Diccionario

1. Existencia natural de dos o más formas genéticamente diferentes en una misma población, que generalmente no pueden ser explicadas por mutaciones reiteradas. Variante común en una secuencia específica de ADN. Normalmente el término “común” se define por una frecuencia alélica de al menos 1 % en la población general. 2. Variación en una secuencia de un ácido nucleico.

Análisis muy sensible para separar ácidos nucleicos monocatenarios a partir de diferencias sutiles en la secuencia de ADN, a menudo un solo par de bases, lo que conduce a una estructura secundaria diferente y una desviación medible de la movilidad en gel. Se utiliza para comparar genomas de agentes patógenos o parte de ellos.

Análisis de las variaciones en la longitud de los fragmentos de restricción que se generan entre genotipos distintos y que son producidas por cambios en los lugares de reconocimiento de las endonucleasas. La técnica está actualmente en desuso debido a la posibilidad de secuenciación genómica a precios cada vez más económicos.

Técnica de análisis de las variaciones en el número de repeticiones de una secuencia sencilla también llamada microsatélite. Se pueden detectar diferencias de tamaño en los productos de PCR entre genotipos distintos, con el uso de iniciadores de PCR para las secuencias que flanquean la repetición.

Las variaciones puntuales en la secuencia de nucleótidos de una misma especie son cambios en un solo nucleótido (uno de los cuatro tipos que componen el ADN: A, T, C y G). A estas variaciones puntuales se denominan polimorfismos y son muy útiles para conocer y comparar la diversidad genética existente dentro de una misma especie.

Sigla del inglés. En español, polimorfismo de la longitud de los fragmentos amplificados. Técnica destinada a explorar simultáneamente el polimorfismo de sitios de restricción y la amplificación arbitraria o al azar de secuencias. La resolución de los fragmentos se realiza en geles de poliacrilamida, usando preferiblemente marcadores fluorescentes o radiactivos.

Cualquier cambio producido en el ADN, o más concretamente en un gen con respecto a su estado natural. Si no tiene repercusión patológica se denomina polimorfismo; cuando se trata de un cambio que tiene o puede tener repercusión patológica se suele denominar mutación. Cuando no se conoce si el cambio tiene o no repercusión, se denomina cambio o variante de significado desconocido.

Técnica que se basa en la amplificación de fragmentos del ADN repetido en tándem. Se utilizan como marcadores moleculares por su alta incidencia de polimorfismos.

Estudio de los fragmentos de ADN de tamaño previsible originados por la digestión (corte) de una cadena de ADN por una enzima de restricción específica. Las alteraciones (mutaciones o polimorfismos) producidas en la secuencia de ADN que destruyen o crean nuevos sitios de corte en el ADN, modifican el tamaño y el número de los fragmentos de ADN resultantes de dicha digestión.

Técnica analítica recientemente aplicada para el diagnóstico de enfermedades de las plantas. Se basa en el estudio y comparación de curvas de fusión de las cadenas de ADN. Sus principales aplicaciones son la detección de mutaciones, polimorfismos y alteraciones epigenéticas en muestras de ADN. Este método tiene ventajas sobre la PCR convencional estándar, ya que no requiere la visualización de bandas de ADN ni el uso de las sondas necesarias para PCR cuantitativa. Esta nueva herramienta de diagnóstico en Fitopatología basada en amplificación molecular es capaz, por ejemplo, de detectar el hongo Colletotrichum abscissum en cítricos durante sus etapas asintomática y sintomática.

Estudio de los polimorfismos de las secuencias de ADN (variantes normales) que están próximos a, o dentro de, un gen de interés (ligamiento) para identificar, en una misma familia, la segregación de una mutación patológica en un gen determinado.

