Diccionario

1. Acción o efecto de repetir o repetirse. Ejecución de un experimento o proceso en el mismo lugar y momento. 2. Número de veces en que un tratamiento aparece, asignado al azar, en un experimento. Las repeticiones permiten: i) estimar el error experimental; ii) mejorar la precisión del experimento; iii) aumentar el alcance de la inferencia del tratamiento; y iv) ejercer control sobre la varianza del error, según definición del Diccionario de Ciencias Hortícolas de la SECH.

Aquellas de secuencias cortas de ADN altamente variables y repetidas un número variable de veces en el genoma bacteriano.

Tipo de mutación puntual que actúa únicamente aumentando el número de repeticiones normales de una secuencia de nucleótidos generalmente corta (3, 4, 5, 6 o 12 nt). En humanos, este tipo de mutación conduce a diversas enfermedades, como la denominada corea de Huntington.

Método de caracterizar la diversidad genética intraespecífica de muy diversos organismos, incluyendo virus, bacterias y hongos. La secuenciación del genoma completo de algunas bacterias ha permitido el descubrimiento de nuevos marcadores moleculares caracterizados por ser altamente polimórficos y presentar un número variable de unidades repetitivas en el mismo locus. Este número de repeticiones varia frecuentemente de un aislado a otro y puede ser detectado por PCR utilizando oligonucleótidos que flanquean la región. Esta metodología ha sido ampliamente utilizada para el análisis de la identidad biológica de especies eucariotas y procariotas, así como en pruebas de paternidad en humanos.

Secuencia de bases en una molécula de ácido nucleico que es idéntica a otra secuencia de la misma molécula, pero con el orden de las bases invertido. Si se lee desde el extremo 5´ y la otra desde el extremo 3´, el orden de las bases resultará idéntico; un ejemplo de repetición invertida es la secuencia 5’-ATTTTGGC…GCCAAAAT-3’.

Aquel que posee repeticiones de secuencias idénticas o casi idénticas que se disponen a continuación unas de otras, algunas veces separadas por algún nucleótido, y flanqueadas por dos regiones altamente conservadas, cuyo tamaño es de alrededor de 30 pb (minisatélites), o de 2-5 pb (microsatélites).

Técnica prácticamente universal para generar patrones de amplificación de DNA para el tipado e identificación de diversas especies de bacterias. Están disponibles protocolos generales descritos por EPPO (2010 y 2014). Se realiza mediante la técnica denominada rep-PCR que se basa en la amplificación de secuencias repetitivas, específicas y conservadas, presentes en múltiples copias en los genomas de la mayoría de las bacterias gramnegativas y positivas, como las secuencias extragénicas palindrómicas repetitivas (REP), las secuencias intergénicas consenso y repetidas de enterobacterias (ERIC), las secuencias repetitivas y conservadas de las subunidades BOX A de los elementos BOX de Streptococcus pneumoniae, etc., con la finalidad de identificar bacterias muy distintas. En la mayoría de los casos, la utilización de estos cebadores da lugar a patrones de amplificación a pesar de que los organismos diana no contengan las repeticiones correspondientes (ERIC, BOX, etc.), por lo que en general se considera que es una PCR arbitraria.

Técnica de amplificación molecular isotérmica muy sensible, específica y selectiva, que se basa en la utilización de tres proteínas: una recombinasa, una proteína de unión a ADN monocatenario (proteína SSB, o single-stranded DNA-binding protein) y una ADN polimerasa con actividad de desplazamiento de hebra (strand displacement). La recombinasa forma un complejo nucleoproteico con el cebador en presencia de ATP y de un agente concentrador, como polietilenglicol; este complejo se une a la secuencia de ADN homóloga al cebador y favorece la desnaturalización local del ADN. Las regiones de cadena única se estabilizan mediante unión de la proteína SSB y, al disociarse la recombinasa del ADN, la ADN polimerasa se une al extremo 3’ del cebador e inicia la síntesis de ADN en presencia de dNTPs. La repetición cíclica de este proceso da lugar a una amplificación exponencial del ADN a una temperatura de 37–42 °C, sin requerir ciclos térmicos como la PCR. La técnica es robusta, pues puede amplificar con una preparación mínima de la muestra y permite utilizar extractos crudos, brutos o muy poco procesados. Permite producir una cantidad detectable de ADN amplificado en unos 20 minutos y partiendo de 1–10 copias del ADN diana. Se ha utilizado para amplificar ARN, ARNmi, ADN monocatenario (ssDNA) y ADN bicatenario (dsDNA) de una amplia variedad de organismos y muy distintas muestras. Se utiliza en detección de agentes fitopatógenos, genómica y biotecnología. Esta técnica, para detección del oomiceto Phytophthora pini, se ha combinado con un sistema de detección visual mediante un dispositivo de flujo lateral, lo que permite identificar la presencia del patógeno de forma sencilla. Combinado con CRISPR-Cas12a, conocida por su capacidad de edición genética y detección de secuencias específicas de ADN, permite la detección precisa, con alta sensibilidad, de secuencias diana.

