Diccionario

Solución que tiene un pH superior a 7.

Enzima que cataliza la hidrólisis de ésteres de fosfato. Se utiliza para diversos protocolos experimentales, que incluyen, entre otros, la eliminación de grupos fosfatos de moléculas de ADN (para evitar la religación de vectores en un experimento de clonación, por ejemplo) y técnicas inmunológicas. La enzima procedente de la mucosa intestinal de ternera es la más utilizada en la técnica ELISA en Fitopatología y en inmunodetección en general, para marcar anticuerpos y proteína A. Su sustrato soluble es el p-nitrofenil fosfato en dietanolamina a pH 9,8. Su hidrólisis produce una coloración amarilla muy intensa en disolución alcalina, cuantificable espectrofotométricamente a 405 nm. Si se utiliza un sustrato cromogénico precipitante de cloruro de nitroblue tetrazolio (nitroazul de tetrazolio) o NBT con 5-bromo 4-cloro 3-indolil fosfato (BCIP), produce precipitados color azul oscuro a púrpura. Es muy utilizado para localización de patógenos (especialmente de virus) por inmunodetección (inmunohistoquímica e inmunoimpresión-ELISA) y en inmunoelectrotransferencia. Ambos sustratos están disponibles comercialmente en forma de pastillas para su disolución en agua.

Aquel del medio de cultivo, agua, solución tampón, solución coloidal de suelo, ambiente, savia, extracto vegetal, o cualquier fluido con un pH que es superior a 7 (generalmente entre 8 y 10). El medio básico es capaz de captar protones (H+) de otra sustancia química.

1. Fundamento o apoyo principal de algo. 2. En química, sustancia que al disolverse en un medio acuoso libera iones hidroxilo (OH-) y presenta propiedades alcalinas, con un pH superior a 7. Se combina con los ácidos para formar sales. 3. Cada uno de los compuestos químicos nitrogenados que constituyen los ácidos nucleicos. Unidad de medida que sirve para determinar tanto la longitud como la masa de un ácido nucleico. La longitud de los ácidos nucleicos extensos se expresa en kilobases (símbolo: kb, 1 kb equivale a 1 Å~103 bases) o en megabases (símbolo: Mb, 1 Mb equivale a 1 Å~106 bases). La longitud de los ácidos nucleicos bicatenarios se expresa usualmente en pares de bases (símbolo pb o, en inglés, bp). La masa de un ácido nucleico, expresada en daltons (Da), se obtiene multiplicando el número de bases por 309 (o el número de pares de bases del ácido nucleico por 618), según Clarós et al. (2004). Vocabulario inglés-español de bioquímica y biología molecular. 3. Lugar donde se concentra personal y equipo para, partiendo de él, organizar campañas, prospecciones o encuestas, toma de muestras o cualquier actividad relacionada.

Anticuerpo, antígeno, sustancia inerte, metal, proteína o agente patógeno marcado con enzimas (normalmente fosfatasa alcalina o peroxidasa), biotina, avidina o estreptavidina, isotiocianato de fluoresceína u otros fluorocromos, proteína verde fluorescente, oro coloidal, hierro o cualquier elemento, compuesto o sustancia que le confiera nuevas propiedades delatoras. El objetivo del marcado es facilitar la detección o cuantificación de un organismo o compuesto tras producirse la reacción antígeno-anticuerpo, su multiplicación en una colonia o la infección en una planta convencional o transgénica.

Colorante orgánico catiónico, sintético y alcalino de triaminotrifenilmetano. Se encuentra disponible como un polvo con brillo metálico. Se utiliza para distintos fines: como indicador de pH, colorante para identificar bacterias en la tinción de Gram para distinguir entre bacterias grampositivas y gramnegativas y en medios selectivos o semiselectivos por su efecto inhibitorio de microbiota grampositiva y de algunas especies gramnegativas. También es utilizado en histología para la identificación de núcleos celulares y para medir los efectos citostáticos/citotóxicos en las líneas de células tumorales.

