Diccionario

Planta que exhibe un cambio fenotípico estable, ya sea con base genética o epigenética, según definición del Diccionario de Ciencias Hortícolas de la SECH.

Variante del mecanismo de círculo rodante, que puede seguirse durante la replicación de viroides. En esta variante se han encontrado moléculas circulares (-).

Molécula o fragmento de ácido nucleico con un cambio permanente en la secuencia de nucleótidos con respecto a la secuencia más común o a una secuencia de referencia. Este cambio de secuencia puede dar lugar o no a una alteración del fenotipo del organismo, como, por ejemplo, permitiendo que un patógeno de plantas supere la resistencia de la planta huésped o incrementando su virulencia. En el caso de virus, se denominan “variantes de secuencia” a linajes o poblaciones de virus que muestran uno o más polimorfismos de nucleótidos con respecto a la secuencia de referencia.

En una variante ligeramente distinta del mecanismo de círculo rodante, los oligómeros (-) son procesados (cortados y ligados) a moléculas circulares (-) sobre las que se inicia la segunda parte del ciclo, que es simétrica de la primera, razón por lo que a esta variante del mecanismo se le denomina así.

Diferencias genéticas entre individuos que implican alteraciones a gran escala en el ADN, como deleciones, inserciones, duplicaciones, inversiones o translocaciones; estas variantes representan un componente significativo, pero poco explorado, de la diversidad del genoma de las plantas. Analizar la dinámica de las variantes estructurales es esencial para comprender su contribución a la variación fenotípica y su influencia en la evolución del genoma. En Fitopatología, pueden afectar a genes relacionados con la resistencia o susceptibilidad a enfermedades, influyendo así en la interacción planta-patógeno y en la evolución de mecanismos de defensa.

Síntoma caracterizado por la ausencia completa de color verde en las plantas debido a quimeras, factores genéticos, toxinas de patógenos o a la infección de melocotoneros o duraznos por algunas variantes del viroide Peach latent mosaic viroid (PLMVd), especie Pelamoviroid latenspruni.

Cualquier cambio producido en el ADN, o más concretamente en un gen con respecto a su estado natural. Si no tiene repercusión patológica se denomina polimorfismo; cuando se trata de un cambio que tiene o puede tener repercusión patológica se suele denominar mutación. Cuando no se conoce si el cambio tiene o no repercusión, se denomina cambio o variante de significado desconocido.

Método que emplea la ADN polimerasa del bacteriófago Φ29 y cebadores al azar para la amplificación de moléculas de ADN. Constituye una alternativa eficaz y rápida para la detección de virus de genoma monopartito de ADN circular de cadena sencilla, incluyendo posibles nuevas variantes, al tratarse de una técnica que no precisa del conocimiento previo de la secuencia viral. Se han propuesto protocolos estandarizados EPPO para diagnóstico y detección de Begomovirus (familia Geminiviridae), que incluyen un análisis serológico inicial y una PCR para confirmar la infección.

Estudio de los polimorfismos de las secuencias de ADN (variantes normales) que están próximos a, o dentro de, un gen de interés (ligamiento) para identificar, en una misma familia, la segregación de una mutación patológica en un gen determinado.

Utilización de técnicas de secuenciación, análisis mutacional, rastreo de mutaciones o cualquier otro medio de estudio molecular genético, para detectar variantes en un gen que pueden estar asociadas a trastornos genéticos o patogénicos específicos. El análisis directo del ADN es posible solo cuando se conoce el gen o genes o la región genómica, asociados con el fenotipo bajo estudio.

Técnica que permite identificar y cuantificar la expresión de los genes en la célula, mediante la medición de los ARNm que están presentes en la misma en un momento determinado. Se basa en la obtención de pequeños fragmentos de ADNc de 9 pb, denominados etiquetas. Ello permite crear perfiles de expresión de cada célula en determinadas situaciones, ya sea en circunstancias normales de la célula sana o en momentos en que se ve afectada por algún patógeno. De esta manera se pueden comparar estos perfiles y determinar qué genes están siendo apagados o activados y así determinar cuál pudiera ser la causa asociada. Otras variantes de la técnica, como LongSAGE o MicroSAGE, presentan pequeñas variaciones para el análisis en serie de la expresión génica (SAGE) tradicional, pero usan un tamaño de etiqueta pequeño: SAGE 14 pb y LongSAGE 18 pb. SuperSAGE, con etiquetas de 26 pb, permite una óptima anotación, y análisis de nuevos transcritos en conjunción con técnicas como la de extensión hacia los extremos (3′- y 5′-RACE).

Colorante derivado del trifenilmetano. Originalmente se utilizó en la industria textil, pero actualmente se emplea principalmente en bioquímica para la tinción de proteínas en geles de electroforesis del tipo SDS-PAGE, y en la estimación de concentraciones de proteína mediante el método de Bradford. Ambas aplicaciones se basan en la capacidad de este colorante para unirse a todo tipo de proteínas. Hay dos variantes de este colorante: R-250 y G-250. El azul de Coomassie R-250 es el más utilizado para la tinción de geles de SDS-PAGE y permite la detección de cantidades muy pequeñas de proteínas. Por su parte, el azul de Coomassie R-250 permite una tinción de geles muy rápida, sin necesidad de desteñir el gel, y es el utilizado para la técnica de Bradford.