Grupo heterogéneo de ARNs de naturaleza muy variada, entre los que cabe destacar: i) los ARNsi de acción trans o ARNtasi (trans-acting siRNA, tasiRNA); ii) los ARNsi asociados a transcritos naturales antisentido o ARNnatsi (natural antisense siRNA, natsiRNA); y iii) los ARNsi asociados a repeticiones del genoma o ARNrasi (repeat-associated siRNA, rasiRNA). Son moléculas de ARN bicatenario perfectamente complementarias, de 20-21 nucleótidos con dos nucleótidos desemparejados en cada extremo 3´, con capacidad y efecto de interferir anulando la expresión de un gen concreto. Pueden ser introducidos de forma exógena en las células utilizando métodos de transfección basándose en la secuencia complementaria de un gen en particular, con finalidad de reducir significativamente su expresión. Las infecciones virales en plantas están asociadas con la acumulación de ARN pequeño interferente (ARNsi) virales que pueden, a su vez, actuar silenciando el propio genoma viral. Por esta razón, los virus son tanto inductores como dianas del silenciamiento por ARN. Mientras que en virus de ADN los ARNsiv podrían provenir de ARN bicatenarios (ARNds) generados durante la transcripción bidireccional de sus genomas, en virus de ARN los ARNsiv podrían generarse a partir de ARNds sintetizados durante el proceso de replicación viral.

Siglas del inglés. En español, repeticiones palindrómicas cortas agrupadas y regularmente interespaciadas. Son familias de secuencias o locus de ADN que contienen repeticiones cortas de secuencias de bases y están presentes en arqueas y bacterias. Estas secuencias contienen fragmentos de ADN de elementos genéticos móviles, como virus y plásmidos, que han invadido a la célula y son utilizados para detectar y destruir el ADN invasor en nuevos ataques de elementos similares, por lo que juegan un papel clave en los sistemas de defensa celulares. Actualmente forman parte de la tecnología conocida como CRISPR/Cas9 que, de forma específica y muy efectiva, permite modificar los genes dentro de los organismos vivos al alterar secuencias genéticas para modificarlos o tratar enfermedades genéticas. Esta innovadora herramienta puede ser ajustada para reconocer y cortar y pegar secuencias cortas de ADN, lo que la ha convertido en la técnica de edición genética más eficiente desde la década de 2010. Actualmente, CRISPR/Cas12, y variantes cómo Cas12a, puede cortar el ADN en lugares más específicos que Cas9, de manera más precisa y con menos efectos secundarios no deseados y puede ser utilizado en una gran variedad de organismos y sistemas biológicos para investigación genética, desarrollo de terapias génicas, mejora de genética de cultivos agrícolas y en la lucha contra enfermedades.

Repetición de una secuencia de bases en una molécula de ácido nucleico.

Característica de la estructura secundaria de mínima energía, del ARN genómico de algunos viroides, considerados típicos. No todos los viroides adoptan este tipo de conformaciones. La aplicación de programas informáticos para el cálculo de las estructuras secundarias de minima energía libre de los viroides ha permitido la obtención de una serie de conformaciones en forma de varilla o de cuasi-varilla, en las que regiones de apareamiento intramolecular se alternan con pequeños bucles de bases desapareadas. Hay que tener en cuenta que las conformaciones obtenidas con el empleo de esta aproximación in silico no tienen necesariamente que reflejar las que los viroides adoptan in vitro o in vivo. Sin embargo, existen datos experimentales, como microscopía electrónica y repeticiones de secuencia observadas en otros dos miembros de la familia Pospiviroidae, (Citrus exocortis viroid-CEVd y Coconut cadang-cadang viroid-CCCVd), que sugieren que ocurren de tal forma y que preservan sus estructuras secundarias de tipo varilla. Los viroides con estructura secundaria en forma de varilla (viroides típicos), se replican y acumulan en el núcleo.