Proceso metabólico que usa compuestos nitrogenados del suelo o sustrato (nitratos y nitritos) y los convierte en nitrógeno gaseoso u óxidos de nitrógeno, por la acción de bacterias desnitrificantes (normalmente en condiciones anaerobias). La desnitrificación biológica es un proceso que la misma naturaleza realiza dentro del ciclo del nitrógeno. El nitrógeno del aire se fija en la tierra para que las plantas lo utilicen en su desarrollo. El nitrógeno no consumido por las plantas vuelve a la atmósfera por medio de la desnitrificación biológica. La desnitrificación usa el nitrato como aceptor terminal de electrones en condiciones anaerobias (ausencia de oxígeno) principalmente, conduciendo finalmente a nitrógeno molecular (gas N2). La realizan ciertos microorganismos, entre los que destacan especies de los géneros bacterianos Alcaligenes, Paracoccus, Pseudomonas, Thiobacillus, Rhizobium, y Thiosphaera, entre otros.

Denominación común en español, que proviene del acrónimo del inglés “Enzyme-Linked Immunosorbent Assay”, o ensayo inmunoenzimático en fase sólida o ensayo por inmunoadsorción ligado a enzimas, popularmente ELISA. Da nombre a una técnica inmunológica o ensayo inmunoenzimático o serológico muy sensible para detectar, cuantificar, identificar o comparar antígenos complejos (agentes patógenos), proteínas, anticuerpos, péptidos u hormonas, incluso en extractos vegetales brutos. Esta prueba se caracteriza por utilizar un soporte insoluble o inmunoadsorbente (microplacas, tubos, pocillos o membranas) para fijar, tapizar o sensibilizar con antígenos o anticuerpos, según la modalidad de técnica. La prueba consiste en una serie de incubaciones mediadas por lavados, hasta adicionar el substrato. Se caracteriza porque la reacción se revela con anticuerpos conjugados enzimáticamente (frecuentemente en Patología vegetal con fosfatasa alcalina de mucosa intestinal de ternera y en ocasiones con peroxidasa de rábano picante) o biotinilados y un sustrato apropiado a la enzima marcadora (p-nitrofenil fosfato en el caso de la fosfatasa alcalina y peróxido de hidrógeno para la peroxidasa). La densidad óptica o valor ELISA final es proporcional a la cantidad de antígeno o anticuerpo detectado y permite asignar un valor numérico a la detección semicuantitativa. Se han diseñado distintas variantes o modalidades: ELISA directo, indirecto, de doble sándwich de anticuerpos (DAS), indirecto doble sándwich de anticuerpos (DASI), y competición. Las modalidades pueden realizarse con anticuerpos policlonales, con anticuerpos monoclonales, con anticuerpos recombinantes o con fragmentos F(ab´)2 de anticuerpo y proteína A conjugada. La técnica ELISA puede realizarse con sustratos solubles o precipitantes.

Variante de ELISA con anticuerpos conjugados con biotina y revelado de la reacción con estreptavidina (actualmente más utilizada que la avidina). La estreptavidina conjugada con una enzima, presenta muchas ventajas ya que la constante de afinidad del complejo biotina-estreptavidina es una de las más altas conocidas. Además, las proteínas delatoras o conjugados con biotina son sencillos de preparar, estables, económicos y muy polivalentes, pues el mismo anticuerpo sirve para revelar con estreptavidina marcada con distintas enzimas (habitualmente fosfatasa alcalina o peroxidasa) u otros compuestos.

