1. Eliminación de impurezas o restos de reacción indeseados mediante aplicación de agua o tampones a un soporte sólido, gel o medio solidificado con agar, o de sustancias fijadas en los mismos. Algunos métodos realizan lavado biológico al utilizar el crecimiento de un microorganismo para eliminar selectivamente una impureza específica. Además, los contaminantes químicos pueden ser eliminados por absorción física por líquido, reacción química con un líquido, adsorción física sobre un sólido, separación a través de membrana, compresión, congelación y criogenización. 2. (leaching). Eliminación de sustancias, microorganismos y materiales solubles de un medio poroso, como el suelo o sustrato, mediante el movimiento del agua a través del perfil por arrastre mecánico.
lavado de gases
Eliminación de materia particulada y constituyentes químicos de una corriente de gas.
lavado interno
Denominación común del efectuado para detectar bacterias u otros organismos mediante un tampón apropiado o agua estéril absorbida a través de una sección de tallo o sarmiento, cuya base está depositada en un vaso de precipitado. El líquido se hace pasar a través del material vegetal por succión con una jeringa conectada a una goma elástica para asegurar la estanqueidad. Se han diseñado dispositivos manuales para la obtención de líquido de lavado interno de distintas muestras simultáneamente. También puede realizarse haciendo pasar líquido a través de la sección de material vegetal con ayuda de la presión realizada con una jeringa que contiene el líquido. Los primeros mililitros de líquido así obtenido se han utilizado para aislamiento, detección serológica (inmunofluorescencia o ELISA) o para amplificación molecular (PCR convencional o en tiempo real) de patógenos vasculares, como las especies bacterianas Xylophilus ampelinus o Xylella fastidiosa e incluso cepas tumorígenas de Allorhizobium vitis en vid.
botella de lavado
frasco lavador
Instrumento de laboratorio que consta de un recipiente normalmente de plástico, que se caracteriza por ser de forma cilíndrica y tener un pico largo de desagüe por el que fluye el líquido contenido en su interior al ejercer ligera presión sobre el recipiente. Su función básica es de limpieza o enjuague. En su interior generalmente contiene algún solvente (agua destilada, desmineralizada o agua fisiológica, tampón lavador, etanol, metanol, hexano, etc.), que se emplea para dar el último enjuague al material de vidrio después de su lavado, en la preparación de disoluciones y en lavados tras reacciones secuenciales como en la técnica ELISA y otras.
matraz de lavado
desinfección
1. Acción y efecto de desinfectar. 2. Proceso de eliminación de los microorganismos sin discriminación, excepto sus esporas, de una superficie. Entre los microorganismos a eliminar se pueden encontrar los que infectan o pueden provocar infección en una planta, material vegetal, o sobreviven en suelo o sustrato, agua, ambiente, lugar, sitio o cosa, destruyéndolos y evitando así su desarrollo. 3. Proceso químico o físico que destruye microorganismos e inactiva virus y viroides que se pueden encontrar en la superficie de material vegetal o de lugares u objetos inertes, agua, suelo o sustrato, y atmósfera confinada, para evitar su desarrollo y prevenir la posible infección. La desinfección se lleva a cabo por medio de biocidas o germicidas, sustancias químicas antimicrobianas, algunos de cuyos mecanismos de acción y resistencia son similares a los de los antibióticos. Entre los desinfectantes químicos del agua más habituales se encuentra el cloro, las cloraminas y el ozono y entre los físicos la filtración, ebullición y la irradiación ultravioleta. Para superficies se usa o ha usado alcohol, cloro o compuestos clorados, formaldehído, glutaraldehído, peróxido, yodóforos, ácido peracético, compuestos de amonio cuaternario y cloruro de benzalconio. Se ha validado la eficacia de la mezcla de etanol del 62-71 % con 0,5 % de agua oxigenada (peróxido de hidrógeno) o con 0,1 % de hipoclorito sódico, para la eliminación e inactivación incluso de virus en superficies inertes en un minuto. Para muestras vegetales es frecuente el uso de diluciones de hipoclorito o alcohol etílico, seguidas de lavado o enjuagado con agua estéril. La eficacia de la desinfección depende de varios factores, como del tipo de contaminación del material, de la calidad de la limpieza previa, de la concentración del desinfectante, del tiempo de contacto del material con el desinfectante, y de la configuración del objeto a desinfectar. 4. Ausencia de gérmenes que pueden provocar infección.
