Diccionario

1. Modelo, ejemplar. 2. En nomenclatura, espécimen o especímenes en los que se basa el nombre de un grupo taxonómico (taxón). 3. Cada uno de los grandes grupos taxonómicos en que se dividen los reinos animal y vegetal, y que, a su vez, se subdividen en clases. 4. Ejemplar que sirve de base para el nombre de una categoría taxonómica, como un espécimen es el tipo de una especie.

Subdivisión (generalmente infraespecífica) determinada por la susceptibilidad de una bacteria a uno o más de una selección de bacteriófagos que se denominan fagos tipificadores. El tipo se considera a menudo como un patrón de zonas líticas en los lugares en los que se han observado placas de fagos en un cultivo sembrado con la cepa en estudio.

Aquel que puede ser utilizado para secuenciación automática de ADN, como: i) vector de clonación: ya sea de cadena simple (generalmente del bacteriófago M13) o de doble cadena (los más frecuentemente utilizados), y que pueden ser un vector plasmídico, un fagémido (vectores híbridos, plásmidos de doble cadena que contienen un origen de replicación de un bacteriófago de cadena simple), o cósmidos (que contienen el fragmento cos del fago lambda y son capaces de replicar fragmentos grandes de ADN) o; ii) fragmentos de PCR, ya sean productos de PCR de cadena sencilla, con exceso de un cebador, o productos de PCR de doble cadena, con cantidades idénticas de cada cebador.

1. Genotipo o fenotipo de un organismo predominante o común, en la población natural. Se aconseja su utilización, para microorganismos y plantas, en vez de tipo salvaje incorrectamente utilizado. 2. La especie o taxón de origen natural, en oposición a las variantes morfológicas resultantes del cultivo in vitro o mutantes bioquímicos obtenidos del cultivo. 3. En virología, la cepa parental original de un virus que generalmente se adapta al laboratorio y se usa como base cuando se comparan mutantes.

1. Sinónimo absoluto. 2. Nombre posterior dado al espécimen tipo. 3. Un nombre que tiene el mismo tipo que otro nombre que no es ni su basónimo ni un sinónimo.

Espécimen utilizado para preparar una ilustración en la que es el tipo.

Ordenación radial del parénquima clorofílico, respecto a los haces conductores, distinguiéndose una vaina del haz, a menudo de naturaleza colenquimática, rodeada a su vez por células del mesófilo. En las plantas C-4 los cloroplastos de ambos tipos de células presentan diferencias fisiológicas y, en ocasiones, morfológicas, y en las plantas productoras de malonato los cloroplastos del haz carecen de grana (cloroplastos agranales); esta estructura anatómica está relacionada con la existencia de un ciclo complementario de fijación del CO2.

Antígeno específico y muy conservado en ciertos tipos de virus. Con el mismo se pueden preparar anticuerpos monoclonales o recombinantes totalmente específicos del tipo de virus concreto, como aquellos 4DG11, que reaccionan contra aislados Dideron (D) del virus de la viruela del ciruelo (Potyvirus plumpoxi, Plum pox virus-PPV) o sharka tipo D, o el anticuerpo monoclonal AL, que reacciona frente a tipos agresivos Marcus de PPV-M o aquellos específicos de otros tipos de PPV.

Grupo de organismos que poseen las mismas características genéticas. Subdivisión de raza fisiológica o subraza. En microbiología se entiende como una subdivisión de especie o subespecie que agrupa a distintas cepas capaces de ser distinguidas por algunos caracteres fisiológicos, fenotípicos o biológicos.

Conjunto de cromosomas de una célula, individuo o especie; a menudo se representa en una ordenación que muestra su número, tamaño y forma.

Conjunto de cromosomas de un hongo, caracterizado por el número, tamaño, forma y patrón de bandas de los cromosomas. El estudio del cariotipo suele hacerse mediante electroforesis de campo pulsante (pulse-field gel electrophoresis, PFGE), porque a menudo los cromosomas fúngicos son muy pequeños, pero se resuelven bien por PFGE, y porque la técnica es independiente de la meiosis, permitiendo el análisis de hongos y estructuras asexuales. Su análisis se emplea en Fitopatología para identificar especies y cepas patógenas, diferenciar razas de hongos, estudiar variaciones genómicas relacionadas con la virulencia y comprender la evolución y la organización genética de los patógenos fúngicos. La inestabilidad genómica es frecuente en diversas especies de hongos fitopatógenos, como Fusarium oxysporum, y a menudo resulta en variaciones en el cariotipo y en alteraciones de la patogenicidad y virulencia. Esta variabilidad resulta fundamentalmente de reordenaciones cromosómicas y de la presencia de cromosomas accesorios, que son aquellos que están presentes solo en algunas cepas y que además son inestables. Las reordenaciones cromosómicas son la principal causa de las variaciones del cariotipo y tienen un papel importante en la evolución de los hongos fitopatógenos, ya que pueden ser un mecanismo para la generación de nuevas cepas más virulentas. Los cromosomas accesorios son también una importante fuente de polimorfismos en el cariotipo. La transferencia horizontal de cromosomas (HCT, por sus siglas en inglés) podría ser una herramienta esencial para el intercambio genético y la evolución genómica de los hongos. Los hongos fitopatógenos sufren extensas reordenaciones cromosómicas durante los ciclos reproductivos sexuales y asexuales. Estas reordenaciones cromosómicas ocurren mediante mecanismos aún desconocidos, pero poseen muchas ventajas evolutivas, ya sea en términos de adaptación, especiación, modificación o expansión del rango de huéspedes o anfitriones, o en incrementar la virulencia.