Variante de ELISA DAS (doble sándwich de anticuerpos) combinada con el sistema de revelado de ELISA indirecto. Se realizan los mismos pasos, pero requiere producir anticuerpos específicos en dos especies animales distintas. Se evita realizar conjugados al revelar la reacción con anticuerpos específicos (como los empleados en la fase primera de tapizado) y tras incubación y lavado se añaden inmunoglobulinas anti la especie animal utilizada para generar los anticuerpos específicos frente al patógeno de interés, pero conjugados, con una enzima. Se suele utilizar con anticuerpos policlonales de conejo en la fase de tapizado y anticuerpos monoclonales específicos de ratón, y revelar con inmunoglobulinas de cabra antirratón conjugadas con una enzima (normalmente fosfatasa alcalina). La modalidad es muy sensible (capaz de detectar del orden de 0,05-0,1 g de antígeno), pues permite amplificar la reacción con la adición de inmunoglobulinas anti especie marcadas.

Variante de ELISA muy sensible para detección de antígenos complejos (agentes patógenos). De manera secuencial y mediada por etapas de incubación y lavado, se tapizan los pocillos de una microplaca o la superficie de un inmunoadsorbente con anticuerpos purificados específicos del agente patógeno a detectar, se añade la muestra (extracto bruto vegetal, suspensión bacteriana, dilacerado, exudados, lloros de vid, extracto de suelo filtrado, etc.), y se añaden los mismos anticuerpos que en la primera etapa, pero conjugados con una enzima (habitualmente fosfatasa alcalina). La reacción se revela con el substrato específico de la enzima marcadora (habitualmente p-nitrofenil fosfato) que por hidrólisis y efecto batocrómico producirá un color amarillo (valor ELISA a 405 nm) de intensidad proporcional a la enzima retenida. La reacción clásica y más sensible, se realiza añadiendo 200 L/pocillo de la microplaca en cada etapa, aunque para ahorro de reactivos y economía algunos kits comerciales utilizan solo 100 L/pocillo. Otras modalidades utilizan únicamente unos microlitros Los anticuerpos utilizados para tapizar o como conjugados pueden ser producidos en la misma especie animal o no. Frecuentemente se utilizan anticuerpos policlonales para tapizado y monoclonales específicos (solos o en mezcla de varios) como conjugados, o ELISA basado completamente en anticuerpos policlonales, en anticuerpos monoclonales o recombinantes de anticuerpos monoclonales, que confieren alta especificidad y sensibilidad. DAS es la modalidad más popular de ELISA para detección de agentes patógenos o sus metabolitos.

Variante de ELISA usada para detectar antígenos, establecer parentescos serológicos entre ellos o titular anticuerpos en diluciones seriadas. Sobre una microplaca o un inmunoadsorbente tapizado con antígeno (o muestra en la que desea verificar la presencia del antígeno de interés), se añaden los anticuerpos específicos del antígeno y tras incubación y lavado se añaden inmunoglobulinas anti la especie animal utilizada para obtener los anticuerpos específicos, marcadas con una enzima o biotiniladas Esta modalidad evita tener que preparar conjugados para cada anticuerpo específico y como quiera que las inmunoglobulinas anti especie son muy utilizadas en análisis clínicos, están disponibles comercialmente con una alta calidad contrastada. Las más usuales son las de cabra anticonejo para anticuerpos policlonales de antisueros o de cabra antirratón para anticuerpos monoclonales, marcadas con fosfatasa alcalina o peroxidasa.

1. Colorante de color rosa. Polvo rojo insoluble en agua, benceno o cloroformo, y soluble en alcohol o soluciones alcalinas. Tiene carácter ácido, por lo cual tiñe sustancias básicas y colorea componentes y orgánulos citoplasmáticos. Aquellos componentes que se tiñen con eosina se conocen como acidófilos o eosinófilos. Los demás componentes que se tiñen con colorantes básicos se denominan basófilos. 2. La tinción hematoxilina y eosina es utilizada para la identificación de las características de hongos, la aplicación de la tinción de hematoxilina (por ser catiónica o básica), tiñe estructuras ácidas (basófilas) en tonos azul y púrpura, como por ejemplo los núcleos celulares; y el uso de eosina (tiñe componentes básicos, acidófilos, como por ejemplo estructuras citoplasmáticas y sustancias intercelulares), en tonos de color rosa.