ELISA
Denominación común en español, que proviene del acrónimo del inglés “Enzyme-Linked Immunosorbent Assay”, o ensayo inmunoenzimático en fase sólida o ensayo por inmunoadsorción ligado a enzimas, popularmente ELISA. Da nombre a una técnica inmunológica o ensayo inmunoenzimático o serológico muy sensible para detectar, cuantificar, identificar o comparar antígenos complejos (agentes patógenos), proteínas, anticuerpos, péptidos u hormonas, incluso en extractos vegetales brutos. Esta prueba se caracteriza por utilizar un soporte insoluble o inmunoadsorbente (microplacas, tubos, pocillos o membranas) para fijar, tapizar o sensibilizar con antígenos o anticuerpos, según la modalidad de técnica. La prueba consiste en una serie de incubaciones mediadas por lavados, hasta adicionar el substrato. Se caracteriza porque la reacción se revela con anticuerpos conjugados enzimáticamente (frecuentemente en Patología vegetal con fosfatasa alcalina de mucosa intestinal de ternera y en ocasiones con peroxidasa de rábano picante) o biotinilados y un sustrato apropiado a la enzima marcadora (p-nitrofenil fosfato en el caso de la fosfatasa alcalina y peróxido de hidrógeno para la peroxidasa). La densidad óptica o valor ELISA final es proporcional a la cantidad de antígeno o anticuerpo detectado y permite asignar un valor numérico a la detección semicuantitativa. Se han diseñado distintas variantes o modalidades: ELISA directo, indirecto, de doble sándwich de anticuerpos (DAS), indirecto doble sándwich de anticuerpos (DASI), y competición. Las modalidades pueden realizarse con anticuerpos policlonales, con anticuerpos monoclonales, con anticuerpos recombinantes o con fragmentos F(ab´)2 de anticuerpo y proteína A conjugada. La técnica ELISA puede realizarse con sustratos solubles o precipitantes.
ELISA doble sándwich de anticuerpos indirecto, ELISA-DASI
Variante de ELISA DAS (doble sándwich de anticuerpos) combinada con el sistema de revelado de ELISA indirecto. Se realizan los mismos pasos, pero requiere producir anticuerpos específicos en dos especies animales distintas. Se evita realizar conjugados al revelar la reacción con anticuerpos específicos (como los empleados en la fase primera de tapizado) y tras incubación y lavado se añaden inmunoglobulinas anti la especie animal utilizada para generar los anticuerpos específicos frente al patógeno de interés, pero conjugados, con una enzima. Se suele utilizar con anticuerpos policlonales de conejo en la fase de tapizado y anticuerpos monoclonales específicos de ratón, y revelar con inmunoglobulinas de cabra antirratón conjugadas con una enzima (normalmente fosfatasa alcalina). La modalidad es muy sensible (capaz de detectar del orden de 0,05-0,1 g de antígeno), pues permite amplificar la reacción con la adición de inmunoglobulinas anti especie marcadas.
ELISA doble sándwich de anticuerpos, ELISA-DAS
Variante de ELISA muy sensible para detección de antígenos complejos (agentes patógenos). De manera secuencial y mediada por etapas de incubación y lavado, se tapizan los pocillos de una microplaca o la superficie de un inmunoadsorbente con anticuerpos purificados específicos del agente patógeno a detectar, se añade la muestra (extracto bruto vegetal, suspensión bacteriana, dilacerado, exudados, lloros de vid, extracto de suelo filtrado, etc.), y se añaden los mismos anticuerpos que en la primera etapa, pero conjugados con una enzima (habitualmente fosfatasa alcalina). La reacción se revela con el substrato específico de la enzima marcadora (habitualmente p-nitrofenil fosfato) que por hidrólisis y efecto batocrómico producirá un color amarillo (valor ELISA a 405 nm) de intensidad proporcional a la enzima retenida. La reacción clásica y más sensible, se realiza añadiendo 200 L/pocillo de la microplaca en cada etapa, aunque para ahorro de reactivos y economía algunos kits comerciales utilizan solo 100 L/pocillo. Otras modalidades utilizan únicamente unos microlitros Los anticuerpos utilizados para tapizar o como conjugados pueden ser producidos en la misma especie animal o no. Frecuentemente se utilizan anticuerpos policlonales para tapizado y monoclonales específicos (solos o en mezcla de varios) como conjugados, o ELISA basado completamente en anticuerpos policlonales, en anticuerpos monoclonales o recombinantes de anticuerpos monoclonales, que confieren alta especificidad y sensibilidad. DAS es la modalidad más popular de ELISA para detección de agentes patógenos o sus metabolitos.
