Diccionario

Unidad monofilética delimitable, cuyo reconocimiento y ordenamiento jerárquico constituye la cladística.

Tipo de árbol filogenético construido utilizando métodos cladísticos. Representación gráfica de los lazos de unión y secuencia histórica entre ancestros y descendientes de individuos, poblaciones o grupos taxonómicos. Árbol formado utilizando métodos cladísticos. Únicamente representa un patrón de ramificación, la longitud de sus ramas no representa el tiempo ni la distancia genética.

Denominación común de una enfermedad fúngica producida por distintas especies del género Cladosporium que afectan a diferentes cultivos. La enfermedad es más grave en invernaderos y cultivos protegidos, ya que el patógeno precisa de un ambiente saturado de humedad y una ausencia completa de corrientes de aire durante varias horas para el éxito de la infección.

Denominación común de la enfermedad causada por el hongo Cladosporium allii-cepae. Se desarrolla en las hojas, produciendo manchas blancas que pasan a marrón oscuro, y acaban causando la muerte de las hojas.

Denominación común de la enfermedad causada por el hongo Cladosporium variabile. La infección causa manchas foliares, especialmente en cultivo bajo túneles. La enfermedad se ve favorecida por condiciones frescas y húmedas.

Denominación común de las enfermedades causadas por el hongo Cladosporium cucumerinum en cucurbitáceas silvestres y cultivadas.

Denominación común de la enfermedad causada por el hongo Fulvia fulva (sin. Cladosporium fulvum, Mycovellosiella fulva) en el cultivo del tomate o tomatera.

Filtro hidrofílico compuesto por una mezcla de nitrato de celulosa inerte y acetato de celulosa. Su uniforme estructura microporosa confiere excelentes rendimientos en filtros de membrana. Son ideales para la filtración de soluciones acuosas, incluyendo tampones. Son esterilizables en autoclave a 121 °C, 20 minutos. El rango de pH que toleran es de 4 a 10. Han sustituido en la actualidad a las membranas de nitrocelulosa en prácticamente todas sus aplicaciones.

Dispositivo o aparato utilizado para agitar o mezclar líquidos, productos en polvo o granulados. Permite mediante su movimiento la mezcla uniforme de las muestras con las que se trabaja. Tradicionalmente se solía usar una varilla, pero en la actualidad existen mezcladores electrónicos o con diferentes mecanismos, muchos de los cuales utilizan electroimanes.

Condición de hipersensibilidad a una sustancia específica. Las esporas de mohos, como las de especies de los géneros Alternaria, Aspergillus, Cladosporium, Penicillium, etc., así como las royas de cereales, líquenes, entre otros, en el aire son capaces de inducir por alergia, asma y fiebre del heno en humanos.

Amplificación molecular de ácidos nucleicos que se realiza a temperatura constante, no precisando de un termociclador como en la PCR convencional, ya que permite la amplificación sin la necesidad de ciclos repetidos de desnaturalización e hibridación a diferentes temperaturas. Las diferentes técnicas de amplificación isotérmica se han popularizado para detectar un amplio espectro de dianas o blancos que incluyen no solo ADN y ARN, sino también proteínas, células, pequeñas moléculas e iones. Se utiliza como principio de funcionamiento en biosensores y en variados métodos de detección, diagnóstico e identificación. La amplificación de desplazamiento de cadena (SDA), la de círculo rodante (RCA), la mediada por bucle o asa (LAMP) y NASBA son algunos ejemplos de técnicas de amplificación de ADN o ARN (RT-LAMP) que utilizan como principio la amplificación isotérmica. Aunque estas técnicas se basan principalmente en la replicación del ADN, la mayoría de estos métodos amplifican ácidos nucleicos utilizando cebadores diseñados con estrategias diferentes a las empleadas en la PCR. Además, pueden alcanzar una amplificación exponencial utilizando únicamente una ADN polimerasa (como el caso de LAMP) aunque algunas otras requieren enzimas o proteínas adicionales. Su desarrollo al margen de los circuitos comerciales interesados en explotar reactivos de PCR y sus termocicladores automáticos asociados, ha limitado su aplicación a pesar de su interés.

