Diccionario

Secuencia de bases de los ácidos nucleicos utilizados para la síntesis de cadenas de ADN o ARN complementarias. En la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), si la hebra de ADN sintetizada posee una secuencia cebadora en un extremo y una secuencia complementaria para un segundo cebador en el otro, se habla de molde corto y si la hebra se extiende más allá del sitio complementario del segundo cebador, se habla de molde largo.

1. Aquel que sirve de plantilla para la síntesis de una cadena de ácido nucleico complementaria. 2. En la replicación de ADN, cualquiera de las dos cadenas del ácido nucleico bicatenario (ADNbc) que, al separarse, sirve de molde para la síntesis de una cadena hija complementaria. 3. En la transcripción, es sinónimo de cadena no codificante.

1. Aquel que sirve de plantilla para la síntesis de una cadena de ácido nucleico complementaria. 2. En la replicación de ADN, cualquiera de las dos cadenas del ácido nucleico bicanetario (ARNbc) que, al separarse, sirve de molde para la síntesis de una cadena hija complementaria. 3. En la transcripción, es sinónimo de cadena no codificante.

Aquel que puede ser utilizado para secuenciación automática de ADN, como: i) vector de clonación: ya sea de cadena simple (generalmente del bacteriófago M13) o de doble cadena (los más frecuentemente utilizados), y que pueden ser un vector plasmídico, un fagémido (vectores híbridos, plásmidos de doble cadena que contienen un origen de replicación de un bacteriófago de cadena simple), o cósmidos (que contienen el fragmento cos del fago lambda y son capaces de replicar fragmentos grandes de ADN) o; ii) fragmentos de PCR, ya sean productos de PCR de cadena sencilla, con exceso de un cebador, o productos de PCR de doble cadena, con cantidades idénticas de cada cebador.

Cualquiera de las enzimas (celulares o virales) que catalizan la formación del ADN, utilizando como molde bien ADN (ADN polimerasa ADN dependiente), bien ARN (ADN polimerasa dependiente o transcriptasa inversa).

Técnica de amplificación isotérmica de ácidos nucleicos que no precisa de ciclos de temperaturas para la desnaturalización de las hebras de ADN, ya que, debido a la acción de enzimas de restricción que generan mellas en el ADN, este proceso se realiza de forma enzimática. Es una modificación de la PCR o RT-PCR simple convencional que mejora su rendimiento final. Se basa en la capacidad de una ADN polimerasa modificada, para desplazar una hebra monocatenaria resultante de un corte en una región específica y a partir de esta hebra desplazada, iniciar la replicación o amplificación de ese ADN diana. Con este procedimiento, las hebras desplazadas sirven como molde para los nuevos ciclos de amplificación, generando por un lado que los productos de amplificación se multipliquen por más del doble al final de cada ciclo de amplificación y por otro, que se observe un incremento en la velocidad de reacción, sensibilidad y especificidad de la técnica respecto a la PCR o RT-PCR simple convencional. Se puede llevar a cabo la replicación, amplificación o la secuenciación de un ADN mediante una ADN polimerasa del tipo fago φ29 o 29 (Phi29). Se realiza en un único tubo, lo que contribuye a evitar contaminaciones, en plataformas convencionales de la PCR cuantitativa, con un mayor número y concentración de cebadores. Incrementa la eficiencia y sensibilidad de la PCR, y se efectúa aumentando la velocidad final de la reacción.

Técnica de biología molecular muy utilizada en detección, diagnóstico e identificación, cuyo objetivo es obtener un gran número de copias de un fragmento de ADN particular, partiendo de un mínimo; en teoría, basta partir de una única copia de ese fragmento original o molde. Utiliza la reacción en cadena de la polimerasa, conocida como PCR por sus siglas en inglés (polymerase chain reaction), desarrollada en 1983 por Kary Mullis.

Molécula de ARN que transfiere la información codificada en el ADN para que se realice la síntesis de proteínas en los ribosomas. Contiene entre 1 y 10.000 pares de bases. Se forma por transcripción de un molde de ADN.

