Diccionario

Técnica de separación de moléculas cargadas basada en su diferente velocidad de migración sobre un soporte en función de la carga/masa y de su conformación molecular, cuando son sometidas a un campo eléctrico. Se utilizaba frecuentemente como método analítico y preparativo para la separación de macromoléculas (proteínas o ácidos nucleicos).

Técnica analítica rápida y eficaz de separación, apta para pequeños volúmenes, que se basa en la diferente velocidad de desplazamiento que tienen las distintas proteínas en el seno de un medio líquido, contenido en un tubo capilar, al someterlas a la acción de un campo eléctrico de alto voltaje (10-30 kvoltios, corrientes de 5-100 µA). La separación se lleva a cabo en un tubo de diámetro interno de 10-75 μm y una longitud de 20-100 cm, generalmente de sílice fundida, que se llena con el tampón que constituye el medio de separación a partir de los viales situados en los extremos del capilar. La muestra contenida en otro vial, se introduce por uno de los extremos del capilar reemplazando en el momento de la inyección uno de los viales de tampón por el vial de muestra. La monitorización de la separación se lleva a cabo colocando un detector en un punto del capilar de análisis situado generalmente antes del extremo de salida de este. Un ordenador se encarga del control de la instrumentación y de la adquisición y tratamiento de los datos suministrados por el detector. Se ha utilizado para la identificación y diferenciación de virus, como el de la tristeza de los cítricos (Closterovirus tristezae, Citrus tristeza virus-CTV), según su agresividad, combinada con polimorfismo de conformación de cadena simple (SSCP) y marcadores moleculares múltiples (MMM).

Electroforesis en gel en el que la dirección del campo eléctrico se cambia periódicamente. Esta técnica es similar a otros métodos electroforéticos habitualmente utilizados para separar moléculas de doble cadena del ADN que varían en tamaño hasta decenas de miles de pares de bases. Sin embargo, por la alternancia de la dirección del campo eléctrico, es capaz de separar fragmentos de ADN de varios millones de pares de bases de longitud. Se ha utilizado para el análisis comparativo de genomas bacterianos.

Aquella que utiliza agentes desnaturalizantes de proteínas, para hacer que pierdan su estructura tridimensional. Generalmente se utilizan agentes físicos (calor) o químicos como los detergentes (por ejemplo, dodecil sulfato sódico, sodium dodecyl sulfate, sigla SDS), caótropos (por ejemplo, urea) o agentes reductores (2-mercaptoetanol, ditiotreitol-DTT, entre otros) o cambios de pH o fuerza iónica. Para la visualización de las proteínas se utilizan diferentes métodos de tinción, siendo el más habitual el azul de coomassie. En la SDS-PAGE, la separación es función del tamaño (masa molecular), lo que permite determinar el peso molecular de las proteínas. Para ello se compara la movilidad electroforética de la proteína de peso molecular desconocido (problema) con el de proteínas de referencia de peso molecular conocido.

Técnica de separación en la cual se utiliza un gel de agarosa como fase estacionaria. Es importante en la manipulación y secuenciación de genes, ya que separa moléculas de ADN en función de su peso molecular. Las bandas del gel se ponían de manifiesto con bromuro de etidio, pero debido a su toxicidad actualmente se usan diversos colorantes como RedSafe, SYBR® Green, GelRed™ o GelGreen™. Los dos últimos son tintes fluorescentes y ultra sensibles para ácidos nucleicos, muy estables y ambientalmente seguros y que pueden eliminados de forma segura por el desagüe o en basura regular, proporcionando seguridad y reduciendo el costo en la eliminación de desechos. El método en agarosa es medianamente sensible pues es capaz de detectar bandas con niveles de ADN del orden de 10-20 ng.