Gráfico compuesto de ramas y nodos o esquema arborescente que representa las relaciones evolutivas, o filogenia, entre secuencias de ácidos nucleicos, secuencias de proteínas, grupos de especies, u otras entidades, colectivamente denominadas OTU o “unidad taxonómica operativa” (del inglés “operational taxonomic unit”). Muestra la distancia evolutiva (o distancia genética) entre clados. En un árbol filogenético, las especies o grupos de interés se encuentran en los extremos de las líneas que se consideran las ramas del árbol. Cada punto de ramificación (también denominado nodo interno), representa un evento de divergencia o separación de un grupo en dos grupos descendientes. En cada punto de ramificación se encuentra el ancestro común más reciente de todos los grupos que descienden de esa ramificación. Cada línea horizontal del árbol representa una serie de ancestros que al final lleva a cada OTU. Existen diversos tipos de árboles filogenéticos como cladograma, filograma, fenograma y cronograma.

1. Capa de vegetación natural que cubre la superficie terrestre, comprendiendo una amplia gama de biomasas con diferentes características fisionómicas y ambientales que van desde zonas semidesérticas, tundra, zonas alpinas, pastizales, zonas cultivadas, etc. hasta áreas cubiertas por bosques naturales. 2. Práctica agronómica de reciclado de material vegetal en distintos cultivos, especialmente en aquellos establecidos en suelos áridos, arenosos y con problemas de escasez de agua. Consiste en esparcir zacate (hierba, pasto, forraje) seco, hojarasca o residuos de cosecha sobre el terreno de cultivo y sus calles, con objeto de proteger al suelo de la erosión y al cultivo del salpicado, reduciendo así los riesgos de infecciones por suelo contaminado, e incrementando el aporte de materia orgánica, consecuentemente favoreciendo procesos microbiológicos beneficiosos y creando un microclima adecuado para la germinación de la semilla y del cultivo en su fase inicial.

Aquel que tiene como propósito fundamental proporcionar la máxima universalidad y continuidad de los nombres científicos de los animales compatibles con la libertad de los científicos para clasificarlos según sus criterios taxonómicos. Reglamenta los nombres de los taxones de animales (reino Animalia), incluidos los nematodos y de otros clados de eucariotas tradicionalmente considerados protozoos.

Denominación común de la enfermedad del olivo causada por el hongo Pseudocercospora cladosporioides que en el envés de las hojas produce manchas de un color gris plomizo característico.

En un sistema de gestión de la calidad, en general, aparatos necesarios para cualquier operación. Más específicamente, los medios físicos necesarios para realizar una medición analítica; por ejemplo, un lector de placas ELISA o un termociclador en tiempo real.

Sólido o líquido mucoso que sale al exterior de los tejidos infectados por algunas bacterias fitopatógenas y hongos, constituido por millones de células bacterianas o esporas de hongos mezclados con los fluidos del huésped o anfitrión. 2. (exudate). Solución que se obtiene al seccionar un órgano. Normalmente procede del contenido del floema que está en el interior de los tubos cribosos sometido a presión positiva, pero puede ser contenido xilemático, cuando se ejerce una presión de raíz positiva. Se produce frecuentemente asociado a la infección por algunos virus y bacterias en solanáceas, árboles frutales de hueso o carozo y en cítricos y muchas otras especies infectadas por hongos.

Bacteria que carece de pared celular y de crecimiento limitado al floema de las plantas, y que se transmite por propagación vegetativa, injerto de inoculación, experimentalmente por cuscuta y de forma natural por insectos vectores que se alimentan del floema. Causan graves enfermedades en las plantas. En el clado monofilético fitoplasma se han delineado grupos y subgrupos, muchos de los cuales están siendo considerados como posibles especies bajo el estatus provisional de ´Candidatus´ para procariotas incompletamente descritos y no cultivables todavía en medios sintéticos in vitro.