El enzima primasa hace un iniciador de ARN, un corto segmento de ácido nucleico complementario al molde, que proporciona un extremo 3′ con el que la ADN polimerasa puede trabajar. Un cebador típico es de cinco a diez nucleótidos de largo. El cebador o iniciador ceba la ADN polimerasa, es decir, le proporciona lo que necesita para funcionar. Una vez que el cebador de ARN está en su sitio, la ADN polimerasa lo extiende, añadiendo nucleótidos uno a uno para hacer una cadena nueva de ADN complementaria a la cadena molde.

Porciones del genoma molde que se originan, en algunos virus, durante la transcripción para expresar los genes internos. Una especie de ARN menor que la longitud genómica que se encuentra en las células infectadas y, a veces, encapsidado. Cuando está encapsidado, no está involucrado en la infección natural. Cada especie de ARN subgenómico tiene un cistrón diferente en el extremo 5´ que lo abre para la traducción.

1. Aquella que sirve de molde para la síntesis de una cadena de ácido nucleico complementaria. 2. En la replicación de ADN, cualquiera de las dos cadenas del ácido nucleico bicatenario (ADNbc, ARNbc) que, al separarse, sirve de molde para la síntesis de una cadena hija complementaria. Ambas cadenas de un ácido nucleico bicatenario sirven de molde para la síntesis de sendas hebras hijas durante la replicación. 3. En la transcripción, es sinónimo de cadena no codificante.

Una de las dos cadenas de ácido nucleico bicatenario (ADNbc, ARNbc) que sirve de plantilla o molde para la transcripción del ARN.

Secuencias sintéticas de oligonucleótidos que son utilizadas para reconocer por apareamiento complementario secuencias blanco o diana en ADN molde. Consiste generalmente en ADN genómico. Comúnmente se utilizan un par de cebadores en la reacción de amplificación de la polimerasa (PCR) para definir los extremos del producto que se desea amplificar, y a partir de ellos la ADN polimerasa utilizada inicia la polimerización en dirección 5´-3´. Entre muchas otras aplicaciones también son empleados en reacciones de secuenciación de ADN, donde se utiliza solo un cebador sobre una concentración relativamente alta de ADN blanco, para polimerizar cadenas sencillas de diferente tamaño truncadas por didesoxinucleótidos (método de secuenciación de Sanger) y así determinar las secuencias de bases nitrogenadas.

Secuencia de ácido nucleico o de una molécula relacionada que sirve como punto de partida para la replicación del ADN. Se trata de una secuencia corta de ácido nucleico que contiene un grupo 3′-hidroxilo libre, que forma pares de bases con una hebra molde complementaria y actúa como punto de inicio para la adición de nucleótidos con el fin de copiar la hebra molde. Se necesitan dos para la reacción de PCR, uno en el extremo 3′ del fragmento que se quiere amplificar y otro en el extremo 5’ del fragmento. Generalmente se usa un par de cebadores en PCR simple para definir los extremos del producto que se desea amplificar, y a partir de ellos la ADN polimerasa utilizada inicia la polimerización en dirección 5′ – 3′. También son utilizados en secuenciación de ADN, donde se utiliza solo un cebador sobre una concentración relativamente alta de ADN blanco, para polimerizar cadenas sencillas de diferente tamaño truncadas por didesoxinucleótidos (método de secuenciación de Sanger) y así determinar las secuencias de bases nitrogenadas.

Cada una de las secuencias de ADN usada para amplificar ADN en una primera ronda de PCR anidada seguida por una segunda que utiliza cebadores complementarios a la secuencia de ADN contenidas en los fragmentos que se amplificaron en la primera ronda de PCR (cebadores internos). Los productos de amplificación de la primera PCR constituyen el molde para la segunda amplificación.

Enzima con actividad ARN polimerasa, que sintetiza fragmentos cortos de ARN (5-10 nt) complementarios de la cadena de ADN molde, para permitir la síntesis de ADN en la cadena retrasada durante la replicación. Es una enzima propia de los virus de ARN que cataliza la replicación del ARN a partir de una plantilla de ARN. Específicamente, cataliza la síntesis de la hebra de ARN complementaria a una plantilla de ARN determinada.