ELISA indirecto, ELISA I
Variante de ELISA usada para detectar antígenos, establecer parentescos serológicos entre ellos o titular anticuerpos en diluciones seriadas. Sobre una microplaca o un inmunoadsorbente tapizado con antígeno (o muestra en la que desea verificar la presencia del antígeno de interés), se añaden los anticuerpos específicos del antígeno y tras incubación y lavado se añaden inmunoglobulinas anti la especie animal utilizada para obtener los anticuerpos específicos, marcadas con una enzima o biotiniladas Esta modalidad evita tener que preparar conjugados para cada anticuerpo específico y como quiera que las inmunoglobulinas anti especie son muy utilizadas en análisis clínicos, están disponibles comercialmente con una alta calidad contrastada. Las más usuales son las de cabra anticonejo para anticuerpos policlonales de antisueros o de cabra antirratón para anticuerpos monoclonales, marcadas con fosfatasa alcalina o peroxidasa.
elución
Proceso por el que se separan sustancias absorbidas por un cuerpo sólido o gelatinoso por medio de lavados progresivos con un tampón disolvente apropiado.
extractor de Gugerli
Denominación común del extractor de jugos Tecan 400 diseñado por el Dr. Paul Gugerli en 1979 para realizar automáticamente numerosos extractos de tubérculos de patata o papa, diluirlos en un tampón apropiado, dispensarlos directamente en la placa ELISA, descontaminar la fresa de extracción y conductor de aspiración y dispensación con un lavado rápido de tampón a presión y lavado-secado al vacío. Para ciertos virus el pinchazo con la fresa para realizar el extracto debe efectuarse en la zona de la corona del tubérculo, mientras que para otros conviene más la zona próxima al ombligo, para incrementar las posibilidades de detección. El sistema revolucionó el análisis de muestras mediante la técnica ELISA pues permite realizar una muestra por minuto y unas 20 placas por operador y jornada laboral. Es aplicable al análisis de virus en tubérculos, raíces engrosadas, bulbos y otro material vegetal suculento.
hibridación a través de flujo
Principio que permite realizar hibridaciones en poco tiempo al dirigir el flujo de las moléculas a hibridar (muestra) hacia sondas diana inmovilizadas en una membrana, mediante succión a través de la misma. Igualmente, los lavados y revelado se realizan mediante ligero vacío a través de la membrana, tras breve tiempo de incubación.
hibridación dot-blot
Aquella en la que se inmoviliza el ADN o ARN de la muestra desnaturalizado sobre un soporte sólido o filtro, de forma que se impide la autohibridación, que puede ocurrir en medio líquido. Seguidamente se introduce el soporte en una solución con sondas de ácidos nucleicos complementarios y marcados con una molécula delatora. Tras la hibridación y lavado para eliminar los productos que no hayan reaccionado, los híbridos se detectan por autorradiografía, caso de sondas marcadas con 32P o, en la actualidad más frecuentemente, por variados métodos inmunoenzimáticos disponibles. Es la modalidad de hibridación molecular más común que implica la aplicación de una solución de ácido nucleico a un soporte sólido, tal como membranas de nitrocelulosa o de nailon, y la posterior detección con sondas específicas apropiadas.
hibridación in situ con sonda fluorescente, HISF
Técnica basada en la utilización de sondas de ADN para detectar (y, a veces, cuantificar) genes o secuencias nucleotídicas específicas y localizar dichos genes o secuencias en cromosomas metafásicos o núcleos en interfase. En este caso, la sonda (ADN o ARN) se marca por conjugación química directa con un fluorocromo, usualmente de la clase de las cumarinas, fluoresceínas, rodaminas o cianinas, o bien por conjugación química con una molécula no fluorescible, como la biotina o un hapteno (por ejemplo la digoxigenina o el dinitrofenol), capaz a su vez de unirse posteriormente a una segunda molécula marcada con un fluorocromo, como la avidina, en el caso de la biotina, o a un anticuerpo específico, en el caso del hapteno. Tras la hibridación y los lavados respectivos, la sonda se irradia, el fluorocromo emite luz de una determinada longitud de onda (y por consiguiente de un determinado color) y ello permite distinguir la secuencia complementaria como una mancha de color vivo al microscopio de fluorescencia, según definición del Vocabulario inglés-español de María V. Saladrigas (www.medtrad.org/panacea.html).