Solución contenida en el lumen de los tubos cribosos. Presenta una elevada concentración de azúcares no reductores, fundamentalmente sacarosa, que alcanza valores de hasta el 25 %. También contiene aminoácidos, elementos minerales (fundamentalmente potasio y, a concentraciones menores, fosfato, cloruro y otros iones), ácidos orgánicos, hormonas y exobióticos. Su pH es siempre alcalino, próximo a 8,0. Como el contenido del floema se encuentra a presión de hasta 2 MPa, el fluido exuda libremente cuando se provoca una lesión, bien por corte o cuando inserta el estilete un pulgón u otro vector que se alimente del floema, según definición del Diccionario de Ciencias Hortícolas de la SECH. Su composición se trata de reproducir en medios artificiales, para intentar cultivar agentes patógenos que habitan en el mismo y todavía no cultivados in vitro.

Sustancia del grupo de los xantenos que genera un intenso color fluorescente verde en soluciones alcalinas. Al exponerse a la luz ultravioleta emite luz fluorescente de una longitud de onda larga. El isotiocianato de fluoresceína, es comúnmente utilizado para marcar anticuerpos aptos para técnicas de inmunofluorescencia.

Técnica serológica de localización de antígenos en secciones de tejido inmovilizadas o impresas en membranas de nitrocelulosa, éster de celulosa o papel. Las secciones de tejido de material vegetal recién cortado se impresionan contra la membrana suave pero firmemente, de manera que se permita la observación de la estructura de la sección. Las huellas o improntas de tejido inmovilizadas se revelan como en una técnica ELISA, frecuentemente directa, con el uso de anticuerpos específicos conjugados con la enzima fosfatasa alcalina. El revelado se realiza con substrato precipitante azul nitrotetrazolio (o cloruro de tetrazolio nitroazul) y 5-bromo-4-cloro indolil fosfato (NBT+BCIP). La presencia de acúmulos de precipitado violeta en la zona vascular indica infección para patógenos vasculares y acúmulos en otras zonas indican la presencia localizada de otros patógenos extracelulares, en función de los anticuerpos utilizados. Es extensivamente empleada en viveros y prospecciones para la detección rutinaria de Closterovirus tristezae (Citrus tristeza virus-CTV), pues es la técnica serológica de referencia usada con anticuerpos monoclonales específicos. La realización de la prueba es sencilla, no requiere de personal especializado para su ejecución que puede efectuarse en condiciones de campo de forma muy económica.

Mezcla de sales de ácidos grasos, obtenida por saponificación de ácidos grasos con una solución alcalina, que da lugar a jabón y glicerina. Se fabrica a partir de sustancias naturales, como grasas animales y vegetales. Agente limpiador generalmente utilizado para cuidado personal o también de la ropa de laboratorio.

Solución de sales alcalinas en agua, generalmente de hipoclorito sódico (NaClO), que se utiliza en limpieza como desinfectante de superficies, blanqueador de ropa de laboratorio y como solvente de compuestos orgánicos. Es de color amarillento y olor característico. Tiene un alto poder oxidante.

1. Conjunto de productos que utilizan agentes químicos generalmente alcalinos, biodegradables y sin fosfato ni sosa cáustica, detergentes iónicos líquidos, o productos para enjuague ácido, entre otros, con la finalidad de limpiar o suprimir suciedad o productos químicos o reactivos en el material de vidrio, plástico, caucho, utensilios metálicos, aparatos, o superficies, mediante un prelavado o un lavado. Se pueden utilizar manualmente o en máquinas lavavajillas especiales de laboratorio. El término también incluye a los descontaminantes radioactivos o tensioactivos y productos desnaturalizantes de ácidos nucleicos. 2. Utensilios utilizados para realizar la limpieza manual de material de laboratorio, como escobillas o cepillos.

