Diccionario

Solución cuyo pH es inferior a 7. Sustancia que en disolución aumenta la concentración de iones hidrógeno y que se combina con las bases para formar sales.

Fitohormona de naturaleza terpenoide, relacionada con la apertura y cierre de estomas y con procesos de abscisión y latencia. Participa en procesos de desarrollo y crecimiento, así como en la respuesta adaptativa al estrés, tanto biótico como abiótico.

El ácido o su forma ionizada, el aspartato es uno de los veinte aminoácidos que pueden componer las proteínas. En el ARN se encuentra codificado por los codones GAU o GAC.

Ácido nucleico que contiene las instrucciones genéticas usadas en el desarrollo y funcionamiento de todos los organismos vivos en los que es responsable de su transmisión hereditaria y en algunos virus. El ADN es un polinucleótido en el que cada nucleótido, está formado por un monosacárido (la desoxirribosa), una base nitrogenada derivada de la pirimidina (citosina, C o timina, T) o de la purina (adenina, A o guanina, G) y un grupo fosforilo. Lo que distingue a un polinucleótido de otro es la secuencia de bases nitrogenadas, y por ello la secuencia del ADN se especifica nombrando la de sus bases. La disposición secuencial de las mismas a lo largo de la cadena es la que codifica la información genética. Se encuentra generalmente en forma de doble cadena, siguiendo el criterio de complementariedad A-T y G-C, pero algunos virus presentan cadena simple.

El ácido glutámico o su forma ionizada, el glutamato; es uno de los veinte aminoácidos que intervienen en la composición de las proteínas y que en el ARN se encuentra codificado por los codones GAC, GAA.

Molécula de naturaleza lipídica formada por una larga cadena hidrocarbonada lineal, de diferente longitud o número de átomos de carbono, en cuyo extremo hay un grupo carboxilo (COOH). Son ácidos orgánicos de cadena larga que habitualmente se combinan con la glicerina para formar las grasas y cumplir importantes funciones en la célula. El perfil de ácidos grasos bacterianos es característico y se ha utilizado para identificar especies.

Macromoléculas compuestas de unidades llamadas nucleótidos que existen de manera natural en dos variedades distintas: ADN y ARN.

Ácido nucleico formado por una cadena simple de ribonucleótidos, cada uno de ellos constituido por una ribosa, un fosforilo y una base nitrogenada derivada de la pirimidina (citosina, C o uracilo, U) o de la purina (adenina, A o guanina, G). El ARN celular es lineal y monocatenario; el genoma de los viroides y el de algunos virus está constituido por ARN bicatenario. Está presente tanto en las células procariotas como en eucariotas y es el único material genético de ciertos virus (virus de ARN) y de los viroides.

Sustancia química orgánica en cuya composición molecular entran un grupo amino (-NH2) y otro carboxilo (-COOH) en posición orto (Ó). Las proteínas están constituidas por hasta 20 aminoácidos (11 no esenciales para humanos: alanina, asparagina, arginina, ácido aspártico, ácido glutámico, cisteína, glicina, glutamina, prolina, serina y tirosina, y nueve esenciales: fenilalanina, histidina, isoleucina, leucina, lisina, metionina, treonina, triptófano y valina) que se combinan en proporción variable, denominados proteicos o proteinogénicos. Todos ellos tienen una configuración levo (L). Los 20 aminoácidos proteinogénicos están codificados genéticamente por los codones del código genético. Por ello, se denominan aminoácidos estándar o aminoácidos canónicos.

Instrumento que realiza un análisis cuantitativo y cualitativo, generalmente automático, de los mismos, basado en cromatografía líquida de intercambio iónico.

Aquellos que se utilizan a pH bajo, normalmente empleados en la industria textil (excepto algodón), como colorantes alimentarios o para teñir orgánulos. Ejemplos de ellos son la fucsina ácida, verde rápido, naranja G o la eosina.

Instrumento que permite la extracción automatizada de ADN o ARN de varias muestras basado en una amplia gama de kits para la extracción y el aislamiento específico de ácidos nucleicos. Frecuentemente estos aparatos se basan en la adsorción del ácido nucleico en partículas magnéticas o paramagnéticas y sistemas de pipeteado ajustable de alta precisión. Utilizan cartuchos de reactivos sellados. Suelen estar provistos de lámpara de rayos ultravioleta para la descontaminación de la cámara de muestras.