homogeneizador de palas
Instrumento para realizar mezclas u homogeneizaciones en laboratorio. Funcionan por la acción de palas gemelas oscilantes que alternativamente actúan sobre la muestra contenida en el interior de una bolsa de plástico estéril. La velocidad y tiempo de acción de las palas es regulable. No generan contaminación cruzada entre muestras ni sobrecalientan las mismas. Son útiles para mezcla y disolución de productos en líquidos, lavado y preparación de muestras de suelo, lavados superficiales, enjuagues, preparación de muestras para inmunofluorescencia o PCR en tiempo real para hongos y bacterias. No desgarran ni trituran el material vegetal, especialmente si es leñoso, por lo que no generan homogenizados o extractos brutos recomendables para detección de virus o patógenos vasculares. El más conocido es el modelo Stomacher de la marca Seward, nombre por el que a menudo se conocen este tipo de homogeneizadores.
inmunocaptura
1. Uso de anticuerpos específicos para sensibilizar o tapizar tubos en la reacción en cadena de la polimerasa (PCR o RT-PCR) con el fin de enriquecer en los patógenos de interés aquellos presentes en el extracto bruto de la muestra, en una fase previa a su detección. Requiere la obtención de extractos, pero evita la purificación de ácidos nucleicos de la muestra. Consiste en varias etapas: i) concentración de viriones o de células de cualquier otro patógeno presentes en el extracto vegetal por captura en las paredes de los tubos de PCR tapizados con anticuerpos específicos; ii) eliminación por sucesivos lavados de los restos del extracto vegetal e inhibidores no inmunocapturados; iii) realización de la reacción de amplificación en el mismo tubo. Los ácidos nucleicos del patógeno a detectar son liberados por el calor de la reacción. El método mejora la sensibilidad de la PCR o RT-PCR simple convencional, además de reducir inhibidores de los extractos vegetales y constituye un método sencillo y económico de preparación de muestras para amplificación, aunque su sensibilidad y sencillez ha sido muy superada por otras versiones de PCR. 2. (trapping). Tapizado o sensibilización con anticuerpos específicos de rejillas de microscopía electrónica con el fin de atrapar selectivamente partículas virales, células bacterianas o fúngicas presentes en la muestra depositada en la rejilla.
limpiador de laboratorio
1. Conjunto de productos que utilizan agentes químicos generalmente alcalinos, biodegradables y sin fosfato ni sosa cáustica, detergentes iónicos líquidos, o productos para enjuague ácido, entre otros, con la finalidad de limpiar o suprimir suciedad o productos químicos o reactivos en el material de vidrio, plástico, caucho, utensilios metálicos, aparatos, o superficies, mediante un prelavado o un lavado. Se pueden utilizar manualmente o en máquinas lavavajillas especiales de laboratorio. El término también incluye a los descontaminantes radioactivos o tensioactivos y productos desnaturalizantes de ácidos nucleicos. 2. Utensilios utilizados para realizar la limpieza manual de material de laboratorio, como escobillas o cepillos.
matriz de ADN
Distribución ordenada de cientos de miles de sondas, compuestas por moléculas de ADN de secuencia conocida inmovilizadas en un soporte sólido, frecuentemente de vidrio o nailon. Las sondas fijadas se hibridan con una solución de dianas problema de ácidos nucleicos desconocidos, que han sido previamente marcados. Las dianas son frecuentemente ADNc obtenido por transcripción inversa a partir de ARNm o generalmente ARN total. Tras la hibridación y los correspondientes lavados los híbridos que han quedado retenidos en la matriz o microchip emitirán una señal que puede ser captada e interpretada, por microscopía confocal de barrido láser u otros procedimientos. Así se obtiene una imagen característica que suele ser analizada por programas informáticos. Las sondas se pueden sintetizar directamente sobre la superficie rígida de vidrio (como en el caso de los oligonucleótidos) o se pueden preparar con anterioridad (como en el caso de oligonucleótidos, ADNc clonados, productos de PCR, etiquetas de secuencia expresada, o fragmentos génicos) y, en ese caso, se ligan posteriormente al soporte de vidrio o a una membrana de nailon.