1. Área definida, localizada de una hoja, tallo, flor, fruto, etc., que muestra palidez, amarillamiento o blanqueamiento del tejido normalmente verde, caracterizado por la destrucción parcial o completa de la clorofila. Puede deberse a una lesión local de un virus, infección por hongos, bacterias u otros agentes patógenos, manifestación de una fisiopatía por la falta o no disponibilidad de algunos elementos, falta de oxígeno, lesión alcalina o algún otro factor. En ocasiones puede estar rodeada de un halo. 2. (bacterial chlorotic spot). Denominación común de la enfermedad causada por Erwinia persicina en ajo (Allium sativum), alubia, habichuela, judía, fríjol, frijol o poroto (Phaseolus vulgaris) y tirabeque (Pisum sativum subsp. arvense). Presente en España.

Aquel cuyo pH es de 7, ni ácido ni alcalino.

En sentido general, todos los pigmentos negros y pardo oscuros que se encuentran en la naturaleza. Algunas melaninas vegetales, como las que se forman sobre lesiones de células causadas por hongos o de remolacha azucarera por daños mecánicos son eumelaninas, mientras que otras melaninas vegetales son catecolmelaninas, ya que generan catecol por digestión alcalina.

Se usa para la determinación de la cantidad de nitrógeno de una muestra. Se basa en la pirolisis completa de la muestra y medición del contenido de nitrógeno de los gases de combustión. El nitrógeno puede ser medido con manómetro después de absorber el dióxido de carbono en una solución alcalina o por conductividad térmica en métodos automatizados.

Aquel que utiliza un compuesto marcador, frecuentemente una enzima, ligado o conjugado con anticuerpos específicos, para localizar una proteína (antígeno) en una célula o tejido. Tras reaccionar las células con los anticuerpos marcados, se examinan al microscopio después de añadir el sustrato apropiado al compuesto marcador. La reacción se suele realizar generalmente mediante el uso de anticuerpos comerciales antiespecie marcados, evitando así el marcado de anticuerpos específicos del antígeno a detectar. Así, para detectar un virus determinado se puede utilizar un anticuerpo monoclonal de ratón contra este virus, y la reacción entre las partículas del virus y el anticuerpo se detectaría utilizando anticuerpos de cabra antirratón (GAM) marcados con la enzima fosfatasa alcalina. Se puede determinar la fluorescencia, cuantificar el color del precipitado o realizar autorradiografía, según convenga a la técnica de marcaje usada e incluso observar mediante microscopía electrónica si se ha empleado un marcador denso a los electrones, como el oro coloidal.

Lámina patentada constituida de una mezcla de materiales tipo olefina, que resulta semitransparente, flexible y resistente al agua. Sella recipientes de laboratorio de forma rápida y efectiva. La película impide la evaporación y la contaminación de las muestras y protege materiales anhidros. Puede plegarse repetidamente y doblarse alrededor de superficies afiladas sin romperse. Se hace más flexible, más suave y más resistente conforme aumenta la temperatura, aunque tiene una temperatura límite de uso entre -45 y 50 °C. Resistente al alcohol, ácidos y álcalis. Se utiliza también para proteger injertos herbáceos recién efectuados, hasta su prendimiento. Está disponible en diversos formatos comerciales, en forma de rollo o tira.

Papel utilizado para comprobar de manera rápida y sencilla si una sustancia o disolución es ácida o básica (alcalina). Se sumerge el papel en la solución y tras unos segundos se retira para comparación de su color que indicará si es de uno u otro tipo. Se suministra comercialmente en forma de tiras o rollos.