Subconjunto de partículas de aerosol atmosférico de origen biológico, con tamaños que oscilan desde pocos nanómetros hasta 100 µm. Poseen la capacidad potencial de diseminar patógenos de plantas y, por tanto, tener impacto en la Sanidad Vegetal. Se encuentran de forma ubicua en las capas bajas de la atmósfera, especialmente en la denominada capa límite planetaria. Se liberan desde la superficie terrestre debido fundamentalmente a: actividades naturales (procesos biológicos, o en el ciclo biológico de una plaga en sentido amplio en su interacción con el anfitrión o huésped y el ecosistema) y antropogénicas (agricultura, selvicultura, industria, transporte). Los bioaerosoles se transportan pasivamente a largas distancias por corrientes de aire, lo que les permite atravesar barreras geográficas. Facilitan también la diseminación de microrganismos patógenos de humanos, actuando como vehículos de propagación de enfermedades no solo de plantas sino también con impacto en la salud pública. Su capacidad de favorecer la evolución de los patógenos los convierte en un factor importante en la epidemiología vegetal y en la bioseguridad, ya que facilitan la aparición y emergencia de nuevas variantes y su adaptación al medio, incluyendo el desarrollo de resistencias a las medidas de control.

Vocablo inglés, pero denominación común utilizada en virología en español (con y sin tilde) para designar a una típica decoloración foliar extrema o clorosis muy pronunciada en algunas zonas de las hojas, que muestran un tono amarillo blanquecino. Es frecuentemente inducida por algunos virus y viroides. Por ejemplo, es causada por el virus de los anillos necróticos de los prunus (Prunus necrotic ringspot virus-PNRSV) y viroides, como ciertas variantes del viroide del mosaico latente del melocotonero o duraznero (Peach latent mosaic viroid-PLMVd), entre otros.

Técnica de identificación e investigación molecular de especies que consiste en la utilización de una sección corta de ADN de una región estandarizada del genoma (pequeña región de un gen, que ha sido elegida por consenso), para la identificación de animales, plantas o microorganismos. Está basada en la secuenciación de regiones cortas altamente variables del genoma y que aparecen en un elevado número de copias por célula. Una vez que se ha obtenido la secuencia de código de barras de ADN, se la coloca en la base de datos del sistema de código de barras de la vida Se utilizan estas secuencias para la identificación de especies. Con el fin de facilitar la amplificación, el código de barras de ADN debería presentar regiones de unión a cebadores muy conservadas, flanqueando la región génica elegida, de modo que podría utilizarse la misma pareja de cebadores en una amplia gama de microorganismos, y funcionarían como cebadores universales. Además, los marcadores genéticos son más fáciles de amplificar si se presentan en múltiples copias. Por otro lado, si los códigos de barras genéticos son fáciles de alinear facilitan la identificación de especies basada en árboles filogenéticos o bases de datos relacionados, que es el sistema generalmente utilizado para identificar especies por este método. Es aconsejable la cautela respecto de la fidelidad de las bases de datos a efectos de comparación de secuencias con fines de identificación; por ejemplo, recientemente se ha cuestionado la validez del código de barras del ADN basado en una sola secuencia génica, como la región intergénica del ARN ribosómico (ITS), y se ha recomendado que la delimitación de especies fúngicas se base en más de un locus (multilocus), que presumiblemente sean evolutivamente neutrales. La generación de marcadores moleculares, como el código de barras de ADN que sean específicos de especie, subespecie, raza, patovar, etc., y en el genotipado de estos, facilitarán: i) la identificación y evaluación de la distribución espacio-temporal de las variantes de cada agente nocivo, que son clave para el despliegue de las resistencias; ii) el análisis del potencial evolutivo de los agentes nocivos a través de la estructura genética de sus poblaciones, que es determinante para la estabilidad de las resistencias; e incluso; iii) la determinación del posible origen geográfico de un agente nocivo tras una introducción accidental, ilegal o voluntaria en una nueva zona. El código de barras del ADN microbiano se utiliza para caracterizar una mezcla de microorganismos, por ejemplo obtenidos sin clasificar en el medio ambiente, a partir de «marcadores genéticos universales» para identificar el ADN de muchas especies, incluso dentro de una mezcla de distintos microorganismos.