Procedimiento electroforético en el cual se utiliza la poliacrilamida como matriz de soporte para separar proteínas de acuerdo con la longitud de la cadena peptídica. Puede ser unidimensional utilizando tanto proteínas nativas (no desnaturalizadas) como proteínas solubilizadas (desnaturalizadas) con dodecil sulfato sódico (sodium dodecyl sulfate, SDS). La de tipo bidimensional, separa la proteína nativa en la primera dimensión. A continuación, la placa se trata con SDS y la muestra se separa en la segunda dimensión, en la que en realidad se separan las subunidades individuales de cada proteína. También se utiliza para el diagnóstico de viroides. Se basa en la separación diferencial de moléculas de ARN de las diferentes especies de viroides en función de su tamaño, lo que permite detectarlos e identificarlos. Como parte del diagnóstico de viroides se usa también el sistema de doble electroforesis secuencial en geles de poliacrilamida, que consiste en el uso de un primer gel nativo y un segundo gel en condiciones desnaturalizantes.

Molde que proporciona la forma y tamaño para que polimerice el gel. Tras la polimerización, se extrae y se sumerge en un tanque con tampón para que introducida la muestra migre electroforéticamente o corra dentro del gel.

Fuerza que actúa sobre partículas dieléctricas cuando se encuentran en un campo eléctrico que no es uniforme espacialmente como consecuencia de la polarización de las mismas. Genera una alineación celular que se produce en un campo eléctrico no uniforme y de baja intensidad.

Técnica analítica de identificación de antígenos separados de una mezcla de proteínas mediante electroforesis, seguida de una reacción serológica de precipitación mediante anticuerpos contra las proteínas separadas, efectuado en el mismo soporte de migración (acetato de celulosa o geles de agarosa). El perfil de cada muestra tratada con diferentes anticuerpos es característico de la misma y sirve para diferenciarlo de otras.

Técnica alternativa a la PCR que aplica electroforesis capilar para determinar las longitudes de los amplicones, en lugar de la secuenciación del ADN como en el código de barras de ADN. Se obtiene un patrón de migración que permite la detección de varios picos característicos de muestras multiespecíficas.

Compuesto orgánico de tipo amida, blanca, inodora y cristalina, soluble en agua, etanol, éter y cloroformo. Se utiliza su homopolímero (poliacrilamida) en forma de gel para la separación de proteínas mediante electroforesis o para diagnóstico e identificación de viroides en función de su tamaño. Su polímero no es tóxico, sin embargo, la acrilamida que no ha polimerizado es neurotóxica, de ahí que los geles deban ser manipulados con precaución pues pueden contener bajas cantidades de acrilamida no polimerizada. Se forma acrilamida en alimentos durante la cocción, fritura o asado y durante los procesos industriales a 120 oC y a baja humedad, y también es un componente del humo del tabaco. Los resultados de exposición realizados en humanos proporcionan pruebas limitadas en cuanto a su asociación con el desarrollo de cáncer de distintos órganos, e irregularidades en el sistema nervioso.

Constituyente del agar que no contiene inhibidores del desarrollo de microorganismos. Debido a que su tamaño de poro es más uniforme que el del agar, se utiliza para la preparación de geles de electroforesis, y es especialmente aconsejable para resolver fragmentos grandes, de hasta 100 kb y mucho mayores, como por ejemplo los megaplásmidos de 400 o 600 kb de Rhizobium, por lo que los geles de agarosa resultan más apropiados que los geles de poliacrilamida.

Aquellos capaces de desnaturalizar proteínas por rotura de puentes de hidrógeno, como la urea o tiourea, dejando expuestos los residuos hidrofóbicos que son solubilizados por los agentes surfactantes. Muy utilizados en diferentes tipos de electroforesis de proteínas.