Aquella que es arquetipo de una especie, que figura en su descripción y que constituye el elemento primario de taxonomía. Si una nueva cepa pertenece o no a una determinada especie es, por tanto, determinado por la comparación con cepas tipo.

1. Subpoblación genéticamente diferenciada que está restringida a un hábitat específico, un ambiente particular o un ecosistema definido, con unos límites de tolerancia a los factores ambientales. 2. Misma especie que en ambientes diferentes tiene una expresión fenotípica distinta por la interacción de los genes con el medio ambiente.

Aquel cometido al rechazar equivocadamente una hipótesis nula verdadera. Si la hipótesis nula consiste en que la muestra sea negativa, el error de tipo I conducirá a un resultado falso positivo.

Aquel cometido al aceptar equivocadamente una hipótesis nula falsa. Si la hipótesis nula consiste en que la muestra sea negativa, el error de tipo II conducirá a un resultado falso negativo.

La especie designada como el tipo del género. No siendo necesario que sean las especies más típicas del género.

Características físicas observables de un organismo, producto de la expresión o manifestación de la información genética contenida en el genotipo, en concordancia con las condiciones del ambiente determinado en el que habita el organismo. Manifestación física y conductual del ADN de un organismo, aunque influenciado también por la presión del entorno. Hace alusión a cualquier rasgo observable, su desarrollo, sus propiedades bioquímicas, su fisiología o su comportamiento, entre otros.

Secuencia de ADN o grupo de secuencias de un marcador genético determinado que muestran un mínimo porcentaje de identidad arbitrariamente establecido; por ejemplo, se considera que dos secuencias de ARN 16S bacteriano pertenecen al mismo filotipo si muestran una identidad igual o mayor al 97 %. Se determinan por análisis filogenético que refleja las relaciones evolutivas entre especies. En bacterias cada filotipo está conformado por un número de secuevares.

Conjunto de los genes de un individuo, célula, microorganismo o virus, de acuerdo con su composición alélica.

La heveína es un péptido de 43 aminoácidos, rico en glicina y cisteína, con actividad sobre la quitina. Purificada e identificada inicialmente en el látex del árbol del caucho (Hevea brasiliensis), es uno de los componentes proteicos más abundantes del mismo. Los dominios de la heveína se unen a la quitina, que es la proteína diana principal. Los péptidos del tipo heveína son compuestos básicos de 29 a 45 aminoácidos con tres a cinco puentes disulfuro. A diferencia de las otras familias, aquellos péptidos con estructuras homólogas a la heveína son ricos en glicina, contienen compuestos aromáticos a lo largo de sus secuencias y pueden presentar seis, ocho o diez cisteínas. Se han identificado cerca de 290 péptidos del tipo heveína, de los cuales la mayoría (cerca del 50 %) fueron encontrados en diferentes plantas y presentan, además, la ventaja de ser termoestables. Poseen actividad antifúngica e insecticida. Inhiben también el crecimiento de la quitina en los hongos, protegiendo las plantas de una amplia gama de patógenos fúngicos.

Espécimen (cepa o aislado) utilizado como modelo o ejemplo tipo, en la que se basa la descripción y nomenclatura de una nueva especie o variedad por su autor en el momento que publica la descripción original. Puede ser, con frecuencia, un ejemplar físico único (fotografía o ilustración) de un organismo, que se sabe que se usó cuando se describió formalmente la especie (o taxón de menor rango). En ocasiones es el único ejemplar físico (o fotografía o ilustración del mismo) o uno de varios, pero explícitamente designado como holotipo.

Denominación para el lectotipo seleccionado por el propio autor de la descripción de la especie.

1. Espécimen identificado por el autor como típico de su especie. 2. La forma antigénica total o capacidad de reconocimiento asociada con un paratopo de inmunoglobulina o región hipervariable. Es una característica compartida entre un grupo de moléculas de inmunoglobulina o receptor de células T, basado en la especificidad de unión al antígeno (región hipervariable).