Aquel del medio de cultivo, agua, solución tampón, solución coloidal de suelo, ambiente, savia, extracto vegetal, o cualquier fluido con un pH inferior a 7. Se caracteriza por la presencia de iones hidrógeno (H+) en disolución acuosa y es, por tanto, capaz de cederlos a otra sustancia química.

Tipo de resistencia inducida desarrollada por el tratamiento de la planta con ácido -aminobutírico (BABA). La resistencia es inespecífica y se manifiesta contra un amplio abanico de patógenos biotrofos y necrotrofos, así como con un incremento de la tolerancia de la planta a diversos estreses abióticos, tales como sequía o estrés salino. BABA es un aminoácido no proteinogénico (es decir, que no forma parte de las proteínas), que es también producido por las plantas en pequeñas cantidades tras su exposición a estreses bióticos o abióticos.

Cebador utilizado en secuenciación masiva, que se une a los extremos 5´ y 3´ de cada fragmento de ADN en una genoteca de secuenciación. Actúa en la amplificación y secuenciación del ácido nucleico adyacente.

Base púrica nitrogenada constituyente de los ácidos nucleicos y nucleótidos.

Sustancias o compuestos utilizados en la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) que permiten optimizar e incluso potenciar las condiciones de la reacción de amplificación molecular de los ácidos nucleicos. Existe una amplia lista potencial como 2-pirrolidona, acetamida, propionamida, formamida, dimetilsulfóxido, albúmina de suero bovino, polietilenglicol, cloruro potásico o detergentes no iónicos, entre otros. Se recomienda probar empíricamente cada uno de ellos en cada sistema concreto, para verificar su utilidad.

Sigla de ácido desoxirribonucleico.

1. Aquel que sirve de plantilla para la síntesis de una cadena de ácido nucleico complementaria. 2. En la replicación de ADN, cualquiera de las dos cadenas del ácido nucleico bicatenario (ADNbc) que, al separarse, sirve de molde para la síntesis de una cadena hija complementaria. 3. En la transcripción, es sinónimo de cadena no codificante.

Aquel físico o químico capaz de inducir alteraciones en los ácidos nucleicos.

1. En relación con Citrus aurantium, sinónimo de ácido y amargo. 2. (citrus) Conjunto de plantas de los géneros Citrus, Fortunella y Poncirus, de la familia de las rutáceas.

Símbolo del aminoácido alanina, según nomenclatura de la Unión Internacional de Química Pura y Aplicada-Unión Internacional de Bioquímica (IUPAC-IUB).

Uno de los aminoácidos que forman las proteínas de los seres vivos. Es codificada por los codones GCU, GCC, GCA y GCG. Es el aminoácido más pequeño después de la glicina y se clasifica como hidrofóbico.

Tipo de semioquímico producido por un organismo (planta, microorganismo, artrópodo, etc.) que influye en el comportamiento, desarrollo o fisiología de otro organismo de distinta especie, y que participa en las dinámicas de salud o integridad física de las plantas, modulando la cantidad de daño o enfermedad que sufre la planta por la acción de organismos nocivos. Los principales aleloquímicos de interés en Sanidad Vegetal incluyen una gran variedad de sustancias, como alcaloides, fenoles, terpenoides y otros compuestos secundarios. Estos compuestos pueden actuar como mecanismos de defensa de las plantas contra patógenos y fitófagos o como estrategias de competencia entre diferentes especies en un ecosistema. Una tendencia actual en Fitopatología es la de utilizar aleloquímicos producidos por la planta, diversos microorganismos, otros organismos del suelo o insectos como compuestos para el control biológico de patógenos. Algunos aleloquímicos de importancia son alcaloides, como la nicotina en plantas de tabaco, que tiene efectos tóxicos sobre ciertos insectos y microorganismos, ayudando a proteger la planta; los fenoles, como el ácido ferúlico y el ácido gálico, que tienen propiedades antimicrobianas y pueden inhibir el crecimiento de patógenos como hongos y bacterias; los terpenoides, como el limoneno y el mirceno, que tienen propiedades antifúngicas y antimicrobianas; algunas proteínas, como las lectinas que pueden unirse a componentes de los patógenos, inhibiendo su crecimiento o interfiriendo con sus mecanismos de infección; y las saponinas, presentes en algunas plantas, que poseen actividad antimicrobiana y pueden afectar la integridad de las membranas celulares de los algunos agentes patógenos. Estos aleloquímicos actúan como defensas naturales y también pueden influir en la competencia entre diferentes especies en un ecosistema agrícola o natural. Los aleloquímicos se subdividen en alomonas —que incluyen compuestos defensivos que generan respuestas negativas; favorecen, por tanto, al emisor pero no al receptor—, kairomonas —que benefician al receptor, por ejemplo atrayendo a un insecto o favoreciendo la oviposición, pero no al emisor— y sinomonas —que favorecen tanto al emisor del compuesto como al receptor, como por ejemplo atrayentes de insectos que favorecen la polinización—.