1. Término genérico que engloba a todos los organismos que, no siendo embriofitas (plantas terrestres), realizan la fotosíntesis oxigénica y que agrupa a un conjunto muy diverso de procariotas (cianobacterias) y eucariotas (microalgas y macroalgas). En el caso de los eucariotas, el origen evolutivo de las algas es polifilético y se reparte en diversos grupos: reino Archaeplastida (sin. Plantae, Primoplantae), que incluye también a las plantas terrestres; reino Chromista, dentro de los infrarreinos Halvaria (en superphylum Heterokonta [sin. Stramenopila] y superphylum Alveolata, que incluye a los oomicetos) y Rhizaria, que incluye a los plasmodiofóridos; y al reino Protozoa, que también incluye a protozoos patógenos de animales, como Trypanosoma. 2. Planta acuática indiferenciada que no posee verdaderas raíces, tronco ni hojas, y que contiene clorofila, como todos los fotoautótrofos productores de oxígeno, además de otros pigmentos característicos. Se utilizan muchas de ellas para producción de agar, agarosa, alginato y carragenina, geles muy utilizados para cultivos microbianos, electroforesis y cromatografía, entre otras aplicaciones. Pueden causar problemas por su desmesurado crecimiento en aguas contaminadas. Supuestos patógenos de plantas con los que no se han cumplido los postulados de Koch, se asocian a su presencia distintos daños producidos en plantas cultivadas, descritos por primera vez en 1907. El único género detectado como posible patógeno es Cephaleuros, del que se han descrito 17 especies, entre ellas, C. virescens la más comúnmente identificada en campo, aunque también se detecta con frecuencia C. parasiticus. Algas verdes, cuyo estado vegetativo es un talo plano y circular. Se encuentran generalmente en el haz de las hojas, debajo de la cutícula. Generan un talo formado por filamentos planos, cortos, apretados y ramificados debajo de los cuales se observan rizoides irregularmente ramificados. De la superficie del talo surgen, durante los veranos húmedos, filamentos erectos, cuyo color torna del amarillo al rojizo. Estos filamentos de uno a ocho pedicelos curvados, en el extremo de cada uno de los cuales aparece un esporangio aperado o casi esférico donde se encuentran varias zoosporas, móviles y biflageladas. La esporulación y la dispersión se producen por la lluvia. Su espectro o gama de huésped es muy amplio, e incluye tanto gimnospermas como angiospermas y con más de 400 especies y variedades identificadas como huésped o anfitrión. Se han citado daños asociados en cultivos de aguacate, azufaifo, cafeto, caqui, cítricos, guayabo, jazmín, mango, manzano, níspero y zarzamora, y en plantas ornamentales como adelfa, aligustre, enebro, ficus, hiedra, magnolio y plátano de sombra. Su presencia se asocia a daños en forma de rajas en la corteza, constricciones o hinchazones en las ramas, muerte regresiva, defoliación prematura, chancros, muerte de los tejidos de las hojas y manchas superficiales en los frutos, entre otros síntomas. Las enfermedades asociadas a algas ocurren en todas las zonas tropicales y subtropicales entre las latitudes 32° norte y 32° sur. A pesar de la falta de evidencias concluyentes, la mayoría de los investigadores las considera verdaderos agentes fitopatógenos.

Formas alternativas de una enzima, que se distinguen por electroforesis y que son codificadas por diferentes alelos de un mismo locus genético o gen.

1. Técnica que utiliza un film de rayos X para visualizar radioactivamente moléculas o sus fragmentos marcados. Se utilizaba hace décadas generalmente para analizar la longitud y número de moléculas de ADN tras su resolución en un gel de electroforesis. 2. Imagen obtenida sobre una placa fotográfica por la aplicación de un corte de tejido que contiene un marcador radiactivo y este, por su radiación, impresiona la placa y revela así su localización y distribución en el tejido.

Colorante derivado del trifenilmetano. Originalmente se utilizó en la industria textil, pero actualmente se emplea principalmente en bioquímica para la tinción de proteínas en geles de electroforesis del tipo SDS-PAGE, y en la estimación de concentraciones de proteína mediante el método de Bradford. Ambas aplicaciones se basan en la capacidad de este colorante para unirse a todo tipo de proteínas. Hay dos variantes de este colorante: R-250 y G-250. El azul de Coomassie R-250 es el más utilizado para la tinción de geles de SDS-PAGE y permite la detección de cantidades muy pequeñas de proteínas. Por su parte, el azul de Coomassie R-250 permite una tinción de geles muy rápida, sin necesidad de desteñir el gel, y es el utilizado para la técnica de Bradford.

1. Intervalo entre dos límites de una magnitud en el que pueden darse variaciones. 2. (gel band). En un gel de electroforesis o en otras técnicas, una línea que contiene gran número de fragmentos de ácidos nucleicos o proteínas, con las mismas características (tamaño, carga, etc.) y que, por tanto, han migrado juntos hasta la misma posición. Para su visualización los geles de electroforesis suelen teñirse y fotografiarse para mejor interpretación visual de las imágenes obtenidas con la coloración. 3. En radiodifusión y televisión, intervalo de frecuencias entre dos límites definidos.