Durante la replicación del ADN, capacidad de algunas ADN polimerasas de leer un molde de ADN y corregir los errores cometidos durante la copia de ese molde mediante su actividad exonucleasa 3’-5’.

Molde que proporciona la forma y tamaño para que polimerice el gel. Tras la polimerización, se extrae y se sumerge en un tanque con tampón para que introducida la muestra migre electroforéticamente o corra dentro del gel.

1. Crecimiento en longitud de los órganos por alargamiento de las células que genera el crecimiento y desarrollo normal de los tejidos vegetales. Elongaciones anormales constituyen síntomas en algunas enfermedades. 2. Etapa del proceso de síntesis de proteínas caracterizada por el movimiento del ARNm sobre el ribosoma, al tiempo que los aminoácidos codificados por la secuencia de sus bases se van ensamblando para producir el polipéptido. 3. En la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), es la etapa final de cada ciclo de amplificación. Actúa la polimerasa, tomando el ADN molde para sintetizar la cadena complementaria y síntesis de nuevo ADN. La temperatura para este paso depende de la ADN polimerasa usada. Para la Taq polimerasa, la temperatura de máxima actividad está en 75-80 °C (comúnmente 72 °C). El tiempo de extensión depende tanto de la ADN polimerasa usada como de la longitud del fragmento de ADN que se va a amplificar. 4. Etapa única que se lleva a cabo a una temperatura de 70-74 °C durante 5-15 minutos tras el último ciclo de PCR. Con ella se asegura que cualquier ADN de cadena simple restante sea totalmente ampliado.

Molécula de ADN de doble hebra que lleva una secuencia específica que codifica una secuencia de aminoácidos dada, la cual ha sido producida in vitro. Puede haberse sintetizado mediante una técnica enzimática para formar una hebra de ADN sobre un molde de ARNm a través de una transcriptasa inversa y una ADN polimerasa para convertir el producto de una sola cadena (ADNc) en un ADN de doble cadena.

Sistema de replicación de viroides. A causa de su incapacidad para codificar proteínas propias, los viroides deben activar alguna ARN polimerasa celular preexistente que catalice la amplificación de sus cadenas, en contraste con los virus, que codifican en sus genomas componentes de la enzima que los replica. La naturaleza circular de los ARN viroidales y la presencia en tejidos infectados de cadenas de longitud mayor que la unitaria, sugirió que su replicación transcurre por un mecanismo de círculo rodante en el que la molécula circular (+) (se asigna arbitrariamente esta polaridad a la especie infecciosa más abundante) sirve de molde para que, sobre ella, se sinteticen por transcripción reiterativa cadenas oligoméricas de polaridad complementaria (-). Estos ARNs oligoméricos (-) sirven a su vez de molde para la síntesis de oligómeros (+), que a continuación son cortados en segmentos de longitud unitaria por una ARNasa y finalmente circularizados por una ARN ligasa, generando así la misma especie molecular que inició el ciclo. Un mecanismo similar de círculo rodante se utiliza durante la replicación de diversos virus, como el fago lambda, y algunos plásmidos, y durante la transposición de diversos elementos transponibles.

Variante de la PCR convencional simple que comprende dos rondas de amplificación consecutivas, con distintos pares de cebadores (externos e internos a la secuencia diana), con el fin de incrementar la sensibilidad de detección. Primero se realiza una reacción con los cebadores externos para amplificar una región de ADN más extensa, que contiene el fragmento diana. Después, este producto de amplificación se utiliza como molde de una segunda PCR con los cebadores internos para amplificar la región específica. Se efectúa consecutivamente en dos tubos distintos, implicando dicha operación serios riesgos de contaminación, pues supone abrir el tubo con los amplicones de la primera ronda para realizar la segunda ronda de amplificación. Para solventar el problema se han diseñado protocolos en un solo tubo cerrado. La PCR anidada supone un aumento de 100 a 1.000 veces en la sensibilidad de la PCR o RT-PCR convencional.