monocapa
1. Capa sencilla de células que forman las células dependientes de anclaje en la superficie de la matriz de soporte sobre la que están creciendo. 2. Capa sencilla de anticuerpos para el tapizado de placas de ELISA que se logra sensibilizando previamente la placa con proteína A y añadiendo después anticuerpos, que además quedarán con sus paratopos libres y receptivos (orientados), al quedar fijados por su fragmento Fc. 3. Capa única de células bacterianas o fúngicas para tapizar placas y realizar ELISA directo, indirecto o inmunofluorescencia; la formación de multicapas de antígeno disminuye la sensibilidad al ser más fácilmente arrastradas durante los lavados.
nivel de contención biológica
Condiciones bajo las cuales los agentes biológicos pueden comúnmente manipularse de forma segura. La Organización Mundial de la Salud (OMS) clasifica los microorganismos patógenos para el hombre y los animales en cuatro grupos de riesgo (1, 2, 3 y 4), pero no considera a los patógenos de plantas ni a sus vectores, aunque se puede adoptar para estos un criterio similar Cada grupo de riesgo es específicamente apropiado para las operaciones llevadas a cabo, las vías de transmisión documentadas o sospechadas de los agentes infecciosos, y la función o la actividad de la instalación. El director del laboratorio es la persona específica y principalmente responsable de evaluar los riesgos y de aplicar adecuadamente los niveles de bioseguridad recomendados. El trabajo con agentes conocidos debe realizarse con el nivel de bioseguridad recomendado, pero cuando se cuenta con información específica relacionada con la especial virulencia, la patogenicidad, la disponibilidad de tratamientos, u otros factores que han sido alterados significativamente, se deben efectuar prácticas más estrictas. Según la OMS el nivel de bioseguridad 1 o nivel básico es para cuando el riesgo individual y poblacional se considera escaso o nulo. Las prácticas, los equipos de seguridad, el diseño y la construcción de la instalación del nivel de bioseguridad 1 son adecuados para la educación o capacitación secundaria o universitaria, y para aquellas instalaciones en las que se trabaja con cepas definidas y caracterizadas de microorganismos viables, que no se conocen como causantes de enfermedad en humanos, animales o vegetales, en la que es únicamente recomendada una pileta para lavado de manos. El nivel de bioseguridad 2 es para cuando el riesgo individual es moderado y el poblacional bajo. Las prácticas, los equipos, el diseño y la construcción de instalaciones del nivel de bioseguridad 2 son aplicables a laboratorios educativos, de diagnóstico u otros laboratorios donde se trabaja con un amplio espectro de agentes de riesgo moderado que se encuentran presentes en la comunidad y que están asociados con enfermedades humanas, animales o vegetales. Los agentes patógenos manejados, tienen pocas posibilidades de entrañar un riesgo grave, pues existen medidas preventivas y terapéuticas eficaces y el riesgo de propagación es limitado. Con buenas técnicas microbiológicas, estos agentes se pueden manejar en forma segura en una bancada o mesa de trabajo, siempre que no se produzcan salpicaduras o aerosoles en cuyo caso se utilizará una cabina de seguridad biológica. Se deben utilizar barreras primarias, tales como mascarillas contra salpicaduras, protección facial, batas y guantes y contar con barreras secundarias, tales como pilas para lavado de manos e instalaciones de descontaminación de desechos a fin de reducir la contaminación potencial del medio ambiente. El nivel de bioseguridad o de contención 3 es para cuando el riesgo individual es elevado y el poblacional bajo. Indicado para patógenos que suelen provocar enfermedades humanas, animales o vegetales graves, pero que de ordinario no se propagan de un individuo a otro y existen medidas preventivas y terapéuticas eficaces para controlarlos. Las prácticas, equipos de seguridad y el diseño y la construcción de las instalaciones del nivel de bioseguridad 3 pueden aplicarse a instalaciones clínicas, de producción, investigación, educación o diagnóstico, donde se trabaja con agentes exóticos o indígenas con potencial de transmisión respiratoria o ambiental, y que pueden provocar una infección grave y potencialmente letal. Las manipulaciones