Conjunto de cromosomas de un hongo, caracterizado por el número, tamaño, forma y patrón de bandas de los cromosomas. El estudio del cariotipo suele hacerse mediante electroforesis de campo pulsante (pulse-field gel electrophoresis, PFGE), porque a menudo los cromosomas fúngicos son muy pequeños, pero se resuelven bien por PFGE, y porque la técnica es independiente de la meiosis, permitiendo el análisis de hongos y estructuras asexuales. Su análisis se emplea en Fitopatología para identificar especies y cepas patógenas, diferenciar razas de hongos, estudiar variaciones genómicas relacionadas con la virulencia y comprender la evolución y la organización genética de los patógenos fúngicos. La inestabilidad genómica es frecuente en diversas especies de hongos fitopatógenos, como Fusarium oxysporum, y a menudo resulta en variaciones en el cariotipo y en alteraciones de la patogenicidad y virulencia. Esta variabilidad resulta fundamentalmente de reordenaciones cromosómicas y de la presencia de cromosomas accesorios, que son aquellos que están presentes solo en algunas cepas y que además son inestables. Las reordenaciones cromosómicas son la principal causa de las variaciones del cariotipo y tienen un papel importante en la evolución de los hongos fitopatógenos, ya que pueden ser un mecanismo para la generación de nuevas cepas más virulentas. Los cromosomas accesorios son también una importante fuente de polimorfismos en el cariotipo. La transferencia horizontal de cromosomas (HCT, por sus siglas en inglés) podría ser una herramienta esencial para el intercambio genético y la evolución genómica de los hongos. Los hongos fitopatógenos sufren extensas reordenaciones cromosómicas durante los ciclos reproductivos sexuales y asexuales. Estas reordenaciones cromosómicas ocurren mediante mecanismos aún desconocidos, pero poseen muchas ventajas evolutivas, ya sea en términos de adaptación, especiación, modificación o expansión del rango de huéspedes o anfitriones, o en incrementar la virulencia.

Medida de la capacidad de un material o sustancia para dejar pasar la corriente eléctrica a través de él. Depende de la estructura atómica y molecular del material, de otros factores físicos del propio material, y de la temperatura. La conductividad electrolítica en medios líquidos, muy utilizada en laboratorio para realizar electroforesis, está relacionada con la presencia de sales en disoluciones, cuya disociación genera iones positivos y negativos capaces de transportar la energía eléctrica al someterse el líquido a un campo eléctrico. A los conductores iónicos se les denomina electrolitos o conductores electrolíticos.

Detergente iónico que se utiliza para desnaturalizar proteínas y para favorecer la migración de partículas virales tratadas en inmunodifusión y la realización de electroforesis de subunidades proteicas.

Técnica por la que el ADN genómico o plasmídico se trocea con una endonucleasa de restricción en fragmentos de longitud variable. Los fragmentos se separan por electroforesis en gel de agarosa y se estima su tamaño. Alternativamente se transfieren a una membrana, normalmente de nitrato o éster de celulosa. Seguidamente se trata la membrana con ARN o ADN desnaturalizado, radiactivo y de secuencia complementaria al gen de interés y se procede a revelar por autorradiografía con 32P o bromuro de etidio. Si se utilizan distintas enzimas de restricción aisladas o combinadas en mezcla, puede construirse el mapa de sitios de restricción. La técnica prácticamente ha sido sustituida en la actualidad por la secuenciación.

Técnica de fusión por la aplicación de una corriente eléctrica. En sistemas biológicos se utiliza para inducir y favorecer la fusión de células animales o de protoplastos. Normalmente se utiliza un campo eléctrico no uniforme de baja intensidad y así se logra la alineación celular (proceso denominado dielectroforesis) que genera dipolos en el interior de la célula y a continuación son sometidas a descargas de alto voltaje durante microsegundos (µs), que logran la formación de pequeños agujeros en las membranas celulares en los puntos de contacto entre las células. Los agujeros se expanden y posibilitan que el contenido celular se mezcle y que algunas células se fusionen.