Siglas del inglés. En español, repeticiones palindrómicas cortas agrupadas y regularmente interespaciadas. Son familias de secuencias o locus de ADN que contienen repeticiones cortas de secuencias de bases y están presentes en arqueas y bacterias. Estas secuencias contienen fragmentos de ADN de elementos genéticos móviles, como virus y plásmidos, que han invadido a la célula y son utilizados para detectar y destruir el ADN invasor en nuevos ataques de elementos similares, por lo que juegan un papel clave en los sistemas de defensa celulares. Actualmente forman parte de la tecnología conocida como CRISPR/Cas9 que, de forma específica y muy efectiva, permite modificar los genes dentro de los organismos vivos al alterar secuencias genéticas para modificarlos o tratar enfermedades genéticas. Esta innovadora herramienta puede ser ajustada para reconocer y cortar y pegar secuencias cortas de ADN, lo que la ha convertido en la técnica de edición genética más eficiente desde la década de 2010. Actualmente, CRISPR/Cas12, y variantes cómo Cas12a, puede cortar el ADN en lugares más específicos que Cas9, de manera más precisa y con menos efectos secundarios no deseados y puede ser utilizado en una gran variedad de organismos y sistemas biológicos para investigación genética, desarrollo de terapias génicas, mejora de genética de cultivos agrícolas y en la lucha contra enfermedades.

Denominación común de enfermedad causada por variantes del viroide del enanismo del lúpulo (Hop stunt viroid-HSVd) en albaricoqueros o damascos, anfitriones en los que la infección produce la degeneración del fruto que ocasiona irregularidades de la piel o epidermis y pérdida de propiedades organolépticas.

Tecnología que permite el corte de genes para hacer modificaciones, ya sea suprimiendo un fragmento o insertando algún otro elemento. A partir de 2010 la diseminación de la técnica basada en la utilización de endonucleasas de origen microbiano (CRISPR/Cas9 y Cas12) ha redefinido radicalmente el panorama. Dicho cambio se debe a cuatro características fundamentales de esta tecnología: i) la especificidad o capacidad de inducir las modificaciones en puntos concretos elegidos como diana del genoma; esta característica le confiere además una muy baja incidencia de efectos secundarios indeseados; ii) la eficiencia o facilidad en la producción y el elevado porcentaje final de secuencias modificadas genéticamente en un lugar concreto; iii) la accesibilidad ya que es una técnica relativamente simple de aplicar, siempre que se disponga de un mínimo de conocimientos sobre manipulación genética, y que no requiere una inversión importante en cuanto a infraestructura para llevarla a cabo. Además, las herramientas moleculares requeridas están disponibles comercialmente a un precio asequible; y iv) la versatilidad, puesto que el conocimiento de las bases moleculares de esta tecnología ha hecho que muy rápidamente se obtengan variantes que permiten ejercer un mayor control de la técnica y adaptarla a los requerimientos e intereses del investigador. Se espera que sea clave para la obtención de variedades resistentes a los principales patógenos, de hecho, ya se han desarrollado plantas de arroz resistentes frente a Xanthomonas oryzae pv. oryzae, de cacao frente a Phytophthora, de cereales resistentes a mildiu, de cítricos frente a Xanthomonas citri pv. citri, de patatas o papas resistentes al virus Y (Potato virus Y-PVY), entre otros, o con incrementos significativos en la tolerancia a estreses como sequía, altas temperaturas, salinidad, etc. Esta tecnología no implica transgenia pues hace posible la mejora de variedades vegetales sin la introducción de elementos foráneos.

Denominación común en español, que proviene del acrónimo del inglés “Enzyme-Linked Immunosorbent Assay”, o ensayo inmunoenzimático en fase sólida o ensayo por inmunoadsorción ligado a enzimas, popularmente ELISA. Da nombre a una técnica inmunológica o ensayo inmunoenzimático o serológico muy sensible para detectar, cuantificar, identificar o comparar antígenos complejos (agentes patógenos), proteínas, anticuerpos, péptidos u hormonas, incluso en extractos vegetales brutos. Esta prueba se caracteriza por utilizar un soporte insoluble o inmunoadsorbente (microplacas, tubos, pocillos o membranas) para fijar, tapizar o sensibilizar con antígenos o anticuerpos, según la modalidad de técnica. La prueba consiste en una serie de incubaciones mediadas por lavados, hasta adicionar el substrato. Se caracteriza porque la reacción se revela con anticuerpos conjugados enzimáticamente (frecuentemente en Patología vegetal con fosfatasa alcalina de mucosa intestinal de ternera y en ocasiones con peroxidasa de rábano picante) o biotinilados y un sustrato apropiado a la enzima marcadora (p-nitrofenil fosfato en el caso de la fosfatasa alcalina y peróxido de hidrógeno para la peroxidasa). La densidad óptica o valor ELISA final es proporcional a la cantidad de antígeno o anticuerpo detectado y permite asignar un valor numérico a la detección semicuantitativa. Se han diseñado distintas variantes o modalidades: ELISA directo, indirecto, de doble sándwich de anticuerpos (DAS), indirecto doble sándwich de anticuerpos (DASI), y competición. Las modalidades pueden realizarse con anticuerpos policlonales, con anticuerpos monoclonales, con anticuerpos recombinantes o con fragmentos F(ab´)2 de anticuerpo y proteína A conjugada. La técnica ELISA puede realizarse con sustratos solubles o precipitantes.