de laboratorio se deben llevar a cabo en cabina de seguridad biológica u otros equipos cerrados. Las barreras secundarias para este nivel incluyen el acceso controlado al laboratorio y sistemas de ventilación que minimizan la liberación de aerosoles infecciosos, como lo es un gradiente de presión negativa que crea un flujo de aire dirigido al interior de la instalación y el tratamiento previo de efluentes. El personal debe ducharse preventivamente al salir y entonces emplear la ropa habitual que había sido depositada a la entrada. El nivel de bioseguridad 4 o de contención máxima está destinado para cuando el riesgo individual y poblacional es alto. Está destinado al manejo de patógenos que suelen provocar enfermedades graves en el ser humano o animales y que se transmiten de un individuo a otro, directa o indirectamente y para los que no existen medidas preventivas y terapéuticas eficaces para su control. Las prácticas, equipos de seguridad, y el diseño y la construcción de instalaciones del nivel de bioseguridad 4 son aplicables al trabajo con agentes peligrosos o tóxicos que representan un alto riesgo individual de enfermedades que ponen en peligro la vida, que pueden transmitirse a través de aerosoles y para las cuales no existen vacunas o terapias disponibles. El aislamiento completo del personal de laboratorio se logra principalmente con cabinas de máxima seguridad biológica (clase III) y con un traje de cuerpo entero, con provisión de aire y presión positiva. Por lo general, la instalación del este nivel 4 es un edificio separado o una zona totalmente aislada con sistemas de gestión de desechos y requisitos de ventilación especializados y complejos. Este nivel no es necesario para los patógenos de plantas conocidos.
PBS
Sigla del inglés. En español, tampón fosfato salino. Tampón muy utilizado, especialmente en técnicas serológicas y como base de numerosos tampones de extracción y lavado en técnicas de aislamiento, serológicas, de hibridación y amplificación molecular.
prensa de rodillos
Aparato diseñado para preparar y recoger extractos producidos al introducir material vegetal suculento entre dos rodillos (lisos o acanalados) que giran uno contra otro en sentido contrario accionados por un motor eléctrico controlado con un pedal. Entre muestras se realiza un lavado con agua para descontaminar por dilución. La prensa Pollähne es una de las más conocidas y este tipo ha sido utilizado para la preparación de extractos de las numerosas muestras necesarias en programas de certificación de clavel, crisantemo, patata, etc. y análisis mediante la técnica ELISA en diversos programas de certificación. Actualmente está en desuso ante la aparición de homogeneizadores de rodamientos en bolsas individuales que evitan la contaminación cruzada entre muestras.
robot
Máquina o ingenio electrónico programable que es capaz de manipular objetos y realizar diversas operaciones, como la preparación de muestras, su análisis y la lectura e interpretación de resultados. La automatización mediante robots de los distintos pasos de las pruebas analíticas (como preparación de la muestra, realización automatizada de la técnica ELISA, extracción de ácidos nucleicos y su purificación, dispensado de reactivos y extractos, lavados, amplificación y detección de amplificados, lectura de resultados, etc.), implica que sean cada vez más utilizados. Minimizan los riesgos de contaminación y facilita el procesado de elevado número de muestras, aunque incrementa significativamente el coste del análisis. Están disponibles comercialmente distintos robots completos, como aquellos que realizan automáticamente una reacción ELISA, pruebas de PCR en tiempo real o una secuenciación completa, y sistemas robotizados para fines parciales, como el extractor de Gugerli, lavadores automáticos de placas de ELISA, robots de purificación de ácidos nucleicos, o secuenciadores automáticos, entre otros sistemas de amplia utilización y paulatinamente más económicos.
robustez de una prueba
Grado en que las especiales condiciones de prueba alteradas, como modificaciones en temperatura, volumen, intensidad de lavado, cambio de reactivos, etc., afectan a los valores de rendimiento de la prueba establecidos como su sensibilidad analítica y especificidad analítica. Constituye un criterio de validación.