Traspaso de fragmentos de ADN, de moléculas de ARN o de proteína, del gel de electroforesis a una membrana de filtro por capilaridad o electroforesis.

Método analítico o separativo similar a la electroforesis en gel. Se utiliza para separar proteínas y otras moléculas cargadas en función de su punto isoeléctrico. Se usan diversos anfolitos para crear un gradiente de pH en el interior del gel. Las moléculas cargadas migran por el mismo hasta alcanzar un punto de equilibrio en el que no presentan carga neta.

Matriz de poliacrilamida empleada comúnmente para electroforesis en gel. Muy útil para caracterizar mezclas complejas de proteínas y para el estudio de ácidos nucleicos. Su poder de definición es muy bueno pudiendo localizar microgramos de proteína. Una ventaja de estos geles es que son químicamente inertes, transparentes y estables en una amplia gama de pH, temperatura y fuerza iónica.

Aquel de un soluto en un solvente, utilizado para separar macromoléculas durante su fraccionamiento. Se utiliza normalmente para la separación de macromoléculas, viriones o partículas virales mediante centrifugación o electroforesis.

Glicoproteína globular del suero sanguíneo de animales inmunizados, que aparece tras las IgM en protocolos de inmunización experimental. Posee una mayor movilidad que las IgM hacia el cátodo durante la electroforesis. Constituye una clase distinta de anticuerpos. Su peso molecular es de unos 150 kDa. La IgG humana ha sido extensivamente estudiada y su estructura en bien conocida, fija el complemento y atraviesa la placenta. Representa la mayoría de anticuerpos presentes en el suero de animales inmunizados con protocolos largos de inmunización, por lo que es la predominante en antisueros comerciales.

Cada una de las formas de una enzima que catalizan la misma reacción pero que difieren ligeramente en su composición aminoacídica o en su estructura, por lo que pueden separarse mediante electroforesis o cromatografía y pueden distinguirse por las variaciones en sus secuencias de aminoácidos y el ADN en el que estas se hallan codificadas. En algunos casos, aparentes isoenzimas pueden ser artefactos de las técnicas de separación, debido a la desnaturalización parcial de parte de la proteína o a la formación de complejos con moléculas cargadas, como fenoles, durante la extracción. Cualquier variación de la relación carga/masa producida por dichas causas generará falsos isoenzimas al aplicar técnicas electroforéticas.

Forma especializada de electroforesis en la que la separación se fundamenta en las diferencias de movilidad electroforética.

Interpretación del cromatograma de secuenciación del ADN de interés con ayuda de un programa informático adecuado y su traducción en la secuencia nucleotídica respectiva. Durante la secuenciación automática de ADN basada en el método de Sanger, en la base del gel de electroforesis, un rayo láser excita los fluorocromos presentes en los fragmentos monocatenarios de ADN a medida que estos últimos van pasando frente a él y unos detectores captan la intensidad de la fluorescencia emitida en cuatro longitudes de onda distintas. El láser y los detectores recorren permanentemente la base del gel durante la electroforesis a fin de construir una imagen del mismo. Seguidamente se efectúa un análisis informático para convertir dicha imagen en una secuencia de nucleótidos, según el Vocabulario inglés-español de bioquímica y biología molecular de María V. Saladrigas (www.medtrad.org/panacea.html).

Proteína, polipéptido, ácido nucleico, oligonucleótido, etc., utilizado como material de referencia en técnicas analíticas como la electroforesis, la cromatografía de infiltración sobre gel, centrifugación en gradiente de densidad, etc. Hay muchos de ellos disponibles comercialmente que pueden ser únicos o constituidos por mezcla de proteínas, teñidas o no.

Acrónimo del inglés. En español, electroforesis en gel de poliacrilamida.