Variante de ELISA con anticuerpos conjugados con biotina y revelado de la reacción con estreptavidina (actualmente más utilizada que la avidina). La estreptavidina conjugada con una enzima, presenta muchas ventajas ya que la constante de afinidad del complejo biotina-estreptavidina es una de las más altas conocidas. Además, las proteínas delatoras o conjugados con biotina son sencillos de preparar, estables, económicos y muy polivalentes, pues el mismo anticuerpo sirve para revelar con estreptavidina marcada con distintas enzimas (habitualmente fosfatasa alcalina o peroxidasa) u otros compuestos.

Variante de ELISA usada en comparación de antígenos (como agentes patógenos) para establecer mapas epitópicos o parentescos serológicos, que está basada en la competición de dos antígenos por un sitio común de reacción de un anticuerpo. Se realiza mediante dos reacciones en paralelo. En una reacción en una placa tapizada con anticuerpos, se añaden antígenos conjugados, homólogos de los anticuerpos, y se valora su densidad óptica final. En la reacción en paralelo, a una placa similar se añade el antígeno homólogo usado en la reacción primera (en concentración conocida) en mezcla con el antígeno distinto que se desee comparar y se valora la densidad óptica de esta segunda reacción. Al comparar los valores ELISA finales de ambas reacciones se puede cuantificar la competición, si esta existiera, por los sitios de unión de los anticuerpos utilizados. A mayor similitud entre ambos antígenos, más competición y menor valor ELISA.

Variante de ELISA para valorar anticuerpos conjugados o para detectar antígenos. Sobre una microplaca (o un inmunoadsorbente) tapizada con antígeno, se añaden los anticuerpos específicos del antígeno, marcados con una enzima o biotinilados y se incuban. En la etapa final, tras añadir el sustrato se obtendrá un valor ELISA (densidad óptica) proporcional a la cantidad de enzima fijada, que sugerirá la dosis de conjugado a emplear, caso de que el mismo sea válido o se observará si ha existido reacción con la muestra tapizada en la que se deseaba detectar un patógeno concreto. Esta técnica está en desuso para la detección de antígenos (agentes patógenos) pues exige la preparación de conjugados para cada antígeno a detectar, problemática resuelta por ELISA indirecto.

Variante de ELISA DAS (doble sándwich de anticuerpos) combinada con el sistema de revelado de ELISA indirecto. Se realizan los mismos pasos, pero requiere producir anticuerpos específicos en dos especies animales distintas. Se evita realizar conjugados al revelar la reacción con anticuerpos específicos (como los empleados en la fase primera de tapizado) y tras incubación y lavado se añaden inmunoglobulinas anti la especie animal utilizada para generar los anticuerpos específicos frente al patógeno de interés, pero conjugados, con una enzima. Se suele utilizar con anticuerpos policlonales de conejo en la fase de tapizado y anticuerpos monoclonales específicos de ratón, y revelar con inmunoglobulinas de cabra antirratón conjugadas con una enzima (normalmente fosfatasa alcalina). La modalidad es muy sensible (capaz de detectar del orden de 0,05-0,1 g de antígeno), pues permite amplificar la reacción con la adición de inmunoglobulinas anti especie marcadas.

Variante de ELISA muy sensible para detección de antígenos complejos (agentes patógenos). De manera secuencial y mediada por etapas de incubación y lavado, se tapizan los pocillos de una microplaca o la superficie de un inmunoadsorbente con anticuerpos purificados específicos del agente patógeno a detectar, se añade la muestra (extracto bruto vegetal, suspensión bacteriana, dilacerado, exudados, lloros de vid, extracto de suelo filtrado, etc.), y se añaden los mismos anticuerpos que en la primera etapa, pero conjugados con una enzima (habitualmente fosfatasa alcalina). La reacción se revela con el substrato específico de la enzima marcadora (habitualmente p-nitrofenil fosfato) que por hidrólisis y efecto batocrómico producirá un color amarillo (valor ELISA a 405 nm) de intensidad proporcional a la enzima retenida. La reacción clásica y más sensible, se realiza añadiendo 200 L/pocillo de la microplaca en cada etapa, aunque para ahorro de reactivos y economía algunos kits comerciales utilizan solo 100 L/pocillo. Otras modalidades utilizan únicamente unos microlitros Los anticuerpos utilizados para tapizar o como conjugados pueden ser producidos en la misma especie animal o no. Frecuentemente se utilizan anticuerpos policlonales para tapizado y monoclonales específicos (solos o en mezcla de varios) como conjugados, o ELISA basado completamente en anticuerpos policlonales, en anticuerpos monoclonales o recombinantes de anticuerpos monoclonales, que confieren alta especificidad y sensibilidad. DAS es la modalidad más popular de ELISA para detección de agentes patógenos o sus metabolitos.

Variante de ELISA para detectar antígenos o para titular anticuerpos, en la que se evita realizar conjugados de los anticuerpos específicos en laboratorio. El inmunoadsorbente o microplaca se tapiza con fragmentos F(ab’)2 de IgG obtenidos mediante una sencilla digestión de los anticuerpos con pepsina, el antígeno se detecta con anticuerpos completos (de la misma fuente u origen anterior o de diferente) y finalmente, la reacción se revela mediante proteína A conjugada con enzimas u otro producto para otras aplicaciones (la proteína A reacciona con la porción Fc de las inmunoglobulinas completas). La proteína A comercializada posee una calidad contrastada y es distribuida por numerosas empresas.