Apéndice filamentoso, largo y fino libre por un extremo y, por el otro extremo, anclado en bacterias en la membrana citoplasmática y la pared celular. Está compuesto por numerosas proteínas y tiene forma de pelo o látigo. Sirve para la movilidad de las células y tiene importancia taxonómica. De entre los organismos fitopatógenos, lo poseen algunas bacterias, y las zoosporas de oomicetos, que tienen capacidad de movimientos natatorios. Asimismo, los flagelos permiten el deslizamiento en superficies sólidas, como una forma de movimiento multicelular coordinado. Su rotación impulsa a las células a través del medio líquido. En bacterias, la disposición del flagelo o flagelos varía según la especie y pueden ser monotricas (un solo flagelo, que puede ser polar si está localizado en un extremo), lofotricas (un grupo de flagelos en uno o ambos extremos), anfitricas (un flagelo en cada extremo) o peritricas (flagelos distribuidos por toda la superficie). Las zoosporas suelen tener dos flagelos en posición anterior o lateral y de estructura lisa o barbulada. El filamento del flagelo es helicoidal y se compone de subunidades proteicas de flagelina, muy conservada entre distintas especies bacterianas y que es un potente inductor del sistema inmune innato de la planta.

Propanotriol, líquido claro y espeso, componente importante de muchos lípidos. Es el producto de una vía metabólica secundaria de la glicolisis. Se usa mezclado con agua o alcohol como crioprotector o volumen a volumen para conservar antisueros, anticuerpos monoclonales o conjugados enzimáticos durante largos períodos de almacenamiento a 4 oC o a -20 oC (en este caso no se congela).

Sigla del inglés. Amplificación isotérmica mediada por bucle o asa, que utiliza una única temperatura para amplificar ácidos nucleicos y, por tanto, no requiere el uso de termocicladores ya que se puede realizar en baño termostático y la amplificación puede observarse visualmente mediante colorimetría, fluorescencia, etc. Está basada en el uso de una ADN polimerasa con actividad de desplazamiento de hebra y cuatro cebadores específicos. El método se ha adaptado a la amplificación de ARN (RT-LAMP). Su utilización se está incrementando en el diagnóstico de muestras que requieren sencillez y rapidez, bajo coste económico y la posibilidad de su uso in situ en campo, mediante equipos portátiles. Sin embargo, en muchos casos no se suele conseguir el mismo nivel de sensibilidad analítica que con PCR o RT-PCR en tiempo real.

1. Fluido de naturaleza acuosa o cremosa y normalmente blanco que se encuentra en los laticíferos de ciertas plantas. Contiene almidón y azúcares y una variedad de productos secundarios incluidos terpenos, terpenoides y alcaloides. El látex de algunas especies vegetales se utiliza industrialmente para la obtención de caucho, gutapercha o chicle. Se utiliza, mezclado con anticuerpos para favorecer la observación de reacciones serológicas de aglutación (aglutinación al látex) y para marcar anticuerpos con látex coloreado con distintos tonos en dispositivos de flujo lateral. 2. Líquido lechoso que rezuma al cortar la carne de algunas setas.

Denominación común de organismos procariotas del reino o dominio Bacteria (sin. Eubacteria), phylum Mycoplasmatota (previamente Tenericutes) y clase Mollicutes, que agrupa a bacterias que carecen de pared celular (por lo que son pleomórficas); en general, se distinguen de otras bacterias por ser resistentes a la penicilina y sensibles a la tetraciclina, por su elevada sensibilidad a la lisis y por su pequeño tamaño celular y de su genoma. Los mollicutes del género Mycoplasma causan enfermedades en humanos y animales, pero no en plantas, aunque se usa el nombre común micoplasma para los asociados a enfermedades de plantas. Solo colonizan el floema de las plantas infectadas y generalmente son transmitidas por insectos vectores que se alimentan de floema. Los micoplasmas patógenos de plantas pertenecen a los géneros ´Candidatus Phytoplasma´ y Spiroplasma. Fueron llamados formalmente MLO u organismos parecidos a micoplasmas y están asociados con enfermedades en cientos de especies vegetales, siendo algunas de ellas muy graves. El uso de sondas moleculares, ADN clonado y anticuerpos monoclonales, ha hecho posible clasificarlos de acuerdo a la hibridación ADN-ADN y datos serológicos. El análisis de secuencias de ADNr 16S ha revelado que el clado monofilético fitoplasma constituye un taxón coherente a nivel de género. En este clado se han delineado grupos y subgrupos, muchos de los cuales están siendo considerados como especies presuntivas bajo el estatus taxonómico provisional de ´Candidatus´ (para procariotas incompletamente descritos y no cultivables todavía en medios sintéticos in vitro). Los miembros del género Spiroplasma, con varias especies que causan graves enfermedades, se pueden obtener en cultivo in vitro y, como el agente del stubborn de los cítricos (S. citri), forman colonias en forma de huevo frito en medios sólidos.