Sigla del inglés. En español, reacción en cadena de la polimerasa. Se sugiere el uso de la sigla PCR en español, en vez de RCP que le correspondería, para evitar la confusión con el uso extendido de la sigla del término “reanimación cardiopulmonar”. Se trata de una técnica de amplificación molecular desarrollada para producir múltiples copias sintéticas de una secuencia de ADN, o diana, al realizar varios ciclos sucesivos, de tres etapas secuenciales: i) desnaturalización del ADN diana a >90 °C; ii) hibridación de los cebadores o iniciadores a 40-65 °C; y iii) extensión a 72 °C. En cada ciclo se consigue, en poco tiempo, duplicar el número de copias de ADN de modo que se logra un aumento exponencial del número de copias del fragmento o amplicón. En la denominada PCR convencional, los fragmentos amplificados se separan mediante electroforesis en un gel de agarosa y se visualizan mediante métodos colorimétricos o basados en tinción con bromuro de etidio, GelRed u otros fluorocromos. También se pueden detectar los amplicones mediante hibridación en membrana, ELISA en microplaca y otros métodos, y su tamaño se calcula por comparación con fragmentos de ADN de tamaño conocido. Es utilizada frecuentemente para detectar e identificar organismos fitopatógenos, basada en la amplificación de un fragmento del material genético del patógeno. Se utiliza una pareja de iniciadores, o más, y su eficiencia se basa en la especificidad de los cebadores, tipo de polimerasa empleada, composición y estabilidad del tampón, pureza y concentración de la mezcla de nucleósidos trifosfatos (dNTPs), parámetros de la amplificación (temperatura de hibridación de los cebadores, concentración de MgCl2, etc.), así como en las características de la propia muestra. Su mayor inconveniente para la detección y diagnóstico reside en el alto riesgo de contaminaciones por aerosoles que se generan fácilmente en las distintas etapas, especialmente en la preparación de la electroforesis y que dan lugar a falsos resultados positivos, como coste de su alta sensibilidad analítica. Posee diversas variantes, entre otras: PCR anidada, PCR semianidada, PCR cooperativa, PCR asimétrica, inmunocaptura-PCR, impresión captura-PCR, escachado captura-PCR, PCR dúplex y múltiple, PCR cuantitativa, PCR en tiempo real, PCR digital, PCR capilar y otras menos comunes. La PCR es teóricamente un método de detección muy sensible. Sin embargo, en la práctica y aplicado a material vegetal, artrópodos, o especialmente ciertos tipos de suelo, la sensibilidad se reduce drásticamente por la presencia de inhibidores, que pueden dar lugar a falsos negativos. Para superar estos inconvenientes es imprescindible incluir un control positivo y varios controles negativos en el conjunto de las muestras. Asimismo, se emplean métodos de purificación de ácidos nucleicos y otras variantes más sensibles basadas en PCR anidada o PCR en tiempo real, alguna de las cuales pueden realizarse con métodos directos de preparación de la muestra. Para la amplificación a partir de ARN (PCR de ARN) debe realizarse una etapa previa de transcripción reversa (RT).

Método de revelado serológico de los amplicones. La PCR o la RT-PCR se realiza de manera convencional, pero el revelado se efectúa con anticuerpos. Se basa en el marcado de los iniciadores en 5’ con biotina (PCR o RT-PCR-ELISA) o en el uso de DIG-dUTP (PCR o RT-PCR-ELOSA). En el caso de la denominada PCR o RT-PCR-ELOSA los productos de PCR son hibridados con una sonda marcada con digoxigenina, previamente fijada en los pocillos de una placa de ELISA. El revelado se efectúa mediante anticuerpos antidigoxigenina marcados generalmente con fosfatasa alcalina. Estas técnicas no requieren del uso de electroforesis y el revelado puede ser automatizado, pero su sensibilidad es solo ligeramente superior a la de PCR simple convencional. Las versiones RT-PCR-ELISA y RT-PCR-ELOSA, son frecuentemente utilizadas.