Método de revelado serológico de los amplicones. La PCR o la RT-PCR se realiza de manera convencional, pero el revelado se efectúa con anticuerpos. Se basa en el marcado de los iniciadores en 5’ con biotina (PCR o RT-PCR-ELISA) o en el uso de DIG-dUTP (PCR o RT-PCR-ELOSA). En el caso de la denominada PCR o RT-PCR-ELOSA los productos de PCR son hibridados con una sonda marcada con digoxigenina, previamente fijada en los pocillos de una placa de ELISA. El revelado se efectúa mediante anticuerpos antidigoxigenina marcados generalmente con fosfatasa alcalina. Estas técnicas no requieren del uso de electroforesis y el revelado puede ser automatizado, pero su sensibilidad es solo ligeramente superior a la de PCR simple convencional. Las versiones RT-PCR-ELISA y RT-PCR-ELOSA, son frecuentemente utilizadas.

Instrumento que combina un electrodo de pH con un circuito electrónico para determinar el pH de una solución, ya sea ácida o alcalina. Los hay disponibles comercialmente digitales, portátiles o de laboratorio.

Enzima derivada de Armoracia rusticana utilizada en la técnica ELISA y otras como marcadora de anticuerpos y de proteína A. El sustrato más idóneo para la peroxidasa es la orto fenildiamina, cuya hidrólisis produce un color amarillo pálido, que una vez paralizada la reacción con ácido sulfúrico 3 N, toma un color naranja rojizo intenso que se puede cuantificar espectrofotométricamente a 450 nm. Es muy utilizada por su rapidez de reacción en la detección de anticuerpos monoclonales de hibridomas y en procesos en los que intervienen células animales, que pueden crear fondos de reacción si se utilizara fosfatasa alcalina como conjugado.

Acrónimo de potencial de hidrógeno o de hidrogeniones. Medida de acidez o alcalinidad de una disolución acuosa. Indica la concentración de iones de hidrógeno presentes en determinadas disoluciones, en una escala de 1 a 14. En ella, un valor pH de 7 es neutro, lo que significa que la sustancia o solución no es ácida ni alcalina, menor de 7 corresponde a sustancias o soluciones ácidas y mayor de 7 a alcalinas o básicas.

El de una solución en equilibrio con el suelo. Se determina mediante un electrodo de vidrio u otro indicador adecuado, utilizando una relación suelo-disolución especificada, normalmente en agua destilada, 0,01 M CaCl2 o 1 M KCl. Se considera un suelo extremadamente ácido al de pH 9,1. El pH tiene un efecto significativo sobre las plantas y su crecimiento, la microbiota del suelo y el crecimiento de unidades formadoras de colonias (UFC) de bacterias mesófilas y termófilas, mohos y levaduras, aunque este factor no se puede evaluar independiente de los demás que intervienen en el caso de compostaje, como aireación, temperatura, la humedad y tipo de sustrato utilizado como materia prima. También juega un papel relevante en la supervivencia de los patógenos en el suelo y en la rizosfera de las plantas.

Material que se ha impuesto por sus ventajas en el laboratorio, entre ellas la resistencia a la rotura, su ligereza y su adecuación para ser usado como material desechable en formatos como las asas o las puntas de pipeta. Se utilizan básicamente dos tipos: los elastómeros como el caucho natural o silicona usados como tapones, tetinas y tubos y los termoplásticos, en aparatos y equipos de laboratorio. Se utilizan generalmente los siguientes polímeros: i) acrilobutadieno-estireno (ABS) por ser más fuerte que el poliestireno; ii) poliamida (PA), como nylon o kevlar por su excelente resistencia mecánica y térmica; iii) polietileno (PE), de baja densidad (más flexible y con buena resistencia química salvo a solventes orgánicos) o de alta densidad (buena resistencia química y a temperatura); iv) polipropileno (PP), polímero parecido al polietileno pero con mejor resistencia térmica a ácidos y álcalis, que puede esterilizarse en autoclave; v) polimetilpenteno (PMP), polímero termoplástico, en ocasiones referenciado como TPX, muy ligero y por su excelente transparencia en luz visible y ultravioleta se utiliza en células espectroscópicas, de muy buena resistencia térmica y química, puede esterilizarse con vapor; y vi) teflón (politetrafluoroetileno, PTFE), resistente a la mayoría de los reactivos y con el mayor rango de trabajo de todos los plásticos (-200 °C a +300 °C).