Método que permite monitorear la reacción de PCR o RT-PCR durante el proceso de amplificación, posibilitando la detección y cuantificación del organismo diana en la muestra en un único proceso realizado en placas o tubos. En teoría, hay una relación cuantitativa entre la cantidad de la secuencia diana inicial y la cantidad del producto amplificado en cualquier ciclo de la amplificación. Mediante la inclusión de fluorocromos se puede monitorizar el progreso de la reacción de amplificación en tiempo real, midiendo la fluorescencia liberada cada vez que se realiza una copia del ADN molde, puesto que el incremento de la intensidad de fluorescencia es proporcional a la cantidad de ADN generado. Al permitir el seguimiento de la reacción en tiempo real, se elimina la necesidad de manipular los amplificados en pasos de post-PCR, disminuyendo riesgos de contaminación entre muestras por aerosoles. La posibilidad de poder cuantificar las dianas la convierte, además, en una herramienta útil para determinar los niveles de inóculo en la muestra. Las técnicas de amplificación molecular en tiempo real se han convertido en las de referencia para diagnóstico y detección. Para el diseño de protocolos de detección mediante PCR en tiempo real se recomienda que los productos amplificados o amplicones sean de pequeño tamaño (80-150 pb), para poder alcanzar resultados óptimos en sensibilidad, especificidad y eficiencia. La posibilidad de utilizar sondas marcadas con distintas moléculas fluorescentes permite utilizar las técnicas de PCR o RT-PCR en tiempo real en formato múltiple. Sus aplicaciones son diversas además de la detección de patógenos y determinación de la carga viral, se usan en estudios de expresión génica (cuantificación absoluta con curva patrón y cuantificación relativa con gen control endógeno), detección de SNP, o estudios de discriminación alélica, entre otras. La técnica permite procesar muestras compuestas preparadas por métodos directos, en menos de 2 h. También es muy utilizada en la versión RT-PCR en tiempo real (RT-qPCR).

Enzima capaz de transcribir o replicar ácidos nucleicos. Resulta crucial en la división celular (ADN polimerasa) y en la transcripción del ADN (ARN polimerasa). Catalizan la duplicación del ADN o ARN a partir de una plantilla o molde. En la técnica de PCR, se emplean ADN polimerasas termoestables, como la Taq ADN polimerasa, que resisten altas temperaturas y permiten la amplificación in vitro del ADN.

Proceso de producción de dos moléculas de ADN de doble cadena a partir de una única doble cadena original. Generalmente se produce al separarse las dos cadenas, y actuar cada hebra como molde de síntesis (denominada replicación semiconservativa). En moléculas de ADN circulares de procariotas se lleva a cabo fundamentalmente mediante el método de la replicación theta, ya que algunos plásmidos se replican mediante el mecanismo de círculo rodante o el de desplazamiento de cadena. En eucariotas, la replicación de moléculas lineales se inicia en puntos específicos con la formación de burbujas de replicación. Puede haber varios cientos de estos puntos de iniciación por molécula. Una vez se ha formado la burbuja, esta crece en tamaño al progresar la replicación en ambas direcciones. Conforme prosigue la replicación, las burbujas adyacentes se fusionan para formar otras mayores e intermediarios en forma de Y (horquillas de replicación). La replicación procede mediante un mecanismo semiconservativo.

Proceso de copia de la información genética contenida en el ARN de un genoma vírico o viroidal, catalizado por las ARN replicasas. Las nuevas moléculas de ARN que se forman sirven como moldes para la síntesis de las moléculas de ARN hijas.