Forma de representar y comparar dos o más secuencias o cadenas de ADN, ARN, o estructuras primarias proteicas para resaltar sus zonas de similitud, que podrían indicar o sugerir relaciones funcionales o evolutivas entre los ácidos nucleicos o proteínas consultados. Las secuencias alineadas se escriben con letras, que representan aminoácidos o nucleótidos, en filas de una matriz en las que, si es necesario, se insertan espacios para que las zonas con idéntica o similar estructura se alineen de forma paralela en la misma posición. Las secuencias alineadas suelen estar identificadas por un número situado a la izquierda que es el de acceso al GenBank, o a cualquier otra base de datos.

1. Acción y efecto de amplificar. 2. Producción de muchas copias de una región de ácidos nucleicos.

Técnica de amplificación isotérmica de ácidos nucleicos que no precisa de ciclos de temperaturas para la desnaturalización de las hebras de ADN, ya que, debido a la acción de enzimas de restricción que generan mellas en el ADN, este proceso se realiza de forma enzimática. Es una modificación de la PCR o RT-PCR simple convencional que mejora su rendimiento final. Se basa en la capacidad de una ADN polimerasa modificada, para desplazar una hebra monocatenaria resultante de un corte en una región específica y a partir de esta hebra desplazada, iniciar la replicación o amplificación de ese ADN diana. Con este procedimiento, las hebras desplazadas sirven como molde para los nuevos ciclos de amplificación, generando por un lado que los productos de amplificación se multipliquen por más del doble al final de cada ciclo de amplificación y por otro, que se observe un incremento en la velocidad de reacción, sensibilidad y especificidad de la técnica respecto a la PCR o RT-PCR simple convencional. Se puede llevar a cabo la replicación, amplificación o la secuenciación de un ADN mediante una ADN polimerasa del tipo fago φ29 o 29 (Phi29). Se realiza en un único tubo, lo que contribuye a evitar contaminaciones, en plataformas convencionales de la PCR cuantitativa, con un mayor número y concentración de cebadores. Incrementa la eficiencia y sensibilidad de la PCR, y se efectúa aumentando la velocidad final de la reacción.

Amplificación molecular de ácidos nucleicos que se realiza a temperatura constante, no precisando de un termociclador como en la PCR convencional, ya que permite la amplificación sin la necesidad de ciclos repetidos de desnaturalización e hibridación a diferentes temperaturas. Las diferentes técnicas de amplificación isotérmica se han popularizado para detectar un amplio espectro de dianas o blancos que incluyen no solo ADN y ARN, sino también proteínas, células, pequeñas moléculas e iones. Se utiliza como principio de funcionamiento en biosensores y en variados métodos de detección, diagnóstico e identificación. La amplificación de desplazamiento de cadena (SDA), la de círculo rodante (RCA), la mediada por bucle o asa (LAMP) y NASBA son algunos ejemplos de técnicas de amplificación de ADN o ARN (RT-LAMP) que utilizan como principio la amplificación isotérmica. Aunque estas técnicas se basan principalmente en la replicación del ADN, la mayoría de estos métodos amplifican ácidos nucleicos utilizando cebadores diseñados con estrategias diferentes a las empleadas en la PCR. Además, pueden alcanzar una amplificación exponencial utilizando únicamente una ADN polimerasa (como el caso de LAMP) aunque algunas otras requieren enzimas o proteínas adicionales. Su desarrollo al margen de los circuitos comerciales interesados en explotar reactivos de PCR y sus termocicladores automáticos asociados, ha limitado su aplicación a pesar de su interés.