Conjunto de cromosomas de un hongo, caracterizado por el número, tamaño, forma y patrón de bandas de los cromosomas. El estudio del cariotipo suele hacerse mediante electroforesis de campo pulsante (pulse-field gel electrophoresis, PFGE), porque a menudo los cromosomas fúngicos son muy pequeños, pero se resuelven bien por PFGE, y porque la técnica es independiente de la meiosis, permitiendo el análisis de hongos y estructuras asexuales. Su análisis se emplea en Fitopatología para identificar especies y cepas patógenas, diferenciar razas de hongos, estudiar variaciones genómicas relacionadas con la virulencia y comprender la evolución y la organización genética de los patógenos fúngicos. La inestabilidad genómica es frecuente en diversas especies de hongos fitopatógenos, como Fusarium oxysporum, y a menudo resulta en variaciones en el cariotipo y en alteraciones de la patogenicidad y virulencia. Esta variabilidad resulta fundamentalmente de reordenaciones cromosómicas y de la presencia de cromosomas accesorios, que son aquellos que están presentes solo en algunas cepas y que además son inestables. Las reordenaciones cromosómicas son la principal causa de las variaciones del cariotipo y tienen un papel importante en la evolución de los hongos fitopatógenos, ya que pueden ser un mecanismo para la generación de nuevas cepas más virulentas. Los cromosomas accesorios son también una importante fuente de polimorfismos en el cariotipo. La transferencia horizontal de cromosomas (HCT, por sus siglas en inglés) podría ser una herramienta esencial para el intercambio genético y la evolución genómica de los hongos. Los hongos fitopatógenos sufren extensas reordenaciones cromosómicas durante los ciclos reproductivos sexuales y asexuales. Estas reordenaciones cromosómicas ocurren mediante mecanismos aún desconocidos, pero poseen muchas ventajas evolutivas, ya sea en términos de adaptación, especiación, modificación o expansión del rango de huéspedes o anfitriones, o en incrementar la virulencia.

Distribución ordenada de una colección de moléculas de ADN (oligonucleótidos) inmovilizada en un soporte sólido, generalmente vidrio o nailon, y que se somete a hibridación con sondas de ADN o ARN marcadas. Las aplicaciones de esta tecnología permiten medir simultáneamente el nivel de expresión de miles de genes, el genotipado, la detección de mutaciones y polimorfismos de un único nucleótido (SNPs), su número de copias, etc. El funcionamiento de los chips de expresión se basa en la capacidad de las moléculas complementarias de ADN de hibridar entre sí. Pequeñas cantidades de ADN, correspondientes a diversos genes cuya expresión se desea medir, son depositadas en una base de vidrio, plástico o silicona. Para ello se utilizan robots de precisión que usan agujas especiales para obtener las moléculas y depositarlas en las coordenadas adecuadas. Las muestras de ADN depositadas en el chip se denominan dianas. Una superficie de 2 x 2 cm puede contener más de 10.000 dianas en forma de pequeños puntos separados. De las células que queramos medir su expresión se obtiene una muestra de ARN que se convertirá en ADN complementario (ADNc) y se marcará con una molécula fluorescente. Esta muestra marcada se denomina sonda y se enfrentará a las dianas del chip para hibridarse con ellas y quedar fijada. Después de un tiempo para que la mayoría de las cadenas complementarias hibriden, el chip se lava y se procede a efectuar una medición relativa de la cantidad de ADN de la sonda que ha quedado fijada en cada diana.

Técnica analítica rápida y eficaz de separación, apta para pequeños volúmenes, que se basa en la diferente velocidad de desplazamiento que tienen las distintas proteínas en el seno de un medio líquido, contenido en un tubo capilar, al someterlas a la acción de un campo eléctrico de alto voltaje (10-30 kvoltios, corrientes de 5-100 µA). La separación se lleva a cabo en un tubo de diámetro interno de 10-75 μm y una longitud de 20-100 cm, generalmente de sílice fundida, que se llena con el tampón que constituye el medio de separación a partir de los viales situados en los extremos del capilar. La muestra contenida en otro vial, se introduce por uno de los extremos del capilar reemplazando en el momento de la inyección uno de los viales de tampón por el vial de muestra. La monitorización de la separación se lleva a cabo colocando un detector en un punto del capilar de análisis situado generalmente antes del extremo de salida de este. Un ordenador se encarga del control de la instrumentación y de la adquisición y tratamiento de los datos suministrados por el detector. Se ha utilizado para la identificación y diferenciación de virus, como el de la tristeza de los cítricos (Closterovirus tristezae, Citrus tristeza virus-CTV), según su agresividad, combinada con polimorfismo de conformación de cadena simple (SSCP) y marcadores moleculares múltiples (MMM).

Ciencia que trata la identificación y estudio de las variantes estructurales de secuencia en los genomas. Dichas variantes pueden ser polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs), mutaciones, o cambios como repeticiones o inserciones de nucleótidos. Estudia también las estructuras tridimensionales de las proteínas y la función que éstas realizan en los procesos bioquímicos de un organismo, utilizando técnicas experimentales y simulación por ordenador.