Acrónimo del inglés. En español, amplificación basada en secuencias de ácidos nucleicos. Método de amplificación isotérmica, que permite la amplificación exponencial de una determinada muestra de ADN o ARN, aunque está especialmente diseñada para la amplificación de ARN. Está basada en la actividad simultánea de tres enzimas para obtener una amplificación exponencial del ARN: transcriptasa reversa del virus de la mieloblastosis aviar (AMV), RNasa H y ARN polimerasa del bacteriófago T7. Las ventajas frente a los métodos basados en PCR o RT-PCR son su mayor rapidez, no requerir termociclador (ya que todo el proceso tiene lugar a 41 oC en un proceso isotérmico), alcanzar niveles de sensibilidad analítica similares a los de la PCR o RT-PCR en tiempo real y que los amplicones (ADNc) no suponen un riesgo de contaminación.

Derivado de nitrato de la celulosa utilizado como polvo o convertido en filtros de membrana de porosidad definida. Se utiliza para fijar ácidos nucleicos en procedimientos de transferencia Northern y Southern y de proteínas en transferencia Western e inmunoimpresión. Actualmente es reemplazada por membranas de ésteres mezclados de nitrocelulosa, ya que la nitrocelulosa pura seca es explosiva y puede encenderse o explotar por calor, chispas o fricción.

Denominación común de la enfermedad causada por el hongo Mycosphaerella dianthi (sin. Cladosporium echinulatum, Davidiella dianthi) en clavel. Puede atacar a todas las partes verdes de la planta, principalmente a las hojas, algo a los sépalos y excepcionalmente a los tallos. Las manchas foliares son de apariencia blanquecina o de color pajizo, de 2 a 6 mm de diámetro, con un halo oscuro (negro-violáceo) que se difumina hacia el exterior, lo que confiere a las manchas el aspecto de ocelo (del cual proviene su nombre común, ojo de perdiz). Estas manchas cuando son numerosas llegan a secar la hoja comenzando por el ápice.

Denominación común de la enfermedad causada en pitaya, pitahaya o fruta del dragón (Hylocereus spp.) de la familia Cactaceae, por el hongo Botryosphaeria dothidea. Los síntomas se caracterizan por la aparición de una mancha circular de color rojizo en el tallo o rama de aspecto foliáceo (cladodio), que al crecer se torna anaranjada hacia el exterior. Las manchas tienden a desecarse no evolucionando más. La enfermedad está descrita en México, Centroamérica y zonas tropicales de todo el mundo donde se cultiva la pitaya como planta ornamental o frutal. Presente en España en Canarias.

Proceso que radica en el ajuste de las condiciones de amplificación (temperaturas y tiempos de desnaturalización, hibridación de cebadores o iniciadores y extensión y en el número de ciclos) junto a las concentraciones y los componentes de la reacción, con el fin de obtener patrones nítidos y reproducibles de los productos de la amplificación en cadena de la polimerasa (PCR) en distintos termocicladores.