Base púrica o pirimidínica que presenta una estructura ligeramente distinta de la de una base convencional, de modo que cuando ocupa el lugar de esta última, en el momento en que se sintetiza una hebra de ácido nucleico, puede dar lugar a mutaciones por transición o transversión. Algunos análogos pueden inhibir la síntesis de nucleótidos de purinas o pirimidinas, o la replicación del ADN. Son ejemplos de análogos de base la aminopurina, la azaguanina, el 5-bromouracilo y la mercaptopurina. Los análogos de nucleósidos se comportan de manera parecida.

En Biología, especie, secuencia de proteína o ácido nucleico, etc., más cercana en el tiempo y de la que descienden, mediante procesos evolutivos dos o más linajes; que se consideran homólogos porque han evolucionado a partir de un ancestro común. Su conocimiento indica la posible diversificación de un agente patógeno y es clave para entender la historia evolutiva y la propagación geográfica de un patógeno, gen, elemento genético móvil, etc. Generalmente, el ancestro común se determina mediante una predicción, que se basa en el análisis de las especies o de secuencias disponibles en la actualidad. Este análisis se lleva a cabo mediante diversos métodos, entre los que destacan los de máxima verosimilitud (maximum likelihood) y los métodos bayesianos. Se emplea principalmente en análisis filogenéticos para: (i) determinar el origen evolutivo de cepas patógenas, (ii) para reconstruir la posible diseminación espacio-temporal (geográfica y temporal) de enfermedades de plantas, y (iii) para entender mejor la coevolución entre plantas huéspedes o anfitrionas y sus agentes patógenos. Un grupo de taxones que contiene un ancestro común y todos sus descendientes se denomina grupo monofilético, que es lo contrario de grupo polifilético.

Cristalización que incluye dos ejes desiguales o distintos. Se aplica a la estructura de virus alargados de simetría helicoidal cuando se observan al microscopio electrónico. Los virus ordenan su ácido nucleico y las subunidades proteicas de la cápsida, de acuerdo a su morfología.

1. Anotación y efecto de anotar. 2. Actividad de anotar genomas, proteomas y transcriptomas. Descripción de la localización precisa, el tamaño y la función (o las funciones) de las secuencias de nucleótidos (genes, regiones reguladoras y otros elementos) de un genoma (ADN o ARN) o de las secuencias de aminoácidos de una proteína, y asignación de una función biológica probable a dichas secuencias por comparación con otras secuencias homólogas descritas en los bancos de datos. Esta tarea supone, además, un trabajo de edición informática, así como la inclusión de cualquier otra información pertinente sobre la secuencia descrita.

1. Cualquier sustancia que, al ingresar en un organismo inmunocompetente, estimula la producción de una o varias series de anticuerpos específicos que se unen a ella a través de unos sitios denominados epítopos o determinantes antigénicos. Un mismo antígeno puede contener múltiples epítopos, algunos de los cuales pueden estar repetidos, y cada epítopo es específico de un anticuerpo. Todos los inmunógenos son antigénicos, pero no todos los inmunógenos son immunogénicos La capacidad de un antígeno para reaccionar específicamente con un anticuerpo se denomina reactividad antigénica. 2. Cualquier sustancia que es capaz de unirse de forma específica a un anticuerpo o a un receptor localizado en la superficie de los linfocitos T. Los antígenos que se unen a anticuerpos son de naturaleza extremadamente diversa (pueden ser desde sustancias relativamente sencillas, como los lípidos y las hormonas, hasta macromoléculas más complejas, como los ácidos nucleicos y las proteínas, e incluso virus o un fragmento de célula, por citar unos ejemplos); en cambio, los que se unen con el receptor de superficie de los linfocitos T son únicamente de naturaleza proteínica.