1. Unidad de alternancia de iluminación-oscuridad específica para cada planta, cuya repetición orgánica determina la floración de la misma y otros fenómenos relacionados con el crecimiento. 2. Duración o tiempo relativo de los períodos de luz y oscuridad diarios a que están sometidos los organismos (duración del día).

Ciencia que trata la identificación y estudio de las variantes estructurales de secuencia en los genomas. Dichas variantes pueden ser polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs), mutaciones, o cambios como repeticiones o inserciones de nucleótidos. Estudia también las estructuras tridimensionales de las proteínas y la función que éstas realizan en los procesos bioquímicos de un organismo, utilizando técnicas experimentales y simulación por ordenador.

1. Secuencia corta de ADN, por lo general formada por uno a cuatro pares de bases (unidad de ADN), que se repite en tándem un número variable de veces en una molécula de ADN. 2. (microsatellite, simple sequence repeat SSR, short tandem repeat STR). Secuencias de ADN en las que un fragmento, cuyo tamaño varía desde dos hasta seis pares de bases, se repite de manera consecutiva. La variación en el número de repeticiones, y no la secuencia repetida, crea diferentes alelos. Generalmente se encuentran en zonas no codificantes del ADN. Son neutros, codominantes y poseen una alta tasa de mutación, lo que los hace muy polimórficos. Se utilizan como marcadores moleculares en numerosas aplicaciones en el campo de la genética, como pueden ser estudios de parentesco y de poblaciones, por su alta capacidad para generar una huella genética personal o perfil genético.

Acrónimo del inglés. En español, elementos transponibles de repetición invertida en miniatura. Son un grupo de elementos transponibles no autónomos, que por tanto no pueden codificar su propia transposasa. Se encuentran dentro de los genomas de animales, plantas, hongos y bacterias.

Sigla del inglés. En español, análisis de polimorfismos de múltiples locus con número variable de repeticiones en tándem. Método molecular para identificar la variabilidad intraespecífica de bacterias, incluso a nivel de patovar. Las repeticiones en tándem son secuencias cortas de ADN altamente variables y repetidas un número variable de veces en el genoma bacteriano. El análisis de múltiples regiones VNTR, se denomina MLVA y permite el análisis de la variación de la secuencia en ciertas regiones del genoma. Es un método muy adecuado para estudios epidemiológicos de bacterias a largo y corto plazo. Se trata de un método específico, rápido, de fácil ejecución y bajo costo. Actualmente la posibilidad de secuenciar genomas completos a un precio razonable ha hecho decaer su uso.

1. Una sola unidad. 2. Unidad estructural con la cual, por repetición de la misma, se construye un compuesto de mayor tamaño.

Cambio de una base por otra en un triplete de nucleótidos o codón, que deriva en la codificación de un aminoácido distinto o en la creación de un codón de terminación prematura de la síntesis de una proteína (codón sin sentido, que no codifica ningún aminoácido y da lugar a la finalización de la cadena polipeptídica, que suelen ser los codones ámbar-UAG, ocre-UAA, u ópalo-UGA). También la mutación puntual es un cambio en un solo nucleótido, o en un reducido número de nucleótidos. Pueden ser silenciosas, polimorfismos, de sentido erróneo, sin sentido, inserción, deleción, duplicación, de cambio de marco de lectura, de expansión por repetición, y de otros tipos.

Técnica de análisis de las variaciones en el número de repeticiones de una secuencia sencilla también llamada microsatélite. Se pueden detectar diferencias de tamaño en los productos de PCR entre genotipos distintos, con el uso de iniciadores de PCR para las secuencias que flanquean la repetición.

1. Proceso celular que permite la amplificación del ácido nucleico genómico del virus o viroide, por el cual una partícula de estos induce a la célula anfitriona a reproducir su ácido nucleico genómico. 2. Proceso por el cual una molécula de ADN o de ARN cataliza o dirige la síntesis de una copia exacta de sí misma. 3. Repetición de un experimento o procedimiento simultáneamente (al mismo tiempo y lugar). 4. Reiteración de uno de varios experimentos, procedimientos o muestras idénticas.