1. Vasija o pequeño recipiente empotrado en una superficie para recoger o contener un líquido. Receptáculo, generalmente cilíndrico e integrado en placas de poliestireno o polivinilo, las cuales se usan como parte de ensayos de diagnóstico e identificación, como las placas, generalmente de 96 pocillos de volumen máximo de 350 µL, usadas en reacciones de la técnica ELISA. El volumen de cada pocillo suele variar de 5 a 350 µL, según microplacas. 2. Aquellas rendijas o canales realizados en geles de agarosa para depositar la muestra. El gel se fabrica disolviendo polvo de agarosa en una solución tampón en ebullición. A continuación, se deja enfriar la solución a 55 °C y se vierte en un soporte, donde se solidifica. Se sumerge después el soporte en un equipo de electroforesis de electrodos que contiene solución tampón. Para preparar las muestras para la electroforesis, estas se mezclan con componentes que les agregan densidad, como el glicerol o la sacarosa. Estos proporcionan a las muestras más densidad que la del tampón de electroforesis. Las muestras pueden entonces colocarse por medio de una micropipeta en las rendijas visibles en el gel o pocillos, con la ayuda de una plantilla. Por su densidad, las muestras se sumergen en la solución tampón y permanecen en los pocillos.

1. Propiedad que tienen los agentes físicos de acumularse en los polos de un cuerpo y de polarizarse, como en la electroforesis en la que una mezcla de moléculas ionizadas y colocadas en un campo eléctrico, experimentan una fuerza de atracción hacia el polo que posee carga opuesta. 2. Dirección 5´-3´o bien 3´-5´en una molécula de ADN o ARN.

Aquella que se efectúa de forma automatizada en un secuenciador. La mayoría de los métodos de secuenciación automática utilizados actualmente son modificaciones del método de Sanger. En este método, el ADN que va ser secuenciado funciona como un molde para la síntesis enzimática de un nuevo ADN que comienza en un sitio definido por la unión de un iniciador o cebador. En la reacción se utiliza una mezcla de desoxinucleótidos y didesoxinucleótidos a unas concentraciones que crean una probabilidad finita de que un didesoxinucleótido se incorpore en lugar del correspondiente desoxinucleótido en cada posición de la cadena que está siendo sintetizada. La incorporación de un didesoxinucleótido bloquea la elongación de la cadena y ello da como resultado una población de fragmentos de ADN truncados de diferente longitud. La identidad del nucleótido que termina la cadena en cada posición se puede determinar: i) realizando cuatro reacciones de elongación separadas, cada una de las cuales con un didesoxinucleótido (ddATP, ddCTP, ddTTP o ddGTP), o ii) con una única reacción de elongación combinando los cuatro didesoxinucleótidos distintos marcados cada uno específicamente. La población de moléculas resultante se separa por tamaños mediante electroforesis en un gel de acrilamida y la secuencia se obtiene correlacionando el orden de los fragmentos en la electroforesis con el didesoxinucleótido que termina cada uno de ellos. Numerosos servicios de secuenciación realizan esta de forma comercial. Una característica de la secuenciación automática que la distingue de la secuenciación manual es la utilización para la extensión de las nuevas cadenas de ADN de una polimerasa termoestable Taq.

Secuenciación automática de ADN en la que la electroforesis se realiza en un capilar relleno de un soporte polimérico especial y no en un gel plano de poliacrilamida.

Marcador que supone una alternativa al bromuro de etidio en electroforesis, pues es más sensible y mucho menos tóxico, pero ha sido sustituido por otros marcadores para PCR. Marca los ácidos nucleicos puros, pero adicionalmente se puede emplear en el etiquetado del ADN dentro de las células para la citometría de flujo y en la microscopía de fluorescencia, tras tratamiento previo con ARNasa, para reducir la cantidad de ARN celular.

Solución química resistente a los cambios de pH cuando se añaden ácidos o bases. Generalmente los basados en sales inorgánicas (fosfatos, carbonatos) y sales de ácidos orgánicos (acetato, barbiturato, borato, citrato, glicina, maleato, succinato, etc.) son los más comunes en laboratorios de Fitopatología. Además, los sistemas tampón in vivo son esenciales para mantener el pH fisiológico del citoplasma y de los fluidos extracelulares; el tampón fosfato es el principal tampón intracelular mientras que el tampón bicarbonato es el principal tampón extracelular. Los tampones son muy importantes en los protocolos de aislamiento de las partículas subcelulares, enzimas, proteínas y ácidos nucleicos. Se utilizan también en electroforesis, cromatografía y técnicas de detección (serológicas, hibridación molecular, amplificación molecular, transferencias, secuenciación, etc.).