Método de PCR basado en la acción simultánea y coordinada de cuatro cebadores, que permite la detección de bacterias y virus de ARN, viroides y otros ARN transcritos, en su variante de RT-PCR. La reacción tiene lugar en un único cóctel y en un solo tubo cerrado. En el caso de RT-PCR, la transcripción reversa y simultánea de los fragmentos, la coordinación entre cebadores externos e internos y la cooperación de los amplicones a modo de cebadores o iniciadores son la base del método. Su sensibilidad es similar a la del PCR y RT-PCR anidada, que resulta ser 100 veces mayor que la obtenida con PCR o RT-PCR simples y utiliza 10 veces menos reactivos. Es una opción económica si no se dispone de termociclador para PCR en tiempo real. También puede realizarse la versión RT-PCR cooperativa.

Denominación común de enfermedad causada por el hongo ascomiceto Geotrichum candidum en campo y especialmente en poscosecha. También otros hongos como Alternaria spp., Aspergillus spp., Botrytis spp., Cladosporium spp., Penicillium expansum y Rhizopus spp., aunque patógenos secundarios, pueden también inducir podredumbre ácida en frutales de hueso o carozo. La enfermedad afecta especialmente a frutos en condiciones de alta humedad y temperatura cálida y cuando están bien maduros o han sufrido daño mecánico. Se caracteriza por síntomas como la aparición de manchas blandas húmedas y hundidas en la piel, o epicarpio, del fruto, desarrollo de pudrición blanda con olor agrio, fermentado o avinagrado, exudación de líquidos y colonización por hongos secundarios y atracción de moscas del vinagre (Drosophila spp.). La estrategia de control más efectiva consiste en minimizar las prácticas agrícolas que generen polvo durante el desarrollo de la fruta, evitando así la dispersión de inóculo del patógeno desde el suelo a la fruta. Enfermedad presente en todas las zonas de cultivo cálidas y húmedas. Presente en España.

Denominación común de la enfermedad causada por hongos del género Cladosporium en frutos cítricos.

1. Conjunto de pruebas que incluyen la organización, realización y evaluación de ensayos sobre las mismas muestras o elementos de ensayo o sobre muestras muy similares, por dos o más laboratorios, de acuerdo con condiciones predeterminadas. Consiste básicamente en probar las mismas muestras, generalmente de referencia o controles estándar, en varios laboratorios, donde cada participante analiza las muestras mediante sus métodos analíticos de referencia y equipos habituales. Tiene como finalidad la comparación de resultados en orden a certificar la idoneidad o aptitud de un laboratorio en el análisis de muestras determinadas infectadas o inoculadas y de controles sanos. 2. Prueba, medición, análisis o experimento entre distintos laboratorios, que se realiza de forma independiente varias veces. El ensayo puede involucrar a varios laboratorios independientes que realizan la prueba con el uso del mismo método en diferentes equipos instrumentales, o una variedad de métodos y equipos. Frecuentemente es una combinación de los dos. Así, si se analiza una muestra, o una o más de sus propiedades, se mide en diferentes laboratorios utilizando distintos métodos incluso diferentes equipos de construcción similar, pero de fabricantes distintos, como diferentes termocicladores de PCR en tiempo real. Se utiliza básicamente para: i) valorar la aptitud de los distintos laboratorios participantes dentro de un proceso de acreditación; ii) determinar la reproducibilidad de un método o proceso de prueba; iii) validar un nuevo método de análisis, comprobando que el nuevo método produce resultados que concuerdan con el método estándar establecido; y iv) producir algunos materiales de referencia certificados, ya que las pruebas entre laboratorios pueden proporcionar la base para los certificados de análisis cuantitativo de un material determinado.

Dispositivo o aparato que acepta una señal eléctrica (analógica o digital) y la convierte en una expresión numérica de salida. Registra datos en el tiempo o en relación a la ubicación por medio de sensores o instrumentos propios o conectados externamente. Están generalmente basados en microcontroladores y suelen ser portátiles y equipados con un microprocesador, memoria interna para almacenamiento de datos y sensores. Algunos registradores de datos se comunican con un ordenador personal y utilizan un software específico para activar el registrador de datos, ver y analizar los datos recogidos, mientras que otros poseen un dispositivo de interfaz local (teclado y pantalla) y pueden ser utilizados como un dispositivo independiente.