Variante de ELISA usada para detectar antígenos, establecer parentescos serológicos entre ellos o titular anticuerpos en diluciones seriadas. Sobre una microplaca o un inmunoadsorbente tapizado con antígeno (o muestra en la que desea verificar la presencia del antígeno de interés), se añaden los anticuerpos específicos del antígeno y tras incubación y lavado se añaden inmunoglobulinas anti la especie animal utilizada para obtener los anticuerpos específicos, marcadas con una enzima o biotiniladas Esta modalidad evita tener que preparar conjugados para cada anticuerpo específico y como quiera que las inmunoglobulinas anti especie son muy utilizadas en análisis clínicos, están disponibles comercialmente con una alta calidad contrastada. Las más usuales son las de cabra anticonejo para anticuerpos policlonales de antisueros o de cabra antirratón para anticuerpos monoclonales, marcadas con fosfatasa alcalina o peroxidasa.

Variantes de ELISA en las que se tapiza el inmunoadsorbente con proteína A y seguidamente se añaden los anticuerpos para captar antígeno, con lo que se logra que prácticamente todos los anticuerpos de tapizado queden inmovilizados en el inmunoadsorbente en posición idónea para reconocer al antígeno, puesto que quedarán fijados por su porción Fc y exhibirán sus cadenas variables con sus paratopos libremente. También se suele aplicar el término a aquellas modalidades de ELISA en la que se utilice proteína A conjugada, tanto para sustratos soluble como para precipitantes.

Denominación común de la enfermedad causada por el viroide del enanismo del crisantemo (Chrysanthemum stunt viroid-CSVd) de la familia Pospiviroidae, género Pospiviroid, especie Pospiviroid impedichrysanthemi, de ARN monocatenario circular de tamaño de 354-356 nucleótidos (según variantes) nucleótidos, con una estructura secundaria de mínima energía libre en forma de varilla, con regiones cuyas bases están apareadas que alternan con bucles cuyas bases están desapareadas. Los síntomas más característicos consisten en una disminución del tamaño de las plantas, que tienen entrenudos cortos, la lámina foliar menos desarrollada y manchas cloróticas. El botón floral, que en muchas variedades comerciales suele aparecer cuando las plantas tienen 19-20 hojas, se adelanta aproximadamente de siete a 10 días y aparece cuando la planta tiene nueve a 12 hojas. Ello conlleva la pérdida de valor comercial, ya que en nuestro país la comercialización de crisantemos es sobre todo para el día 1 de noviembre, festividad de Todos los Santos. La vía fundamental de transmisión es mediante propagación vegetativa de esquejes procedentes de plantas madre infectadas, y mediante transmisión mecánica por las herramientas de corte que han sido previamente utilizadas en plantas infectadas. Presente en España.

Denominación común de la enfermedad causada por el viroide del enanismo del lúpulo (Hop stunt viroid-HSVd) de la familia Pospiviroidae, género Hostuviroid de ARN monocatenario circular de tamaño de 295-303 nucleótidos (según variantes) con alto contenido en estructura secundaria. En cítricos se han descrito dos tipos de variantes que se comportan de forma distinta al infectar huéspedes o anfitriones sensibles, siendo una de ellas no patógena. Originalmente se detectó como infección natural en lúpulo, pepino, ciruelo, melocotonero o duraznero, albaricoquero o damasco, almendro, granado y cítricos. Este viroide tiene una gama de huéspedes experimentales muy amplia. En ciruelo y melocotonero o duraznero produce síntomas En albaricoquero o damasco se ha descrito la asociación de este viroide con la enfermedad de la degeneración del fruto de albaricoquero o damasco. En especies sensibles de cítricos produce la enfermedad conocida como caquexia o xiloporosis que se caracteriza por la aparición de acanaladuras en la madera, que pueden estar impregnadas de goma La vía fundamental de transmisión es mediante propagación vegetativa de yemas infectadas, y transmisión mecánica por las herramientas de corte que han sido previamente utilizadas en plantas infectadas.

1. Denominación común de la enfermedad causada por el viroide del enanismo del lúpulo (Hop stunt viroid-HSVd). 2. Denominación común de la enfermedad causada por el viroide Peach dapple viroid en frutos de melocotón o durazno y por el Plum dapple viroid en frutos de ciruelo. Ambos viroides pertenecen a la familia Pospiviroidae, género Hostuviroid, y está constituido por ARN monocatenario circular, de tamaño entre 294 y 303 nucleótidos (según variantes) y con alto contenido en estructura secundaria. La infección provoca en los frutales de hueso o carozo manchas rojizas en el pericarpo e irregularidades en frutos jóvenes. La enfermedad no ha sido descrita en España.