Técnica muy habitual para aislar y purificar proteínas. Se basa en que la solubilidad de la gran mayoría de las proteínas decrece a altas concentraciones de electrolitos. Los iones multivalentes son más eficaces que los monovalentes, por ello la utilización del sulfato. Las distintas clases de proteínas precipitan a concentraciones específicas de sales, lo que permite un fraccionamiento preliminar. Existen tablas que relacionan la cantidad de sulfato amónico necesario que hay que añadir para obtener un porcentaje de saturación dado en función de la concentración inicial. Ha sido la técnica usual (método de Avrameas de conjugación) para poner en contacto anticuerpos y la enzima fosfatasa alcalina y conjugarlos con ayuda del agente bifuncional glutaraldehido, seguido de diálisis para eliminar las sales y excedentes de glutaraldehido.

Proteína aislada originalmente a partir de la medusa Aequorea victoria. La proteína verde fluorescente nativa tiene un tamaño de 27 kDa (238 residuos de aminoácido), absorbe luz azul con un máximo a 395 nm y emite luz verde con un máximo a 510 nm, tanto en organismos bioluminiscentes como en estado puro en solución. A diferencia de otros marcadores fluorescentes no requiere sustratos exógenos para emitir fluorescencia. Por sus propiedades fluorescentes y su relativa estabilidad, se ha convertido en el marcador más utilizado para la detección de la expresión génica y especialmente para la localización subcelular de proteínas. Es in vitro una proteína muy estable y resistente a altas temperaturas (tm=70 °C), a pH alcalino, a detergentes, a disolventes orgánicos y a las proteasas más comunes, con excepción de la pronasa. Soporta tratamientos con glutaraldehido lo que permite su observación en muestras fijadas para estudios de microscopía. Su fluorescencia se pierde si la proteína es desnaturalizada tras tratamientos a temperatura muy elevada, a pH extremos o tratamientos con cloruro de guanidina, y puede ser recuperada parcialmente si la proteína se renaturaliza. Se trata de un marcador ideal tanto para visualizar microorganismos como para determinar expresión génica, localizar proteínas a nivel subcelular o aplicarla a estudios de supervivencia bacteriana o fúngica; sus ventajas como marcador en bacterias se resumen en: i) es fácil de detectar; ii) no precisa sustrato exógeno; iii) permite visualizar células individuales; iv) permite un sencillo procesado de las muestras incluso en muestras fijadas si es necesario; v) ofrece la posibilidad de observar bacterias en su entorno natural, sin destruirlo y en tiempo real; vi) permite analizar células vivas y discriminarlas; vii) se puede utilizar en combinación con otros fluorocromos; y viii) no suele plantear problemas de ruido de fondo por autofluorescencia de las bacterias. Ha facilitado enormemente el estudio de las interacciones planta-patógeno y se utiliza en multitud de especies fitopatógenas como un marcador para caracterizar el proceso completo de colonización, para estudiar el patrón espacial de expresión génica y de localización proteica en distintos agentes patógenos. Ha permitido un extraordinario progreso en el conocimiento de los aspectos celulares y moleculares de las interacciones patógeno-huésped o anfitrión. Además, los organismos transgénicos que expresan la proteína verde fluorescente pueden detectarse fácilmente en el interior de la planta sin ninguna intervención externa, proporcionando una valiosa información del desarrollo del patógeno dentro de la planta. Los cambios de secuencia realizados en el gen de la proteína verde fluorescente (GFP) han dado lugar a numerosas variantes de excitación y de emisión, disponibles comercialmente.