sala blanca
Recinto especialmente diseñado para obtener bajos niveles de contaminación y en el que se lleva a cabo un riguroso control de parámetros ambientales, del número de partículas suspendidas, temperatura, humedad, caudal de aire, presión e iluminación. Estas instalaciones están asociadas con un alto coste de operación y mantenimiento, pero son imprescindibles para manipular con seguridad agentes patógenos, plantas inoculadas con patógenos de cuarentena o mediante vectores, organismos modificados genéticamente y productos tóxicos. Poseen una serie de componentes estructurales, como son: esclusas de aire, entradas de aire filtrado estéril basado en filtros HEPA y sistema de renovación del mismo, escala de presiones o depresiones según el caso (presión positiva para evitar el acceso de contaminantes o negativa para facilitar el flujo de aire hacia zonas con menos riesgo), esclusas que mantienen diferencias de presión entre salas y el exterior, paredes recubiertas de vinilo, juntas siliconadas y esquinas redondeadas para evitar acumulación de polvo y favorecer su limpieza, eliminación del agua mediante tratamiento desinfectante, zona de lavado alejada de la zona de producción o inoculación. Los operarios deben vestir ropa adecuada para evitar la introducción de contaminantes y además todo el material se debe manipular con cuidado y por personal adiestrado en el uso de tales salas.
salinidad
Calidad de salino. Es una medida de la cantidad de sales disueltas en el agua. La salinidad y la conductividad están relacionadas porque la cantidad de iones disueltos aumenta los valores de ambas. Los suelos salinos o el agua salina de riego pueden contener suficiente cantidad de sales solubles como para limitar o impedir el crecimiento de las plantas, pues la alta concentración de sales les ocasiona desequilibrio iónico y estrés osmótico. La salinidad genera un potencial osmótico del suelo que limita la entrada del agua en la raíz y por tanto implica una absorción limitada de nutrientes. El estrés salino rompe la homeostasis iónica de las plantas al provocar un exceso tóxico de sodio (Na+) en el citoplasma y una deficiencia de iones como el potasio (K+). El sodio inhibe muchas enzimas y por eso es importante prevenir la entrada del mismo al citoplasma. La salinidad se puede medir con un hidrómetro que mide la gravedad específica, que puede convertirse a salinidad, o con un refractómetro, que mide la capacidad del agua para refractar la luz. La salinidad se mide en gramos/litro (g/L) o partes por mil (ppt) en agua salada. La clasificación de la salinidad de los suelos según la conductividad eléctrica (CE) del extracto de saturación del suelo y los efectos que produce sobre los cultivos varía ampliamente. Con valores de 2-4 dS/m (1 mmho/cm equivale a 1 deciSiemen-dS/m) en suelos normales con ligera salinidad, solo se observan daños en cultivos sensibles, mientras que 4-8 dS/m de salinidad media en suelos considerados salinos, se producen daños en la mayoría de cultivos. Frente a salinidad fuerte (de 8-16 dS/m) o muy fuerte (>16 dS/m), solo pueden prosperar cultivos tolerantes o muy tolerantes, respectivamente. Como referencia, el agua de consumo humano es aceptada hasta 0,5 dS/m, el agua de riego media varía entre 0,8-2,5 dS/m y el agua del mar posee 60 dS/m. Si el contenido de sales en el agua de riego es mayor de 2 g/L o la conductividad eléctrica del agua mayor de 3 dS/m, los problemas de salinidad pueden ser muy graves a menos que se establezcan tratamientos como el lavado de sales o el cambio de un cultivo por otros que resistan mejor las condiciones de salinidad. FAO recomienda utilizar aguas de riego como máximo de 0,45 -2 g/L de cantidad total de sólidos disueltos (TSD) o de 0,7-3 dS/m, para tener un riesgo de ligero a moderado en el cultivo. El grado de tolerancia de los cultivos (en % de reducción de su rendimiento) en función de la conductividad eléctrica del extracto de saturación del suelo, está disponible en FAO.
trampa amarilla de agua
Artificio desarrollado por Moericke en 1951, fundamentalmente para la captura de pulgones. Consta de un recipiente pintado de amarillo, provisto de un agujero de desagüe para que no se desborde en caso de lluvia con una malla fina en el nivel superior cerca del borde, que se llena de agua de la que se recogen periódicamente los pulgones capturados. Se coloca a la altura que más interese, al ir colocado sobre un aro metálico o soporte, regulable en altura, sujeto a una pica o poste clavado en el suelo. En el caso árboles es usual situarlo a 1,5 m del suelo, en el caso de plantas hortícolas se suele situar a 0,5-1,0 m de altura. La trampa de color amarillo atrae selectivamente a unas especies más que a otras, concretamente, con esta trampa se capturan más Aphis spiraecola que otras especies de los cítricos o de frutales. Así pues, no refleja más que de manera sesgada la composición de la fauna de pulgones que vuela por los campos, pero todavía se sigue usando para continuar el estudio de la evolución a lo largo de los años de dicha composición, cuando en los estudios iniciales se utilizó para ello este tipo de trampa.