Característica estructural de algunos viroides que poseen una estructura secundaría de minima energía libre, altamente ramificada del ARN genómico. Dentro de los viroides secuenciados, los viroides de la mancha solar del aguacate (Avocado sunblotch viroid-ASBVd), mosaico latente del melocotonero o duraznero (Peach latent mosaic viroid-PLMVd) y moteado clorótico del crisantemo (Chrysanthemum chlorotic mottle viroid, CChMVd), pueden formar estructuras de cabeza de martillo en sus dos cadenas de polaridad. La presencia de determinadas mutaciones compensatorias en diferentes variantes de secuencia del CChMVd es consistente con que este viroide adopta una estructura ramificada in vivo muy similar a la obtenida in silico. Estas ribozimas median la autoescisión de los ARN oligoméricos generados en la replicación a través de un mecanismo de círculo rodante, cuyos otros dos pasos son catalizados por una ARN polimerasa y una ARN ligasa. ASBVd, y presumiblemente PLMVd y CChMVd, se replican y acumulan en el cloroplasto.

Denominación común de la enfermedad causada por el viroide de la exocortis de los cítricos (Citrus exocortis viroid-CEVd), de la familia Pospiviroidae, género Pospiviroid, de ARN monocatenario circular de tamaño de 370-467 nucleótidos (según variantes) y con alto contenido en estructura secundaria. Sus huéspedes o anfitriones naturales son prácticamente todos los miembros de la familia Rutaceae. Dentro de esta familia se ha detectado en la mayoría de las especies y variedades de los géneros Citrus, Poncirus y Fortunella, y también se ha transmitido experimentalmente a algunas especies de los géneros Microcitrus y Severinia. Se ha descrito como infección natural en viña, tomate, berenjena, nabo y zanahoria. Experimentalmente se ha transmitido a petunia, crisantemo, pepino, pimiento, petunia, Gynura aurantiaca, G. sarmentosa, Physalis spp., Solanum spp., Tagetes patula y Zinnia elegans. Su sintomatología en algunas especies de cítricos sensibles, consiste en descamaciones de la corteza y enanismo. Son sensibles Poncirus trifoliata, sus híbridos citrange Troyer y citrange Carrizo, y la limera Rangpur, todos ellos utilizados como patrones. Las especies comúnmente utilizadas como variedades en España son tolerantes, pero cuando se hallan injertadas sobre un patrón sensible, el árbol es poco vigoroso y a veces la copa es amarillenta y poco densa. El cidro y las especies herbáceas sensibles presentan enanismo acusado, epinastia, necrosis de las nervaduras y malformación de las hojas. El viroide se transmite eficazmente por injerto u otra propagación vegetativa de yemas infectadas, y mediante transmisión mecánica por las herramientas de corte (recolección y poda). El viroide está presente en casi todas las zonas de cultivo de cítricos. Presente en España. En países en los que se encuentra disponible material certificado libre de viroides, este patógeno puede llegar a erradicarse.

Nombre genérico que se aplica a cualquier variante de la técnica de hibridación in situ con sondas fluorescentes marcadas individualmente con un fluorocromo específico o una combinación de fluorocromos distintos, que proporciona una imagen polícroma de los cromosomas, del cariotipo, o de la hibridación específica realizada.

Variante de FISH multicolor en la que la visualización policroma simultánea de los cromosomas metafásicos o de la hibridación específica realizada, se logra mediante marcado combinatorio de las sondas con varios fluorocromos y con ayuda de un microscopio de fluorescencia, equipado con una serie de filtros ópticos específicos de los fluorocromos utilizados. Un programa informático complejo combina las imágenes obtenidas sucesivamente con cada filtro en una única imagen de los cromosomas en colores artificiales distintos.

Ciencia que trata la identificación y estudio de las variantes estructurales de secuencia en los genomas. Dichas variantes pueden ser polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs), mutaciones, o cambios como repeticiones o inserciones de nucleótidos. Estudia también las estructuras tridimensionales de las proteínas y la función que éstas realizan en los procesos bioquímicos de un organismo, utilizando técnicas experimentales y simulación por ordenador.

1. Técnica agronómica consistente en conectar vascularmente y de forma artificial dos porciones de la misma o diferentes plantas de manera que se unan o suelden y, posteriormente, crezcan y se desarrollen como un solo individuo. Es un método de propagación vegetativa (no de multiplicación) y de inoculación o desafío frente a patógenos transmisibles por injerto. Existen numerosas variantes según la época de realización, el material utilizado (púa, yema con más o menos madera o con un anillo de corteza, disco de hoja, o raíz), y la finalidad pretendida (propagación o inoculación). 2. (scion). Porción de tallo utilizada en el injerto, que proporciona la parte aérea de la planta, según definición del Diccionario de Ciencias Hortícolas de la SECH.

1. Proceso unidireccional por el que el ARNm se traduce y lleva a cabo la colocación sucesiva de aminoácidos en los lugares indicados por sus codones, para formar una cadena polipeptídica. 2. Interpretación del sentido y significado de un texto, valor numérico o colorimétrico, señal, gráfica o dato, generado por un aparato o instrumento de laboratorio. 3. Variante de una o más letras de una secuencia. 4. Disertación, exposición o discurso sobre un tema sorteado o previamente determinado.