Método de determinación de la estructura de proteínas o ácidos nucleicos para comparaciones entre organismos. La muestra se fracciona o separa en un gel de electroforesis o se somete a cromatografía, tras una hidrólisis parcial, para obtener un mapa bidimensional. También se utiliza para comparar la estructura o secuencias de moléculas de distinto origen, o para identificación de una molécula o un genoma por comparación con un estándar conocido o de referencia.

1. Traspaso de fragmentos de ADN o de moléculas de ARN o de proteína de un gel de electroforesis a un filtro de membrana por simple capilaridad o por electroforesis. 2. (transfer). Movimiento o traslado programado de un agente biológico de una instalación a otra.

Denominación común de la transferencia tipo Northern, hibridación realizada sobre los fragmentos de ARN transferidos a una membrana, mediante un proceso análogo al de transferencia Southern, pero de ARN. El análisis Northern se usa para identificar las cadenas de ARN (total, mensajero, vírico, etc.) de secuencia semejante al ADN que se utiliza como sonda, tras separación por electroforesis en condiciones desnaturalizantes (en presencia de formaldehído) y transferencia a una membrana. A diferencia del tipo Southern que se utiliza para identificar ADN, el método Northern sirve para identificar ARN y realizar estudios de expresión génica, para conocer qué genes están activos formando ARNm en qué condiciones y en qué tejidos o tipos celulares.

Denominación común de la técnica analítica utilizada para identificar proteínas específicas en una mezcla compleja de proteínas, como la que se presenta en extractos celulares o de tejidos vegetales. La técnica tiene tres etapas: i) separación por tamaño generalmente en un gel de poliacrilamida; ii) transferencia por difusión simple, por vacío o electroforesis a un soporte sólido (membrana de nitrocelulosa, éster de celulosa, o generalmente fluoruro de polivinilideno o PVDF) y, finalmente; iii) visualización colorimétrica mediante ELISA directo o indirecto, con el uso de anticuerpos específicos marcados usualmente con fosfatasa alcalina, o anticuerpos específicos y antiespecie conjugados y un sustrato apropiado. También se puede realizar el revelado mediante quimioluminiscencia, fluorescencia, o radiactividad. Se han diseñado aparatos que permiten la electrotransferencia simultánea a varias membranas, con objeto de revelar las distintas copias con diferentes anticuerpos específicos. Están disponibles comercialmente membranas de nitrocelulosa o fluoruro de polivinilideno, polifluoruro de vinilideno o polivinilideno fluoruro (PVDF) precortadas, compatibles con la mayoría de aparatos de electrotransferencia.

Sigla del inglés. En español, número variable de repeticiones en tándem Las repeticiones en tándem son secuencias cortas de ADN altamente variables y repetidas un número variable de veces en el genoma bacteriano. Tienen de 21 a 47 pb y están separadas por fragmentos de secuencias no repetidas del mismo tamaño. Son altamente inestables, pudiendo presentar variabilidad en el número de unidades de cada repetición, designándose su análisis como VNTR y debido a su polimorfismo, se han utilizado como marcadores para la tipificación de especies bacterianas, pero también de otros tipos de organismos, incluyendo virus y hongos. La utilización de cebadores de PCR que delimiten la región de repetición permite visualizar el polimorfismo en el número de unidades repetidas mediante electroforesis, calculando el número de repeticiones según el tamaño de las secuencias amplificadas.

Técnica mediante la cual se separan las biomoléculas en disolución cuando se ven sometidas a un campo eléctrico. Se trata de una técnica fundamentalmente analítica, aunque también se puede realizar con fines preparativos.

Aquel utilizado para realizar técnicas electroforéticas (tipo de cromatografía). Muy usual para separar virus, ácidos nucleicos, o proteínas de moléculas de diferentes tamaños al pasar a través de los poros de un gel de agarosa.

Procedimiento para caracterizar ácidos nucleicos (ADN, ARN) o proteínas mediante análisis electroforético o cromatográfico de fragmentos específicos.