Técnica utilizada en la secuenciación automática, en la que rondas sucesivas de desnaturalización, hibridación y extensión en un termociclador específico, dan como resultado una amplificación lineal de los productos de extensión. Estos productos se cargan en un gel o se inyectan en un capilar para la obtención de su secuencia de bases. Las ventajas de la secuenciación cíclica, frente a otras opciones básicamente son: i) sencillez de los protocolos; ii) se requiere menos ADN molde que con los métodos de extensión a una única temperatura; iii) las temperaturas altas reducen considerablemente la estructura secundaria en el ADN así como los sitios secundarios de hibridación del iniciador o cebador; iv) no requiere la etapa de desnaturalización química del ADN de doble cadena; y v) se puede emplear el mismo protocolo para secuenciar ADN de cadena simple, de doble cadena o incluso para la secuenciación directa de amplicones (productos de PCR) de interés.

Nombre comercial de una sonda de hidrólisis diseñada con el fin de incrementar significativamente la especificidad de la PCR cuantitativa, mediante tecnología de la compañía Roche. Contiene un fluoróforo emisor y un colorante supresor o extintor muy próximos el uno del otro, y cuando la sonda está intacta, el extintor suprime la señal fluorescente del emisor. Durante la PCR, la polimerasa rompe la sonda, separando el emisor y el extintor, permitiendo emitir fluorescencia. Por tanto, el supresor inhibe la fluorescencia del fluoróforo cuando es excitado por la fuente de luz del termociclador. De esta forma, mientras que el fluoróforo y el supresor o extintor estén próximos el uno al otro, no habrá señal fluorescente, puesto que el último está ejerciendo su actividad inhibidora.

Denominación común de la enfermedad causada en el cultivo del champiñón (Agaricus bisporus) por el hongo Hypomyces rosellus (sin. Cladobotryum dendroides, teleomorfo en el género Hypomyces). El hongo se desarrolla sobre la cobertura, usada sobre el sustrato, para la producción de champiñones, donde forma un micelio abundante, similar a una telaraña que compite con los nutrientes del cultivo. Además, genera manchas y podredumbres en los carpóforos, que deprecian el producto.

Denominación común del método serológico de inmunodifusión simple, radial o de Mancini, pero en tubo. En este método, la muestra (solución de antígeno o extracto bruto o clarificado de una planta infectada) se coloca en un tubo de ensayo que contiene anticuerpos específicos mezclados con agar antes de que solidifique. Los antígenos de la muestra, caso de contener el patógeno homólogo a los anticuerpos utilizados, difundirán dentro del agar y formarán un precipitado o banda al llegar a la equivalencia. Técnica en desuso ante otras posibilidades de mayor sensibilidad analítica y que requieren menor consumo de anticuerpos.

Denominación del virus Schlumbergera virus X (SchVX), familia Alphaflexiviridae, género Potexvirus, especie Potexvirus ecschlumbergerae. Su huésped o anfitrión es el fruto de alto valor económico pitaya o fruta del dragón, pitahaya, picajón, yaurero o warakko (Hylocereus undatus). Los síntomas que induce consisten en manchas cloróticas en los cladodios jóvenes (tallos o ramas de aspecto foliáceo y verde). Se ha detectado en varias especies del género como H. undatus, H. hybridum, H. costaricensis, y H. purpusii. Se transmite por propagación vegetativa de material infectado y por contacto. Virus descrito en Brasil y México. Presente en España.

Antibiótico antifúngico de Talaromyces wortmannii, especialmente efectivo contra especies de hongos de los géneros Botrytis, Cladosporium y Rhizopus.

Denominación común de enfermedad fúngica.

Método para la clasificación jerárquica de taxones en grupos y subgrupos; es una metodología muy utilizada para la reconstrucción de árboles filogenéticos.

Denominación común de una enfermedad fúngica del cultivo del tomate.