetrazolio nitroazul) y 5-bromo-4-cloro indolil fosfato (NBT+BCIP). La presencia de acúmulos de precipitado violeta en la zona vascular indica infección para patógenos vasculares y acúmulos en otras zonas indican la presencia localizada de otros patógenos extracelulares, en función de los anticuerpos utilizados. Es extensivamente empleada en viveros y prospecciones para la detección rutinaria de Closterovirus tristezae (Citrus tristeza virus-CTV), pues es la técnica serológica de referencia usada con anticuerpos monoclonales específicos. La realización de la prueba es sencilla, no requiere de personal especializado para su ejecución que puede efectuarse en condiciones de campo de forma muy económica.

Huella de secciones de material vegetal inmovilizado en membranas para su revelado inmunológico, generalmente por inmunoimpresión.

1. Secuencia corta de ADN, por lo general formada por uno a cuatro pares de bases (unidad de ADN), que se repite en tándem un número variable de veces en una molécula de ADN. 2. (microsatellite, simple sequence repeat SSR, short tandem repeat STR). Secuencias de ADN en las que un fragmento, cuyo tamaño varía desde dos hasta seis pares de bases, se repite de manera consecutiva. La variación en el número de repeticiones, y no la secuencia repetida, crea diferentes alelos. Generalmente se encuentran en zonas no codificantes del ADN. Son neutros, codominantes y poseen una alta tasa de mutación, lo que los hace muy polimórficos. Se utilizan como marcadores moleculares en numerosas aplicaciones en el campo de la genética, como pueden ser estudios de parentesco y de poblaciones, por su alta capacidad para generar una huella genética personal o perfil genético.

Denominación común del síntoma que se observa en la mayoría de cítricos injertados sobre naranjo amargo, infectados por el virus de la tristeza de los cítricos (Closterovirus tristezae, Citrus tristeza virus-CTV), que muestran el síndrome de decaimiento lento, o en árboles infectados por Spiroplasma citri (enfermedad del stubborn). Aparece cuando se levanta la corteza en la línea de injerto, solamente en árboles infectados injertados sobre el patrón naranjo amargo. Se observa que la cara cambial de la corteza del patrón presenta multitud de pequeños orificios. como si se hubiese pinchado con una aguja o alfiler repetidas veces. Estos orificios corresponden a los extremos lignificados de los radios medulares que, cuando se levanta la corteza, quedan adheridos a la madera y dejan su huella en la misma. Las pequeñas proyecciones que quedan sobre la madera confieren a la misma un tacto rugoso.

Virus de ADN circular de doble cadena (dsADN) que presentan diversas similitudes con retrovirus —que no se encuentran en plantas—, de manera que se replican en el núcleo mediante transcripción seguida de una transcripción reversa en el citoplasma; este tipo de virus no se ha documentado en ningún otro tipo de organismo fuera de las plantas, por lo que se considera que su presencia está limitada al reino vegetal. Pertenecen principalmente a la familia Caulimoviridae y a los siguientes géneros: i) Caulimovirus, como el mosaico de la coliflor (Cauliflower mosaic virus-CaMV), que no necesita integrarse en el genoma de la planta para replicarse, aunque se han encontrado secuencias similares a CaMV integradas en genomas de algunas plantas, lo que sugiere eventos de integración pasados; ii) Badnavirus, como el virus del rayado del banano (Banana streak virus-BSV), que puede integrarse en el genoma del plátano como elemento viral endógeno (EPRV). Bajo ciertas condiciones de estrés, como la hibridación o la propagación o cultivo in vitro, los elementos virales endógenos pueden reactivarse y generar infecciones virales activas, que entorpecen los programas de mejora genética del plátano; iii) Tungrovirus, como el virus baciliforme del tungro del arroz (Rice tungro bacilliform virus-RTBV), que infecta al arroz y se transmite junto a un virus de ARN; y iv) otros géneros como Petuvirus, Soymovirus, Cavemovirus, Rosadnavirus, y Florendovirus, este último género incluye pararretrovirus endógenos (endogenous pararetroviruses, EPRVs, incluidos en el genoma de diversas especies de plantas, entre ellas de los cítricos), que no siempre causan enfermedad pero han dejado huellas en su genoma. Así pues, aunque los pararretrovirus se replican a través de un intermediario de ARN mediante transcriptasa reversa, no se integran obligatoriamente en el genoma del huésped o anfitrión como parte de su ciclo de vida normal (a diferencia de los retrovirus verdaderos), aunque en algunos casos diversas secuencias de pararretrovirus pueden integrarse de forma accidental en el genoma de la planta, como secuencias virales integradas Aunque muchas son inactivas, algunas pueden reactivarse bajo condiciones de estrés y producir virus infecciosos.

En nematodos, estructura característica de la cutícula de la región perineal que comprende el extremo terminal de la cola, los fasmidios, los campos laterales, el ano y la vulva, rodeada por las estrías cuticulares. El patrón perineal presenta variaciones dentro de las especies y poblaciones del género Meloidogyne, pero sus características básicas se mantienen y constituye una forma de huella digital con gran valor diagnóstico. En el examen de un patrón perineal debe considerarse su apariencia general, presencia o ausencia de marcas en los campos laterales, punteaduras en el extremo de la cola, forma, y, a veces, el número de las estrías.

Denominación común muy extendida, pero restrictiva, ya que con frecuencia únicamente se refiere a las técnicas que implican a ácidos nucleicos como diana o muestra, marginando a otras pruebas con moléculas como son los anticuerpos, entre otras. Incluye básicamente técnicas de hibridación, análisis de huellas genéticas, RFLP, RAPD, MLSA, MLST, MLVA y la secuenciación convencional y masiva.

Fragmentos o incluso genomas completos de virus que se han integrado permanentemente en el ADN de una especie no viral, como una planta, a lo largo de la evolución. Por lo tanto, se convierten en parte integrante de su propio genoma y consecuentemente se transmiten hereditariamente. Frecuentemente actúan como elementos genéticos móviles (EGM) o transposones, como los pararretrovirus endógenos (endogenous pararetroviruses, EPRVs) que codifican proteínas virales y pueden ser reactivados bajo ciertas condiciones de estrés, o secuencias relacionadas con virus de ARN que se silencian pero que pueden influir en la defensa de la planta, como los fragmentos de virus de mosaico del pepino (Cucumber mosaic virus, CMV) o del tabaco (Tobacco mosaic virus, TMV) que se detectan en el genoma de pepino o tabaco, respectivamente. Actualmente, se estudia su papel en el silenciamiento génico y la inmunidad de la planta. Así, se constata, cómo infecciones virales antiguas, han dejado “huellas, fantasmas o fósiles» genéticos que actualmente son parte constitutiva del ADN vegetal.

1. Huella, vestigio o rastro de una sustancia, producto fitosanitario o de una plaga. 2. Referido a elemento traza, es un sinónimo de micronutriente.

Procedimiento para caracterizar ácidos nucleicos (ADN, ARN) o proteínas mediante análisis electroforético o cromatográfico de fragmentos específicos.

Reproducción de la imagen de la sección de material vegetal que se ha aplicado sobre una materia blanda, porosa o dúctil, como la superficie de papel de filtro, membrana, gel o medio de cultivo solidificado con agar. Constituye un método de preparación de muestras para detección de patógenos sin realizar extractos, para su análisis serológico y por hibridación o amplificación molecular. También se utiliza para realizar aislamiento en medio de cultivo sólido mediante contacto ligero de la sección recién efectuada con la superficie del medio e incubación posterior.