Modificación diferencial del fenotipo de distintos genotipos al ser expuestos a un mismo ambiente.

1. Muestra tomada del mismo individuo que el holotipo, del que constituye un duplicado. 2. En inmunología, el isotipo de una inmunoglobulina está codificado por los segmentos de la región constante del gen de la inmunoglobulina que forman la porción Fc (fragmento cristalizable) de un anticuerpo y la porción inferior del fragmento de unión al antígeno (Fab). La expresión de un isotipo específico determina la función de un anticuerpo a través de la unión específica a los distintos receptores Fc en diferentes células efectoras inmunes. Se utiliza para diferenciar distintos anticuerpos monoclonales.

Espécimen del sexo opuesto a un holotipo o lectotipo, seleccionado después de la publicación original del nombre del material original.

Cepa o cepas en las que se basa la descripción del patotipo en una publicación, y que es después designado como patotipo por el autor original de la descripción u otros posteriores, cuando no existe un holopatotipo.

Espécimen designado como especie tipo de una especie particular. Generalmente es seleccionado a partir de material original para servir como tipo nomenclatural cuando no fue asignado un holotipo con la publicación o por pérdida. El lectotipo se debe elegir entre los isotipos, si no existen isotipos se debe elegir entre los sintipos, si tampoco los hay, se elige un neotipo.

Tipo morfológico que caracteriza a un grupo de organismos, aunque sin significación taxonómica.

Espécimen (cepa, cultivo) seleccionado como el tipo nomenclatural de un taxón cuando todo el material original está perdido, es irrecuperable o se ha destruido.

Término actualmente en desuso, utilizado en el siglo XX como denominación común para organismos no cultivables y no caracterizados. Estaba basada en su comportamiento biológico (incluida su transmisión), bioquímico, serológico, hibridación o amplificación molecular, aspecto microscópico o de composición del organismo y generalmente, en únicamente alguno o varios de estos aspectos, que sugieren se trate de un organismo similar a una bacteria, cuando no era posible su cultivo puro in vitro ni su secuenciación o análisis genético.

Cada espécimen (cepa, aislado) que no sea el holotipo, isotipo o isotipos, en el que se basa la descripción de una nueva especie u otro grupo taxonómico.

1. Variante o subdivisión de una especie o subespecie de patógeno, caracterizada por su acción patogénica virulenta (o no) en un huésped determinado o en una serie de huéspedes diferenciales. 2. Cultivo tipo (o de referencia) de un patovar bacteriano.

Secuencia de los descendientes de los aislamientos originales utilizados en las descripciones de especies y subespecies, según lo define el CNIB, que exhiben todas las propiedades fenotípicas y genotípicas relevantes citadas en la publicación de las descripciones taxonómicas originales.

Grupo de microorganismos de la misma especie, definido en función de sus propiedades y características serológicas. Generalmente pueden clasificarse según los antígenos presentes en su superficie (bacterias, hongos y oomicetos) o en la cápsida (virus). Un serotipo específico puede diferenciarse fácilmente de otros presentes en otras poblaciones. En bacterias se considera una subdivisión infraespecífica que puede ser distinguida mediante métodos serológicos. En virus supone la existencia de un grupo de virus que comparten solo algunos de sus antígenos en común con otro grupo.

Cada uno de los especímenes (cepas, cultivos) de igual rango nomenclatural, citados originalmente por el autor que no designó el holotipo o que enumeró simultáneamente varios ejemplares como tipos.

Aquel que, en un solo paso, permite la translocación directa de proteínas desde el citoplasma al exterior celular. Se ha identificado exclusivamente en bacterias gramnegativas, aunque hay evidencias de que podría existir un sistema similar en bacterias del género Bacillus. Los T1SS constan de tres componentes esenciales: i) una proteína tipo transportador ABC, localizada en la membrana interna; ii) una proteína de fusión de membrana, que cruza la membrana interna y hace un puente con la externa; y iii) una proteína de la membrana externa. Secreta principalmente proteasas, hemóforos y toxinas de tipo RTX. En bacterias fitopatógenas, el T1SS participa en la secreción de enzimas, como metaloproteasas en Dickeya spp., que participan en la degradación de la pared celular vegetal o de enzimas secretadas por el patógeno, afectando a su actividad.

Aquel de dos pasos en el que las proteínas son primero translocadas al periplasma a través de las vías Sec o Tat y posteriormente secretadas al exterior mediante un complejo multiproteico. Se ha identificado exclusivamente en bacterias gramnegativas, aunque hay evidencias de que podría existir un sistema similar en bacterias del género Bacillus. Es el principal sistema responsable de la secreción de enzimas degradadoras de la pared celular vegetal, como pectinasas, celulasas y proteasas. El T2SS es esencial para la patogenicidad de numerosas bacterias fitopatógenas, como diversas especies de los géneros Dickeya, Pectobacterium, Ralstonia y Xanthomonas. También se ha descrito su participación en muy diversos procesos en bacterias de vida libre, como fijación de nitrógeno y producción de antibióticos, así como en bacterias asociadas a plantas, como bacterias simbióticas o rizobacterias promotoras del crecimiento vegetal.