Elemento genético móvil autónomo que tradicionalmente se ha definido como un fragmento corto de ADN, que no confiere un fenotipo conocido, que codifica solo para un enzima necesario para su transposición (transposasa), y que puede copiarse repetidamente, insertándose en sitios muy diversos del genoma utilizando mecanismos de recombinación no homóloga entre los extremos del elemento y el ADN diana. Su tamaño varía entre 0,7 y 2,5 kb y son muy compactas, con solo uno o dos genes (transposasa y, a veces, proteínas reguladoras); están típicamente bordeadas por repeticiones cortas invertidas, generalmente imperfectas. La especificidad de inserción es muy variable: hay ISs que se insertan solo en secuencias diana muy específicas mientras que otros tipos de IS se insertan prácticamente al azar; muchos tipos de IS están bordeadas por una repetición corta (2-14 nt) de la secuencia diana, que se genera como resultado de la inserción. Esta definición de IS, sin embargo, requerirá de una revisión debido al descubrimiento en los últimos años de nuevos elementos que solo presentan algunas características de las ISs canónicas; un ejemplo son las IS que llevan genes adicionales o los elementos no autónomos, como los MITE.

Término genérico que se utiliza para referirse a los efectos del silenciamiento inducido por secuencias homólogas de ADN o ARN, y que se lleva a cabo por modificaciones epigenéticas. Este fenómeno da lugar, por ejemplo, al silenciamiento de repeticiones en tándem, de alelos de un gen, o de un transgén cuando la célula ya posee secuencias homólogas al transgén.

Generada a partir del descubrimiento de la existencia de repeticiones palindrómicas cortas agrupadas y regularmente espaciadas encontradas por Francis Mújica (Universidad Miguel Hernández de Elche, Alicante) en 1993, que se producen en el genoma de ciertas bacterias, y que actúa como un mecanismo inmunitario frente a los virus. Las bacterias que sobreviven al ataque viral conservan la información de este agresor. Cuando el virus vuelve a intentar infectar, la bacteria identifica los genes indeseables gracias a la información ya almacenada y esta memoria le permite destruir el virus. La tecnología ofrece la capacidad de modificar o corregir directamente los cambios asociados a la enfermedad subyacente en el genoma, y tiene un gran potencial en agricultura, medicina o medioambiente. Con la tecnología CRISPR se puede reemplazar el ADN erróneo por ADN correcto, que no suponga enfermedad. La caspasa-9 es una enzima (endonucleasa) clave en la transducción y ejecución de la señal apoptótica inducida por una diversidad de estímulos, asociada a CRISPR, conocida por actuar como “tijera molecular”, que corta y edita, o corrige, en una célula, el ADN asociado a una enfermedad. Un ARN guía dirige las tijeras moleculares Cas9 al lugar exacto de la mutación. Una vez que Casp9 hacen un corte en el ADN, los mecanismos celulares adicionales y el ADN añadido de forma exógena utilizarán la maquinaria de la propia célula y otros elementos para reparar específicamente el ADN. Actualmente, CRISPR/Cas12 y sus variantes, versión más reciente y versátil del sistema, relacionada con la respuesta al estrés del retículo endoplásmico, ofrece más ventajas.

Sigla del inglés. En español, número variable de repeticiones en tándem Las repeticiones en tándem son secuencias cortas de ADN altamente variables y repetidas un número variable de veces en el genoma bacteriano. Tienen de 21 a 47 pb y están separadas por fragmentos de secuencias no repetidas del mismo tamaño. Son altamente inestables, pudiendo presentar variabilidad en el número de unidades de cada repetición, designándose su análisis como VNTR y debido a su polimorfismo, se han utilizado como marcadores para la tipificación de especies bacterianas, pero también de otros tipos de organismos, incluyendo virus y hongos. La utilización de cebadores de PCR que delimiten la región de repetición permite visualizar el polimorfismo en el número de unidades repetidas mediante electroforesis, calculando el número de repeticiones según el tamaño de las secuencias amplificadas.

Conjunto compacto de unidades experimentales que incluyen todos o parte de los tratamientos de una prueba o ensayo.