1. Sustancia o material nutritivo en la que vive un organismo o de la que obtiene nutrientes. Material, sintético o natural, que constituye el medio de cultivo de microorganismos o de cultivos vegetales in vitro. 2. Sustancia sobre la que actúa una enzima. En detección se utilizan sustratos solubles, que generan un color diferente al que presentaba al inicio, por efecto batocrómico, al hidrolizarse (como el amarillo del p-nitrofenil fosfato con la fosfatasa alcalina), o precipitantes (como el precipitado púrpura violeta generado por el sustrato NBT/BCIP, tetrazolio nitroazul/5-bromo-4-cloro-3′-indolfosfato con la fosfatasa alcalina). Ambos tipos están disponibles comercialmente incluso en formato de pastilla.

Denominación común de la transferencia tipo Southern, hibridación realizada sobre fragmentos de ADN transferidos a una membrana; el método recibió este nombre en honor a su inventor, Edwin Southern. El ADN intacto (por ejemplo, un perfil de plásmidos) o digerido con una enzima de restricción es separado electroforéticamente por tamaño en un gel, tras lo que se procede a una depurinación (para facilitar la transferencia de fragmentos largos) y desnaturalización de los fragmentos de ADN de doble cadena en sus cadenas sencillas. Posteriormente, el ADN inserto en el gel es transferido a un filtro, frecuentemente de nitrocelulosa, éster de celulosa o nailon, con lo que en el filtro queda representada una réplica de la disposición de los fragmentos de ADN presentes en el gel. El filtro se incuba durante un tiempo con una sonda de ADNss o ARN marcada (radiactivamente, con digoxigenina o con un fluorocromo, entre otros); durante la incubación la sonda se va hibridando con las moléculas de ADN de cadena sencilla de secuencia complementaria (o muy parecida). La sonda unida al fragmento de ADN complementario se puede visualizar en el filtro de una forma sencilla mediante una exposición a una película de rayos X para el caso de sondas radiactivas, mediante revelado con anticuerpos conjugados con fosfatasa alcalina para sondas marcadas con digoxigenina o con una película sensible a la luz para el caso de sondas marcadas con un fluorocromo. Las hibridaciones con sondas marcadas con digoxigenina pueden revelarse también utilizando un sustrato quimioluminiscente, que es degradado por la fosfatasa alcalina y que emite luz; esta luz puede ser captada por una película o digitalmente por una cámara apropiada.

Denominación común de la técnica analítica utilizada para identificar proteínas específicas en una mezcla compleja de proteínas, como la que se presenta en extractos celulares o de tejidos vegetales. La técnica tiene tres etapas: i) separación por tamaño generalmente en un gel de poliacrilamida; ii) transferencia por difusión simple, por vacío o electroforesis a un soporte sólido (membrana de nitrocelulosa, éster de celulosa, o generalmente fluoruro de polivinilideno o PVDF) y, finalmente; iii) visualización colorimétrica mediante ELISA directo o indirecto, con el uso de anticuerpos específicos marcados usualmente con fosfatasa alcalina, o anticuerpos específicos y antiespecie conjugados y un sustrato apropiado. También se puede realizar el revelado mediante quimioluminiscencia, fluorescencia, o radiactividad. Se han diseñado aparatos que permiten la electrotransferencia simultánea a varias membranas, con objeto de revelar las distintas copias con diferentes anticuerpos específicos. Están disponibles comercialmente membranas de nitrocelulosa o fluoruro de polivinilideno, polifluoruro de vinilideno o polivinilideno fluoruro (PVDF) precortadas, compatibles con la mayoría de aparatos de electrotransferencia.

Densidad óptica obtenida tras incubación y lectura del sustrato hidrolizado en un lector ELISA o en un espectrofotómetro. Se efectúa a 450 nm para la fosfatasa alcalina como enzima marcadora, o a 405 nm para la peroxidasa, las dos enzimas más utilizadas para conjugar anticuerpos en laboratorios de fitopatología.