Aquel de un paso, también denominado inyectisoma (injectisome) por su parecido con una jeringa, que permite la translocación directa de proteínas al interior de células eucarióticas. Es exclusivo de bacterias gramnegativas, habiéndose encontrado solo en el filo Pseudomonadota (Proteobacteria) y en el orden Chlamydiales. Los T3SS se encuentran en numerosas bacterias patógenas de animales o vegetales, así como en diversos simbiontes, como Rhizobium spp. Numerosos genomas bacterianos contienen dos más sistemas T3SS, completos o no, que suelen ser filogenéticamente distintos y no redundantes funcionalmente, aunque la mayoría de las bacterias contiene un solo T3SS. Las proteínas secretadas por el T3SS se conocen genéricamente como efectores En bacterias fitopatógenas, el T3SS está codificado por un grupo de genes generalmente denominados genes hrp/hrc (hypersensitive response and pathogenicity, hrp conserved) y es un determinante importante para la patogenicidad, la virulencia y la definición de la gama de huéspedes o anfitriones. Está ampliamente distribuido en géneros como Pseudomonas, Xanthomonas, y Ralstonia, así como en diversas especies del orden Enterobacterales, como Erwinia amylovora. Los genes de los componentes estructurales del T3SS están típicamente codificados en unos pocos operones, que suelen localizarse en islas de patogenicidad en el cromosoma o en plásmidos. Típicamente, los T3SS se adquieren por transferencia horizontal, por lo que bacterias evolutivamente distintas pueden poseer sistemas T3SS filogenéticamente relacionados.

Aquel que permite translocar proteínas, o complejos proteína-proteína o proteína-ADN; se han identificado T4SSs tanto en bacterias gramnegativas como en grampositivas. Aunque hay una importante diversidad de T4SSs, todos están relacionados evolutivamente, compartiendo algunos componentes, a la vez que muestran mecanismos funcionales similares. Desempeñan un papel clave en la transferencia horizontal de genes, mediante conjugación, pero también pueden participar en la captación y liberación de ADN, así como en la translocación de proteínas, denominadas genéricamente efectores, al citoplasma de células muy diversas, incluyendo eucariotas y bacterias de la misma o diferente especie. En Fitopatología, los T4SS tienen una importancia clave en bacterias tumorigénicas —antes incluidas en el género Agrobacterium y ahora en este y otros géneros como Rhizobium—, ya que permiten la trasferencia del ADN inductor de tumores (T-ADN) a las células de la planta huésped o anfitriona. Por otra parte, los T4SS median en la diseminación de plásmidos —y, por tanto, de genes de virulencia y otros genes adaptativos— en poblaciones de muy diversas bacterias fitopatógenas. En Pectobacterium atrosepticum, junto con un sistema de secreción de tipo VI, contribuye a la supresión de las defensas de la planta anfitriona y a incrementar la virulencia.

Aquel de dos pasos, exclusivo de bacterias gramnegativas del filo Bacteroidota (reino Pseudomonadati), implicado en la secreción de proteínas superficiales y en la motilidad deslizante. Tiene relevancia marginal en Fitopatología, restringida a bacterias ambientales asociadas a la rizosfera.

Grupo heterogéneo de sistemas de secreción de dos pasos, dependientes de la vía Sec. Sólo está presente en bacterias gramnegativas, en las que es el sistema de mayor prevalencia. Actualmente se divide en cinco clases, que incluyen: i) autotransportadores clásicos o monoméricos (T5aSS); ii) sistemas de dos componentes, también conocidos como TPS (two-partner secretion system) o T5bSS; iii) autotransportadores triméricos, denominados TAAs o T5cSS; iv) sistemas de dos componentes fusionados (fused two partner section), o T5dSS, que hasta ahora solo incluyen lipasas con dominios patatina; y v) tipo T5eSS, que incluye autotransportadores en los que el orden de los dominios está revertido en comparación con el tipo T5aSS. Hay numerosas proteínas secretadas mediante los T5SS, que a menudo están implicadas en la interacción con el huésped, facilitando la patogenicidad y virulencia; la mayoría participa en adhesión, formación de biopelículas, resistencia sérica, citotoxicidad y comunicación celular. En bacterias fitopatógenas, los sistemas T5SS participan en la adhesión y colonización tisular, como las adhesinas HecA/HecB de Dickeya spp.