Aquel que permite la obtención de variantes o de ciertas especies de crecimiento lento por selección entre la población de forma específica, generalmente, debido a la ausencia o presencia de determinada sustancia o compuesto.

Aquellos en los que la determinación de nitrógeno, se basa en: i) activación neutrónica en la que se irradia una cantidad pesada de muestra con neutrones, lo que produce el paso de l4N a 13N; este positrón tiene una vida media de 10 minutos y emite radiaciones gamma que se registran en un contador de centelleo, y las cuentas se relacionan con el contenido de nitrógeno de la muestra, o ii) activación protónica, similar a la anterior con la variante de que la muestra se irradia con protones y se efectúa la conversión de 14N a 14O, un isótopo que decae con la emisión de un protón y de radiaciones gamma que son registradas y relacionadas con el contenido de nitrógeno de la muestra.

Sigla del inglés. En español, patrones moleculares asociados a patógenos. Son pequeñas secuencias de moléculas con motivos conservados que se repiten en grupos de bacterias y otros patógenos, que tienen un papel clave en la inmunidad innata y en el reconocimiento de las plantas y su resistencia a patógenos cuando las PAMP son reconocidas por receptores de reconocimiento de patrones (PRRs, del inglés pattern recognition receptors), que se encuentran en la superficie vegetal. Se trata en general de moléculas (elicitores), producidas por un agente microbiano o resultantes de su actividad desintegradora de la pared celular vegetal, que inducen una respuesta defensiva en la planta. Comprenden una variedad de estructuras moleculares altamente conservadas, comunes en el conjunto de un tipo de patógenos para cuyos ciclos vitales son esenciales. Como son: i) los fragmentos flg22 y flg28 de la proteína del flagelo de las bacterias, y ii) las moléculas resultantes de la degradación de la pared celular (glucanos, mananos, quitina, quitosano, péptidos) y de la membrana (ergosterol) de los hongos y oomicetos. Los lipopolisacáridos bacterianos son el prototipo de PAMP. Otros PAMP incluyen al ácido lipoteicoico para las bacterias grampositivas, peptidoglucanos, y variantes de ácidos nucleicos normalmente asociados con virus. Estos patrones moleculares esenciales para el reconocimiento de los microorganismos por parte de las células vegetales, responden de manera distinta según el microorganismo identificado.

Forma más utilizada actualmente para representar pangenomas. 1. (variation graph or sequence graph). Estructura que representa todas las secuencias genómicas (genes, variantes, inserciones, deleciones, etc.) presentes en una población o especie determinada, organizadas en un grafo donde los nodos representan fragmentos de ADN y los arcos o bordes, conectan estos fragmentos según las distintas posibles secuencias que pueden existir en diferentes individuos. Se trata una de representación computacional del conjunto completo de la variación genética dentro de una especie (o grupo de organismos relacionados), que utiliza una estructura de grafo, en lugar de una secuencia lineal usual. Las herramientas más comunes actualmente, aunque en constante evolución y por tanto, aunque en riesgo de quedar obsoletas o superadas por otras, son: i) kit de herramientas de grafos de variación (VG Toolkit); ii) minigrafo / minigrafo-cactus (minigraph / minigraph-cactus); iii) constructor de grafos de pangenoma (pangenome graph builder, pggb); y iv) ensamblaje gráfico de fragmentos (graphical fragment assembly, gfa). 2. Grafos de de Bruijn coloreados (colored de Bruijn graphs). Este tipo es una extensión del grafo de de Bruijn tradicional, donde cada nodo (kámeros o k-mer) está «coloreado» para indicar en qué genomas o muestras están presentes. Los «colores» no son colores literales, sino etiquetas que indican la procedencia. El grafo de de Bruijn resulta muy útil para representar grandes conjuntos de genomas bacterianos.

Cualquier variante de una especie, especialmente aquella que no se puede definir con mayor precisión debido a la falta de información.

1. Variante o subdivisión de una especie o subespecie de patógeno, caracterizada por su acción patogénica virulenta (o no) en un huésped determinado o en una serie de huéspedes diferenciales. 2. Cultivo tipo (o de referencia) de un patovar bacteriano.