Denominación común de las enfermedades del cerezo dulce y del ácido o guindo causada por los hongos Blumeriella jaapii y Apiognomonia erythrostoma.

1. Unión de dos hebras de ácido nucleico por complementariedad de bases; por ejemplo, el apareamiento de dos hebras de ADN para formar una doble hélice. 2. (mating). Unión de individuos por parejas para reproducirse sexualmente.

Ácido nucleico sintético de unos 70-80 nucleótidos capaz de reconocer y unirse a una gran variedad de moléculas y de mucha utilidad en técnicas de detección.

Gráfico compuesto de ramas y nodos o esquema arborescente que representa las relaciones evolutivas, o filogenia, entre secuencias de ácidos nucleicos, secuencias de proteínas, grupos de especies, u otras entidades, colectivamente denominadas OTU o “unidad taxonómica operativa” (del inglés “operational taxonomic unit”). Muestra la distancia evolutiva (o distancia genética) entre clados. En un árbol filogenético, las especies o grupos de interés se encuentran en los extremos de las líneas que se consideran las ramas del árbol. Cada punto de ramificación (también denominado nodo interno), representa un evento de divergencia o separación de un grupo en dos grupos descendientes. En cada punto de ramificación se encuentra el ancestro común más reciente de todos los grupos que descienden de esa ramificación. Cada línea horizontal del árbol representa una serie de ancestros que al final lleva a cada OTU. Existen diversos tipos de árboles filogenéticos como cladograma, filograma, fenograma y cronograma.

Uno de los 20 aminoácidos que se encuentran formando parte de las proteínas. Está codificado por los codones AGA, AGG, CGU, CGC, CGA, CGG.

Sigla del ácido ribonucleico.

El ARN es un material extremadamente sensible a la degradación por ribonucleasas y debe manejarse con cuidado durante los pasos de aislamiento de ácidos nucleicos. Este es el paso más crítico para preparar con éxito ADNc y realizar una reacción de PCR en tiempo real eficiente y reproducible. Pipetas, puntas, las manos del operador o incluso la propia bancada del laboratorio, pueden ser foco de ribonucleasas. Una vez extraído el ARN, se debe evaluar su pureza, frecuentemente por espectrofotometría. Además de la concentración, la relación de absorbancia entre 260 y 280 nm (A260/A280), debe estar en el rango de 1,8-2,0. Si es inferior, puede sugerir la contaminación de la muestra por fenol, proteínas o por material vegetal.

1. Aquel que sirve de plantilla para la síntesis de una cadena de ácido nucleico complementaria. 2. En la replicación de ADN, cualquiera de las dos cadenas del ácido nucleico bicanetario (ARNbc) que, al separarse, sirve de molde para la síntesis de una cadena hija complementaria. 3. En la transcripción, es sinónimo de cadena no codificante.

El enzima primasa hace un iniciador de ARN, un corto segmento de ácido nucleico complementario al molde, que proporciona un extremo 3′ con el que la ADN polimerasa puede trabajar. Un cebador típico es de cinco a diez nucleótidos de largo. El cebador o iniciador ceba la ADN polimerasa, es decir, le proporciona lo que necesita para funcionar. Una vez que el cebador de ARN está en su sitio, la ADN polimerasa lo extiende, añadiendo nucleótidos uno a uno para hacer una cadena nueva de ADN complementaria a la cadena molde.

ARN de cadena simple que se pliega en la típica estructura de hoja de trébol. Traduce el lenguaje de nucleótidos al de aminoácidos, al permitir que el ribosoma transfiera el aminoácido unido a él a la proteína que sintetiza. Se encuentra disuelto en el citoplasma.

Símbolo según la nomenclatura de la Unión Internacional de Química Pura y Aplicada-Unión Internacional de Bioquímica (IUPAC-IUB) del aminoácido asparagina, también de símbolo N.

Símbolo según la nomenclatura de la Unión Internacional de Química Pura y Aplicada-Unión internacional de Bioquímica (IUPAC-IUB) del aminoácido ácido aspártico, también de símbolo D.