trampa de planta pegajosa
Aquella ideada por Avinent et al. (1993), obtenida al pulverizar la planta entera, algunos brotes, hojas, frutos, etc. con una sustancia pegajosa no fitotóxica (como el spray Souverode). Se emplea para el muestreo de casi todo tipo de artrópodos visitantes que, al aterrizar sobre la parte rociada con goma, quedan atrapados. Es la más mimética con la planta y fiel en sus registros de los artrópodos visitantes de la parte rociada. Las plantas trampa rociadas deben ser renovadas cada 7-10 días y los artrópodos recuperados mediante lavado con un disolvente (frecuentemente aguarrás o esencia de trementina), y subsiguiente enjuague con detergente y son finalmente lavados con agua (con ayuda de un colador) y conservados en etanol del 70 % hasta su clasificación y análisis por PCR en tiempo real u otra técnica sensible. Frecuentemente se usan métodos directos de preparación de la muestra (especialmente las de escachado-captura), sin necesidad de purificar ácidos nucleicos.
transferencia puntual
Método para estimar la concentración de fragmentos de ADN o de moléculas de ARN o de proteína presentes en una muestra. Consiste en transferir directamente una alícuota de la muestra sobre una membrana de filtro de nitrocelulosa, éster de celulosa o nailon y en hibridar el ácido nucleico fijado a la membrana con una sonda. Si se trata de proteínas, consiste en hacer reaccionar la proteína de interés fijada a la membrana con un anticuerpo específico, previo marcado o conjugación de la sonda o del anticuerpo con isótopos radioactivos o fluorocromos. Tras lavados, la radiación ionizante o la fluorescencia emitida por la sonda o el anticuerpo se detectan por autorradiografía, fluorografía o imagen digital. Si en la membrana se ha incluido como referencia una serie de diluciones del mismo polinucleótido purificado o de la misma proteína purificada de concentración conocida, es posible cuantificar la cantidad de ácido nucleico o de proteína presente en la muestra analizada, por comparación de la intensidad de la mancha con la de la muestra de referencia. El método permite detectar hasta un picogramo (1 pg) de ácido nucleico; según definición del Vocabulario inglés-español de bioquímica y biología molecular de María V. Saladrigas (www.medtrad.org/panacea.html). Se denomina transferencia puntual cuando se efectúa de forma puntual o por hoyos.
tubo de ensayo
Tipo de tubo de borosilicato o plástico rígido, cerrado por uno de sus extremos (tapón plástico, de corcho o algodón), en el cual se vierten líquidos, soluciones o muestras que analizar. Generalmente es capaz de contener volúmenes hasta de 15 mL y su diámetro externo suele ser de 16 mm. Tiene múltiples usos en el laboratorio, pero frecuentemente se utiliza también para contener medio de cultivo sólido, y se inclina tras el autoclavado antes de su solidificación, para realizar siembra de microorganismos en la superficie sólida inclinada, especialmente de bacterias. Se suelen manejar en gradillas apropiadas. Están disponibles comercialmente sin tapón o con tapón de plástico, corcho o algodón, pero también de rosca DIN o tapón de rosca para un sellado hermético gracias a una junta de silicona. Son útiles para cultivo, almacenamiento y transporte de microorganismos.
ultrafiltro
Filtro capaz de separar pequeñas partículas coloidales. Se utiliza generalmente para concentrar disoluciones de proteínas o de anticuerpos o parar efectuar su lavado o diálisis con el fin de eliminar sales. El filtro especial consta de una membrana semipermeable generalmente plana o tubular, en espiral, de fibra hueca o forma de cartuchos presurizados, a través de la cual se hace pasar el material a filtrar, generalmente por presión positiva sobre el líquido de la muestra, con nitrógeno gas o por succión mecánica, el material a filtrar. Los ultrafiltros también se utilizan para eliminar bacterias u hongos del agua u otras disoluciones tampón, esterilizándolas. Existe disponibilidad comercial de células de ultrafiltración y juegos de filtros estériles de tamaño de poro que varía de 0,04 hasta 0,1 m y que proporcionan una constante de ultrafiltrado (KUF) establecida orientativamente por el fabricante, definida como el ultrafiltrado acuoso por unidad de presión transmembrana (mm Hg).
lixiviación
piseta
Denominación común.