Análisis efectuado mediante diversos tipos de marcadores simultánea o secuencialmente para comparar genomas. Los tres tipos más utilizados son el análisis de fragmentos de restricción de longitud polimórfica (RFLP), la amplificación aleatoria de ADN polimórfico (RAPD) e isoenzimas. Se usan también un número variable de secuencias repetitivas asociadas en tándem (VNTRs), polimorfismo puntual o de un único nucleótido (SNP) o polimorfismo puntual y otros basados en genotipado por secuenciación.

Sigla del inglés. En español, análisis de polimorfismos de múltiples locus con número variable de repeticiones en tándem. Método molecular para identificar la variabilidad intraespecífica de bacterias, incluso a nivel de patovar. Las repeticiones en tándem son secuencias cortas de ADN altamente variables y repetidas un número variable de veces en el genoma bacteriano. El análisis de múltiples regiones VNTR, se denomina MLVA y permite el análisis de la variación de la secuencia en ciertas regiones del genoma. Es un método muy adecuado para estudios epidemiológicos de bacterias a largo y corto plazo. Se trata de un método específico, rápido, de fácil ejecución y bajo costo. Actualmente la posibilidad de secuenciar genomas completos a un precio razonable ha hecho decaer su uso.

Cambio de una base por otra en un triplete de nucleótidos o codón, que deriva en la codificación de un aminoácido distinto o en la creación de un codón de terminación prematura de la síntesis de una proteína (codón sin sentido, que no codifica ningún aminoácido y da lugar a la finalización de la cadena polipeptídica, que suelen ser los codones ámbar-UAG, ocre-UAA, u ópalo-UGA). También la mutación puntual es un cambio en un solo nucleótido, o en un reducido número de nucleótidos. Pueden ser silenciosas, polimorfismos, de sentido erróneo, sin sentido, inserción, deleción, duplicación, de cambio de marco de lectura, de expansión por repetición, y de otros tipos.

Sigla del inglés. En español suele traducirse como polimorfismo de un único nucleótido, aunque una traducción más acertada es mutación puntual.

Sigla del inglés de polimorfismo de conformación de cadena simple o monocatenario.

Molécula o fragmento de ácido nucleico con un cambio permanente en la secuencia de nucleótidos con respecto a la secuencia más común o a una secuencia de referencia. Este cambio de secuencia puede dar lugar o no a una alteración del fenotipo del organismo, como, por ejemplo, permitiendo que un patógeno de plantas supere la resistencia de la planta huésped o incrementando su virulencia. En el caso de virus, se denominan “variantes de secuencia” a linajes o poblaciones de virus que muestran uno o más polimorfismos de nucleótidos con respecto a la secuencia de referencia.

Sigla del inglés. En español, número variable de repeticiones en tándem Las repeticiones en tándem son secuencias cortas de ADN altamente variables y repetidas un número variable de veces en el genoma bacteriano. Tienen de 21 a 47 pb y están separadas por fragmentos de secuencias no repetidas del mismo tamaño. Son altamente inestables, pudiendo presentar variabilidad en el número de unidades de cada repetición, designándose su análisis como VNTR y debido a su polimorfismo, se han utilizado como marcadores para la tipificación de especies bacterianas, pero también de otros tipos de organismos, incluyendo virus y hongos. La utilización de cebadores de PCR que delimiten la región de repetición permite visualizar el polimorfismo en el número de unidades repetidas mediante electroforesis, calculando el número de repeticiones según el tamaño de las secuencias amplificadas.

1. Secuencia corta de ADN, por lo general formada por uno a cuatro pares de bases (unidad de ADN), que se repite en tándem un número variable de veces en una molécula de ADN. 2. (microsatellite, simple sequence repeat SSR, short tandem repeat STR). Secuencias de ADN en las que un fragmento, cuyo tamaño varía desde dos hasta seis pares de bases, se repite de manera consecutiva. La variación en el número de repeticiones, y no la secuencia repetida, crea diferentes alelos. Generalmente se encuentran en zonas no codificantes del ADN. Son neutros, codominantes y poseen una alta tasa de mutación, lo que los hace muy polimórficos. Se utilizan como marcadores moleculares en numerosas aplicaciones en el campo de la genética, como pueden ser estudios de parentesco y de poblaciones, por su alta capacidad para generar una huella genética personal o perfil genético.