Aquella que se efectúa de forma automatizada en un secuenciador. La mayoría de los métodos de secuenciación automática utilizados actualmente son modificaciones del método de Sanger. En este método, el ADN que va ser secuenciado funciona como un molde para la síntesis enzimática de un nuevo ADN que comienza en un sitio definido por la unión de un iniciador o cebador. En la reacción se utiliza una mezcla de desoxinucleótidos y didesoxinucleótidos a unas concentraciones que crean una probabilidad finita de que un didesoxinucleótido se incorpore en lugar del correspondiente desoxinucleótido en cada posición de la cadena que está siendo sintetizada. La incorporación de un didesoxinucleótido bloquea la elongación de la cadena y ello da como resultado una población de fragmentos de ADN truncados de diferente longitud. La identidad del nucleótido que termina la cadena en cada posición se puede determinar: i) realizando cuatro reacciones de elongación separadas, cada una de las cuales con un didesoxinucleótido (ddATP, ddCTP, ddTTP o ddGTP), o ii) con una única reacción de elongación combinando los cuatro didesoxinucleótidos distintos marcados cada uno específicamente. La población de moléculas resultante se separa por tamaños mediante electroforesis en un gel de acrilamida y la secuencia se obtiene correlacionando el orden de los fragmentos en la electroforesis con el didesoxinucleótido que termina cada uno de ellos. Numerosos servicios de secuenciación realizan esta de forma comercial. Una característica de la secuenciación automática que la distingue de la secuenciación manual es la utilización para la extensión de las nuevas cadenas de ADN de una polimerasa termoestable Taq.

Técnica utilizada en la secuenciación automática, en la que rondas sucesivas de desnaturalización, hibridación y extensión en un termociclador específico, dan como resultado una amplificación lineal de los productos de extensión. Estos productos se cargan en un gel o se inyectan en un capilar para la obtención de su secuencia de bases. Las ventajas de la secuenciación cíclica, frente a otras opciones básicamente son: i) sencillez de los protocolos; ii) se requiere menos ADN molde que con los métodos de extensión a una única temperatura; iii) las temperaturas altas reducen considerablemente la estructura secundaria en el ADN así como los sitios secundarios de hibridación del iniciador o cebador; iv) no requiere la etapa de desnaturalización química del ADN de doble cadena; y v) se puede emplear el mismo protocolo para secuenciar ADN de cadena simple, de doble cadena o incluso para la secuenciación directa de amplicones (productos de PCR) de interés.

Proceso que implica la generación de una cadena de ácido desoxirribonucleico doble cadena complementario (ADNc) a partir de ácido ribonucleico (ARN) de cadena simple. La primera hebra de ADNc obtenida es la cadena complementaria de la cadena molde de ARN, y a partir de ella se sintetiza la segunda hebra de ADN para obtener una molécula bicatenaria. Como los viroides y la gran mayoría de los virus de plantas poseen genoma de ARN, la transcripción reversa se ha convertido en la técnica de referencia para la detección de ARN de patógenos mediante RT-PCR. El ARN es convertido o retrotranscrito a ADNc mediante el uso de cebadores de PCR y la acción de la enzima transcriptasa reversa.

Enzima del tipo ADN polimerasa, ya sea de origen celular o viral, que interviene en el proceso de replicación del ARN. Tiene como función sintetizar ADN de doble cadena utilizando como molde ARN monocatenario. Es decir, cataliza la retrotranscripción (transcripción reversa). Se encuentra presente en los retrovirus. Su nombre se debe a que el proceso normal de la transcripción (directa), codifica el ARN a partir de la secuencia inicial de ADN, y no al revés.

Material inorgánico duro, frágil y transparente o traslúcido, sin estructura cristalina, obtenido artificialmente por la fusión de arena silícea con potasa y moldeable a altas temperaturas para fabricar múltiples contenedores y material de laboratorio muy común (embudos, vasos de precipitado, matraces, frascos, tubos, etc.) El vidrio de borosilicato, que contiene óxidos de silicio y boro, es el más común en la fabricación de material de laboratorio. Es muy resistente al choque térmico (refractario) y posee bajo coeficiente de dilatación y gran resistencia química. El vidrio Pyrex®, marca introducida por Corning Inc. en 1915, es también un vidrio borosilicato templado, de alta calidad y excelente resistencia a los golpes mecánicos. Se adapta a temperaturas extremas, de -40 a +300 °C, y soporta choques térmicos de hasta 220 °C.

Secuencia que sirve de regla o norma para la síntesis de una copia.