Sigla del inglés. En español, reacción en cadena de la polimerasa. Se sugiere el uso de la sigla PCR en español, en vez de RCP que le correspondería, para evitar la confusión con el uso extendido de la sigla del término “reanimación cardiopulmonar”. Se trata de una técnica de amplificación molecular desarrollada para producir múltiples copias sintéticas de una secuencia de ADN, o diana, al realizar varios ciclos sucesivos, de tres etapas secuenciales: i) desnaturalización del ADN diana a >90 °C; ii) hibridación de los cebadores o iniciadores a 40-65 °C; y iii) extensión a 72 °C. En cada ciclo se consigue, en poco tiempo, duplicar el número de copias de ADN de modo que se logra un aumento exponencial del número de copias del fragmento o amplicón. En la denominada PCR convencional, los fragmentos amplificados se separan mediante electroforesis en un gel de agarosa y se visualizan mediante métodos colorimétricos o basados en tinción con bromuro de etidio, GelRed u otros fluorocromos. También se pueden detectar los amplicones mediante hibridación en membrana, ELISA en microplaca y otros métodos, y su tamaño se calcula por comparación con fragmentos de ADN de tamaño conocido. Es utilizada frecuentemente para detectar e identificar organismos fitopatógenos, basada en la amplificación de un fragmento del material genético del patógeno. Se utiliza una pareja de iniciadores, o más, y su eficiencia se basa en la especificidad de los cebadores, tipo de polimerasa empleada, composición y estabilidad del tampón, pureza y concentración de la mezcla de nucleósidos trifosfatos (dNTPs), parámetros de la amplificación (temperatura de hibridación de los cebadores, concentración de MgCl2, etc.), así como en las características de la propia muestra. Su mayor inconveniente para la detección y diagnóstico reside en el alto riesgo de contaminaciones por aerosoles que se generan fácilmente en las distintas etapas, especialmente en la preparación de la electroforesis y que dan lugar a falsos resultados positivos, como coste de su alta sensibilidad analítica. Posee diversas variantes, entre otras: PCR anidada, PCR semianidada, PCR cooperativa, PCR asimétrica, inmunocaptura-PCR, impresión captura-PCR, escachado captura-PCR, PCR dúplex y múltiple, PCR cuantitativa, PCR en tiempo real, PCR digital, PCR capilar y otras menos comunes. La PCR es teóricamente un método de detección muy sensible. Sin embargo, en la práctica y aplicado a material vegetal, artrópodos, o especialmente ciertos tipos de suelo, la sensibilidad se reduce drásticamente por la presencia de inhibidores, que pueden dar lugar a falsos negativos. Para superar estos inconvenientes es imprescindible incluir un control positivo y varios controles negativos en el conjunto de las muestras. Asimismo, se emplean métodos de purificación de ácidos nucleicos y otras variantes más sensibles basadas en PCR anidada o PCR en tiempo real, alguna de las cuales pueden realizarse con métodos directos de preparación de la muestra. Para la amplificación a partir de ARN (PCR de ARN) debe realizarse una etapa previa de transcripción reversa (RT).

Variante de la PCR convencional simple que comprende dos rondas de amplificación consecutivas, con distintos pares de cebadores (externos e internos a la secuencia diana), con el fin de incrementar la sensibilidad de detección. Primero se realiza una reacción con los cebadores externos para amplificar una región de ADN más extensa, que contiene el fragmento diana. Después, este producto de amplificación se utiliza como molde de una segunda PCR con los cebadores internos para amplificar la región específica. Se efectúa consecutivamente en dos tubos distintos, implicando dicha operación serios riesgos de contaminación, pues supone abrir el tubo con los amplicones de la primera ronda para realizar la segunda ronda de amplificación. Para solventar el problema se han diseñado protocolos en un solo tubo cerrado. La PCR anidada supone un aumento de 100 a 1.000 veces en la sensibilidad de la PCR o RT-PCR convencional.

Variante de la PCR simple convencional que consiste en la amplificación preferencial de una de las cadenas del ADN diana. También puede efectuarse la versión RT-PCR asimétrica.

Método de PCR basado en la acción simultánea y coordinada de cuatro cebadores, que permite la detección de bacterias y virus de ARN, viroides y otros ARN transcritos, en su variante de RT-PCR. La reacción tiene lugar en un único cóctel y en un solo tubo cerrado. En el caso de RT-PCR, la transcripción reversa y simultánea de los fragmentos, la coordinación entre cebadores externos e internos y la cooperación de los amplicones a modo de cebadores o iniciadores son la base del método. Su sensibilidad es similar a la del PCR y RT-PCR anidada, que resulta ser 100 veces mayor que la obtenida con PCR o RT-PCR simples y utiliza 10 veces menos reactivos. Es una opción económica si no se dispone de termociclador para PCR en tiempo real. También puede realizarse la versión RT-PCR cooperativa.

Variante que se diferencia de una PCR simple o convencional estándar en que utiliza un conjunto de cebadores con secuencias degeneradas en vez de un solo par de cebadores de secuencia única. Permite amplificar genes nuevos y familias multigénicas. Constituye una herramienta clave en estudios evolutivos a nivel molecular. Se basa en el diseño de un cebador degenerado con el fin de detectar o encontrar un gen a partir de secuencias de ADN disponibles de otros organismos estrechamente relacionados. También es muy frecuente la versión RT-PCR degenerada.

Variante de la técnica de PCR simple convencional donde se emplean dos pares de cebadores en un único tubo con el fin de amplificar simultáneamente dos segmentos distintos de ADN. Requiere la selección de cebadores específicos y compatibles para las distintas regiones diana. Resulta útil ya que son frecuentes las infecciones mixtas de dos aislados o cepas del mismo patógeno o de dos patógenos diferentes, incluso si son de ADN y ARN. También es frecuente la PCR múltiple y la versión RT-PCR dúplex.